BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306P12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 12,143,051 - 12,336,335
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCobl
Upstream geneVwc2, Zpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik, Ikzf1, Fignl1, Ddc, Grb10
Downstream geneLOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306P12.bB6Ng01-306P12.g
ACCGA099866GA099867
length1,0171,022
definitionB6Ng01-306P12.b B6Ng01-306P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,143,051 - 12,144,058)(12,335,331 - 12,336,335)
sequence
gaattcagtgctaacttgggctacacggtgagatctcaacaaaggagaaa
aagtgtgtgcagataggcaagaagggtagattgtgaagatggagagatat
gggctaaaataaatacagcaaactctcaccaaaagttcttgggactggat
acaggggtatttgctacacaagtttgacatcttttctatgaaaaatgata
aaaaaatcattcatgctaaaatgactaaaaatgtagcttgctgaactgta
tttaataggagtcagagcaagaaatgaccatgaagtctaggcaggctttc
aaggaaacccttcagccagctttgagatagttcataaaaagaatcccaca
ctagaaaaccagaatgtttgtgagtctctagagcatgctctgtggactgt
ggacttataccttggttgggtgaatctctgagagttgctcacacaatttt
caaacctgtatcttccactggaaaaatgagagtgaggtctgtgttagaga
actcccaggtgcccagggtcatttcatgatgggctgggcagcacacactc
actgtgtgattctgtggtgctcctgttctgacattattccccacacagag
caaagggttgctgtggctcttgggtttggaggtttcagtccatacctggc
tcagcccaaggttttgagcctatagaagcatactgtggatgcaggcagta
tatgacaggccatgtgtggtaggtacatgtattcttttctacagcaagga
ggcagagagcagaaggagctggccaacagtagcaagcactcccatttagg
cttttctttcggtatacgggtttctggggcacactgcagatagagactat
attacttggacatggagccacaagccgagtgagcactccagctcagctaa
tgctaggataactgggtcatgcttttctggaggtattgggataccttacc
taaggtgaatatctgacagcacatgagataaagtggggaatgggggcagt
tgggtgacgggaaaggt

gaattctggtctctattcattaccattgttcactttacctagctcgtgta
gcggctgtacaccctgagtagcttctgtagcagcactgaaccaatagcac
cttcctggtgcttgagcccctctcctgctgctgctttgaaacttcacttg
tcattcacatccagacaatggagctttatccagcactaaaaggaaatagt
gaatcaagctaggacaggacatgaagggctgttaactgtgtgtattacta
agctacagatatcagtctttcaaagctacatgctgtacccatcccactga
cttctggaaaagagaagacaatggagttagtaaaaacgatcagtgggggc
caggaattaaagaaagggaatgaggacagacttgcaccttacaaaggatc
tgtaggtcagcaaagactaatggtgatttatgtcattgctcctttgtgct
agactacaggatgcacagcacccagagggaaaggtaatgccaaccgcagt
tgttggcaacaatgatgtctgctacagtgctccagttttaacaatgtgtg
gctgtgacaggttgtgctggtagtgggaatggttgtgcctgtgtagggga
agggagcatttgggaactcggtacctccctttcaaatccattgcaagcct
aaaactattataaaacatttaagactattttaaaataaattcacacgtca
aagatgatatagtaaaacacttggaatgtagttgaaaatttcaatttgtt
tgttttaaagcacagagaaattgaattttttaaaagaaaaaacgtcttgt
gcattttggaagtacaatgtagtccccaccccaatttcctcttcagttgt
caggatatgagtgttggcggcttctacattgctttattggaatttatcag
atctaatagataatttttgaatcctgctagaaacttttatgatacgtttt
aaaatgtgtgccagtggcccttttctcagaacttttgcccatgtggcctt
ccatgggtgattcatttgggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_12143051_12144058
seq2: B6Ng01-306P12.b_53_1069

seq1  GAATTCAGTGCTAACTTGGGCTACACGGTGAGATCTCAACAAAGGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCTAACTTGGGCTACACGGTGAGATCTCAACAAAGGAGAAA  50

seq1  AAGTGTGTGCAGATAGGCAAGAAGGGTAGATTGTGAAGATGGAGAGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTGCAGATAGGCAAGAAGGGTAGATTGTGAAGATGGAGAGATAT  100

seq1  GGGCTAAAATAAATACAGCAAACTCTCACCAAAAGTTCTTGGGACTGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAAATAAATACAGCAAACTCTCACCAAAAGTTCTTGGGACTGGAT  150

seq1  ACAGGGGTATTTGCTACACAAGTTTGACATCTTTTCTATGAAAAATGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGTATTTGCTACACAAGTTTGACATCTTTTCTATGAAAAATGATA  200

seq1  AAAAAATCATTCATGCTAAAATGACTAAAAATGTAGCTTGCTGAACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCATTCATGCTAAAATGACTAAAAATGTAGCTTGCTGAACTGTA  250

seq1  TTTAATAGGAGTCAGAGCAAGAAATGACCATGAAGTCTAGGCAGGCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAGGAGTCAGAGCAAGAAATGACCATGAAGTCTAGGCAGGCTTTC  300

seq1  AAGGAAACCCTTCAGCCAGCTTTGAGATAGTTCATAAAAAGAATCCCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACCCTTCAGCCAGCTTTGAGATAGTTCATAAAAAGAATCCCACA  350

seq1  CTAGAAAACCAGAATGTTTGTGAGTCTCTAGAGCATGCTCTGTGGACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAACCAGAATGTTTGTGAGTCTCTAGAGCATGCTCTGTGGACTGT  400

seq1  GGACTTATACCTTGGTTGGGTGAATCTCTGAGAGTTGCTCACACAATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTATACCTTGGTTGGGTGAATCTCTGAGAGTTGCTCACACAATTTT  450

seq1  CAAACCTGTATCTTCCACTGGAAAAATGAGAGTGAGGTCTGTGTTAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTGTATCTTCCACTGGAAAAATGAGAGTGAGGTCTGTGTTAGAGA  500

seq1  ACTCCCAGGTGCCCAGGGTCATTTCATGATGGGCTGGGCAGCACACACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGGTGCCCAGGGTCATTTCATGATGGGCTGGGCAGCACACACTC  550

seq1  ACTGTGTGATTCTGTGGTGCTCCTGTTCTGACATTATTCCCCACACAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTGATTCTGTGGTGCTCCTGTTCTGACATTATTCCCCACACAGAG  600

seq1  CAAAGGGTTGCTGTGGCTCTTGGGTTTGGAGGTTTCAGTCCATACCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGTTGCTGTGGCTCTTGGGTTTGGAGGTTTCAGTCCATACCTGGC  650

seq1  TCAGCCCAAGGTTTTGAGCCTATAGAAGCATACTGTGGATGCAGGCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCAAGGTTTTGAGCCTATAGAAGCATACTGTGGATGCAGGCAGTA  700

seq1  TATGACAGGCCATGTGTGGTAGGTACATGTATTC-TTTCTACAGCAAGGA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATGACAGGCCATGTGTGGTAGGTACATGTATTCTTTTCTACAGCAAGGA  750

seq1  GGCAGAGAGCAGAAGGAGCTGGCCAACAGTAGCAAGCACTCCCA-TTAGG  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGCAGAGAGCAGAAGGAGCTGGCCAACAGTAGCAAGCACTCCCATTTAGG  800

seq1  CTTTTCTTTCGGTATACGGGTTTCTGGGGCACACTGCAGATAGAGACTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTCGGTATACGGGTTTCTGGGGCACACTGCAGATAGAGACTAT  850

seq1  ATTACTTGGACATGGAGCCACAGGCCGAGTGAGCACTCCAGCTCAGCTAA  898
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTGGACATGGAGCCACAAGCCGAGTGAGCACTCCAGCTCAGCTAA  900

seq1  TGCTAGGAT-ACTGGGTCATGC-TTTCTGGAGGTATTGGGATACCTTACC  946
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGATAACTGGGTCATGCTTTTCTGGAGGTATTGGGATACCTTACC  950

seq1  T-AGGTGAATATCTGACAGCACATGAGGATAAGT-GGGAAT-GGGGCAGT  993
      | |||||||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||||||
seq2  TAAGGTGAATATCTGACAGCACATGAGATAAAGTGGGGAATGGGGGCAGT  1000

seq1  T-GGTGA-GGGAAAGGT  1008
      | ||||| |||||||||
seq2  TGGGTGACGGGAAAGGT  1017


seq1: chr11_12335331_12336335
seq2: B6Ng01-306P12.g_68_1089 (reverse)

seq1  GACCC-AATGAATCA-CCATGGAAG--CACATGG--CAAAGTTCTGAGAA  44
      ||||| ||||||||| |||||||||  |||||||   |||||||||||||
seq2  GACCCAAATGAATCACCCATGGAAGGCCACATGGGCAAAAGTTCTGAGAA  50

seq1  A---GGCACT-GCACACATTTT-AAACGTATCATAAA--GTTCTAGCA-G  86
      |   | |||| ||||||||||| ||||||||||||||   |||||||| |
seq2  AAGGGCCACTGGCACACATTTTAAAACGTATCATAAAAGTTTCTAGCAGG  100

seq1  ATTC-AAAATTATCTATTAGATCCTGAT-AATTCCAATAAAGC-ATGTAG  133
      |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  ATTCAAAAATTATCTATTAGAT-CTGATAAATTCCAATAAAGCAATGTAG  149

seq1  AAGCCGCCAACACTCATATCCTGACAACTGAAGAGGAAATTGGGGTGGGG  183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCGCCAACACTCATATCCTGACAACTGAAGAGGAAATTGGGGTGGGG  199

seq1  ACTACATTGTACTTCCAAAATGCAC-AGACGTTTTTTCTTTTAAAAAATT  232
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATTGTACTTCCAAAATGCACAAGACGTTTTTTCTTTTAAAAAATT  249

seq1  CAATTTCTCTGTGCTTTAAAACAAACAAATTGAAATTTTCAACTACATTC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCTCTGTGCTTTAAAACAAACAAATTGAAATTTTCAACTACATTC  299

seq1  CAAGTGTTTTACTATATCATCTTTGACGTGTGAATTTATTTTAAAATAGT  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTTTTACTATATCATCTTTGACGTGTGAATTTATTTTAAAATAGT  349

seq1  CTTAAATGTTTTATAATAGTTTTAGGCTTGCAATGGATTTGAAAGGGAGG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGTTTTATAATAGTTTTAGGCTTGCAATGGATTTGAAAGGGAGG  399

seq1  TACCGAGTTCCCAAATGCTCCCTTCCCCTACACAGGCACAACCATTCCCA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGAGTTCCCAAATGCTCCCTTCCCCTACACAGGCACAACCATTCCCA  449

seq1  CTACCAGCACAACCTGTCACAGCCACACATTGTTAAAACTGGAGCACTGT  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGCACAACCTGTCACAGCCACACATTGTTAAAACTGGAGCACTGT  499

seq1  AGCAGACATCATTGTTGCCAACAACTGCGGTTGGCATTACCTTTCCCTCT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACATCATTGTTGCCAACAACTGCGGTTGGCATTACCTTTCCCTCT  549

seq1  GGGTGCTGTGCATCCTGTAGTCTAGCACAAAGGAGCAATGACATAAATCA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGTGCATCCTGTAGTCTAGCACAAAGGAGCAATGACATAAATCA  599

seq1  CCATTAGTCTTTGCTGACCTACAGATCCTTTGTAAGGTGCAAGTCTGTCC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAGTCTTTGCTGACCTACAGATCCTTTGTAAGGTGCAAGTCTGTCC  649

seq1  TCATTCCCTTTCTTTAATTCCTGGCCCCCACTGATCGTTTTTACTAACTC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCCTTTCTTTAATTCCTGGCCCCCACTGATCGTTTTTACTAACTC  699

seq1  CATTGTCTTCTCTTTTCCAGAAGTCAGTGGGATGGGTACAGCATGTAGCT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCTTCTCTTTTCCAGAAGTCAGTGGGATGGGTACAGCATGTAGCT  749

seq1  TTGAAAGACTGATATCTGTAGCTTAGTAATACACACAGTTAACAGCCCTT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGACTGATATCTGTAGCTTAGTAATACACACAGTTAACAGCCCTT  799

seq1  CATGTCCTGTCCTAGCTTGATTCACTATTTCCTTTTAGTGCTGGATAAAG  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTGTCCTAGCTTGATTCACTATTTCCTTTTAGTGCTGGATAAAG  849

seq1  CTCCATTGTCTGGATGTGAATGACAAGTGAAGTTTCAAAGCAGCAGCAGG  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGTCTGGATGTGAATGACAAGTGAAGTTTCAAAGCAGCAGCAGG  899

seq1  AGAGGGGCTCAAGCACCAGGAAGGTGCTATTGGTTCAGTGCTGCTACAGA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGCTCAAGCACCAGGAAGGTGCTATTGGTTCAGTGCTGCTACAGA  949

seq1  AGCTACTCAGGGTGTACAGCCGCTACACGAGCTAGGTAAAGTGAACAATG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTCAGGGTGTACAGCCGCTACACGAGCTAGGTAAAGTGAACAATG  999

seq1  GTAATGAATAGAGACCAGAATTC  1005
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAATAGAGACCAGAATTC  1022


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |