BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322B15
Chromosome11 (Build37)
Map Location 87,937,280 - 88,112,490
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCuedc1, Mrps23, 1700106J16Rik
Upstream geneTrim37, Ppm1e, Rad51c, Tex14, Sept4, Mtmr4, Hsf5, Rnf43, Supt4h1, Bzrap1, Mpo, Lpo, Mks1, Epx, Olfr462, Olfr463, Olfr464, Dynll2, Sfrs1, Vezf1
Downstream geneLOC668793, Msi2, LOC100038945, Akap1, Scpep1, OTTMUSG00000001305, 2210409E12Rik, Coil, LOC100039051, Trim25, Dgke, A930013B10Rik, Gm525, LOC100039114
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322B15.bB6Ng01-322B15.g
ACCGA111034GA111035
length1,153965
definitionB6Ng01-322B15.b B6Ng01-322B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,111,342 - 88,112,490)(87,937,280 - 87,938,243)
sequence
gaattccctatgtagctgaggatagccttgaacttctcagagctggcatt
atagtggtgcgccactattcctagtttatatggcgccagagagaaagctt
agggcttcatacttgctaaccaaacattccactgcattgcatcccctgtc
tcttcttgtctccttcatcccccagggggcttctctgtcttccaggacca
ccagtctgtgaagacatctatgaaatgtgacttgatgaggagccctcggt
atccctaggagctccaaagttacatagaaaaggcctctttccaaataccc
caagttgtggggagggaagatgaagagaagcaaggctttctttcctacta
taggacaagcagcaaggcctctggctccaaacagaacagagagggtcatt
agccaacataggccgctaacatcccgtttcctgctcctccctcctgggac
tcatccaacccccagcctcacctggatcctccaactgtccctgtctgggt
gctgtgctgaggatgggggatttgcagatttaaaataggacagtccagtt
aaataaggacaacgtggtcaccctggaaggtgatgacatctcgaatgagt
gtctgcccgctttagaactgcggagttgcagtatttccctagcatcctgt
gaggtctcaagactctgactccctgggtgacaccaagcatgaggtggaga
aggctggaggtttaaggcagcaggtctgagaaccagtagcacagcggtga
acctctgcacccgtcccagttcccaccccaattcccaagttccaaagtca
caggacagcattcgcgatacaagattctctaagatccttccattgtcatg
ggagagcagcaagctctacagtgtcactggggactcagagacacgtaact
tctctgtgcctcagtttcttcatctgccaggggactagcggtgcagctga
ctctactgtgattccctccgtcacactctcaggtcccaggatccactaga
acaactcagaaaactgagccaagctgccgttcctcgtagtttccgtgtag
ccaccatggaaagaaacacagtttaaatccagcaaagaacccagagggca
gtgtcaaggcctctagctttcaaactggcctctgcccatctggtatggcg
tga
gaattctttagagcctggaagctctgattgtctcagtggaaggacaactt
gtttcttcagtgagcatgaccagtctgtgcaagcctgacaacacccaaaa
ctggtctgtaggctgtcgagagaggcaagtctgcggggcagatgcctgga
tgttgtggaatgcgaactatctagaaagggtttaatcctccctacttccc
ttcactgtttgtagactcggggttgaatcctggcactctgtgtcctccgg
cagccctgcctgatcttcacttatattgtctttgaattggtgatagtcgt
gccctgccttacaggcttggttgccatttaaaagggaaaagaaagaaagc
acaccagattggctttgataaatcttgggtgtcaggtgtggactcctgac
agtttgggggactgtgggtaacacattttgtcactgggaaggtgaagcaa
aggctgagagcagactgcagacaacttaggacatgtttgaagtgctggga
agaagcaataagctcatgtagaaaatctcccatcccaccagaccgacatt
aactctctccctctctgttaaccctttcccttctccacccacaatggtgt
ttcctggataccacctcccaagcagcagaccggcttctccatgcccagtt
aattgcttgtaactctcagactaccagtgtgccctccctttctggaaaaa
ctcggactttcttcttggataattcttgatgtttgttctggagtgttccg
cactgacatttgattcttaatttttaaatttttacatatttattattgtg
tgtgtacacatacgacatgtgtgtgcatgcaggtgggtctgaggacaact
ttcaggattcccttctcctttcaccacaggatctgggaatcaaactcagg
tagccaagcttgtgcagtgagagggttgggtttttttgtttgttgttgct
ttcttcttctttctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_88111342_88112490
seq2: B6Ng01-322B15.b_51_1203 (reverse)

seq1  TCACG-CATACCAGATGTGCCAAGAGGCCAGTTGGAAGCCTAGAGGCCTT  49
      ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| |||  |||||||||||
seq2  TCACGCCATACCAGATGGGC--AGAGGCCAGTTTGAAAGCTAGAGGCCTT  48

seq1  GACACTGCCCTCTGGG-TCTTTGCTGGATTTAAACTGTG-TTCTTTCCAT  97
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GACACTGCCCTCTGGGTTCTTTGCTGGATTTAAACTGTGTTTCTTTCCAT  98

seq1  GGT-GCTACACGGAAACTACGAGG-ACGGCAGCTTGGCTCAGTTTTCTGA  145
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTACACGGAAACTACGAGGAACGGCAGCTTGGCTCAGTTTTCTGA  148

seq1  GTTGTTCTAGTGGATCCTGGGACCTGAGAGTGTGACGGAGGGAATCACAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCTAGTGGATCCTGGGACCTGAGAGTGTGACGGAGGGAATCACAG  198

seq1  TAGAGTCAGCTGCACCGCTAGTCCCCTGGCAGATGAAGAAACTGAGGCAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAGCTGCACCGCTAGTCCCCTGGCAGATGAAGAAACTGAGGCAC  248

seq1  AGAGAAGTTACGTGTCTCTGAGTCCCCAGTGACACTGTAGAGCTTGCTGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTTACGTGTCTCTGAGTCCCCAGTGACACTGTAGAGCTTGCTGC  298

seq1  TCTCCCATGACAATGGAAGGATCTTAGAGAATCTTGTATCGCGAATGCTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCATGACAATGGAAGGATCTTAGAGAATCTTGTATCGCGAATGCTG  348

seq1  TCCTGTGACTTTGGAACTTGGGAATTGGGGTGGGAACTGGGACGGGTGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGACTTTGGAACTTGGGAATTGGGGTGGGAACTGGGACGGGTGCA  398

seq1  GAGGTTCACCGCTGTGCTACTGGTTCTCAGACCTGCTGCCTT-AACCTCC  444
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGGTTCACCGCTGTGCTACTGGTTCTCAGACCTGCTGCCTTAAACCTCC  448

seq1  AGCCTTCTCCACCTCATGCTTGGTGTCACCCAGGGAGTCAGAGTCTTGAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTCCACCTCATGCTTGGTGTCACCCAGGGAGTCAGAGTCTTGAG  498

seq1  ACCTCACAGGATGCTAGGGAAATACTGCAACTCCGCAGTTCTAAAGCGGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACAGGATGCTAGGGAAATACTGCAACTCCGCAGTTCTAAAGCGGG  548

seq1  CAGACACTCATTCGAGATGTCATCACCTTCCAGGGTGACCACGTTGTCCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACTCATTCGAGATGTCATCACCTTCCAGGGTGACCACGTTGTCCT  598

seq1  TATTTAACTGGACTGTCCTATTTTAAATCTGCAAATCCCCCATCCTCAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAACTGGACTGTCCTATTTTAAATCTGCAAATCCCCCATCCTCAGC  648

seq1  ACAGCACCCAGACAGGGACAGTTGGAGGATCCAGGTGAGGCTGGGGGTTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCCAGACAGGGACAGTTGGAGGATCCAGGTGAGGCTGGGGGTTG  698

seq1  GATGAGTCCCAGGAGGGAGGAGCAGGAAACGGGATGTTAGCGGCCTATGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTCCCAGGAGGGAGGAGCAGGAAACGGGATGTTAGCGGCCTATGT  748

seq1  TGGCTAATGACCCTCTCTGTTCTGTTTGGAGCCAGAGGCCTTGCTGCTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAATGACCCTCTCTGTTCTGTTTGGAGCCAGAGGCCTTGCTGCTTG  798

seq1  TCCTATAGTAGGAAAGAAAGCCTTGCTTCTCTTCATCTTCCCTCCCCACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAGTAGGAAAGAAAGCCTTGCTTCTCTTCATCTTCCCTCCCCACA  848

seq1  ACTTGGGGTATTTGGAAAGAGGCCTTTTCTATGTAACTTTGGAGCTCCTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGTATTTGGAAAGAGGCCTTTTCTATGTAACTTTGGAGCTCCTA  898

seq1  GGGATACCGAGGGCTCCTCATCAAGTCACATTTCATAGATGTCTTCACAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATACCGAGGGCTCCTCATCAAGTCACATTTCATAGATGTCTTCACAG  948

seq1  ACTGGTGGTCCTGGAAGACAGAGAAGCCCCCTGGGGGATGAAGGAGACAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGGTCCTGGAAGACAGAGAAGCCCCCTGGGGGATGAAGGAGACAA  998

seq1  GAAGAGACAGGGGATGCAATGCAGTGGAATGTTTGGTTAGCAAGTATGAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACAGGGGATGCAATGCAGTGGAATGTTTGGTTAGCAAGTATGAA  1048

seq1  GCCCTAAGCTTTCTCTCTGGCGCCATATAAACTAGGAATAGTGGCGCACC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAGCTTTCTCTCTGGCGCCATATAAACTAGGAATAGTGGCGCACC  1098

seq1  ACTATAATGCCAGCTCTGAGAAGTTCAAGGCTATCCTCAGCTACATAGGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATGCCAGCTCTGAGAAGTTCAAGGCTATCCTCAGCTACATAGGG  1148

seq1  AATTC  1149
      |||||
seq2  AATTC  1153

seq1: chr11_87937280_87938243
seq2: B6Ng01-322B15.g_68_1032

seq1  GAATTCTTTAGAGCCTGGAAGCTCTGATTGTCTCAGTGGAAGGACAACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGAGCCTGGAAGCTCTGATTGTCTCAGTGGAAGGACAACTT  50

seq1  GTTTCTTCAGTGAGCATGACCAGTCTGTGCAAGCCTGACAACACCCAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTCAGTGAGCATGACCAGTCTGTGCAAGCCTGACAACACCCAAAA  100

seq1  CTGGTCTGTAGGCTGTCGAGAGAGGCAAGTCTGCGGGGCAGATGCCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTGTAGGCTGTCGAGAGAGGCAAGTCTGCGGGGCAGATGCCTGGA  150

seq1  TGTTGTGGAATGCGAACTATCTAGAAAGGGTTTAATCCTCCCTACTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGAATGCGAACTATCTAGAAAGGGTTTAATCCTCCCTACTTCCC  200

seq1  TTCACTGTTTGTAGACTCGGGGTTGAATCCTGGCACTCTGTGTCCTCCGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGTTTGTAGACTCGGGGTTGAATCCTGGCACTCTGTGTCCTCCGG  250

seq1  CAGCCCTGCCTGATCTTCACTTATATTGTCTTTGAATTGGTGATAGTCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTGCCTGATCTTCACTTATATTGTCTTTGAATTGGTGATAGTCGT  300

seq1  GCCCTGCCTTACAGGCTTGGTTGCCATTTAAAAGGGAAAAGAAAGAAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTTACAGGCTTGGTTGCCATTTAAAAGGGAAAAGAAAGAAAGC  350

seq1  ACACCAGATTGGCTTTGATAAATCTTGGGTGTCAGGTGTGGACTCCTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGATTGGCTTTGATAAATCTTGGGTGTCAGGTGTGGACTCCTGAC  400

seq1  AGTTTGGGGGACTGTGGGTAACACATTTTGTCACTGGGAAGGTGAAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGGGGACTGTGGGTAACACATTTTGTCACTGGGAAGGTGAAGCAA  450

seq1  AGGCTGAGAGCAGACTGCAGACAACTTAGGACATGTTTGAAGTGCTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGAGCAGACTGCAGACAACTTAGGACATGTTTGAAGTGCTGGGA  500

seq1  AGAAGCAATAAGCTCATGTAGAAAATCTCCCATCCCACCAGACCGACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAATAAGCTCATGTAGAAAATCTCCCATCCCACCAGACCGACATT  550

seq1  AACTCTCTCCCTCTCTGTTAACCCTTTCCCTTCTCCACCCACAATGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCTCCCTCTCTGTTAACCCTTTCCCTTCTCCACCCACAATGGTGT  600

seq1  TTCCTGGATACCACCTCCCAAGCAGCAGACCGGCTTCTCCATGCCCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGATACCACCTCCCAAGCAGCAGACCGGCTTCTCCATGCCCAGTT  650

seq1  AATTGCTTGTAACTCTCAGACTACCAGTGTGCCCTCCCTTTCTGGAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTTGTAACTCTCAGACTACCAGTGTGCCCTCCCTTTCTGGAAAAA  700

seq1  CTCGGACTTTCTTCTTGGATAATTCTTGATGTTTGTTCTGGAGTGTTCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGACTTTCTTCTTGGATAATTCTTGATGTTTGTTCTGGAGTGTTCCG  750

seq1  CACTGACATTTGATTCTTAATTTTTAAATTTTTACATATTTATTATTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACATTTGATTCTTAATTTTTAAATTTTTACATATTTATTATTGTG  800

seq1  TGTGTACACATACGACATGTGTGTGCATGCAGGTGGGTCTGAGGACAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACACATACGACATGTGTGTGCATGCAGGTGGGTCTGAGGACAACT  850

seq1  TTCAGGATTCCCTTCTCCTTTCACCACAGGATCTGGGAATCAAACTCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATTCCCTTCTCCTTTCACCACAGGATCTGGGAATCAAACTCAGG  900

seq1  TAGCCAAGCTTGTGCAGTGAGAGGGTTTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTT-  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TAGCCAAGCTTGTGCAGTGAGAGGG-TTGGGTTTTTTTGTTTG-TTGTTG  948

seq1  -TGTCTT-TTCTTTCTT  964
       | |||| |||||||||
seq2  CTTTCTTCTTCTTTCTT  965