BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332N02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 63,663,814 - 63,784,785
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668297, Hs3st3b1, Cox10
Upstream geneFbxw10, Fam18b, Cdrt4, Tekt3, Pmp22, LOC433423, LOC100042799, LOC100041690, LOC654442
Downstream gene2810001G20Rik, EG544785, Hs3st3a1, LOC626959
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332N02.bB6Ng01-332N02.g
ACCGA118812GA118813
length1,1351,008
definitionB6Ng01-332N02.b B6Ng01-332N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,663,814 - 63,664,933)(63,783,776 - 63,784,785)
sequence
gaattcacatctttaaaagattatgcttacccccactcctttgtgattca
aaatacaataaaagcactcataaacttctcttattgctatgacgactgag
gcctctgtttgcactgcctggcttggtacaggattaaatgacacactttg
gaagccccagtcatgggccacccatgtgccaaaatgagagacaggtgtca
ggaccacacttcacattcccccagatgagcccgcactgaatgaaacacgg
aatcagaaacaattggtccttcatcttcaatcaccttgcgaggcctaatt
gggtgggcaatttcaatggaactctctcatcacttcaagcagccagtcac
ctaactctaaagagctatctaactgcttcgccagtcttcgtgctcacagg
tgtgatgtcccacatgtgacgtcatgtgcacactgctgtgatgatgaggt
tggaccagttctagcacgaggttcatcgatgctgtgtacatccctgtaat
tattcagctccctacctcctcacgcactaaactaaaaccagctaggaatc
tgtaccatctgtgaccagaaggctcgtcctgaaccttagcacaattcata
tttcagataataggcatgacagtaaattactgtccaagcctgctggtgtg
gccataagccccagaaaattcagagcaacctcaagtcaaacttctcaagt
attctttacttggctccttaccatggtcacatcagtccagaaaagatcca
agtgttcagaaccctgaacagtcctcctgtgaccaccaataaggcctcaa
gggccattaaaatgtggttatggggctcactcaaaactttcccacatata
aattgatttgacctttgtcatgagcagtgcagcaaggattgatcagactc
acaaacacatgtgcccctttgtccaaaagtccacttctcagaacgtttcc
cacagacacatactgcagctctgactccaataacagatcattggagactg
ccttgttcgggtaggtagggcagacacttgaaaaaggtgaatgattgaac
tattgatagttccacatcagcagaacaaatggtatgccaccacagatgga
agaaaactgtgccacacatctcctctagaaagaaa

gaattctaaagagccccagccttcgggcacctcggaaattcctagagagt
gggattgatatttgttcaaactgtatggacagtatcatgtgtactgtcta
cagaggtcggcgaccaccaggggacatggatggatggaaagagcttttct
gaaaggaaaaaaatggcaaagcctttcctttcttctgtagcacctccaaa
ccacttaacctttgagcctttagagaagtcctacatagcagtctttgcca
cacctagtgaatggagcgtgacagcaagagggagaatcgcgaggtcaatc
atgtgggtattgaattaaggaagcaggagcagctgggagactgcttactc
cgctgcccactcagaccaggcactactgccagttcaccctcttaacaaac
tagtgcccatagtcacttcactgtgcaggtggtaaggccctactgtgtgc
ttggctttgagagatacaaaactaactaaaactcacccctgacctcatgc
aaaccatgcctgagtttctaggagaggcagacagacattgctaagcctta
gcttagggtcttctgtggttgagggctcaccacacctcccccgatgagtc
ccacaagactttagaggccaattgactcttgaaggaatgtgagcctgttt
gttgagaaccagagagatgatgctgtgtgggcccgagactgggctgggct
catagtgacacctgcagagaaattaattgtgcagtaaaagatggtaaaga
cccatgacgccgggcgtagtggctcacgcctttaatcccagcactcggga
ggcagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctagactacagcgt
gagttccaggacagccagagctatacagagaaaccctgtctcgaaaacga
aaccaaaaaaaataaaaataaaaagaagatggtaagacccatgacgattg
tttcagcaaagtcttggagtactggggctgggtggacgtatgggatatac
aagtgggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_63663814_63664933
seq2: B6Ng01-332N02.b_50_1184

seq1  GAATTCACATCTTTAAAAGATTATGCTTACCCCCACTCCTTTGTGATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTTTAAAAGATTATGCTTACCCCCACTCCTTTGTGATTCA  50

seq1  AAATACAATAAAAGCACTCATAAACTTCTCTTATTGCTATGACGACTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAATAAAAGCACTCATAAACTTCTCTTATTGCTATGACGACTGAG  100

seq1  GCCTCTGTTTGCACTGCCTGGCTTGGTACAGGATTAAATGACACACTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGTTTGCACTGCCTGGCTTGGTACAGGATTAAATGACACACTTTG  150

seq1  GAAGCCCCAGTCATGGGCCACCCATGTGCCAAAATGAGAGACAGGTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCCAGTCATGGGCCACCCATGTGCCAAAATGAGAGACAGGTGTCA  200

seq1  GGACCACACTTCACATTCCCCCAGATGAGCCCGCACTGAATGAAACACGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACACTTCACATTCCCCCAGATGAGCCCGCACTGAATGAAACACGG  250

seq1  AATCAGAAACAATTGGTCCTTCATCTTCAATCACCTTGCGAGGCCTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAAACAATTGGTCCTTCATCTTCAATCACCTTGCGAGGCCTAATT  300

seq1  GGGTGGGCAATTTCAATGGAACTCTCTCATCACTTCAAGCAGCCAGTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGCAATTTCAATGGAACTCTCTCATCACTTCAAGCAGCCAGTCAC  350

seq1  CTAACTCTAAAGAGCTATCTAACTGCTTCGCCAGTCTTCGTGCTCACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCTAAAGAGCTATCTAACTGCTTCGCCAGTCTTCGTGCTCACAGG  400

seq1  TGTGATGTCCCACATGTGACGTCATGTGCACACTGCTGTGATGATGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTCCCACATGTGACGTCATGTGCACACTGCTGTGATGATGAGGT  450

seq1  TGGACCAGTTCTAGCACGAGGTTCATCGATGCTGTGTACATCCCTGTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAGTTCTAGCACGAGGTTCATCGATGCTGTGTACATCCCTGTAAT  500

seq1  TATTCAGCTCCCTACCTCCTCACGCACTAAACTAAAACCAGCTAGGAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGCTCCCTACCTCCTCACGCACTAAACTAAAACCAGCTAGGAATC  550

seq1  TGTACCATCTGTGACCAGAAGGCTCGTCCTGAACCTTAGCACAATTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCATCTGTGACCAGAAGGCTCGTCCTGAACCTTAGCACAATTCATA  600

seq1  TTTCAGATAATAGGCATGACAGTAAATTACTGTCCAAGCCTGCTGGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATAATAGGCATGACAGTAAATTACTGTCCAAGCCTGCTGGTGTG  650

seq1  GCCATAAGCCCCAGAAAATTCAGAGCAACCTCAAGTCAAACTTCTCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAAGCCCCAGAAAATTCAGAGCAACCTCAAGTCAAACTTCTCAAGT  700

seq1  ATTCTTTACTTGGCTCCTTACCATGGTCACATCAGTCCAGAAAAGATCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTACTTGGCTCCTTACCATGGTCACATCAGTCCAGAAAAGATCCA  750

seq1  AGTGTTCAGAACCCTGAACAGTCCTCCTGTGACCACCAATAAGGCCTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCAGAACCCTGAACAGTCCTCCTGTGACCACCAATAAGGCCTCAA  800

seq1  GGGCCATTAAAATGTGGTTATGGGGCTCACTCAAAACTTTCCCACATATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATTAAAATGTGGTTATGGGGCTCACTCAAAACTTTCCCACATATA  850

seq1  AATTGATTTGACCTTTGTCATGAGCAGTGCAGCAAGGATTGATCAGACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATTTGACCTTTGTCATGAGCAGTGCAGCAAGGATTGATCAGACTC  900

seq1  ACAAACACATGTG-CCCTTTGTCCAAAAGTCCACTTCTCAGAACGTTTCC  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACATGTGCCCCTTTGTCCAAAAGTCCACTTCTCAGAACGTTTCC  950

seq1  CACAGACACATACTGCAGCTCTGACTCCAATAACAGATCATTGGAGACCG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACAGACACATACTGCAGCTCTGACTCCAATAACAGATCATTGGAGACTG  1000

seq1  CC-TGT--CGGTAGGTA-GGCAGACACT--GAAAAGGTGAATGAATGAAC  1043
      || |||   |||||||| ||||||||||   ||||||||||||| |||||
seq2  CCTTGTTCGGGTAGGTAGGGCAGACACTTGAAAAAGGTGAATGATTGAAC  1050

seq1  TATTGATAG-TCCACA-CAGCAGAACAAATGGTA-GCCACCACAGATG--  1088
      ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  TATTGATAGTTCCACATCAGCAGAACAAATGGTATGCCACCACAGATGGA  1100

seq1  AGAAAACTGTGCCACA---CTCCTCTAGAGAGAAA  1120
      ||||||||||||||||   |||||||||| |||||
seq2  AGAAAACTGTGCCACACATCTCCTCTAGAAAGAAA  1135


seq1: chr11_63783776_63784785
seq2: B6Ng01-332N02.g_71_1078 (reverse)

seq1  AACCAC-TGTATATCCC-TACGT-CAACCAG-CCCAGTACTCC-AGACTT  45
      | |||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||||||| ||||||
seq2  ACCCACTTGTATATCCCATACGTCCACCCAGCCCCAGTACTCCAAGACTT  50

seq1  TGCTGGAACAATCGTCATGGGTCTTTACCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTT  95
      ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||
seq2  TGCTGAAACAATCGTCATGGGTC-TTACCATCTTCTTTTTATTTTTATTT  99

seq1  TTTTTTTTTGGTTTTCGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTG  145
      |||||     | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTT-----GGTTTCG-TTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTG  143

seq1  GCTGTCCTGGAACTCACGCTGTAGTCTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAACTCACGCTGTAGTCTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAT  193

seq1  CCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGAGCCACTAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGAGCCACTAC  243

seq1  GCCCGGCGTCATGGGTCTTTACCATCTTTTACTGCACAATTAATTTCTCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGCGTCATGGGTCTTTACCATCTTTTACTGCACAATTAATTTCTCT  293

seq1  GCAGGTGTCACTATGAGCCCAGCCCAGTCTCGGGCCCACACAGCATCATC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGTCACTATGAGCCCAGCCCAGTCTCGGGCCCACACAGCATCATC  343

seq1  TCTCTGGTTCTCAACAAACAGGCTCACATTCCTTCAAGAGTCAATTGGCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTTCTCAACAAACAGGCTCACATTCCTTCAAGAGTCAATTGGCC  393

seq1  TCTAAAGTCTTGTGGGACTCATCGGGGGAGGTGTGGTGAGCCCTCAACCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGTCTTGTGGGACTCATCGGGGGAGGTGTGGTGAGCCCTCAACCA  443

seq1  CAGAAGACCCTAAGCTAAGGCTTAGCAATGTCTGTCTGCCTCTCCTAGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGACCCTAAGCTAAGGCTTAGCAATGTCTGTCTGCCTCTCCTAGAA  493

seq1  ACTCAGGCATGGTTTGCATGAGGTCAGGGGTGAGTTTTAGTTAGTTTTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGCATGGTTTGCATGAGGTCAGGGGTGAGTTTTAGTTAGTTTTGT  543

seq1  ATCTCTCAAAGCCAAGCACACAGTAGGGCCTTACCACCTGCACAGTGAAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCAAAGCCAAGCACACAGTAGGGCCTTACCACCTGCACAGTGAAG  593

seq1  TGACTATGGGCACTAGTTTGTTAAGAGGGTGAACTGGCAGTAGTGCCTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGGGCACTAGTTTGTTAAGAGGGTGAACTGGCAGTAGTGCCTGG  643

seq1  TCTGAGTGGGCAGCGGAGTAAGCAGTCTCCCAGCTGCTCCTGCTTCCTTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGGGCAGCGGAGTAAGCAGTCTCCCAGCTGCTCCTGCTTCCTTA  693

seq1  ATTCAATACCCACATGATTGACCTCGCGATTCTCCCTCTTGCTGTCACGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATACCCACATGATTGACCTCGCGATTCTCCCTCTTGCTGTCACGC  743

seq1  TCCATTCACTAGGTGTGGCAAAGACTGCTATGTAGGACTTCTCTAAAGGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCACTAGGTGTGGCAAAGACTGCTATGTAGGACTTCTCTAAAGGC  793

seq1  TCAAAGGTTAAGTGGTTTGGAGGTGCTACAGAAGAAAGGAAAGGCTTTGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGTTAAGTGGTTTGGAGGTGCTACAGAAGAAAGGAAAGGCTTTGC  843

seq1  CATTTTTTTCCTTTCAGAAAAGCTCTTTCCATCCATCCATGTCCCCTGGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTTCCTTTCAGAAAAGCTCTTTCCATCCATCCATGTCCCCTGGT  893

seq1  GGTCGCCGACCTCTGTAGACAGTACACATGATACTGTCCATACAGTTTGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGCCGACCTCTGTAGACAGTACACATGATACTGTCCATACAGTTTGA  943

seq1  ACAAATATCAGTCCCACTCTCTAGGAATTTCCGAGGTGCCCGAAGGCTGG  995
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATATCAATCCCACTCTCTAGGAATTTCCGAGGTGCCCGAAGGCTGG  993

seq1  GGCTCTTTAGAATTC  1010
      |||||||||||||||
seq2  GGCTCTTTAGAATTC  1008


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |