BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317B21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 107,124,798 - 107,260,547
singlet/doubletdoublet
Overlap genePitpnc1
Upstream geneSmarcd2, Tcam1, Gh, Cd79b, Scn4a, 2310007L24Rik, Icam2, Ern1, LOC100041277, Tex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692
Downstream genePsmd12, A830035A12Rik, Helz, Cacng1, Cacng4, Cacng5, Prkca, Apoh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317B21.bB6Ng01-317B21.g
ACCGA107342GA107343
length1,045894
definitionB6Ng01-317B21.b B6Ng01-317B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,259,442 - 107,260,547)(107,124,798 - 107,125,691)
sequence
gaattctaaattctctaccagcatcgatttataactatcaatttacaatt
atcaatttataggagaagagggttgagcactgctagctgcctttctttac
ctctgtggcttattttggtcaggttttttttttttttttttgaagttctt
ctgcctatttgctgaccggtctctgaatacatgggattcgtttccacagc
atgcatcttggcggccatcaattcagctttcatgagtccaaacttgtatt
gtcttcgtttcttccctcatttggctcactggagacctaaagaaatagat
ttaacgtctagaacatctgttttcagcctgtggatcctgactcccttcgg
tgttggggaggtcgggggaatgaccctcttacaggggggctgcttaagac
tgtccgaaaacacatatattttacattgtagttcacaactatccctaaaa
tcacagctatgaagatagcagtgaaaataattttatgatcgggggtcccc
acaacatgaggaactgtattaaagggttgcagcattaggaaggttgagaa
ccactgttcttgaaggttcttaacttgaagtcaagaactatcagtctcag
gcgataaaagtgaagccactctttatgtgtgcagagaaccactgggcatc
agctgggcctacaccccattcatttgcttctaagggctcctgcgtggctg
gactgttcatctagctgggatgttggatctctctgcgcttctaacacacc
agttattcataaaagcatttggctgatggctttctcggaatggcctgctg
gtcaggacaagcctcatctatatttcaaggaatttcttaatgggagaaac
agaagacttttcctttgattaattcattgctttttccccccctccccatc
cccagtcctcacgactcctagtgggaactctagaggaggtcagaaggaag
ctagatatgggaataccatagaagctgctcttattacgtctttgaatgtg
tattgcattgtgtgcagctcggggagagcccacagtgatttggga
gaattccaggtagaagatggtcctgaaatctgatgctgggcatccctata
agaagggatgcagatacaatgacagtaatgagcggttggtacggagactg
gagtgatggagccacaagccaagaaatgtctggtgccattagatgctgga
gagaggtgaagaaggatgcttgagagggcctttggaggaccatggtacca
tgaacaccttgaggtcaacctccgacctctagcatagtgaggtcagaaca
cttgtattgtgtgctgcctcctgactggagacatttgtatggcaggctag
gaaactcccacaatcctccactcacaagatcctttccttcattatccagg
ccatgacgatgctcaccaccctgaacatgtggctttgttctcagtgacca
aacgtgaccttctgggaggccccaaggtacacgggtgctttccactctct
gcctacctcaaaggtcacagatttttataatgacaaacagaggcctgggg
aacacaattcgcatgagagatggagaggcgggaataactcagggtcatgg
ctctgactgaggtcagtgaggttcaacacaaagctcaccagtgaagcccg
agtagaatggggacaagaagaccaaagagcaaaggatgctgggtaaagtg
ataaggcaggggcagcctcgatcgatacctttgagggaagcaacacttcg
aatcctgtgttcaagccttaaagggacttgtgcaagataggaggagggta
gttaactatttcaagccatgcctcaaggtcccccacccccaggtgacctg
gggatccccagactcctgtgagtgaggctatgtggtgaagaatcaataca
gcgaccaatgtggaaaagactgttttgggggatggggaatggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_107259442_107260547
seq2: B6Ng01-317B21.b_48_1092 (reverse)

seq1  TCCCAACACTTGGCTCTCTTTGTGGGTTTTTAATGCGCTGTACAAGTTGA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACAATCCC-AATCACTGTGGGCTCT-CCCGAGCTGCCACACAATGCAATA  98
          |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  ----TCCCAAATCACTGTGGGCTCTCCCCGAGCTG-CACACAATGCAATA  45

seq1  CAACATTCAAAGACCTTAATAGAGCCAGC-TCTATGGTATTCCCATATCC  147
      | |||||||||||| | |  |||| |||| |||||||||||||||||| |
seq2  C-ACATTCAAAGACGTAATAAGAG-CAGCTTCTATGGTATTCCCATAT-C  92

seq1  TAGCCTTCCTTTCTGACCTCCTCTTAGAGTTCCCAACCTAGGAGTCCGTG  197
      ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||
seq2  TAG-CTTCC-TTCTGACCTCCTC-TAGAGTTCCCA--CTAGGAGT-CGTG  136

seq1  AGGACTGGGGATGGGGAGGGGGGGAAAAAGCAATGAATTAATCAAAGGAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGGGGATGGGGAGGGGGGGAAAAAGCAATGAATTAATCAAAGGAA  186

seq1  AAGTCTTCTGTTTCTCCCATTAAGAAATTCCTTGAAATATAGATGAGGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTCTGTTTCTCCCATTAAGAAATTCCTTGAAATATAGATGAGGCT  236

seq1  TGTCCTGACCAGCAGGCCATTCCGAGAAAGCCATCAGCCAAATGCTTTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGACCAGCAGGCCATTCCGAGAAAGCCATCAGCCAAATGCTTTTA  286

seq1  TGAATAACTGGTGTGTTAGAAGCGCAGAGAGATCCAACATCCCAGCTAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACTGGTGTGTTAGAAGCGCAGAGAGATCCAACATCCCAGCTAGA  336

seq1  TGAACAGTCCAGCCACGCAGGAGCCCTTAGAAGCAAATGAATGGGGTGTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTCCAGCCACGCAGGAGCCCTTAGAAGCAAATGAATGGGGTGTA  386

seq1  GGCCCAGCTGATGCCCAGTGGTTCTCTGCACACATAAAGAGTGGCTTCAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGCTGATGCCCAGTGGTTCTCTGCACACATAAAGAGTGGCTTCAC  436

seq1  TTTTATCGCCTGAGACTGATAGTTCTTGACTTCAAGTTAAGAACCTTCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCGCCTGAGACTGATAGTTCTTGACTTCAAGTTAAGAACCTTCAA  486

seq1  GAACAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGCAACCCTTTAATACAGTTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGCAACCCTTTAATACAGTTCC  536

seq1  TCATGTTGTGGGGACCCCCGATCATAAAATTATTTTCACTGCTATCTTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTGTGGGGACCCCCGATCATAAAATTATTTTCACTGCTATCTTCA  586

seq1  TAGCTGTGATTTTAGGGATAGTTGTGAACTACAATGTAAAATATATGTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTGATTTTAGGGATAGTTGTGAACTACAATGTAAAATATATGTGT  636

seq1  TTTCGGACAGTCTTAAGCAGCCCCCCTGTAAGAGGGTCATTCCCCCGACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGACAGTCTTAAGCAGCCCCCCTGTAAGAGGGTCATTCCCCCGACC  686

seq1  TCCCCAACACCGAAGGGAGTCAGGATCCACAGGCTGAAAACAGATGTTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACACCGAAGGGAGTCAGGATCCACAGGCTGAAAACAGATGTTCT  736

seq1  AGACGTTAAATCTATTTCTTTAGGTCTCCAGTGAGCCAAATGAGGGAAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTTAAATCTATTTCTTTAGGTCTCCAGTGAGCCAAATGAGGGAAGA  786

seq1  AACGAAGACAATACAAGTTTGGACTCATGAAAGCTGAATTGATGGCCGCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAAGACAATACAAGTTTGGACTCATGAAAGCTGAATTGATGGCCGCC  836

seq1  AAGATGCATGCTGTGGAAACGAATCCCATGTATTCAGAGACCGGTCAGCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCATGCTGTGGAAACGAATCCCATGTATTCAGAGACCGGTCAGCA  886

seq1  AATAGGCAGAAGAACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGACCAAAATAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCAGAAGAACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGACCAAAATAA  936

seq1  GCCACAGAGGTAAAGAAAGGCAGCTAGCAGTGCTCAACCCTCTTCTCCTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGAGGTAAAGAAAGGCAGCTAGCAGTGCTCAACCCTCTTCTCCTA  986

seq1  TAAATTGATAATTGTAAATTGATAGTTATAAATCGATGCTGGTAGAGAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGATAATTGTAAATTGATAGTTATAAATCGATGCTGGTAGAGAAT  1036

seq1  TTAGAATTC  1106
      |||||||||
seq2  TTAGAATTC  1045

seq1: chr11_107124798_107125691
seq2: B6Ng01-317B21.g_64_957

seq1  GAATTCCAGGTAGAAGATGGTCCTGAAATCTGATGCTGGGCATCCCTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTAGAAGATGGTCCTGAAATCTGATGCTGGGCATCCCTATA  50

seq1  AGAAGGGATGCAGATACAATGACAGTAATGAGCGGTTGGTACGGAGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGATGCAGATACAATGACAGTAATGAGCGGTTGGTACGGAGACTG  100

seq1  GAGTGATGGAGCCACAAGCCAAGAAATGTCTGGTGCCATTAGATGCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATGGAGCCACAAGCCAAGAAATGTCTGGTGCCATTAGATGCTGGA  150

seq1  GAGAGGTGAAGAAGGATGCTTGAGAGGGCCTTTGGAGGACCATGGTACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTGAAGAAGGATGCTTGAGAGGGCCTTTGGAGGACCATGGTACCA  200

seq1  TGAACACCTTGAGGTCAACCTCCGACCTCTAGCATAGTGAGGTCAGAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACCTTGAGGTCAACCTCCGACCTCTAGCATAGTGAGGTCAGAACA  250

seq1  CTTGTATTGTGTGCTGCCTCCTGACTGGAGACATTTGTATGGCAGGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTGTGTGCTGCCTCCTGACTGGAGACATTTGTATGGCAGGCTAG  300

seq1  GAAACTCCCACAATCCTCCACTCACAAGATCCTTTCCTTCATTATCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCCCACAATCCTCCACTCACAAGATCCTTTCCTTCATTATCCAGG  350

seq1  CCATGACGATGCTCACCACCCTGAACATGTGGCTTTGTTCTCAGTGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACGATGCTCACCACCCTGAACATGTGGCTTTGTTCTCAGTGACCA  400

seq1  AACGTGACCTTCTGGGAGGCCCCAAGGTACACGGGTGCTTTCCACTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGACCTTCTGGGAGGCCCCAAGGTACACGGGTGCTTTCCACTCTCT  450

seq1  GCCTACCTCAAAGGTCACAGATTTTTATAATGACAAACAGAGGCCTGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCTCAAAGGTCACAGATTTTTATAATGACAAACAGAGGCCTGGGG  500

seq1  AACACAATTCGCATGAGAGATGGAGAGGCGGGAATAACTCAGGGTCATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATTCGCATGAGAGATGGAGAGGCGGGAATAACTCAGGGTCATGG  550

seq1  CTCTGACTGAGGTCAGTGAGGTTCAACACAAAGCTCACCAGTGAAGCCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACTGAGGTCAGTGAGGTTCAACACAAAGCTCACCAGTGAAGCCCG  600

seq1  GGTAGAATGGGGACAAGAAGACCAAAGAGCAAAGGATGCTGGGTAAAGTG  650
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAATGGGGACAAGAAGACCAAAGAGCAAAGGATGCTGGGTAAAGTG  650

seq1  ATAAGGCAGGGGCAGCCTCGATCGATACCTTTGAGGGAAGCAACACTTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCAGGGGCAGCCTCGATCGATACCTTTGAGGGAAGCAACACTTCG  700

seq1  AATCCTGTGTTCAAGCCTTAAAGGGACTTGTGCAAGATAGGAGGAGGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGTGTTCAAGCCTTAAAGGGACTTGTGCAAGATAGGAGGAGGGTA  750

seq1  GTTAACTATTTCAAGCCATGCCTCAAGGTCCCCCACCCCCAGGTGACCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTATTTCAAGCCATGCCTCAAGGTCCCCCACCCCCAGGTGACCTG  800

seq1  GGGATCCCCAGACTCCTGTGAGTGAGGCTATGTGGTGAAGAATCAATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCCCAGACTCCTGTGAGTGAGGCTATGTGGTGAAGAATCAATACA  850

seq1  GCGACCAATGTGGAAAAGACTGTTTTGGGGGATGGGGAATGGGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACCAATGTGGAAAAGACTGTTTTGGGGGATGGGGAATGGGA  894