BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310K22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 68,508,332 - 68,683,720
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyh10, Ndel1
Upstream geneRcvrn, Glp2r, LOC544792, Dhrs7c, LOC100041899, Usp43, Wdr16, Stx8, Ntn1, Pik3r5, BB220380, BC024997, Ccdc42
Downstream gene9930039A11Rik, Rpl26, Odf4, Arhgef15, Slc25a35, 2400006H24Rik, Pfas, 1500010J02Rik, Aurkb, 2310047M10Rik, Tmem107, Vamp2, Per1, Hes7, Aloxe3, Alox12b, Alox8, Gucy2e, Cntrob, Trappc1, Kcnab3, A030009H04Rik, Chd3, Cyb5d1, Lsmd1, Tmem88, Jmjd3, Dnahc2, Efnb3, Wdr79, LOC100043030, Trp53, Atp1b2, Shbg, Sat2, LOC382532, Fxr2, Sox15, Mpdu1, Cd68, Eif4a1, Senp3, Tnfsf12-tnfsf13, Tnfsf13, Tnfsf12, LOC100041994, Polr2a, Amac1, Zbtb4, Chrnb1, Fgf11, Tmem102, 4933402P03Rik, 1700095G12Rik, Nlgn2, 1810027O10Rik, Plscr3, Tnk1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310K22.bB6Ng01-310K22.g
ACCGA102595GA102596
length1,0801,076
definitionB6Ng01-310K22.b B6Ng01-310K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,682,647 - 68,683,720)(68,508,332 - 68,509,422)
sequence
gaattctcggtcctgctgcctggaggaggttgtcaacatactgaggcttc
ccagggaggagggtgagacatcctggacttggaggagtcctttctcctca
ggccccctttctctttatggtgaagtgacttagctgctctttccagttct
tctctccttctcctgctgggctggggtgaggcaatgctttggtttgccta
ctccctggactgtgaggtctgcgtctaaatgttctgtgaatgtaccacct
tcaacacatcgtcttctctttagcccatgccatatggttgctgaagcaga
tagaacctctatcccaggagcctttctggagttcagaggcacagcactct
tgctttggctagcttctggccttcaggttcctctgtctgttgcatggcta
ccacccttgcacatgcttttaggcttgtaatagtatatgcgtgtggacat
cttttgtttgtttgtttgtttggtttttcgagagtttctctgtatagccc
tggctgtcctggaactcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaa
atccacctgcctctgcctcccgagtgctgggattaaaggcatgagccacc
atgcccggcacttgtttgtttgttttatcaacgtatctatgtatccatgt
ctgtctgtatatttttatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctgagacaagccctctctatgcggccctgg
ctatctgccctggaattgtctatgtagacaaaggttaggcttgaactcac
agagatctgcctgcctctggctctcaaatgccgagactagaagcatgtgc
caccaccaagtagacatctccctgccagtgctctgctgtgttgtgctgtg
ttctttgtaacatgtgttttgttgggaggaagcgatggtatgtgcactca
tcctaggatggtagccagggtggttacagcatgtttttcactttggattt
gagttgaggggagcaattctcttcttacatgggatgttatttacttgttt
ttaattttggagatttccgataaaaaaaaa
gaattcttcatttgtaaaacagagttattaatggaagctatcttgtgccc
ctcttgtgcagattaagaccttgatatacatgcatatatatagaacagtt
tctggatgtaattagggatgtataacaagattatttgttttaaaaaaaac
tgtggtattaccctttcagcaaggcaaaatatttgcaagtggtacatgtt
aaataccattgtaaaatcagatctaataccaaatgtgcagtggagtgaaa
aaatacaatgtacttggcaaacaagcagagaaactaaggaaaacatcttt
actgaccttatgaactctatgaattaagcagctccaggagcacaacctac
ctgctaagtaagccttgtggtgccctgctaggtaggtcgaggagttggcc
agaagggcgggcagcaaggagagttaggagaaggaaggattgaattgcca
gactgacctggaaagaaggcgtgaaagggtagcatttgggtcaggaggga
aggcttttggttgtgggaagttgaagtgaattataaagatgggggccatt
tatatcaggtaggtctggattctttgccctgtaccagggaccaggctaac
tgaccaacaccacacagcgaggaacaggtaactgtccccatagggtttag
tgcaaaaatgtggatgtattaaaaatacaaataatttgtaatctactact
caactcttagacccaaagaattgactccatttaaaaaatagatgaagttg
ggcatgggggcacacagctgccatcttagaatttgggaggtggaaataga
aactttaggagttcaaaaccagcctcacctacacactgacttctaaggca
gctgcctgggactcaaaagccaaaaaggtgtgtgtgtattatcttctccc
acaaaactaggaacatgtgggtaattatgaatttcataattgatgagttt
tttccacgtttatagtatttcagcatagtaaacatgtacaataaatttaa
atgcccccattgataaataccttccctcaaacacatatgtacttactact
tgctaataattcactctagttatagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_68682647_68683720
seq2: B6Ng01-310K22.b_43_1122 (reverse)

seq1  TTTTTTTTTATCGG-AATCT-CAAATTTTAAAACAAGT-AATAACATCCA  47
      |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||||||| 
seq2  TTTTTTTTTATCGGAAATCTCCAAAATTAAAAACAAGTAAATAACATCCC  50

seq1  TTGTAAGAAGAG-ATTGCTCCCCTTCAACTCAAATCC-AAGTG-AAAACA  94
       ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ATGTAAGAAGAGAATTGCTCCCC-TCAACTCAAATCCAAAGTGAAAAACA  99

seq1  TGCTGTAACCACCCTGGCTACCATCCTAGGATGAGTGCACATACCATCGC  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAACCACCCTGGCTACCATCCTAGGATGAGTGCACATACCATCGC  149

seq1  TTCCTCCCAACAAAACACATGTTACAAAGAACACAGCACAACACAGCAGA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCAACAAAACACATGTTACAAAGAACACAGCACAACACAGCAGA  199

seq1  GCACTGGCAGGGAGATGTCTACTTGGTGGTGGCACATGCTTCTAGTCTCG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGCAGGGAGATGTCTACTTGGTGGTGGCACATGCTTCTAGTCTCG  249

seq1  GCATTTGAGAGCCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGCCTAACC-  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCATTTGAGAGCCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGCCTAACCT  299

seq1  TTGTCTACATAGACAATTCCAGGGCAGATAGCCAGGGCCGCATAGAGAGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACATAGACAATTCCAGGGCAGATAGCCAGGGCCGCATAGAGAGG  349

seq1  GCTTGTCTCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  399

seq1  GATAGATAGATAGATAAAAATATACAGACAGACATGGATACATAGATACG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAAAAATATACAGACAGACATGGATACATAGATACG  449

seq1  TTGATAAAACAAACAAACAAGTGCCGGGCATGGTGGCTCATGCCTTTAAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAAACAAACAAACAAGTGCCGGGCATGGTGGCTCATGCCTTTAAT  499

seq1  CCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGC  549

seq1  CTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACTC  599

seq1  TCGAAAAACCAAACAAACAAACAAACAAAAGATGTCCACACGCATATACT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAAAACCAAACAAACAAACAAACAAAAGATGTCCACACGCATATACT  649

seq1  ATTACAAGCCTAAAAGCATGTGCAAGGGTGGTAGCCATGCAACAGACAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAGCCTAAAAGCATGTGCAAGGGTGGTAGCCATGCAACAGACAGA  699

seq1  GGAACCTGAAGGCCAGAAGCTAGCCAAAGCAAGAGTGCTGTGCCTCTGAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCTGAAGGCCAGAAGCTAGCCAAAGCAAGAGTGCTGTGCCTCTGAA  749

seq1  CTCCAGAAAGGCTCCTGGGATAGAGGTTCTATCTGCTTCAGCAACCATAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAAAGGCTCCTGGGATAGAGGTTCTATCTGCTTCAGCAACCATAT  799

seq1  GGCATGGGCTAAAGAGAAGACGATGTGTTGAAGGTGGTACATTCACAGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGCTAAAGAGAAGACGATGTGTTGAAGGTGGTACATTCACAGAA  849

seq1  CATTTAGACGCAGACCTCACAGTCCAGGGAGTAGGCAAACCAAAGCATTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGACGCAGACCTCACAGTCCAGGGAGTAGGCAAACCAAAGCATTG  899

seq1  CCTCACCCCAGCCCAGCAGGAGAAGGAGAGAAGAACTGGAAAGAGCAGCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCCAGCCCAGCAGGAGAAGGAGAGAAGAACTGGAAAGAGCAGCT  949

seq1  AAGTCACTTCACCATAAAGAGAAAGGGGGCCTGAGGAGAAAGGACTCCTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTTCACCATAAAGAGAAAGGGGGCCTGAGGAGAAAGGACTCCTC  999

seq1  CAAGTCCAGGATGTCTCACCCTCCTCCCTGGGAAGCCTCAGTATGTTGAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCAGGATGTCTCACCCTCCTCCCTGGGAAGCCTCAGTATGTTGAC  1049

seq1  AACCTCCTCCAGGCAGCAGGACCGAGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCCTCCAGGCAGCAGGACCGAGAATTC  1080

seq1: chr11_68508332_68509422
seq2: B6Ng01-310K22.g_67_1142

seq1  GAATTCTTCATTTGTAAAACAGAGTTATTAATGGAAGCTATCTTGTGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATTTGTAAAACAGAGTTATTAATGGAAGCTATCTTGTGCCC  50

seq1  CTCTTGTGCAGATTAAGACCTTGATATACATGCATATATATAGAACAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTGCAGATTAAGACCTTGATATACATGCATATATATAGAACAGTT  100

seq1  TCTGGATGTAATTAGGGATGTATAACAAGATTATTTGTTTTAAAAAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATGTAATTAGGGATGTATAACAAGATTATTTGTTTTAAAAAAAAC  150

seq1  TGTGGTATTACCCTTTCAGCAAGGCAAAATATTTGCAAGTGGTACATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTATTACCCTTTCAGCAAGGCAAAATATTTGCAAGTGGTACATGTT  200

seq1  AAATACCATTGTAAAATCAGATCTAATACCAAATGTGCAGTGGAGTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCATTGTAAAATCAGATCTAATACCAAATGTGCAGTGGAGTGAAA  250

seq1  AAATACAATGTACTTGGCAAACAAGCAGAGAAACTAAGGAAAACATCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAATGTACTTGGCAAACAAGCAGAGAAACTAAGGAAAACATCTTT  300

seq1  ACTGACCTTATGAACTCTATGAATTAAGCAGCTCCAGGAGCACAACCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCTTATGAACTCTATGAATTAAGCAGCTCCAGGAGCACAACCTAC  350

seq1  CTGCTAAGTAAGCCTTGTGGTGCCCTGCTAGGTAGGTCGAGGAGTTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAGTAAGCCTTGTGGTGCCCTGCTAGGTAGGTCGAGGAGTTGGCC  400

seq1  AGAAGGGCGGGCAGCAAGGAGAGTTAGGAGAAGGAAGGATTGAATTGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCGGGCAGCAAGGAGAGTTAGGAGAAGGAAGGATTGAATTGCCA  450

seq1  GACTGACCTGGAAAGAAGGCGTGAAAGGGTAGCATTTGGGTCAGGAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACCTGGAAAGAAGGCGTGAAAGGGTAGCATTTGGGTCAGGAGGGA  500

seq1  AGGCTTTTGGTTGTGGGAAGTTGAAGTGAATTATAAAGATGGGGGCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTGGTTGTGGGAAGTTGAAGTGAATTATAAAGATGGGGGCCATT  550

seq1  TATATCAGGTAGGTCTGGATTCTTTGCCCTGTACCAGGGACCAGGCTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGGTAGGTCTGGATTCTTTGCCCTGTACCAGGGACCAGGCTAAC  600

seq1  TGACCAACACCACACAGCGAGGAACAGGTAACTGTCCCCATAGGGTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAACACCACACAGCGAGGAACAGGTAACTGTCCCCATAGGGTTTAG  650

seq1  TGCAAAAATGTGGATGTATTAAAAATACAAATAATTTGTAATCTACTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAATGTGGATGTATTAAAAATACAAATAATTTGTAATCTACTACT  700

seq1  CAACTCTTAGACCCAAAGAATTGACTCCATTTAAAAAATAGATGAAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTAGACCCAAAGAATTGACTCCATTTAAAAAATAGATGAAGTTG  750

seq1  GGCATGGGGGCACACAGCTGCCATCTTAGAATTTGGGAGGTGGAAATAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGGGCACACAGCTGCCATCTTAGAATTTGGGAGGTGGAAATAGA  800

seq1  AACTTTAGGAGTTCAAAACCAGCCTCACCTACACACTGACTTCTAAGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAGGAGTTCAAAACCAGCCTCACCTACACACTGACTTCTAAGGCA  850

seq1  GCTGCCTGGGACTCAAAAGCCAAAAAGGTGTGTGTGTATTATCTTTCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCTGCCTGGGACTCAAAAGCCAAAAAGGTGTGTGTGTATTATC-TTCTCC  899

seq1  CACAAAACTAGGAACATGT-GGTAATTATGAAATTTCATAATTGATGAGG  949
      ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  CACAAAACTAGGAACATGTGGGTAATTATG-AATTTCATAATTGATGA-G  947

seq1  TTTTTTCCACGTTAATAGTATTTCAGCATAGTAAACATGTACCAATAAAT  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TTTTTTCCACGTTTATAGTATTTCAGCATAGTAAACATGTA-CAATAAA-  995

seq1  TTTAAATGCCCCCATTTGATAAAATACCCTTCCCTCCAAAACACCATAAT  1049
      |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||| ||| ||
seq2  TTTAAATGCCCCCA-TTGAT-AAATA-CCTTCCCTC--AAACA-CAT-AT  1038

seq1  GTACTTTACCTACTTGCTAAATAAATCACTCTAGTTTATAGC  1091
      ||||||   ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  GTACTT--ACTACTTGCT-AATAATTCACTCTAG-TTATAGC  1076