BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333I22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,027,859 - 65,130,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyocd
Upstream geneEG544785, Hs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790
Downstream geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9, Gm879
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333I22.bB6Ng01-333I22.g
ACCGA119323GA119324
length1,1311,179
definitionB6Ng01-333I22.b B6Ng01-333I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,129,774 - 65,130,921)(65,027,859 - 65,029,054)
sequence
gaattctttctcccttcaacggctttcgagtatttatcacagtaacagga
aaagtaactgagacaaaggcttatcatccagtagctaagtgttcaaaaca
aaagtccactgctccaaatcagcagggcactgtggagacctactagggag
gaagtggacttgggagaatcgatatgctccggtatagaagcaaatggaca
ttgatttcttttctaacagcggtgccctgagcaaatggttcacttgtctg
aactttacctttagtcctcgtgaaaggaagatgtcccactatccactggc
tttaagttttaataagtttttaaatgtatttattgggagtaaggatgtgc
acatgctacaatgcacatacggcagtcacacgacacatgtggaggtcaaa
ggacacctcctttcaccatgtggatcccaaggattgtacttaagtcatca
ctccaggtggcgagtgttttaatccatgaagccatctcttcaggctatct
ctggtttttaaatcacattgtgcagaggtccaaggctttttcaaggtgtt
ttgtatacccccaggagctgcactttccttcatgttttataaagtaatta
actgatctataccattaaaattgttgagtttaaaactttgatggttttaa
ataaaagattttgatgctaaattattatgtgaagacatgtatgtctgtct
ctttgcatccatgtaagtctaatatatatgatttcaagacttcagtgaag
gccaaaagacaaaaaggcaagacttctttgatatctataaaacaccgctg
aaaatgtctgttgaggacaggacaagtgggctttgggatgagtgcattgg
atcactgtggagttgctaaagtccaaggtgtgtctaggagaagtatctga
aaaggtgtggatttaagacacatccaaaaatcactgtgaggtgtcttggc
cacaaaataatggcccaggcctttgaaatgccacctgagatgatcctcat
gctctaaagatccataggttctacattcatcgagatatctagattctggt
gggagtctaaagcttacagtatacaggtggtgtctgaaatgtgaaatact
gtgatcacactagtgggcgtataatggacag

gaattcaagtaaagatgtggagccaatggatcttaagagtagaatcataa
acttctcttttataagaaaagaaccagactgccttctagtgaatgtaaag
gaaagaggaagagacaataccctgaatacagtaattaacagttaattaac
ttgaaaataaagagtccaggttcagagatagaaccacagcagccaatacc
acatactgctggagacccatgaactttgaagtgcaggagaagaaggagaa
tttccagcatgcggtaaatcatacaaccaatataagatataagtttgaat
acacacataactatgagcgtcaccataggaagttattaaagaacaactct
caagacagagaccaggctttgaagacatgaacagggaacactcatgcaac
tgatcgtgagaccacacttaacacgtttccatcactcagaaaatttcaaa
ggtaattatcaattattttgtgacatgtataaggataaatccccccatga
ctaatgacaatttgacttcacgataatgcaaaagctgtaggctttcagga
ggaacttgactgacaaatttgaattttcatcttttcctgggccagctata
ccctcttcaaatctcttggtctgctggtggcagccgtagtcagccacatt
gtcacagctcgaaagaagccccgctccacagtgttgtgagggtgggatgc
tctaggcagggatttgcaggtgtagtgaacatattttctgtttgggacca
gtctatttgcacatgacctcaccgtacctcaaggagcctttgcgtggttt
tgacgtttaaatctggccagtatgttggaacggaaaacagttgagagagc
aacattattcatgaatgccatgacaggatagctatttattaaaggctatg
tttcccctttccatagtgtggagtttctgctgggaaacagatgtagctca
gtcaggggcctttctcagctgcatgctggtctcacagcgagcacagtgta
gcagtttcatttttagattcacttgctagattcaggaggtgacaagcgct
acactacacttctaagaaagtttactgaatgcagcatgccatttgtacct
gtggcatgttacacccccactcagggatggagcatggttgtgacgactga
gccttatagtttactctctggtcctttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65129774_65130921
seq2: B6Ng01-333I22.b_49_1179 (reverse)

seq1  CTGTCCATTTTATCACGCCCACTAAGTGTTGAACCACAGTATTTTCACAA  50
      ||||||||| |   ||||||||| |||||   | ||||||| |||||| |
seq2  CTGTCCATTAT---ACGCCCACT-AGTGT--GATCACAGTA-TTTCAC-A  42

seq1  TTTCAGACA-CACTGGTAATACTGTTAAGGCTTTAGACTTCCCACCAGAA  99
      ||||||||| |||  || |||||||  | ||||||||| |||||||||||
seq2  TTTCAGACACCACCTGT-ATACTGT--AAGCTTTAGAC-TCCCACCAGAA  88

seq1  TCTAGAATTATCCTCGGATGAATGTAGAACCTATGGATCTTTAGGAGCAA  149
      ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TCTAGA--TAT-CTC-GATGAATGTAGAACCTATGGATCTTTA-GAGC-A  132

seq1  TGAGGATCATCTCAGGTGGCATTTCAAAGGCCTGGGCCATTATTTTGTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATCATCTCAGGTGGCATTTCAAAGGCCTGGGCCATTATTTTGTGG  182

seq1  CCAAGACACCTCACAGTGATTTTTGGATGTGTCTTAAATCCACACCTTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACACCTCACAGTGATTTTTGGATGTGTCTTAAATCCACACCTTTT  232

seq1  CAGATACTTCTCCTAGACACACCTTGGACTTTAGCAACTCCACAGTGATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTTCTCCTAGACACACCTTGGACTTTAGCAACTCCACAGTGATC  282

seq1  CAATGCACTCATCCCAAAGCCCACTTGTCCTGTCCTCAACAGACATTTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCACTCATCCCAAAGCCCACTTGTCCTGTCCTCAACAGACATTTTC  332

seq1  AGCGGTGTTTTATAGATATCAAAGAAGTCTTGCCTTTTTGTCTTTTGGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTGTTTTATAGATATCAAAGAAGTCTTGCCTTTTTGTCTTTTGGCC  382

seq1  TTCACTGAAGTCTTGAAATCATATATATTAGACTTACATGGATGCAAAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGAAGTCTTGAAATCATATATATTAGACTTACATGGATGCAAAGA  432

seq1  GACAGACATACATGTCTTCACATAATAATTTAGCATCAAAATCTTTTATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACATACATGTCTTCACATAATAATTTAGCATCAAAATCTTTTATT  482

seq1  TAAAACCATCAAAGTTTTAAACTCAACAATTTTAATGGTATAGATCAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCATCAAAGTTTTAAACTCAACAATTTTAATGGTATAGATCAGTT  532

seq1  AATTACTTTATAAAACATGAAGGAAAGTGCAGCTCCTGGGGGTATACAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTTATAAAACATGAAGGAAAGTGCAGCTCCTGGGGGTATACAAA  582

seq1  ACACCTTGAAAAAGCCTTGGACCTCTGCACAATGTGATTTAAAAACCAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTGAAAAAGCCTTGGACCTCTGCACAATGTGATTTAAAAACCAGA  632

seq1  GATAGCCTGAAGAGATGGCTTCATGGATTAAAACACTCGCCACCTGGAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCTGAAGAGATGGCTTCATGGATTAAAACACTCGCCACCTGGAGT  682

seq1  GATGACTTAAGTACAATCCTTGGGATCCACATGGTGAAAGGAGGTGTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTTAAGTACAATCCTTGGGATCCACATGGTGAAAGGAGGTGTCCT  732

seq1  TTGACCTCCACATGTGTCGTGTGACTGCCGTATGTGCATTGTAGCATGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTCCACATGTGTCGTGTGACTGCCGTATGTGCATTGTAGCATGTG  782

seq1  CACATCCTTACTCCCAATAAATACATTTAAAAACTTATTAAAACTTAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCTTACTCCCAATAAATACATTTAAAAACTTATTAAAACTTAAAG  832

seq1  CCAGTGGATAGTGGGACATCTTCCTTTCACGAGGACTAAAGGTAAAGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGATAGTGGGACATCTTCCTTTCACGAGGACTAAAGGTAAAGTTC  882

seq1  AGACAAGTGAACCATTTGCTCAGGGCACCGCTGTTAGAAAAGAAATCAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGTGAACCATTTGCTCAGGGCACCGCTGTTAGAAAAGAAATCAAT  932

seq1  GTCCATTTGCTTCTATACCGGAGCATATCGATTCTCCCAAGTCCACTTCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTTGCTTCTATACCGGAGCATATCGATTCTCCCAAGTCCACTTCC  982

seq1  TCCCTAGTAGGTCTCCACAGTGCCCTGCTGATTTGGAGCAGTGGACTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTAGGTCTCCACAGTGCCCTGCTGATTTGGAGCAGTGGACTTTT  1032

seq1  GTTTTGAACACTTAGCTACTGGATGATAAGCCTTTGTCTCAGTTACTTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAACACTTAGCTACTGGATGATAAGCCTTTGTCTCAGTTACTTTT  1082

seq1  CCTGTTACTGTGATAAATACTCGAAAGCCGTTGAAGGGAGAAAGAATTC  1148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTACTGTGATAAATACTCGAAAGCCGTTGAAGGGAGAAAGAATTC  1131


seq1: chr11_65027859_65029054
seq2: B6Ng01-333I22.g_64_1241

seq1  GAATTCAAGTAAAGATGTGGAGCCAATGGATCTTAAGAGTAGAATCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTAAAGATGTGGAGCCAATGGATCTTAAGAGTAGAATCATAA  50

seq1  ACTTCTCTTTTATAAGAAAAGAACCAGACTGCCTTCTAGTGAATGTAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTTTTATAAGAAAAGAACCAGACTGCCTTCTAGTGAATGTAAAG  100

seq1  GAAAGAGGAAGAGACAATACCCTGAATACAGTAATTAACAGTTAATTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGAAGAGACAATACCCTGAATACAGTAATTAACAGTTAATTAAC  150

seq1  TTGAAAATAAAGAGTCCAGGTTCAGAGATAGAACCACAGCAGCCAATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATAAAGAGTCCAGGTTCAGAGATAGAACCACAGCAGCCAATACC  200

seq1  ACATACTGCTGGAGACCCATGAACTTTGAAGTGCAGGAGAAGAAGGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGCTGGAGACCCATGAACTTTGAAGTGCAGGAGAAGAAGGAGAA  250

seq1  TTTCCAGCATGCGGTAAATCATACAACCAATATAAGATATAAGTTTGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCATGCGGTAAATCATACAACCAATATAAGATATAAGTTTGAAT  300

seq1  ACACACATAACTATGAGCGTCACCATAGGAAGTTATTAAAGAACAACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATAACTATGAGCGTCACCATAGGAAGTTATTAAAGAACAACTCT  350

seq1  CAAGACAGAGACCAGGCTTTGAAGACATGAACAGGGAACACTCATGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAGAGACCAGGCTTTGAAGACATGAACAGGGAACACTCATGCAAC  400

seq1  TGATCGTGAGACCACACTTAACACGTTTCCATCACTCAGAAAATTTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGTGAGACCACACTTAACACGTTTCCATCACTCAGAAAATTTCAAA  450

seq1  GGTAATTATCAATTATTTTGTGACATGTATAAGGATAAATCCCCCCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTATCAATTATTTTGTGACATGTATAAGGATAAATCCCCCCATGA  500

seq1  CTAATGACAATTTGACTTCACGATAATGCAAAAGCTGTAGGCTTTCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGACAATTTGACTTCACGATAATGCAAAAGCTGTAGGCTTTCAGGA  550

seq1  GGAACTTGACTGACAAATTTGAATTTTCATCTTTTCCTGGGCCAGCTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTGACTGACAAATTTGAATTTTCATCTTTTCCTGGGCCAGCTATA  600

seq1  CCCTCTTCAAATCTCTTGGTCTGCTGGTGGCAGCCGTAGTCAGCCACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTCAAATCTCTTGGTCTGCTGGTGGCAGCCGTAGTCAGCCACATT  650

seq1  GTCACAGCTCGAAAGAAGCCCCGCTCCACAGTGTTGTGAGGGTGGGATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGCTCGAAAGAAGCCCCGCTCCACAGTGTTGTGAGGGTGGGATGC  700

seq1  TCTAGGCAGGGATTTGCAGGTGTAGTGAACATATTTTCTGTTTGGGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCAGGGATTTGCAGGTGTAGTGAACATATTTTCTGTTTGGGACCA  750

seq1  GTCTATTTGCACATGACCTCACCGTACCTCAAGGAGCCTTTGCGTGGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTTGCACATGACCTCACCGTACCTCAAGGAGCCTTTGCGTGGTTT  800

seq1  TGACGTTTAAATCTGGCCAGTATGTTGGAAC-GAAAACAGT--GGAGAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||
seq2  TGACGTTTAAATCTGGCCAGTATGTTGGAACGGAAAACAGTTGAGAGAGC  850

seq1  AACATTATTCATGAATGCCATGACAGGATAGCTATTTATTAAAGGCTATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTATTCATGAATGCCATGACAGGATAGCTATTTATTAAAGGCTATG  900

seq1  -TTCCCCTTTCCATAGTGTGGAGTTTCTGCTGGGAAACAGATGTAGCTCA  946
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTTTCCATAGTGTGGAGTTTCTGCTGGGAAACAGATGTAGCTCA  950

seq1  GTCAGGGGGCCTTTCTCAGCCTGCATGCTGGTCTCACAGCGAGCACAGTG  996
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCA-GGGGCCTTTCTCAG-CTGCATGCTGGTCTCACAGCGAGCACAGTG  998

seq1  TAAGCAAGGTTTCATTTTTAGATTTCACTTGCTAGATCCAGAGGGTGACA  1046
      | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||| 
seq2  T-AGCA--GTTTCATTTTTAGA-TTCACTTGCTAGATTCAGGAGGTGAC-  1043

seq1  AAGCGCTACACTACACTTCTAAAGAAAGTTTTACTGGAATGCAGCCATGC  1096
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| 
seq2  AAGCGCTACACTACACTTCT-AAGAAAG-TTTACT-GAATGCAG-CATG-  1088

seq1  CCATTTGTTTACTTGTTGCCATGGTTACACCCCCACTACAAGGGTGAGTG  1146
      |||||||  ||| || || ||| ||||||||||||||   ||||    ||
seq2  CCATTTG--TACCTG-TGGCAT-GTTACACCCCCACT--CAGGG---ATG  1129

seq1  GAGCAATGGTTGTGACAGACTGAG-CTTATAGTTTACTCTCTGGCCCTTT  1195
      |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGC-ATGGTTGTGAC-GACTGAGCCTTATAGTTTACTCTCTGGTCCTTT  1177

seq1  A  1196
      |
seq2  A  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |