BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340D17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 119,154,380 - 119,311,021
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEif4a3, Card14, Sgsh, Slc26a11, LOC672511
Upstream geneTimp2, Ddc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik, D11Bwg0517e, Enpp7, Cbx2, Cbx8, Cbx4, Tbc1d16, Ccdc40, Gaa
Downstream geneRnf213, A730011L01Rik, Nptx1, 4932417H02Rik, Chmp6, Baiap2, Aatk, Azi1, 2410002I01Rik, 1810043H04Rik, 1810073N04Rik, 2810410L24Rik, LOC100042332, LOC100043384, LOC100043389, Bahcc1, Actg1, Fscn2, 2310003H01Rik, Nploc4, Tspan10, Pde6g
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340D17.bB6Ng01-340D17.g
ACCGA124000GA124001
length1,2041,185
definitionB6Ng01-340D17.b B6Ng01-340D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,154,380 - 119,155,581)(119,309,828 - 119,311,021)
sequence
gaattctttaaagaacactctcacagctgggcgtggtagcacacgccttt
aatcccagcacttgggaggcagaggcaggcgaaggccagcctggtctaca
aagtgagttccaggacagccagggttatacagagaaaccctgtctcaaca
aaccaccaaaaaaaaaaaaaaaaaagaccactctcacagactctgcccac
aggccatcacttcagcctactgggcctgggcccagcttaaaccaaagaca
tcaaatatactacagcaaaccagtgtcagcatctcccatccgtcctagac
acaggtcttctgcgacctcccttcttagctgccccagcagctctgccact
gtcaaatctcagcatttctgtctaacacaccatctagagctgaattaaca
caggaaccctgagcccaagccaccccctgcccacctttgacaggacacct
agcctgcaattccccaagatggctacagagcaaggtggcacaccttccgc
ttggtgttgcagaagatgacggcctgggtgatggtcagcgtgtcatagag
atcacatagagtatcaaatttccattcctctctttccacagccacaaaga
actgtttgatgccttccagagtcaactcatcactgcaaagagagctcaca
tcactcttcaaaccagaacccgagagacatggccacccaagagccccagc
ccttgtctacccagccggtcttagagctttcccagttcccactctgtgga
tatctatcatcccacagagtacaggacaccatgttagtttccaccgaggg
gatgaaaggaacggaaggcatcctcaccgcttcaccaagatgcggatggg
gtcggtcatgaacttgttggtcatctccaggatctcatgaggcagtgtgg
cgctgatgaggacgacctgtgtggctggtggcaagtaccttgtacacatc
atagatctgctccttgaaacctgtaacagccgggagctttagagtcggcc
tgcaagctgacaactcagagctacactgccaggtcttcagagcaggtcac
aggcagtggtgcatggtgatgcccgagccctgacccagggtagtgttcag
tgccaagcagaacaataacaaccacactatctatggccttcaaggaacta
ccatgaaaacattatcaatcaaggtccatgttcaacggcagaatcactgt
ttct
gaattctactgtgctgattccagtctggacaaaggctagggcacccacac
aagatggcggtttagtgtgagcaatcatgtggccctgggtggtggttaaa
gttggcaaagttacagtaaaccccaccagccatagctcctgatagctggc
ttcagcaagtgaagcaaggatacagggtaacttaagaggagttgattccc
ttacacatccaatgtggaaggagaaaagggctcagattaaccccactgtc
tcttccccccatcataaatacaggagtccacttaactcccaggcaagagg
tcaaaaatgcagctcaagtgtctcccttagctaatggcaaaagccggact
cacgtcacagcttcttgggtcagaggcctttttcatctcctctgaatctt
ccacttccatttgttcctctgccaattcctttgactggcttgtctctatc
tccatctcctcctctgctagacaaaaggcaaggcagacatgttcaagtca
gcatgcaggatcaaactgtctgggtttatacccagagtgggacttgccag
gcttcttgtccctatctgtagagatggctctactgaacatgtgtcttgta
gagcagctccagctccaggctcaggcatcctctagcctgggctctaaaag
ctggcagaggaatcatactgtagcctggcatgctgtggcatctcaggtgg
ctccagcactgctgcactctgctgagggtcaggggctgggacagcagagt
ggctacgcatccagcaccgcagctggcattcatttccctcctgtcaccta
caccatggccccaggtgactgtcttgtcactcacgctcaggtttgtcctc
tggcttgaacactggctgatggtgacattctgcagtttggtgacatctga
agccataattgttgatctgcggaggtcatcatatgcacagaccgccatag
ccctgtgaagaacagtcactggaatcttctataacttagctgtgtcatct
agtcatttataaacaagacataatctcaacctggctttttatgtatgaat
tgaactcatgtgagtgatggattcgttatgtgtgcacccatgtgcacgtt
gtaggattcagacgtgaactgtgaccgctggttcttcatctttcctctga
ggaacctggaacttattacgactcaggtgctcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_119154380_119155581
seq2: B6Ng01-340D17.b_44_1247

seq1  GAATTCTTTAAAGAACACTCTCACAGCTGGGCGTGGTAGCACACGCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAGAACACTCTCACAGCTGGGCGTGGTAGCACACGCCTTT  50

seq1  AATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGAAGGCCAGCCTGGTCTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGAAGGCCAGCCTGGTCTACA  100

seq1  AAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGTTATACAGAGAAACCCTGTCTCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGTTATACAGAGAAACCCTGTCTCAACA  150

seq1  AACCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCACTCTCACAGACTCTGCCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCACTCTCACAGACTCTGCCCAC  200

seq1  AGGCCATCACTTCAGCCTACTGGGCCTGGGCCCAGCTTAAACCAAAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATCACTTCAGCCTACTGGGCCTGGGCCCAGCTTAAACCAAAGACA  250

seq1  TCAAATATACTACAGCAAACCAGTGTCAGCATCTCCCATCCGTCCTAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATACTACAGCAAACCAGTGTCAGCATCTCCCATCCGTCCTAGAC  300

seq1  ACAGGTCTTCTGCGACCTCCCTTCTTAGCTGCCCCAGCAGCTCTGCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCTTCTGCGACCTCCCTTCTTAGCTGCCCCAGCAGCTCTGCCACT  350

seq1  GTCAAATCTCAGCATTTCTGTCTAACACACCATCTAGAGCTGAATTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATCTCAGCATTTCTGTCTAACACACCATCTAGAGCTGAATTAACA  400

seq1  CAGGAACCCTGAGCCCAAGCCACCCCCTGCCCACCTTTGACAGGACACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACCCTGAGCCCAAGCCACCCCCTGCCCACCTTTGACAGGACACCT  450

seq1  AGCCTGCAATTCCCCAAGATGGCTACAGAGCAAGGTGGCACACCTTCCGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCAATTCCCCAAGATGGCTACAGAGCAAGGTGGCACACCTTCCGC  500

seq1  TTGGTGTTGCAGAAGATGACGGCCTGGGTGATGGTCAGCGTGTCATAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTTGCAGAAGATGACGGCCTGGGTGATGGTCAGCGTGTCATAGAG  550

seq1  ATCACATAGAGTATCAAATTTCCATTCCTCTCTTTCCACAGCCACAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATAGAGTATCAAATTTCCATTCCTCTCTTTCCACAGCCACAAAGA  600

seq1  ACTGTTTGATGCCTTCCAGAGTCAACTCATCACTGCAAAGAGAGCTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTGATGCCTTCCAGAGTCAACTCATCACTGCAAAGAGAGCTCACA  650

seq1  TCACTCTTCAAACCAGAACCCGAGAGACATGGCCACCCAAGAGCCCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTTCAAACCAGAACCCGAGAGACATGGCCACCCAAGAGCCCCAGC  700

seq1  CCTTGTCTACCCAGCCGGTCTTAGAGCTTTCCCAGTTCCCACTCTGTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTACCCAGCCGGTCTTAGAGCTTTCCCAGTTCCCACTCTGTGGA  750

seq1  TATCTATCATCCCACAGAGTACAGGACACCATGTTAGTTTCCACCGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCATCCCACAGAGTACAGGACACCATGTTAGTTTCCACCGAGGG  800

seq1  GATG-AAGGAACGGAAGGCATCCTCACCGCTTCACCAAGATGCGGATGGG  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGGAACGGAAGGCATCCTCACCGCTTCACCAAGATGCGGATGGG  850

seq1  GTCGGTCATGAACTTGTTGGTCATCTCCAGGATCTCATGAGGCAGTGTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTCATGAACTTGTTGGTCATCTCCAGGATCTCATGAGGCAGTGTGG  900

seq1  CGCTGATGAGGACGACCTGTGTGGCTGGTGGCAAGTACC-TGTACACATC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CGCTGATGAGGACGACCTGTGTGGCTGGTGGCAAGTACCTTGTACACATC  950

seq1  ATAGATCTGCTCCTTGAAACCTGTAACAGCCGGGAGC-TTAGAGTCGGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATAGATCTGCTCCTTGAAACCTGTAACAGCCGGGAGCTTTAGAGTCGGCC  1000

seq1  TGCAGGCTGAC-ACTCAGAGCCACACTGCCAGGTCTTCAGAGCAAGGTCA  1046
      |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCAAGCTGACAACTCAGAGCTACACTGCCAGGTCTTCAGAGC-AGGTCA  1049

seq1  CAGGCAGT-GTGCATGTGAATGCCCGAGCCCTGACCCA-GGTAGTGTGCA  1094
      |||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CAGGCAGTGGTGCATGGTGATGCCCGAGCCCTGACCCAGGGTAGTGTTCA  1099

seq1  GTGCCAAAGCAG-ACAATAACAA-CACACTATC-ATGGCC-TCAAGGACC  1140
      ||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |
seq2  GTGCC-AAGCAGAACAATAACAACCACACTATCTATGGCCTTCAAGGAAC  1148

seq1  TTAACCATGAAAACATTA-CAATCAAAGTTTCATGTTCAAAACCCGCAAG  1189
      |  ||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||    ||  ||
seq2  T--ACCATGAAAACATTATCAATC-AAGGTCCATGTTCAA----CGGCAG  1191

seq1  ATACACTGTTTCT  1202
      |  ||||||||||
seq2  AATCACTGTTTCT  1204

seq1: chr11_119309828_119311021
seq2: B6Ng01-340D17.g_66_1250 (reverse)

seq1  CCTGAGCACCTGAGT-GTAATTAGTTCTCCAGGCTCCCTCCACGAGGGAA  49
      ||||||||||||||| ||||| |||  |||||| | ||||   |||| ||
seq2  CCTGAGCACCTGAGTCGTAATAAGT--TCCAGG-TTCCTC--AGAGGAAA  45

seq1  GA--GAGAACCAGCGGTCACAGATCACCTTCTGAATCC-ACACACGTGCA  96
      ||   ||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||| |||||||
seq2  GATGAAGAACCAGCGGTCACAGTTCA-CGTCTGAATCCTACA-ACGTGCA  93

seq1  CATGGGTGCACACAT-ACAGATACATACACTCACATGAGTACAATTCAAT  145
      ||||||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||| |||||||  
seq2  CATGGGTGCACACATAACGAATCCAT-CACTCACATGAGTTCAATTCA--  140

seq1  TAACATAAAAAGCCAGGTTGAGATTATGTCTTGTTTATAAATGACTAGAT  195
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TACATAAAAAGCCAGGTTGAGATTATGTCTTGTTTATAAATGACTAGAT  189

seq1  GACAACAGCTAAGTTATAGAAGATTCCAGTGACTGTTCTTCACAGGGCTA  245
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAC-ACAGCTAAGTTATAGAAGATTCCAGTGACTGTTCTTCACAGGGCTA  238

seq1  TGGCGGTCTGTGCATATTGATGACCTCCGCAGATCAACAATTATGGCTTC  295
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGGTCTGTGCATA-TGATGACCTCCGCAGATCAACAATTATGGCTTC  287

seq1  AGATGTCACCAAACTGCAGAATGTCACCATCAGCCAGTTGTTCAAGCCAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGATGTCACCAAACTGCAGAATGTCACCATCAGCCAG-TGTTCAAGCCAG  336

seq1  AGGACAAACCTGAGCGTGAGTGACAAGACAGTCACCTGGGGCCATGGTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAACCTGAGCGTGAGTGACAAGACAGTCACCTGGGGCCATGGTGT  386

seq1  AGGTGACAGGAGGGAAATGAATGCCAGCTGCGGTGCTGGATGCGTAGCCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACAGGAGGGAAATGAATGCCAGCTGCGGTGCTGGATGCGTAGCCA  436

seq1  CTCTGCTGTCCCAGCCCCTGACCCTCAGCAGAGTGCAGCAGTGCTGGAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGTCCCAGCCCCTGACCCTCAGCAGAGTGCAGCAGTGCTGGAGC  486

seq1  CACCTGAGATGCCACAGCATGCCAGGCTACAGTATGATTCCTCTGCCAGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAGATGCCACAGCATGCCAGGCTACAGTATGATTCCTCTGCCAGC  536

seq1  TTTTAGAGCCCAGGCTAGAGGATGCCTGAGCCTGGAGCTGGAGCTGCTCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGCCCAGGCTAGAGGATGCCTGAGCCTGGAGCTGGAGCTGCTCT  586

seq1  ACAAGACACATGTTCAGTAGAGCCATCTCTACAGATAGGGACAAGAAGCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACACATGTTCAGTAGAGCCATCTCTACAGATAGGGACAAGAAGCC  636

seq1  TGGCAAGTCCCACTCTGGGTATAAACCCAGACAGTTTGATCCTGCATGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGTCCCACTCTGGGTATAAACCCAGACAGTTTGATCCTGCATGCT  686

seq1  GACTTGAACATGTCTGCCTTGCCTTTTGTCTAGCAGAGGAGGAGATGGAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAACATGTCTGCCTTGCCTTTTGTCTAGCAGAGGAGGAGATGGAG  736

seq1  ATAGAGACAAGCCAGTCAAAGGAATTGGCAGAGGAACAAATGGAAGTGGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGACAAGCCAGTCAAAGGAATTGGCAGAGGAACAAATGGAAGTGGA  786

seq1  AGATTCAGAGGAGATGAAAAAGGCCTCTGACCCAAGAAGCTGTGACGTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAGAGGAGATGAAAAAGGCCTCTGACCCAAGAAGCTGTGACGTGA  836

seq1  GTCCGGCTTTTGCCATTAGCTAAGGGAGACACTTGAGCTGCATTTTTGAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGGCTTTTGCCATTAGCTAAGGGAGACACTTGAGCTGCATTTTTGAC  886

seq1  CTCTTGCCTGGGAGTTAAGTGGACTCCTGTATTTATGATGGGGGGAAGAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCCTGGGAGTTAAGTGGACTCCTGTATTTATGATGGGGGGAAGAG  936

seq1  ACAGTGGGGTTAATCTGAGCCCTTTTCTCCTTCCACATTGGATGTGTAAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGGGTTAATCTGAGCCCTTTTCTCCTTCCACATTGGATGTGTAAG  986

seq1  GGAATCAACTCCTCTTAAGTTACCCTGTATCCTTGCTTCACTTGCTGAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCAACTCCTCTTAAGTTACCCTGTATCCTTGCTTCACTTGCTGAAG  1036

seq1  CCAGCTATCAGGAGCTATGGCTGGTGGGGTTTACTGTAACTTTGCCAACT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTATCAGGAGCTATGGCTGGTGGGGTTTACTGTAACTTTGCCAACT  1086

seq1  TTAACCACCACCCAGGGCCACATGATTGCTCACACTAAACCGCCATCTTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCACCACCCAGGGCCACATGATTGCTCACACTAAACCGCCATCTTG  1136

seq1  TGTGGGTGCCCTAGCCTTTGTCCAGACTGGAATCAGCACAGTAGAATTC  1194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGCCCTAGCCTTTGTCCAGACTGGAATCAGCACAGTAGAATTC  1185