BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336L08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,609,986 - 111,737,361
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041523, Kcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539, LOC100041559, EG629966, LOC629967
Downstream geneLOC100041589, LOC100043020, EG668396, EG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965, Sox9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336L08.bB6Ng01-336L08.g
ACCGA121550GA121551
length799698
definitionB6Ng01-336L08.b B6Ng01-336L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,736,567 - 111,737,361)(111,609,986 - 111,610,683)
sequence
gaattccatacaagcctaattaagagaccacctctcactctcatggtttc
aggaggagccatgcatgcatgcttacaatggaggaaagcaatcaataatc
ctatccagctgagatcgcaatgatccacaacaatgatcaacaagatagtt
caatagatgcatcaggggcacttatgtcatgagaataaccaacagtcacc
tggttggacatcagtcccacccaatacaagcacctttatggacagcactg
tacattgtgctacctacctggggccgctgacaccacagaccctagaggag
atcctaatattaccactttcctaaacaattataacaagtagaatctttaa
gaacatcatgagtacttgtcctgacattcactaacaagcacatgtctcat
ccctcatcaaagacggcagatggggatcattacagaaagtcgcaactgat
caaaatgcagaaagcaacccaccatcactgccaatccccagtcattacac
ttacaacacaagcagtgttctcaaagctaagggaaaatcatagaaagatt
ataagagctaggtgaccatgacggctatgtgagatagtcttttccaaaca
aaacaaaacaaaacaaaacagaagacatgaaggtggggaggaaggagtga
atctggaaaggagttgcagaaagcaatggaaaggggtaaaatgctttatg
aattaataaaatagtataaaaaatgataatgtctctcaaggctacttact
gatcctaaacatgctcaatacaatttgatgtaaaatgtggctatgataa

gaattcctgaaggctttctggctagtgactctagcaaaattgaggcactg
caggtgtgagacactccaggtgtgagacactccagatgtgagacacccta
gttgtggtctcaaaaataaatgaagagtaactgaggaagatattagaggt
agatctctggcctctagtagcctagaaaacacacacactaacagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagcagagagtttgaaaatgagggagggaaaccacacac
atctagtgcagcaagacaagttccttctgcagcaagaagctgcccttgag
agtggccagcgtgctctcaggtgagcagtgggatcctttggaaaccatgc
gagacactgttcatctcacataaaacgtttatgaggggttacgaattgct
gacaattctttcccaaccagagaatgattgagtccagatgtacttaagtt
tggagaagagcaaacaggtgtcccctcgatggaaaaagagacctcaaggc
agactcagaagcaagtgaagcaaggtttctcttccgctccctctgcagag
caaacactggaatttggagggacatatgtgtgtatgcctgcatgcttgta
tgtatatatttatgtatgtatgcatgtatgtttgtatgtatgtatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111736567_111737361
seq2: B6Ng01-336L08.b_48_845 (reverse)

seq1  TATCATAGCCACATTTTACATCAAATTGTATTGAGCATG-TTAAGATCAG  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  TATCATAGCCACATTTTACATCAAATTGTATTGAGCATGTTTAGGATCAG  50

seq1  TAAGTAGCCTTGAGTGACATTATCA-TTTTTATACTATTTTATTAATTCA  98
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGCCTTGAGAGACATTATCATTTTTTATACTATTTTATTAATTCA  100

seq1  TAAAGCATTTTACCCCTTTCCATTGCTTTCTGCAACTCC-TTCCAGATTC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAAGCATTTTACCCCTTTCCATTGCTTTCTGCAACTCCTTTCCAGATTC  150

seq1  ACTCCTTCCTCCCCACCTTCATGTCTTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTCCTCCCCACCTTCATGTCTTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTG  200

seq1  TTTGGAAAAGACTATCTCACATAGCCGTCATGGTCACCTAGCTCTTATAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAAAGACTATCTCACATAGCCGTCATGGTCACCTAGCTCTTATAA  250

seq1  TCTTTCTATGATTTTCCCTTAGCTTTGAGAACACTGCTTGTGTTGTAAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTATGATTTTCCCTTAGCTTTGAGAACACTGCTTGTGTTGTAAGT  300

seq1  GTAATGACTGGGGATTGGCAGTGATGGTGGGTTGCTTTCTGCATTTTGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGACTGGGGATTGGCAGTGATGGTGGGTTGCTTTCTGCATTTTGAT  350

seq1  CAGTTGCGACTTTCTGTAATGATCCCCATCTGCCGTCTTTGATGAGGGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCGACTTTCTGTAATGATCCCCATCTGCCGTCTTTGATGAGGGAT  400

seq1  GAGACATGTGCTTGTTAGTGAATGTCAGGACAAGTACTCATGATGTTCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATGTGCTTGTTAGTGAATGTCAGGACAAGTACTCATGATGTTCTT  450

seq1  AAAGATTCTACTTGTTATAATTGTTTAGGAAAGTGGTAATATTAGGATCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTCTACTTGTTATAATTGTTTAGGAAAGTGGTAATATTAGGATCT  500

seq1  CCTCTAGGGTCTGTGGTGTCAGCGGCCCCAGGTAGGTAGCACAATGTACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGGGTCTGTGGTGTCAGCGGCCCCAGGTAGGTAGCACAATGTACA  550

seq1  GTGCTGTCCATAAAGGTGCTTGTATTGGGTGGGACTGATGTCCAACCAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTCCATAAAGGTGCTTGTATTGGGTGGGACTGATGTCCAACCAGG  600

seq1  TGACTGTTGGTTATTCTCATGACATAAGTGCCCCTGATGCATCTATTGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTTGGTTATTCTCATGACATAAGTGCCCCTGATGCATCTATTGAA  650

seq1  CTATCTTGTTGATCATTGTTGTGGATCATTGCGATCTCAGCTGGATAGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTGTTGATCATTGTTGTGGATCATTGCGATCTCAGCTGGATAGGA  700

seq1  TTATTGATTGCTTTCCTCCATTGTAAGCATGCATGCATGGCTCCTCCTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATTGCTTTCCTCCATTGTAAGCATGCATGCATGGCTCCTCCTGA  750

seq1  AACCATGAGAGTGAGAGGTGGTCTCTTAATTAGGCTTGTATGGAATTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGAGAGTGAGAGGTGGTCTCTTAATTAGGCTTGTATGGAATTC  798


seq1: chr11_111609986_111610683
seq2: B6Ng01-336L08.g_64_761

seq1  GAATTCCTGAAGGCTTTCTGGCTAGTGACTCTAGCAAAATTGAGGCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAAGGCTTTCTGGCTAGTGACTCTAGCAAAATTGAGGCACTG  50

seq1  CAGGTGTGAGACACTCCAGGTGTGAGACACTCCAGATGTGAGACACCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGAGACACTCCAGGTGTGAGACACTCCAGATGTGAGACACCCTA  100

seq1  GTTGTGGTCTCAAAAATAAATGAAGAGTAACTGAGGAAGATATTAGAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGTCTCAAAAATAAATGAAGAGTAACTGAGGAAGATATTAGAGGT  150

seq1  AGATCTCTGGCCTCTAGTAGCCTAGAAAACACACACACTAACAGAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCTGGCCTCTAGTAGCCTAGAAAACACACACACTAACAGAGAGAG  200

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  250

seq1  AGAGAGAGAGAGAGCAGAGAGTTTGAAAATGAGGGAGGGAAACCACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGCAGAGAGTTTGAAAATGAGGGAGGGAAACCACACAC  300

seq1  ATCTAGTGCAGCAAGACAAGTTCCTTCTGCAGCAAGAAGCTGCCCTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTGCAGCAAGACAAGTTCCTTCTGCAGCAAGAAGCTGCCCTTGAG  350

seq1  AGTGGCCAGCGTGCTCTCAGGTGAGCAGTGGGATCCTTTGGAAACCATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCAGCGTGCTCTCAGGTGAGCAGTGGGATCCTTTGGAAACCATGC  400

seq1  GAGACACTGTTCATCTCACATAAAACGTTTATGAGGGGTTACGAATTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTGTTCATCTCACATAAAACGTTTATGAGGGGTTACGAATTGCT  450

seq1  GACAATTCTTTCCCAACCAGAGAATGATTGAGTCCAGATGTACTTAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTCTTTCCCAACCAGAGAATGATTGAGTCCAGATGTACTTAAGTT  500

seq1  TGGAGAAGAGCAAACAGGTGTCCCCTCGATGGAAAAAGAGACCTCAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGAGCAAACAGGTGTCCCCTCGATGGAAAAAGAGACCTCAAGGC  550

seq1  AGACTCAGAAGCAAGTGAAGCAAGGTTTCTCTTCCGCTCCCTCTGCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGAAGCAAGTGAAGCAAGGTTTCTCTTCCGCTCCCTCTGCAGAG  600

seq1  CAAACACTGGAATTTGGAGGGACATATGTGTGTATGCCTGCATGCTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACTGGAATTTGGAGGGACATATGTGTGTATGCCTGCATGCTTGTA  650

seq1  TGTATATATTTATGTATGTATGCATGTATGTTTGTATGTATGTATGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATTTATGTATGTATGCATGTATGTTTGTATGTATGTATGTA  698


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |