BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333N05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 79,369,471 - 79,507,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNf1, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185
Upstream geneNlk, LOC100043570, LOC100042674, 1810009O10Rik, 1810012P15Rik, Nos2, Lgals9, Ksr1, LOC100042697, Wsb1, Omg, Evi2b, Evi2a
Downstream geneLOC432584, Utp6, ENSMUSG00000072631, Suz12, Crlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2, Rnf135, Rhot1, Rhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333N05.bB6Ng01-333N05.g
ACCGA119489GA119490
length1,1591,173
definitionB6Ng01-333N05.b B6Ng01-333N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,506,203 - 79,507,359)(79,369,471 - 79,370,651)
sequence
gaattcccatcatgtattgacggaaccgaagactaaggttcccccagtat
tctccactggacctcctgccagccgtgtcggctctctaactggggacctg
attcagatgggtctgaaagccgaggcaagggtatcagtcctgcaaaccct
tccctaggcctgtcctcaccaaggagcatggaacccagagaggtcatgtg
tgacgatgcagccatgaaaacacacctctctcccaggcaatcactccttt
tggcccccagtgctaacacacacctgccttggggcaccctacccttcttg
gccttccttccacccccagctgaatgctgcttgtattttccatcttcaaa
acaaagcaaagccaaaccagaaaggggaggtaggcaagcaagactgggag
gggctcagaaaactacgatggacttagcccaaaggcatggacagtgcact
ctaactgctctgtaagtccgagtccactggacctgcttatctgcacccca
gggggctagacctcaggggcctctccaataccccttcctcctctgagcta
aagaaaacaaaacaaaaaaacccggcttgaaaggtggcctgaaaggttgg
caaggacaccaaattctggagaatgtaacagttttgtccccacttcagtg
ggggaggggagagaacccatctcctgagagtatcttctaacccttatccc
agaggtagaatcatttcatcagtatcctaaatgcaagcttccaggccttg
ctgttaactcctgagagtgtctcccccacatccagccccctctgcccctc
acaaaggggctacaaagtgcacacacagctcaccgtgggttgtcacccac
agccatggccccaagctcactcctttgcacggacaccagcacacacagag
agggtgctcagaggtacaatcacagagtgcatgtgggcaaagcctgcatc
tttcttcgtcctcaggcaagcctgcccttaggtcccaggtccgacggccg
ctctgcagccaaccctgactcagtgttaatcttcaagattgaggggttgt
tgttcagttatagccaagatattcttgttcatgtgtactgtctccagtcg
gaagtggatcttctctgcttcttcaagagcttccattagctaaggaatga
aaaaggtgg
gaattctttgtactgtttgacctgggctgcctgtccagtccctgctattt
tttttaaagatttatttatttagtttaattatatgagtacactgtagctg
tcttcagacacaccagaagagggcatcagtttccattacagatggttgtg
agccaccatgtggttgctgggacttgaactcaggacctctggaagagcag
tcagtgctcttaaccatgagccacctctccagcccccagtccccactatt
ttattaaagtgcttttgtatgtcttctctgactttctctactgtattcta
ctcacagaatgcagactgaggtatggtttgatggaagatgcccattctct
ctttaacaaatttccggttttgccagcttgttttgtttgaagcatgcaac
cttgaacaaaccgtttacattccaaaatattttatcactgcatttcagat
atatgccttgcctactttttgtgattattgaaagcagatatgcaatcaag
tgcttgagaaagtaaggtgtttatcaaattgctttgttttatgtttatgc
agcctttcaaagcagtctgtaaactcttgaggataagtctatcccgtgtg
tttatacacttcatcctctcactctccaggcctttttatgtacatataaa
atagtacatagtaatagtaatagcctcttaagtttggaagaaatgaagcc
tgttttaccagcttttccttttcctattagctctactcacagtgtctgaa
gaggttcgaagtcgctgtagcctcaagcataggaagtcccttcttcttac
tgatatttcaatggaaaatgttcctatggatacatatcccattcatcacg
gtgaccccagctataggtaagtgggcaggctctcatcattacatagatgg
agtcaggctttagtttccatgtggtggaagatcggcagcagaggactcta
aaagggagcagagtgcagctccagatggtctggcagagtagctatcaagt
ttgctctacaggtcatggtattttatataggcagtattaaggttattcta
atctgctctatattatcattagtccaccttctttaacacaaaacaccttg
attaaggaagaaaagacaatctgaaagtttgccaaaagacctaaggaaag
cctacatggaatcaggtaccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_79506203_79507359
seq2: B6Ng01-333N05.b_51_1209 (reverse)

seq1  CCACCTTTCTCATTCCCTTCAGCTAATGGAGGC-CCTGAAGGAGCAGGAG  49
      |||||||| |||||||  | |||||||||| || | ||||| |||| |||
seq2  CCACCTTTTTCATTCC--TTAGCTAATGGAAGCTCTTGAAGAAGCA-GAG  47

seq1  GAGATCAACTTCCGACT-GAGACAGT--ACATGGACAAGATTATCCTGGC  96
       ||||| |||||||||| ||||||||  ||||| |||||| |||| ||||
seq2  AAGATCCACTTCCGACTGGAGACAGTACACATGAACAAGAATATCTTGGC  97

seq1  TAT-ACTGGACCACAACCCCTCCATCTTGGAGATTAAACACTGAGTCAGG  145
      ||| |||| || |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TATAACTGAACAACAACCCCTCAATCTTGAAGATT-AACACTGAGTCAGG  146

seq1  GTTGGCTGCAGAGCGGCCGTCGGACCTGGGACCTAAGGGCAGGCCTGCCT  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTGGCTGCAGAGCGGCCGTCGGACCTGGGACCTAAGGGCAGGCTTGCCT  196

seq1  GAGGACGAAGAAAGATGCAGGCTTTGCCCACATGCACTCTGTGATTGTAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACGAAGAAAGATGCAGGCTTTGCCCACATGCACTCTGTGATTGTAC  246

seq1  CTCTGAGCACCCTCTCTGTGTGTGCTGGTGTCCGTGC-AAGGAGTGAGCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCTGAGCACCCTCTCTGTGTGTGCTGGTGTCCGTGCAAAGGAGTGAGCT  296

seq1  TGGGGCCATGGCTGTGGGTGACAACCCACGGTGAGCTGTGTGTGCACTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCATGGCTGTGGGTGACAACCCACGGTGAGCTGTGTGTGCACTTT  346

seq1  GTAGCCCCTTTGTGAGGGGCAGAGGGGGCTGGATGTGGGGGAGACACTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCCTTTGTGAGGGGCAGAGGGGGCTGGATGTGGGGGAGACACTCT  396

seq1  CAGGAGTTAACAGCAAGGCCTGGAAGCTTGCATTTAGGATACTGATGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTTAACAGCAAGGCCTGGAAGCTTGCATTTAGGATACTGATGAAA  446

seq1  TGATTCTACCTCTGGGATAAGGGTTAGAAGATACTCTCAGGAGATGGGTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTACCTCTGGGATAAGGGTTAGAAGATACTCTCAGGAGATGGGTT  496

seq1  CTCTCCCCTCCCCCACTGAAGTGGGGACAAAACTGTTACATTCTCCAGAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTCCCCCACTGAAGTGGGGACAAAACTGTTACATTCTCCAGAA  546

seq1  TTTGGTGTCCTTGCCAACCTTTCAGGCCACCTTTCAAGCCGGGTTTTTTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTCCTTGCCAACCTTTCAGGCCACCTTTCAAGCCGGGTTTTTTT  596

seq1  GTTTTGTTTTCTTTAGCTCAGAGGAGGAAGGGGTATTGGAGAGGCCCCTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTCTTTAGCTCAGAGGAGGAAGGGGTATTGGAGAGGCCCCTG  646

seq1  AGGTCTAGCCCCCTGGGGTGCAGATAAGCAGGTCCAGTGGACTCGGACTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTAGCCCCCTGGGGTGCAGATAAGCAGGTCCAGTGGACTCGGACTT  696

seq1  ACAGAGCAGTTAGAGTGCACTGTCCATGCCTTTGGGCTAAGTCCATCGTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCAGTTAGAGTGCACTGTCCATGCCTTTGGGCTAAGTCCATCGTA  746

seq1  GTTTTCTGAGCCCCTCCCAGTCTTGCTTGCCTACCTCCCCTTTCTGGTTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGAGCCCCTCCCAGTCTTGCTTGCCTACCTCCCCTTTCTGGTTT  796

seq1  GGCTTTGCTTTGTTTTGAAGATGGAAAATACAAGCAGCATTCAGCTGGGG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGCTTTGTTTTGAAGATGGAAAATACAAGCAGCATTCAGCTGGGG  846

seq1  GTGGAAGGAAGGCCAAGAAGGGTAGGGTGCCCCAAGGCAGGTGTGTGTTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGGAAGGCCAAGAAGGGTAGGGTGCCCCAAGGCAGGTGTGTGTTA  896

seq1  GCACTGGGGGCCAAAAGGAGTGATTGCCTGGGAGAGAGGTGTGTTTTCAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGGGCCAAAAGGAGTGATTGCCTGGGAGAGAGGTGTGTTTTCAT  946

seq1  GGCTGCATCGTCACACATGACCTCTCTGGGTTCCATGCTCCTTGGTGAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATCGTCACACATGACCTCTCTGGGTTCCATGCTCCTTGGTGAGG  996

seq1  ACAGGCCTAGGGAAGGGTTTGCAGGACTGATACCCTTGCCTCGGCTTTCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCTAGGGAAGGGTTTGCAGGACTGATACCCTTGCCTCGGCTTTCA  1046

seq1  GACCCATCTGAATCAGGTCCCCAGTTAGAGAGCCGACACGGCTGGCAGGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCATCTGAATCAGGTCCCCAGTTAGAGAGCCGACACGGCTGGCAGGA  1096

seq1  GGTCCAGTGGAGAATACTGGGGGAACCTTAGTCTTCGGTTCCGTCAATAC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGTGGAGAATACTGGGGGAACCTTAGTCTTCGGTTCCGTCAATAC  1146

seq1  ATGATGGGAATTC  1157
      |||||||||||||
seq2  ATGATGGGAATTC  1159

seq1: chr11_79369471_79370651
seq2: B6Ng01-333N05.g_64_1236

seq1  GAATTCTTTGTACTGTTTGACCTGGGCTGCCTGTCCAGTCCCTGCTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTACTGTTTGACCTGGGCTGCCTGTCCAGTCCCTGCTATTT  50

seq1  TTTTTAAAGATTTATTTATTTAGTTTAATTATATGAGTACACTGTAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGATTTATTTATTTAGTTTAATTATATGAGTACACTGTAGCTG  100

seq1  TCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGTTTCCATTACAGATGGTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGTTTCCATTACAGATGGTTGTG  150

seq1  AGCCACCATGTGGTTGCTGGGACTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCATGTGGTTGCTGGGACTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAG  200

seq1  TCAGTGCTCTTAACCATGAGCCACCTCTCCAGCCCCCAGTCCCCACTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTCTTAACCATGAGCCACCTCTCCAGCCCCCAGTCCCCACTATT  250

seq1  TTATTAAAGTGCTTTTGTATGTCTTCTCTGACTTTCTCTACTGTATTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAGTGCTTTTGTATGTCTTCTCTGACTTTCTCTACTGTATTCTA  300

seq1  CTCACAGAATGCAGACTGAGGTATGGTTTGATGGAAGATGCCCATTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAATGCAGACTGAGGTATGGTTTGATGGAAGATGCCCATTCTCT  350

seq1  CTTTAACAAATTTCCGGTTTTGCCAGCTTGTTTTGTTTGAAGCATGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACAAATTTCCGGTTTTGCCAGCTTGTTTTGTTTGAAGCATGCAAC  400

seq1  CTTGAACAAACCGTTTACATTCCAAAATATTTTATCACTGCATTTCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACAAACCGTTTACATTCCAAAATATTTTATCACTGCATTTCAGAT  450

seq1  ATATGCCTTGCCTACTTTTTGTGATTATTGAAAGCAGATATGCAATCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCTTGCCTACTTTTTGTGATTATTGAAAGCAGATATGCAATCAAG  500

seq1  TGCTTGAGAAAGTAAGGTGTTTATCAAATTGCTTTGTTTTATGTTTATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGAAAGTAAGGTGTTTATCAAATTGCTTTGTTTTATGTTTATGC  550

seq1  AGCCTTTCAAAGCAGTCTGTAAACTCTTGAGGATAAGTCTATCCCGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTCAAAGCAGTCTGTAAACTCTTGAGGATAAGTCTATCCCGTGTG  600

seq1  TTTATACACTTCATCCTCTCACTCTCCAGGCCTTTTTATGTACATATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACACTTCATCCTCTCACTCTCCAGGCCTTTTTATGTACATATAAA  650

seq1  ATAGTACATAGTAATAGTAATAGCCTCTTAAGTTTGGAAGAAATGAAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACATAGTAATAGTAATAGCCTCTTAAGTTTGGAAGAAATGAAGCC  700

seq1  TGTTTTACCAGCTTTTCCTTTTCCTATTAGCTCTACTCACAGTGTCTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTACCAGCTTTTCCTTTTCCTATTAGCTCTACTCACAGTGTCTGAA  750

seq1  GAGGTTCGAAGTCGCTGTAGCCTCAAGCATAGGAAGTCCCTTCTTCTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCGAAGTCGCTGTAGCCTCAAGCATAGGAAGTCCCTTCTTCTTAC  800

seq1  TGATATTTCAATGGAAAATGTTCCTATGGATACATATCCCATTCATCACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTCAATGGAAAATGTTCCTATGGATACATATCCCATTCATCACG  850

seq1  GTGACCCCAGCTATAGGTAAGTGGGCAGGCTCTCATCATTACATAGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCCAGCTATAGGTAAGTGGGCAGGCTCTCATCATTACATAGATGG  900

seq1  AGTCAGGCTTTAGTTTCCATGTGGTGG-AGATCGGCAGCAGAGGACTCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGCTTTAGTTTCCATGTGGTGGAAGATCGGCAGCAGAGGACTCTA  950

seq1  AAAGGGAGCAGAGTGGCAGCTCCAGATGGTCTGGCAAGAGTAGCTATCAA  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  AAAGGGAGCAGAGT-GCAGCTCCAGATGGTCTGGC-AGAGTAGCTATC-A  997

seq1  AGTTTGCTCTACAGGTCATGGTATTTTATATAGGCAGTATTAAAGTTATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTTTGCTCTACAGGTCATGGTATTTTATATAGGCAGTATTAAGGTTATT  1047

seq1  CTAATCTGCTCTTATATTATCATTAGTTCACCTCTTTAAACACAAAACA-  1098
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  || ||||||||||| 
seq2  CTAATCTGCTC-TATATTATCATTAGTCCACCTTCTTTAACACAAAACAC  1096

seq1  CTTGAATAAGGAAG-AAAGACAATCTTGAAAAGTTTGCAGAAAAGGACCT  1147
      ||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||   ||| |||||
seq2  CTTGATTAAGGAAGAAAAGACAATCT--GAAAGTTTGC--CAAAAGACCT  1142

seq1  AAGGAAAAGCCTAACATGAAATACAAGTACCATT  1181
      |||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||
seq2  AAGG-AAAGCCT-ACATGGAAT-CAGGTACCATT  1173