BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324I11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 56,432,460 - 56,589,793
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNmur2, LOC100040816, LOC624168
Downstream geneGria1, LOC667878, 1810073G14Rik, Mfap3, Galnt10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324I11.bB6Ng01-324I11.g
ACCGA112819GA112820
length6461,171
definitionB6Ng01-324I11.b B6Ng01-324I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,432,460 - 56,433,105)(56,588,619 - 56,589,793)
sequence
gaattcaagacccaggcatgaaaaggctaaattacacgattacacagttc
cctcatacctctcggcccaggggatatcccagcatccttcacggtattaa
acaaagtgtacatgggatttggacactcagtggaagactgttagccatgg
tctggtcgggttttttgtcgcttgtctggtgcagagctgagccgttggaa
gagcagaccttggactccccactgcagtggggagacagacacgggttgct
ttagctgggagacagacagggagtgctttagctccttgaagcatcaccta
gcctccccagaactttgctcgcactacacagacagcacagtactttctgt
tgaatcaattgcattacacctttattgcctcgtttttcaccttgttttag
agattattacttggatgagtctcactgaattggaaatgagtaagaaggaa
tcactttaagactcactaggaagacgtgttttcctggcaaccacctacaa
atgtgcttatactatgaataaactaagttttatcttgtttatgtcaagaa
tagcaggaaatgattcgccaatatgcatacaatcaaaaatgccttgttag
ggtctccttctctctctaggtttctctctctttccttctttccctc

cgcggaattctctctctctctctctccctctctctctctctctctctcat
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
aaagtattattcagtcacaagaagccagggaagtttgtcatttacaacag
catctatgaacctgaaagttacttggtggaaataagccaggcaaagaaag
aaaaaaattctcatgatctcacttatatgtgcagtctaaaaatattgaaa
gggatggtgttttccaggggtgatggccaaggtcacatcactgttgtctg
tatatattctctagttctaacgtccaacacagtcaccgaagataatgacc
ctgaccatgtatgtgatacaatttgtcacaagtagattgtgtggattttg
agtatcctcacaatacatgtggtagctgtgtgaggtaatggtcatagaca
agcttgatcaaaatagtctatttgtgacataaatatgtgttaaagcattg
tagtgaaatacttaaatatataggttttatttgccaaatataattcaaca
gagctgggaaagagaaagacagaaagatctcacatccatgctttgtggaa
aacgtattcatgttcaaggtagaatgagggatctttaaccttaacatgtt
gtgggatggacaaaaaaaaaaagtcatatagtggacgtatgatttgtatg
cctggctttgttctggaaattgctttaaagttgtaatgggaaggaactac
aggaggaaagcactctaagctgcagggcagcctcaagacatgactgtgcc
catgttcaggggagcattgcaagcctaaaagcaatctctcctgggctctg
ctgagatggctccacatttacttaacatatctgcattagtgtttgtcctt
attaattaactaattaactaattcagttcttactgttttctgtgtgctct
cccttatcctggatgtgtaacagtgacagaataatgttgtttaatgattt
taattccttccttcaccatgctgaggtaatgctatcccagagctgatgca
ttcctgatagcaaggagcagtttgactgttgcattcctccattcggaaat
gggaaccttgctcctatgggcacttcttcactttcggctatgctgaccca
ctgcatctattattctcacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_56432460_56433105
seq2: B6Ng01-324I11.b_48_693

seq1  GAATTCAAGACCCAGGCATGAAAAGGCTAAATTACACGATTACACAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACCCAGGCATGAAAAGGCTAAATTACACGATTACACAGTTC  50

seq1  CCTCATACCTCTCGGCCCAGGGGATATCCCAGCATCCTTCACGGTATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATACCTCTCGGCCCAGGGGATATCCCAGCATCCTTCACGGTATTAA  100

seq1  ACAAAGTGTACATGGGATTTGGACACTCAGTGGAAGACTGTTAGCCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGTACATGGGATTTGGACACTCAGTGGAAGACTGTTAGCCATGG  150

seq1  TCTGGTCGGGTTTTTTGTCGCTTGTCTGGTGCAGAGCTGAGCCGTTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCGGGTTTTTTGTCGCTTGTCTGGTGCAGAGCTGAGCCGTTGGAA  200

seq1  GAGCAGACCTTGGACTCCCCACTGCAGTGGGGAGACAGACACGGGTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGACCTTGGACTCCCCACTGCAGTGGGGAGACAGACACGGGTTGCT  250

seq1  TTAGCTGGGAGACAGACAGGGAGTGCTTTAGCTCCTTGAAGCATCACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGGGAGACAGACAGGGAGTGCTTTAGCTCCTTGAAGCATCACCTA  300

seq1  GCCTCCCCAGAACTTTGCTCGCACTACACAGACAGCACAGTACTTTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCCAGAACTTTGCTCGCACTACACAGACAGCACAGTACTTTCTGT  350

seq1  TGAATCAATTGCATTACACCTTTATTGCCTCGTTTTTCACCTTGTTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAATTGCATTACACCTTTATTGCCTCGTTTTTCACCTTGTTTTAG  400

seq1  AGATTATTACTTGGATGAGTCTCACTGAATTGGAAATGAGTAAGAAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATTACTTGGATGAGTCTCACTGAATTGGAAATGAGTAAGAAGGAA  450

seq1  TCACTTTAAGACTCACTAGGAAGACGTGTTTTCCTGGCAACCACCTACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTAAGACTCACTAGGAAGACGTGTTTTCCTGGCAACCACCTACAA  500

seq1  ATGTGCTTATACTATGAATAAACTAAGTTTTATCTTGTTTATGTCAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTATACTATGAATAAACTAAGTTTTATCTTGTTTATGTCAAGAA  550

seq1  TAGCAGGAAATGATTCGCCAATATGCATACAATCAAAAATGCCTTGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGAAATGATTCGCCAATATGCATACAATCAAAAATGCCTTGTTAG  600

seq1  GGTCTCCTTCTCTCTCTAGGTTTCTCTCTCTTTCCTTCTTTCCCTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCTTCTCTCTCTAGGTTTCTCTCTCTTTCCTTCTTTCCCTC  646


seq1: chr11_56588619_56589793
seq2: B6Ng01-324I11.g_66_1232 (reverse)

seq1  CTGTGAGAATAATAGATGCAGGTGGGCAGCAAAAAGCAGAAGATGGAGGA  50
      |||||||||||||||||||||  || ||||  | ||| |||  || || |
seq2  CTGTGAGAATAATAGATGCAGTGGGTCAGC--ATAGCCGAAAGTGAAGAA  48

seq1  GTGCCCATAGAAGCAAGTGTTCCCATTCCCG-ATGGAGGAATTGCAACAG  99
      |||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||| 
seq2  GTGCCCATAGGAGCAAG-GTTCCCATTTCCGAATGGAGGAA-TGCAACA-  95

seq1  GTCCAAAACTGCT-CTTGCTAACAGGAAATGCATCCAGCCTCTGGGATAG  148
      |||  |||||||| ||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||
seq2  GTC--AAACTGCTCCTTGCTATCAGG-AATGCAT-CAG-CTCTGGGATAG  140

seq1  CATTACCTCAGCATTGGTGAAGGAAGGAATTAAAATCATTAAAC-ACATT  197
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATTACCTCAGCA-TGGTGAAGGAAGGAATTAAAATCATTAAACAACATT  189

seq1  TATCTGTCACTGTTACACATCCAGGATAAGGGAGAGCACACAGAAAACAG  247
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTCACTGTTACACATCCAGGATAAGGGAGAGCACACAGAAAACAG  239

seq1  TAAGAACTGAATTAGTTAATTAGTTAATTAATAAGGACAAACACTAATGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACTGAATTAGTTAATTAGTTAATTAATAAGGACAAACACTAATGC  289

seq1  AGATATGTTAAGTAAATGTGGAGCCATCTCAGCAGAGCCCAGGAGAGATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTTAAGTAAATGTGGAGCCATCTCAGCAGAGCCCAGGAGAGATT  339

seq1  GCTTTTAGGCTTGCAATGCTCCCCTGAACATGGGCACAGTCATGTCTTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAGGCTTGCAATGCTCCCCTGAACATGGGCACAGTCATGTCTTGA  389

seq1  GGCTGCCCTGCAGCTTAGAGTGCTTTCCTCCTGTAGTTCCTTCCCATTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCCTGCAGCTTAGAGTGCTTTCCTCCTGTAGTTCCTTCCCATTAC  439

seq1  AACTTTAAAGCAATTTCCAGAACAAAGCCAGGCATACAAATCATACGTCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAAGCAATTTCCAGAACAAAGCCAGGCATACAAATCATACGTCC  489

seq1  ACTATATGACTTTTTTTTTTTGTCCATCCCACAACATGTTAAGGTTAAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATGACTTTTTTTTTTTGTCCATCCCACAACATGTTAAGGTTAAAG  539

seq1  ATCCCTCATTCTACCTTGAACATGAATACGTTTTCCACAAAGCATGGATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCATTCTACCTTGAACATGAATACGTTTTCCACAAAGCATGGATG  589

seq1  TGAGATCTTTCTGTCTTTCTCTTTCCCAGCTCTGTTGAATTATATTTGGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCTTTCTGTCTTTCTCTTTCCCAGCTCTGTTGAATTATATTTGGC  639

seq1  AAATAAAACCTATATATTTAAGTATTTCACTACAATGCTTTAACACATAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACCTATATATTTAAGTATTTCACTACAATGCTTTAACACATAT  689

seq1  TTATGTCACAAATAGACTATTTTGATCAAGCTTGTCTATGACCATTACCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCACAAATAGACTATTTTGATCAAGCTTGTCTATGACCATTACCT  739

seq1  CACACAGCTACCACATGTATTGTGAGGATACTCAAAATCCACACAATCTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCTACCACATGTATTGTGAGGATACTCAAAATCCACACAATCTA  789

seq1  CTTGTGACAAATTGTATCACATACATGGTCAGGGTCATTATCTTCGGTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGACAAATTGTATCACATACATGGTCAGGGTCATTATCTTCGGTGA  839

seq1  CTGTGTTGGACGTTAGAACTAGAGAATATATACAGACAACAGTGATGTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGGACGTTAGAACTAGAGAATATATACAGACAACAGTGATGTGA  889

seq1  CCTTGGCCATCACCCCTGGAAAACACCATCCCTTTCAATATTTTTAGACT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCCATCACCCCTGGAAAACACCATCCCTTTCAATATTTTTAGACT  939

seq1  GCACATATAAGTGAGATCATGAGAATTTTTTTCTTTCTTTGCCTGGCTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATAAGTGAGATCATGAGAATTTTTTTCTTTCTTTGCCTGGCTTA  989

seq1  TTTCCACCAAGTAACTTTCAGGTTCATAGATGCTGTTGTAAATGACAAAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCAAGTAACTTTCAGGTTCATAGATGCTGTTGTAAATGACAAAC  1039

seq1  TTCCCTGGCTTCTTGTGACTGAATAATACTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGGCTTCTTGTGACTGAATAATACTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1089

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGAGA  1139

seq1  GAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |