BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320N06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 68,173,976 - 68,304,016
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNtn1, Pik3r5
Upstream geneMyh13, Gas7, Rcvrn, Glp2r, LOC544792, Dhrs7c, LOC100041899, Usp43, Wdr16, Stx8
Downstream geneBB220380, BC024997, Ccdc42, Myh10, Ndel1, 9930039A11Rik, Rpl26, Odf4, Arhgef15, Slc25a35, 2400006H24Rik, Pfas, 1500010J02Rik, Aurkb, 2310047M10Rik, Tmem107, Vamp2, Per1, Hes7, Aloxe3, Alox12b, Alox8, Gucy2e, Cntrob, Trappc1, Kcnab3, A030009H04Rik, Chd3, Cyb5d1, Lsmd1, Tmem88, Jmjd3, Dnahc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320N06.bB6Ng01-320N06.g
ACCGA110096GA110097
length1,1521,101
definitionB6Ng01-320N06.b B6Ng01-320N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,173,976 - 68,175,123)(68,302,910 - 68,304,016)
sequence
gaattccattgtctttttaaggacatttccaagttttattgatatcgcct
ttatgagagctgcaactcctttctcctcctctgcaggccgccttgcatgc
tcttggtactgtcctttaaaacacacatttggaatttcaatgacatccaa
cttaagctctttctgctttgtttccacacacaacgttttattcagatgct
caacagcctgatggatggaaaatgttccaaggatttaataagcacagaag
ctatgctttccaaacctgttagcactgccaggcatggtggcactggtgtg
gtgacaccatctttaatcccggcaacccagaggcaacggcaggtcgctga
gctcaaggacagcttggtctacaagcaagttccaggacagccggggctac
agagagcaaccttgtcatccaaatatgttcatctcaccttcaaagatggc
ctgggacttgaacctatgctatgggtaccctaggcaagcattctaaaacc
aacttaacctttttaaaaaatacaacaaaacaagacaactctgggccagc
tctgtgcttagggctccttttcattcccaatggtatttttttcttcattt
ttttcccctcttagactactctctgcagatatttgtttatttgtattact
ctttccaaaccaccctctcttggctttggtgggtcttctctgttgaatat
ttgttttctagttcattggcttctgctcttatttttatctcttccttttc
cctccccgactccttttctgccttattctgttcatttcccccctaatttc
ttaaattaagatacttagctcattaatttccatccctttccttgtctgtt
tttgtggtgctgagtgaagcccactcctctctttagcatcccatctttcc
ttccatgaattaatcactccttagcaggaggatgaggggaaacagaggca
ggcatgggaatctgctcgttctgcagaaagctgaccgtggaactgctctt
ccatagagccacaggaactaagcacttccacgggtcaaaacaagccattg
ggtcctatttcactccgaggttggcgttcccaacaattgtgaagtcctag
ggcttcgccattctgtttccttttacaggatgatcttattgccagtccaa
aa
gaattcagcctgtacctctaccgggttcagcaacagcacagtgctgggga
cacagaggatggactgtgtgggcgctgcaccctctgtgcccaggggctca
aatccacacaggtcacctcaacacaagtgacgcagtctcccggaaggggc
ttgggatgttgggagagcatttccatggggcatgcttatgattattctga
ggtgcttttcaagcagagtgttcaaagactttttcagaaccaaacctgaa
gggctgaacattaggcttggcagtgatcagatacactgctcctgcagaga
ccctgagttctcagcatccacatggtggttcacaactacctgtaagtcag
ccacctctggcccttgcaggcttctgcacaaacccatacctaactcctcc
acccccacctacacatataaataattaaaaataaaagaaatgtttttttt
taactgatcttaaggagctgggggtatagctcagttagtgcacaagctct
gggtttgatccctacataaacctggtatgagaatgcacgtctatcatcct
agcatttgggagggggaggcaagagagttagaagttcaatgcaatccttg
tttcatagaagtttctaggccagctaggaatgtaagagagtcttcctcaa
aacaaacaacaacaaaagtgtgagcctgacttttcaccgtggatttctcc
tgaagttttatgttaagacagggtcactcttcgtattccagtgtggccca
cagttctctgcccttagtctactgaggctgccttgacttttacataatca
cttattcccatgagaagtctgaatggatacgagttactcacagaaaggac
cactgttcaccaaggtaacttgaagctcactgatcatttttcaagggaga
gagagcagcctgtcatgggttgtcatttactgtggcctgagggactgaca
tctgccccaagtcagccttatcctccactccagttctggggctgggacag
tgtgggctggtcacctgggacctgtggttcaggatcaatgtctttgtatg
agacttccaaacacattccaatacctaagcagaatcatgggagtcagagc
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_68173976_68175123
seq2: B6Ng01-320N06.b_48_1199

seq1  GAATTCCATTGTCTTTTTAAGGACATTTCCAAGTTTTATTGATATCGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGTCTTTTTAAGGACATTTCCAAGTTTTATTGATATCGCCT  50

seq1  TTATGAGAGCTGCAACTCCTTTCTCCTCCTCTGCAGGCCGCCTTGCATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGAGCTGCAACTCCTTTCTCCTCCTCTGCAGGCCGCCTTGCATGC  100

seq1  TCTTGGTACTGTCCTTTAAAACACACATTTGGAATTTCAATGACATCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTACTGTCCTTTAAAACACACATTTGGAATTTCAATGACATCCAA  150

seq1  CTTAAGCTCTTTCTGCTTTGTTTCCACACACAACGTTTTATTCAGATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCTCTTTCTGCTTTGTTTCCACACACAACGTTTTATTCAGATGCT  200

seq1  CAACAGCCTGATGGATGGAAAATGTTCCAAGGATTTAATAAGCACAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCCTGATGGATGGAAAATGTTCCAAGGATTTAATAAGCACAGAAG  250

seq1  CTATGCTTTCCAAACCTGTTAGCACTGCCAGGCATGGTGGCACTGGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTTCCAAACCTGTTAGCACTGCCAGGCATGGTGGCACTGGTGTG  300

seq1  GTGACACCATCTTTAATCCCGGCAACCCAGAGGCAACGGCAGGTCGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACCATCTTTAATCCCGGCAACCCAGAGGCAACGGCAGGTCGCTGA  350

seq1  GCTCAAGGACAGCTTGGTCTACAAGCAAGTTCCAGGACAGCCGGGGCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGGACAGCTTGGTCTACAAGCAAGTTCCAGGACAGCCGGGGCTAC  400

seq1  AGAGAGCAACCTTGTCATCCAAATATGTTCATCTCACCTTCAAAGATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAACCTTGTCATCCAAATATGTTCATCTCACCTTCAAAGATGGC  450

seq1  CTGGGACTTGAACCTATGCTATGGGTACCCTAGGCAAGCATTCTAAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACTTGAACCTATGCTATGGGTACCCTAGGCAAGCATTCTAAAACC  500

seq1  AACTTAACCTTTTTAAAAAATACAACAAAACAAGACAACTCTGGGCCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAACCTTTTTAAAAAATACAACAAAACAAGACAACTCTGGGCCAGC  550

seq1  TCTGTGCTTAGGGCTCCTTTTCATTCCCAATGGTATTTTTTTCTTCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTTAGGGCTCCTTTTCATTCCCAATGGTATTTTTTTCTTCATTT  600

seq1  TTTTCCCCTCTTAGACTACTCTCTGCAGATATTTGTTTATTTGTATTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCTCTTAGACTACTCTCTGCAGATATTTGTTTATTTGTATTACT  650

seq1  CTTTCCAAACCACCCTCTCTTGGCTTTGGTGGGTCTTCTCTGTTGAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAAACCACCCTCTCTTGGCTTTGGTGGGTCTTCTCTGTTGAATAT  700

seq1  TTGTTTTCTAGTTCATTGGCTTCTGCTCTTATTTTTATCTCTTCCTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCTAGTTCATTGGCTTCTGCTCTTATTTTTATCTCTTCCTTTTC  750

seq1  CCTCCCCGACTCCTTTTCTGCCTTATTCTGTTCATTTCCCCCCTAATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCGACTCCTTTTCTGCCTTATTCTGTTCATTTCCCCCCTAATTTC  800

seq1  TTAAATTAAGATACTTAGCTCATTAATTTCCATCCCTTTCCTTGTCTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAAGATACTTAGCTCATTAATTTCCATCCCTTTCCTTGTCTGTT  850

seq1  TTTGTGGTGCTGAGTGAAGCCCACTCCTCTCTTTAGCATCCCATCTTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTGCTGAGTGAAGCCCACTCCTCTCTTTAGCATCCCATCTTTCC  900

seq1  TTCCATGAATTAATCACTCCTTAGCAGGAGGATGAGGGGAAACAGAGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGAATTAATCACTCCTTAGCAGGAGGATGAGGGGAAACAGAGGCA  950

seq1  GGCAT-GGAATCTGCTCGTTCTGCAGGAAGCTGACCGTGGAACTGCTCTT  999
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGAATCTGCTCGTTCTGCAGAAAGCTGACCGTGGAACTGCTCTT  1000

seq1  CCATAGAGCCACAGGAACTAAGCACTTCCAC-GGTCAAACCAAGCCATTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| 
seq2  CCATAGAGCCACAGGAACTAAGCACTTCCACGGGTCAAAACAAGCCATT-  1049

seq1  GGGGTCCTATTTCACTCCGAGG-TGGCGT--CCCACAATGGTG-AGTCCT  1094
       ||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||| ||| ||||||
seq2  -GGGTCCTATTTCACTCCGAGGTTGGCGTTCCCAACAATTGTGAAGTCCT  1098

seq1  AGGGGCTTCGCCATCTTGTT---CTTTACAGGATGAATTCTATTTGCCAG  1141
      | ||||||||||||  ||||    ||||||||||||  |||  |||||||
seq2  A-GGGCTTCGCCATTCTGTTTCCTTTTACAGGATGA--TCTTATTGCCAG  1145

seq1  GCCAAAA  1148
       ||||||
seq2  TCCAAAA  1152

seq1: chr11_68302910_68304016
seq2: B6Ng01-320N06.g_66_1166 (reverse)

seq1  AGCTCTGGCTCCACTGATTCT-CTTA-GTATTTGAATGTGTTTGAAAGTC  48
      ||||||| ||||  ||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||
seq2  AGCTCTGACTCCCATGATTCTGCTTAGGTATTGGAATGTGTTTGGAAGTC  50

seq1  TCCATAACAAAGACATTTGAACCCTGACACCACAAGGGTCCCAGGTGGCC  98
      | ||| |||||||||||   | ||||| ||||||  |||||||||| | |
seq2  T-CAT-ACAAAGACATT--GATCCTGA-ACCACA--GGTCCCAGGT-GAC  92

seq1  CAGCCCACACTGTCCCAGCCCCAG-ACTGGAGTGGAGGATAAGGGCCTGA  147
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||
seq2  CAGCCCACACTGTCCCAGCCCCAGAACTGGAGTGGAGGATAAGG--CTGA  140

seq1  CTTGGGGCAGATGTCAGTCCCTCAGGCCACAGTAAATGACAACCCATGAC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGCAGATGTCAGTCCCTCAGGCCACAGTAAATGACAACCCATGAC  190

seq1  AGGCTGCTCTCTCTCCCCTGAAAAATGATCAGTGAGCTTCAAGTTACCTT  247
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCTCTCTCTCCCTTGAAAAATGATCAGTGAGCTTCAAGTTACCTT  240

seq1  GGTGAACAGTGGTCC-TTCTGTGAGTAACTCGTATCCATTCAGACTTCTC  296
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACAGTGGTCCTTTCTGTGAGTAACTCGTATCCATTCAGACTTCTC  290

seq1  ATGGGAATAAGTGATTATGTAAAAGTCAAGGCAGCCTCAGTAGACTAAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATAAGTGATTATGTAAAAGTCAAGGCAGCCTCAGTAGACTAAGG  340

seq1  GCAGAGAACTGTGGGCCACACTGGAATACGAAGAGTGACCCTGTCTTAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACTGTGGGCCACACTGGAATACGAAGAGTGACCCTGTCTTAAC  390

seq1  ATAAAACTTCAGGAGAAATCCACGGTGAAAAGTCAGGCTCACACTTTTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTTCAGGAGAAATCCACGGTGAAAAGTCAGGCTCACACTTTTGT  440

seq1  TGTTGTTTGTTTTGAGGAAGACTCTCTTACATTCCTAGCTGGCCTAGAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTGTTTTGAGGAAGACTCTCTTACATTCCTAGCTGGCCTAGAAA  490

seq1  CTTCTATGAAACAAGGATTGCATTGAACTTCTAACTCTCTTGCCTCCCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATGAAACAAGGATTGCATTGAACTTCTAACTCTCTTGCCTCCCCC  540

seq1  TCCCAAATGCTAGGATGATAGACGTGCATTCTCATACCAGGTTTATGTAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAATGCTAGGATGATAGACGTGCATTCTCATACCAGGTTTATGTAG  590

seq1  GGATCAAACCCAGAGCTTGTGCACTAACTGAGCTATACCCCCAGCTCCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAACCCAGAGCTTGTGCACTAACTGAGCTATACCCCCAGCTCCTT  640

seq1  AAGATCAGTTAAAAAAAAACATTTCTTTTATTTTTAATTATTTATATGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGTTAAAAAAAAACATTTCTTTTATTTTTAATTATTTATATGTG  690

seq1  TAGGTGGGGGTGGAGGAGTTAGGTATGGGTTTGTGCAGAAGCCTGCAAGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGGGGTGGAGGAGTTAGGTATGGGTTTGTGCAGAAGCCTGCAAGG  740

seq1  GCCAGAGGTGGCTGACTTACAGGTAGTTGTGAACCACCATGTGGATGCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGTGGCTGACTTACAGGTAGTTGTGAACCACCATGTGGATGCTG  790

seq1  AGAACTCAGGGTCTCTGCAGGAGCAGTGTATCTGATCACTGCCAAGCCTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCAGGGTCTCTGCAGGAGCAGTGTATCTGATCACTGCCAAGCCTA  840

seq1  ATGTTCAGCCCTTCAGGTTTGGTTCTGAAAAAGTCTTTGAACACTCTGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGCCCTTCAGGTTTGGTTCTGAAAAAGTCTTTGAACACTCTGCT  890

seq1  TGAAAAGCACCTCAGAATAATCATAAGCATGCCCCATGGAAATGCTCTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCACCTCAGAATAATCATAAGCATGCCCCATGGAAATGCTCTCC  940

seq1  CAACATCCCAAGCCCCTTCCGGGAGACTGCGTCACTTGTGTTGAGGTGAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCCCAAGCCCCTTCCGGGAGACTGCGTCACTTGTGTTGAGGTGAC  990

seq1  CTGTGTGGATTTGAGCCCCTGGGCACAGAGGGTGCAGCGCCCACACAGTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGATTTGAGCCCCTGGGCACAGAGGGTGCAGCGCCCACACAGTC  1040

seq1  CATCCTCTGTGTCCCCAGCACTGTGCTGTTGCTGAACCCGGTAGAGGTAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTGTGTCCCCAGCACTGTGCTGTTGCTGAACCCGGTAGAGGTAC  1090

seq1  AGGCTGAATTC  1107
      |||||||||||
seq2  AGGCTGAATTC  1101