BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309N15
Chromosome11 (Build37)
Map Location 34,981,075 - 35,112,975
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlit3
Upstream geneLcp2, Foxi1, Dock2, EG574403, Dock2, Ccdc99, LOC100038976
Downstream geneLOC100039006, Pank3, LOC666733, AI595406, Rars, Wwc1, LOC636532, Odz2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309N15.bB6Ng01-309N15.g
ACCGA101990GA101991
length3941,092
definitionB6Ng01-309N15.b B6Ng01-309N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,112,576 - 35,112,975)(34,981,075 - 34,982,177)
sequence
caagtcatcaagacacatctatttaatgaaaaaggtaacaccctgagcat
ggggccaagctcctaaccaaggatggctgatccttaaaatggcttctgca
gaataagactcatctcagcccacactgctgaggagaaatgggctggggat
ggcagaacctacctagggtgtggtggtatccaatccctgcctgagccagt
gccacagatcaccatgcaaggcagcttcttgggacaaggtctatctgaac
atcattacatggctctctgaggggcagagaagatgcctgttttcagggtt
tttatttcatagatcacgtgaacgggttatatactattgtgctggaaaat
tagagagagacagatggagatggagatggagagagagagagaga
gaattcctgctgcctagcctctgagggagacagggctggagttgggaaca
gccgagctactaggtgtatttcatcgctctcattaggataaagagatgag
aaatgctattgtctcgttctttctgtccaccaccaccacccaccacccct
gcctagtagataactttacacattgcatatatgtttagactcgtggtcag
tgtgcattgggatgtgatggctaaaagtgtcctggcctatagggctgggg
aggtgggtcattgagtaaagcctttgctgggcaaacagggtcctcctgtt
tgtccaggcaccgtagtgtttgtctgtaaccccaggacccagagatggtg
agagaagaatcctgggtgctcattggcaagacagtctagccaatagctga
gctcaagactctgccagaaaaacaaaataaggcgaagaacaaaggaagac
atttgacattgacttctgactttataggcaatttgtgggcatatgtcact
gtgtacacatgcattgtgtgtacgtgcacatgcacggcctctgtatgaaa
gtaatctaagttccaatccttttactttctgccatgtgactttatgatca
agtttctttctgggtaaaaatcttttgaagagcagtggaggagactaagc
ctccttgtgtgaaaagtgaggttatgaacaatggcggatggatgagagac
atacataagtgtttagcgtgtagtgtgggctcagcagacagcagttcttg
ggaaggttcatctatagacattcatctgttgatggaaaccattgttagaa
tgactagaagaaagccacaacggatagaaagttaggacatcgcatctgac
agcacactgctgtgataaacggtccctggatttgtgtggctttgaagtta
tttctggaatatgtctgagtctgatgtgtgtaaaccatgaggcaatgcag
gtatctctgtcatatagtcactcagtacatgggctcagatcatatgtcgc
tcagagtcttcactttttctgatcaagcctagatgggtgtgaaacacttg
gcctgggaatatggctccacccagaaagcacttgtattattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_35112576_35112975
seq2: B6Ng01-309N15.b_46_445 (reverse)

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCCATCTCCATCTCCATCTGTCTCTCTCTAATTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCCATCTCCATCTCCATCTGTCTCTCTCTAATTTTC  50

seq1  CAGCACAATAGTATATAACCCGTTCACGTGATCTATGAAATAAAAACCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAATAGTATATAACCCGTTCACGTGATCTATGAAATAAAAACCCT  100

seq1  GAAAACAGGCATCTTCTCTGCCCCTCAGAGAGCCATGTAATGATGTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGGCATCTTCTCTGCCCCTCAGAGAGCCATGTAATGATGTTCAG  150

seq1  ATAGACCTTGTCCCAAGAAGCTGCCTTGCATGGTGATCTGTGGCACTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACCTTGTCCCAAGAAGCTGCCTTGCATGGTGATCTGTGGCACTGGC  200

seq1  TCAGGCAGGGATTGGATACCACCACACCCTAGGTAGGTTCTGCCATCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGGGATTGGATACCACCACACCCTAGGTAGGTTCTGCCATCCCC  250

seq1  AGCCCATTTCTCCTCAGCAGTGTGGGCTGAGATGAGTCTTATTCTGCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATTTCTCCTCAGCAGTGTGGGCTGAGATGAGTCTTATTCTGCAGA  300

seq1  AGCCATTTTAAGGATCAGCCATCCTTGGTTAGGAGCTTGGCCCCATGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTTAAGGATCAGCCATCCTTGGTTAGGAGCTTGGCCCCATGCTC  350

seq1  AGGGTGTTACCTTTTTCATTAAATAGATGTGTCTTGATGACTTGGAATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTTACCTTTTTCATTAAATAGATGTGTCTTGATGACTTGGAATTC  400

seq1: chr11_34981075_34982177
seq2: B6Ng01-309N15.g_68_1159

seq1  GAATTCCTGCTGCCTAGCCTCTGAGGGAGACAGGGCTGGAGTTGGGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTGCCTAGCCTCTGAGGGAGACAGGGCTGGAGTTGGGAACA  50

seq1  GCCGAGCTACTAGGTGTATTTCATCGCTCTCATTAGGATAAAGAGATGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGCTACTAGGTGTATTTCATCGCTCTCATTAGGATAAAGAGATGAG  100

seq1  AAATGCTATTGTCTCGTTCTTTCTGTCCACCACCACCACCCACCACCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTATTGTCTCGTTCTTTCTGTCCACCACCACCACCCACCACCCCT  150

seq1  GCCTAGTAGATAACTTTACACATTGCATATATGTTTAGACTCGTGGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGTAGATAACTTTACACATTGCATATATGTTTAGACTCGTGGTCAG  200

seq1  TGTGCATTGGGATGTGATGGCTAAAAGTGTCCTGGCCTATAGGGCTGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTGGGATGTGATGGCTAAAAGTGTCCTGGCCTATAGGGCTGGGG  250

seq1  AGGTGGGTCATTGAGTAAAGCCTTTGCTGGGCAAACAGGGTCCTCCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGTCATTGAGTAAAGCCTTTGCTGGGCAAACAGGGTCCTCCTGTT  300

seq1  TGTCCAGGCACCGTAGTGTTTGTCTGTAACCCCAGGACCCAGAGATGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGGCACCGTAGTGTTTGTCTGTAACCCCAGGACCCAGAGATGGTG  350

seq1  AGAGAAGAATCCTGGGTGCTCATTGGCAAGACAGTCTAGCCAATAGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAATCCTGGGTGCTCATTGGCAAGACAGTCTAGCCAATAGCTGA  400

seq1  GCTCAAGACTCTGCCAGAAAAACAAAATAAGGCGAAGAACAAAGGAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGACTCTGCCAGAAAAACAAAATAAGGCGAAGAACAAAGGAAGAC  450

seq1  ATTTGACATTGACTTCTGACTTTATAGGCAATTTGTGGGCATATGTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACATTGACTTCTGACTTTATAGGCAATTTGTGGGCATATGTCACT  500

seq1  GTGTACACATGCATTGTGTGTACGTGCACATGCACGGCCTCTGTATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACACATGCATTGTGTGTACGTGCACATGCACGGCCTCTGTATGAAA  550

seq1  GTAATCTAAGTTCCAATCCTTTTACTTTCTGCCATGTGACTTTATGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTAAGTTCCAATCCTTTTACTTTCTGCCATGTGACTTTATGATCA  600

seq1  AGTTTCTTTCTGGGTAAAAATCTTTTGAAGAGCAGTGGAGGAGACTAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTTTCTGGGTAAAAATCTTTTGAAGAGCAGTGGAGGAGACTAAGC  650

seq1  CTCCTTGTGTGAAAAGTGAGGTTATGAACAATGGCGGATGGATGAGAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGTGTGAAAAGTGAGGTTATGAACAATGGCGGATGGATGAGAGAC  700

seq1  ATACATAAGTGTTTAGCGTGTAGTGTGGGCTCAGCAGACAGCAGTTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAAGTGTTTAGCGTGTAGTGTGGGCTCAGCAGACAGCAGTTCTTG  750

seq1  GGAAGGTTCATCTATAGACATTCATCTGTTGATGGAAACCATTGTTAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTTCATCTATAGACATTCATCTGTTGATGGAAACCATTGTTAGAA  800

seq1  TGACTAGAAGAAAGCCACAACGGATAGAAAGTTAGGACATCGCATCTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGAAGAAAGCCACAACGGATAGAAAGTTAGGACATCGCATCTGAC  850

seq1  AGCACACTGCTGTGATAAACGGTCCCTGGATTTGTGTGGCTTTGAAGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACTGCTGTGATAAACGGTCCCTGGATTTGTGTGGCTTTGAAGTTA  900

seq1  TTTCTGGAATATGTCTGAGTCTGATGTGTGTAAACCATGAGGCAATGCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGAATATGTCTGAGTCTGATGTGTGTAAACCATGAGGCAATGCAG  950

seq1  GTATCTCTGTTCCATATAGTCACTCAGGTACATGGGCTCAGATCATATGT  1000
      ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTCTGT--CATATAGTCACTCA-GTACATGGGCTCAGATCATATGT  997

seq1  CGCTTCAAGAGTCCTTCACTTTTTCTGAATCCAGGCTAAGGATGGGTGTG  1050
      ||||   ||||| |||||||||||||| ||| || |||  ||||||||||
seq2  CGCT--CAGAGT-CTTCACTTTTTCTG-ATCAAGCCTA--GATGGGTGTG  1041

seq1  GAACAC-TGGGCTGGGAATTTATGGCTCCACCCAGAAAGCACCTTGTATT  1099
       ||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAACACTTGGCCTGGGAA--TATGGCTCCACCCAGAAAGCA-CTTGTATT  1088

seq1  ATTT  1103
      ||||
seq2  ATTT  1092