BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317D16
Chromosome11 (Build37)
Map Location 38,048,068 - 38,174,366
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039148, LOC276941
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317D16.bB6Ng01-317D16.g
ACCGA107428GA107429
length1,1881,019
definitionB6Ng01-317D16.b B6Ng01-317D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,048,068 - 38,049,277)(38,173,335 - 38,174,366)
sequence
gaattcttaaattattcctgtctctacaccttaatgtaattagaatatct
ataagtatgtcagaattttgaatatataacatatatgcaaattaatgcaa
ttattctatatcttttgtctcctgtcatcactaaaattgaagtctaaatt
agtcatcattgtcaagtttttgaattactccactatgctaaaaactagta
aagtttttatgaatatttaataggctagacatgtatgagtatcaagataa
atattaatataatagtcactaaatattacaggggctttgtcatagggacc
aatcacttaaatttcaccttttccttatctttcactgtgagctcttcaaa
gtgataggcttttcaagtgatgctccattgacaaaatatttttcagaacc
ttcatttactaataagttattttgaatgagttcattacataatgttgtca
gactttgaagtgtaatattgattctctacaaataggttaaataagtaaaa
gcgatatctactattgaattatagtacattcagaataattgcccagcatc
caactagataagtggatgattctaaataccagttgtgtttgcattgtctg
aaatgcttggggcatgtagaggttcagattattgtgtttttgaaaaaata
ttgcacaatatttctttgtgcataatgatatcttttgaggatgacttgag
aatataaaaaggattgaagtacatgtcattcaattagtatcaaagtcaca
ctatgcactaattgtagcttactgaaatttgattgcaacgtatatatgaa
catatgccataattttctactcaagatataatcttattaatcaacaattt
atggattatgaaacaaattgatattatacttttggattaacaatgctaaa
actgctatgaaaagatctgtgtcccagtttgatttttcttgtgattacta
ctagtatgtagaagataaaattgccatgataaatttatagacatattata
aattgacatataattaaaactttagacagtctctttactgatataacttg
atctattcatgtagattcagtaaaataaatgccagctgacctactacttg
ctatatctgctgatcagtgtctccctggattcatatggtgtgacctagtc
caattggaattatgaacatattccttgtattggcctta

gaattcagtgaaatacagaattctatatatgttccagctttcctgagagt
tatttggggagatacacaatatctataaattgagatgtttatgaagattc
agtgaaatagttagtgaagaagtgaacatggaaaattcttggcccaaatg
tctgaaatccaccttctcagttgtctgaagctttccattgctcatttcca
tactactgaactttgtttgtataaaactttgctaaaaatagtacactcat
ttgctctcaaataatttatacaaatagcatgtgctacttaaattaatgtt
attttaaatttgagtcatatcgctaagattctgtggatgaaaatattcca
caatttaaaaataattcccaattgcaaatacaaaatttcaagaattttta
tttaacactatttcaatttgaactgtgttatcaaatggaaggtagcattt
catatttattatttctaagcatgtattgcaggttctcttccagttctctg
ctcatatacaacactgctattctttcctgaattttcctttttgtgttcaa
tgtctttatggcttatgataaaaaaagaagacaaacagacaaggaagagg
caagatgtgtaagtgaaatgtataaggcattaaatagaaatcttttattt
ttttgaaaaaggaaaagtaagtgaattcgtgagaacaaggattaagaaat
gagaacttttagttagactaggccattctaaaggcagtgactgaagaatg
ctttgaaaatagcttttgcaacacagctttgactattgttatactagata
tcaatgtgtagcaaatatcaaggatgctgctgatactaaaaggaaccaat
agagaagaataatgatgttcaataagagtacaaatgaggatcacacagga
tcccataggctactgaagaatgttaccacttactgctctgagcatgtagc
tatgtcagctcaaggaatggaaatataccttgtataataggatcaataga
catggaaggatctggtgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_38048068_38049277
seq2: B6Ng01-317D16.b_48_1235

seq1  GAATTCTTAAATTATTCCTGTCTCTACACCTTAATGTAATTAGAATATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAATTATTCCTGTCTCTACACCTTAATGTAATTAGAATATCT  50

seq1  ATAAGTATGTCAGAATTTTGAATATATAACATATATGCAAATTAATGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATGTCAGAATTTTGAATATATAACATATATGCAAATTAATGCAA  100

seq1  TTATTCTATATCTTTTGTCTCCTGTCATCACTAAAATTGAAGTCTAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTATATCTTTTGTCTCCTGTCATCACTAAAATTGAAGTCTAAATT  150

seq1  AGTCATCATTGTCAAGTTTTTGAATTACTCCACTATGCTAAAAACTAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCATTGTCAAGTTTTTGAATTACTCCACTATGCTAAAAACTAGTA  200

seq1  AAGTTTTTATGAATATTTAATAGGCTAGACATGTATGAGTATCAAGATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTTATGAATATTTAATAGGCTAGACATGTATGAGTATCAAGATAA  250

seq1  ATATTAATATAATAGTCACTAAATATTACAGGGGCTTTGTCATAGGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATATAATAGTCACTAAATATTACAGGGGCTTTGTCATAGGGACC  300

seq1  AATCACTTAAATTTCACCTTTTCCTTATCTTTCACTGTGAGCTCTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTTAAATTTCACCTTTTCCTTATCTTTCACTGTGAGCTCTTCAAA  350

seq1  GTGATAGGCTTTTCAAGTGATGCTCCATTGACAAAATATTTTTCAGAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGGCTTTTCAAGTGATGCTCCATTGACAAAATATTTTTCAGAACC  400

seq1  TTCATTTACTAATAAGTTATTTTGAATGAGTTCATTACATAATGTTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTACTAATAAGTTATTTTGAATGAGTTCATTACATAATGTTGTCA  450

seq1  GACTTTGAAGTGTAATATTGATTCTCTACAAATAGGTTAAATAAGTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGAAGTGTAATATTGATTCTCTACAAATAGGTTAAATAAGTAAAA  500

seq1  GCGATATCTACTATTGAATTATAGTACATTCAGAATAATTGCCCAGCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATATCTACTATTGAATTATAGTACATTCAGAATAATTGCCCAGCATC  550

seq1  CAACTAGATAAGTGGATGATTCTAAATACCAGTTGTGTTTGCATTGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGATAAGTGGATGATTCTAAATACCAGTTGTGTTTGCATTGTCTG  600

seq1  AAATGCTTGGGGCATGTAGAGGTTCAGATTATTGTGTTTTTGAAAAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTGGGGCATGTAGAGGTTCAGATTATTGTGTTTTTGAAAAAATA  650

seq1  TTGCACAATATTTCTTTGTGCATAATGATATCTTTTGAGGATGACTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACAATATTTCTTTGTGCATAATGATATCTTTTGAGGATGACTTGAG  700

seq1  AATATAAAAAGGATTGAAGTACATGTCATTCAATTAGTATCAAAGTCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAAAGGATTGAAGTACATGTCATTCAATTAGTATCAAAGTCACA  750

seq1  CTATGCACTAATTGTAGCTTACTGAAATTTGATTGCAACGTATATATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCACTAATTGTAGCTTACTGAAATTTGATTGCAACGTATATATGAA  800

seq1  CATATGCCATAATTTTCTACTCAAGATATAATCTTATTAATCAACAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCCATAATTTTCTACTCAAGATATAATCTTATTAATCAACAATTT  850

seq1  ATGGATTATGAAACAAATTGATATTATACTTTTGGATTAACAATGCTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTATGAAACAAATTGATATTATACTTTTGGATTAACAATGCTAAA  900

seq1  ACTGCTATGAAAAGATCTGTGTCCCAGTTTGATTTTTCTTGTGATTACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTATGAAAAGATCTGTGTCCCAGTTTGATTTTTCTTGTGATTACTA  950

seq1  CTAGTATGTTAGAAGAATAAAATTGCCATGATAAAATTTATAGACATTAT  1000
      |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  CTAGTATG-TAGAAG-ATAAAATTGCCATGAT-AAATTTATAGACA-TAT  996

seq1  TATAAATTGACATATAATTAAAAACTTTAGACAGTCTCTTTACTGATATA  1050
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATTGACATATAATT-AAAACTTTAGACAGTCTCTTTACTGATATA  1045

seq1  ACTTTGATCTAATCAATGTAAGATTTCCAAGGTAAAATAAATGCCAGCTG  1100
      || |||||||| || |||| |||||  ||  |||||||||||||||||||
seq2  AC-TTGATCTATTC-ATGT-AGATT--CA--GTAAAATAAATGCCAGCTG  1088

seq1  AACATACTAACTGCCTATATCCTTGCTGATCAAAGTGTCTCCCTTTGATA  1150
       || |||| |||  |||||||  ||||||||  |||||||||||     |
seq2  -ACCTACT-ACTTGCTATATC--TGCTGATC--AGTGTCTCCCT---GGA  1129

seq1  TTCATAT-GTGTGACCTAAGGGCCAATTGAAATTAATAGAACATATT-CT  1198
      ||||||| ||||||||||  | ||||||| |||||   ||||||||| ||
seq2  TTCATATGGTGTGACCTA--GTCCAATTGGAATTA--TGAACATATTCCT  1175

seq1  TGTA-TGGCCTTA  1210
      |||| ||||||||
seq2  TGTATTGGCCTTA  1188


seq1: chr11_38173335_38174366
seq2: B6Ng01-317D16.g_69_1087 (reverse)

seq1  TGCATCAGATCCTTCCATTTGTCCTATTGTATCCTATTATATCAGAGTAT  50
      |||| ||||||||||||| |   |||||| ||||||||||| ||  ||||
seq2  TGCACCAGATCCTTCCATGT---CTATTG-ATCCTATTATA-CAAGGTAT  45

seq1  CATCTCACTCCTTGAGCTGACATTAGCTACCATGCTCAGAGCAGTAGTTG  100
        |  || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||
seq2  ATTTCCATTCCTTGAGCTGACA-TAGCTA-CATGCTCAGAGCAGTAAGTG  93

seq1  GT-ACA-TCTTCAGTAGCCTATGGGATCCTGTGTGATCCTCATTTGTACT  148
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATTCTTCAGTAGCCTATGGGATCCTGTGTGATCCTCATTTGTACT  143

seq1  CTTTATTTGACATCATTTATTCTTCTTCTATTGGTTCCCTTTTTAGTATC  198
      | |||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||
seq2  C-TTATTGAACATCA-TTATTCTTC-TCTATTGGTTCC--TTTTAGTATC  188

seq1  AGCAGCATCCTTGATATTTTGCTAACACATTGATATTCTAGTATAAC-AT  247
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AGCAGCATCCTTGATA-TTTGCT-ACACATTGATA-TCTAGTATAACAAT  235

seq1  AGTCAAAGCTGTTGTTGCAAAAGCTATTTTCAAAGCATTCTTCAGTCACT  297
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGCTG-TGTTGCAAAAGCTATTTTCAAAGCATTCTTCAGTCACT  284

seq1  GCCTTTAGAATGGCCTAGTCTAACTAAAAGTTCTCATTTCTTAATCCTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAGAATGGCCTAGTCTAACTAAAAGTTCTCATTTCTTAATCCTTG  334

seq1  TTCTCACGAATTCACTTACTTTTCCTTTTTCAAAAAAATAAAAGATTTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACGAATTCACTTACTTTTCCTTTTTCAAAAAAATAAAAGATTTCT  384

seq1  ATTTAATGCCTTATACATTTCACTTACACATCTTGCCTCTTCCTTGTCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGCCTTATACATTTCACTTACACATCTTGCCTCTTCCTTGTCTG  434

seq1  TTTGTCTTCTTTTTTTATCATAAGCCATAAAGACATTGAACACAAAAAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTCTTTTTTTATCATAAGCCATAAAGACATTGAACACAAAAAGG  484

seq1  AAAATTCAGGAAAGAATAGCAGTGTTGTATATGAGCAGAGAACTGGAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCAGGAAAGAATAGCAGTGTTGTATATGAGCAGAGAACTGGAAGA  534

seq1  GAACCTGCAATACATGCTTAGAAATAATAAATATGAAATGCTACCTTCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGCAATACATGCTTAGAAATAATAAATATGAAATGCTACCTTCCA  584

seq1  TTTGATAACACAGTTCAAATTGAAATAGTGTTAAATAAAAATTCTTGAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAACACAGTTCAAATTGAAATAGTGTTAAATAAAAATTCTTGAAA  634

seq1  TTTTGTATTTGCAATTGGGAATTATTTTTAAATTGTGGAATATTTTCATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATTTGCAATTGGGAATTATTTTTAAATTGTGGAATATTTTCATC  684

seq1  CACAGAATCTTAGCGATATGACTCAAATTTAAAATAACATTAATTTAAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATCTTAGCGATATGACTCAAATTTAAAATAACATTAATTTAAGT  734

seq1  AGCACATGCTATTTGTATAAATTATTTGAGAGCAAATGAGTGTACTATTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATGCTATTTGTATAAATTATTTGAGAGCAAATGAGTGTACTATTT  784

seq1  TTAGCAAAGTTTTATACAAACAAAGTTCAGTAGTATGGAAATGAGCAATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAAGTTTTATACAAACAAAGTTCAGTAGTATGGAAATGAGCAATG  834

seq1  GAAAGCTTCAGACAACTGAGAAGGTGGATTTCAGACATTTGGGCCAAGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTTCAGACAACTGAGAAGGTGGATTTCAGACATTTGGGCCAAGAA  884

seq1  TTTTCCATGTTCACTTCTTCACTAACTATTTCACTGAATCTTCATAAACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATGTTCACTTCTTCACTAACTATTTCACTGAATCTTCATAAACA  934

seq1  TCTCAATTTATAGATATTGTGTATCTCCCCAAATAACTCTCAGGAAAGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTTATAGATATTGTGTATCTCCCCAAATAACTCTCAGGAAAGCT  984

seq1  GGAACATATATAGAATTCTGTATTTCACTGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATATATAGAATTCTGTATTTCACTGAATTC  1019


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |