BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319K01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 117,779,356 - 117,888,307
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSocs3, Pgs1, Dnahc17
Upstream geneMgat5b, LOC100042036, Sec14l1, Sept9, EG667423, Tnrc6c, Tmc6, Tmc8, 6030468B19Rik, Syngr2, Tk1, Afmid, Birc5, LOC546519, Tha1
Downstream genePscd1, Usp36, Timp2, Ddc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik, D11Bwg0517e, Enpp7, Cbx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319K01.bB6Ng01-319K01.g
ACCGA109209GA109210
length8901,008
definitionB6Ng01-319K01.b B6Ng01-319K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,779,356 - 117,780,243)(117,887,298 - 117,888,307)
sequence
caggccagtgagagacccaaggtgaaaggagagagaaagcacggcaaagc
cagtgagctgatccagcaggccaaggccctcacctggaagtgggagacct
aggctggatccttgggacccacacgatagaaggaagttttcactccagag
agttatcatacgacctccacactcattatggcgtgtgaatgtccctcctg
cacaaacaaatagcaataagccgaagtggaccgcactgtgactgagtagc
agggtcagacgttgacctctggtctacacacacacctaacacacacagaa
gcaaggggtggacagaagacctgaactttgtgaaagaagacagataatgg
caaatgacagttaacaaagtgttgggctggacatgtggctcagcagttag
atgtccctgctgggaagggacccttgcatgcctattccgcagcactgtgg
gtatagatgcagaagggtctctgagcatgctggctgactgtcaggctatc
aggaaaactgagagctctaggttcagagggagaccctgctttcaaggaag
atggagacagatgaggggactcctgcacacacaggtgcactcacatcaac
tcgtaccacaagaccacataatagaaacaccccagcgtgggcggcaacac
agagtgactggaactgctttgtacgtcagggtgggtgggcagcgtgggtg
gacacggtgggtggacacggtgggtggacagcgtggctccaaagcagaac
atgaccactgcctgccccacgggatttcatgcagtgtgcaccaaatgaca
ggtgctgggattactgtcactgtcatcgaaaggaccaagtgggggctgct
ccaacgtccaagggaaaggaaggttgggggagggatctgt
gaattcctacacatctggggaagtgggcagacagcaagcgggactccagt
gggacagacctcataggaagcacggttgagaaccgcccagaagacagcgg
gggccccaatagcttgctcataagccgccctttcccagggctaccacgaa
tacatcgatgagaacctgccccccgagagtccttacctgtacggcctgca
ccccaacgcagagatcggcttcctgactgtcacctcagagaagctgttcc
gaaccgtcctagaaatgcagcccaaagagacagactcgggagcaggcacg
ggggtgtcacgggaggaaaaggtaggggctgtccccgtccctggtaacgg
gtgggaggtggcctaagcagtgggaggcacaatgcagccctggctgaaga
cagcacctgggcagcttgtgaggcagctccgtcctgtcttgggaactaaa
ttctggaatcagggtgtggtctacaactggccccaggcatcactgggcta
atactcacactgggcacagaactcacagaactttggtgcaacaggacggc
tcctccagtacaaggagctcagagggtagcctgggctcagagggtagcct
gggcacaatcggtcaggtggctgcatctcagagcactgtgaggcggcgcc
tctgcccagtgtgcctctgcacccactttcttacattgtgggaaagatct
gtcatacatcagttaagcatggagctaaataacaaacatgttagaacagg
agtccaaagtccctccttgctattcgggggtctggaacttttattgacct
attatttgaaaccagaaatctgctagccaggtgaactgcacacacctata
atcccagcactccagaagctgaggcaggaggatctcaagttcacggccag
actggacagcatggcatggtgtgccaggtcagactgagatgtacggatgg
acgtggcgggtggccactgtgtgcttttgtgtgtgaggggatgttgtgac
aatacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_117779356_117780243
seq2: B6Ng01-319K01.b_55_944

seq1  CAGGCCAGTGAGAGACCCAAGGTGAAAGGAGAGAGAAAGCACGGCAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCAGTGAGAGACCCAAGGTGAAAGGAGAGAGAAAGCACGGCAAAGC  50

seq1  CAGTGAGCTGATCCAGCAGGCCAAGGCCCTCACCTGGAAGTGGGAGACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCTGATCCAGCAGGCCAAGGCCCTCACCTGGAAGTGGGAGACCT  100

seq1  AGGCTGGATCCTTGGGACCCACACGATAGAAGGAAGTTTTCACTCCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGATCCTTGGGACCCACACGATAGAAGGAAGTTTTCACTCCAGAG  150

seq1  AGTTATCATACGACCTCCACACTCATTATGGCGTGTGAATGTCCCTCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCATACGACCTCCACACTCATTATGGCGTGTGAATGTCCCTCCTG  200

seq1  CACAAACAAATAGCAATAAGCCGAAGTGGACCGCACTGTGACTGAGTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAAATAGCAATAAGCCGAAGTGGACCGCACTGTGACTGAGTAGC  250

seq1  AGGGTCAGACGTTGACCTCTGGTCTACACACACACCTAACACACACAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAGACGTTGACCTCTGGTCTACACACACACCTAACACACACAGAA  300

seq1  GCAAGGGGTGGACAGAAGACCTGAACTTTGTGAAAGAAGACAGATAATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGGTGGACAGAAGACCTGAACTTTGTGAAAGAAGACAGATAATGG  350

seq1  CAAATGACAGTTAACAAAGTGTTGGGCTGGACATGTGGCTCAGCAGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGACAGTTAACAAAGTGTTGGGCTGGACATGTGGCTCAGCAGTTAG  400

seq1  ATGTCCCTGCTGGGAAGGGACCCTTGCATGCCTATTCCGCAGCACTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCTGCTGGGAAGGGACCCTTGCATGCCTATTCCGCAGCACTGTGG  450

seq1  GTATAGATGCAGAAGGGTCTCTGAGCATGCTGGCTGACTGTCAGGCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGATGCAGAAGGGTCTCTGAGCATGCTGGCTGACTGTCAGGCTATC  500

seq1  AGGAAAACTGAGAGCTCTAGGTTCAGAGGGAGACCCTGCTTTCAAGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACTGAGAGCTCTAGGTTCAGAGGGAGACCCTGCTTTCAAGGAAG  550

seq1  ATGGAGACAGATGAGGGGACTCCTGCACACACAGGTGCACTCACATCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACAGATGAGGGGACTCCTGCACACACAGGTGCACTCACATCAAC  600

seq1  TCGTACCACAAGACCACATAATAGAAACACCCCAGCGTGGGCGGCAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTACCACAAGACCACATAATAGAAACACCCCAGCGTGGGCGGCAACAC  650

seq1  AGAGTGACTGGAACTGCTTTGTACGTCAGGGTGGGTGGGCAGCGTGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACTGGAACTGCTTTGTACGTCAGGGTGGGTGGGCAGCGTGGGTG  700

seq1  GACACGGTGGGTGGACACGGTGGGTGGACAGCGTGGCTCCAAAGCAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGGTGGGTGGACACGGTGGGTGGACAGCGTGGCTCCAAAGCAGAAC  750

seq1  ATGACCACTGCCTGCCCCACGGGATTTCATGCAGGTGTGCACCAAATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGACCACTGCCTGCCCCACGGGATTTCATGCA-GTGTGCACCAAATGAC  799

seq1  AGGTGCTGGGATTACTGTCACTGTCATCG-AAGGACCAAGTGGGGGCTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGGGATTACTGTCACTGTCATCGAAAGGACCAAGTGGGGGCTGC  849

seq1  TCCAACGTCCAAGGG-AAGGAAGGTT-GGGGAGGGATCTGT  888
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCAACGTCCAAGGGAAAGGAAGGTTGGGGGAGGGATCTGT  890

seq1: chr11_117887298_117888307
seq2: B6Ng01-319K01.g_65_1072 (reverse)

seq1  ACTGTACTGTCACCACCATCCCCTCACACACAAAAGCACACAGTGGCCAC  50
      |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTGTCA-CAACATCCCCTCACACACAAAAGCACACAGTGGCCAC  49

seq1  CCGCCACCGTCCATCCGTACATCTCAGTCTGACCTGGCACACCATGCCAT  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCA-CGTCCATCCGTACATCTCAGTCTGACCTGGCACACCATGCCAT  98

seq1  GCTGTCCAGTCTGGCCCTGAACTTGAGATCCTCCTGCCTCAGCTTCTGGA  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCAGTCTGGCCGTGAACTTGAGATCCTCCTGCCTCAGCTTCTGGA  148

seq1  GTGCTGGGATTATAGGTGTGTGCAGTTCACCTGGCTAGCAGATTTCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGATTATAGGTGTGTGCAGTTCACCTGGCTAGCAGATTTCTGGT  198

seq1  TTCAAATAATAGGTCAATAAAAGTTCCAGACCCCCGAATAGCAAGGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAATAGGTCAATAAAAGTTCCAGACCCCCGAATAGCAAGGAGGG  248

seq1  ACTTTGGACTCCTGTTCTAACATGTTTGTTATTTAGCTCCATGCTTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGACTCCTGTTCTAACATGTTTGTTATTTAGCTCCATGCTTAACT  298

seq1  GATGTATGACAGATCTTTCCCACAATGTAAGAAAGTGGGTGCAGAGGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATGACAGATCTTTCCCACAATGTAAGAAAGTGGGTGCAGAGGCAC  348

seq1  ACTGGGCAGAGGCGCCGCCTCACAGTGCTCTGAGATGCAGCCACCTGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCAGAGGCGCCGCCTCACAGTGCTCTGAGATGCAGCCACCTGACC  398

seq1  GATTGTGCCCAGGCTACCCTCTGAGCCCAGGCTACCCTCTGAGCTCCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGCCCAGGCTACCCTCTGAGCCCAGGCTACCCTCTGAGCTCCTTG  448

seq1  TACTGGAGGAGCCGTCCTGTTGCACCAAAGTTCTGTGAGTTCTGTGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAGGAGCCGTCCTGTTGCACCAAAGTTCTGTGAGTTCTGTGCCCA  498

seq1  GTGTGAGTATTAGCCCAGTGATGCCTGGGGCCAGTTGTAGACCACACCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTATTAGCCCAGTGATGCCTGGGGCCAGTTGTAGACCACACCCT  548

seq1  GATTCCAGAATTTAGTTCCCAAGACAGGACGGAGCTGCCTCACAAGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCAGAATTTAGTTCCCAAGACAGGACGGAGCTGCCTCACAAGCTGC  598

seq1  CCAGGTGCTGTCTTCAGCCAGGGCTGCATTGTGCCTCCCACTGCTTAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGCTGTCTTCAGCCAGGGCTGCATTGTGCCTCCCACTGCTTAGGC  648

seq1  CACCTCCCACCCGTTACCAGGGACGGGGACAGCCCCTACCTTTTCCTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCACCCGTTACCAGGGACGGGGACAGCCCCTACCTTTTCCTCCC  698

seq1  GTGACACCCCCGTGCCTGCTCCCGAGTCTGTCTCTTTGGGCTGCATTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACCCCCGTGCCTGCTCCCGAGTCTGTCTCTTTGGGCTGCATTTCT  748

seq1  AGGACGGTTCGGAACAGCTTCTCTGAGGTGACAGTCAGGAAGCCGATCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACGGTTCGGAACAGCTTCTCTGAGGTGACAGTCAGGAAGCCGATCTC  798

seq1  TGCGTTGGGGTGCAGGCCGTACAGGTAAGGACTCTCGGGGGGCAGGTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTTGGGGTGCAGGCCGTACAGGTAAGGACTCTCGGGGGGCAGGTTCT  848

seq1  CATCGATGTATTCGTGGTAGCCCTGGGAAAGGGCGGCTTATGAGCAAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATGTATTCGTGGTAGCCCTGGGAAAGGGCGGCTTATGAGCAAGCT  898

seq1  ATTGGGGCCCCCGCTGTCTTCTGGGCGGTTCTCAACCGTGCTTCCTATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGCCCCCGCTGTCTTCTGGGCGGTTCTCAACCGTGCTTCCTATGA  948

seq1  GGTCTGTCCCACTGGAGTCCCGCTTGCTGTCTGCCCACTTCCCCAGATGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTCCCACTGGAGTCCCGCTTGCTGTCTGCCCACTTCCCCAGATGT  998

seq1  GTAGGAATTC  1010
      ||||||||||
seq2  GTAGGAATTC  1008