BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343J02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 81,950,740 - 82,109,360
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcl1
Upstream geneAccn1, 1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8
Downstream geneTmem132e, Cct6b, Ccdc16, Lig3, Rffl, Rad51l3, Fndc8, Nle1, Unc45b, Slfn5, Set8-ps, Slfn9, Slfn8, LOC668706, Slfn10, Slfn2, Slfn1, Slfn4, Slfn3, LOC100043636, LOC435271, Slfn14, Pex12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343J02.bB6Ng01-343J02.g
ACCGA126311GA126312
length1,0771,157
definitionB6Ng01-343J02.b B6Ng01-343J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,950,740 - 81,951,820)(82,108,200 - 82,109,360)
sequence
gaattccttcaaggagatcctgagaggctattgagtaaagctgtaaaagt
gaaccctggcttgtagcaggaactccaaggtattggtgttgccagccata
gcctagtgatatggagagcttcctaccagcaatggaacctgcccaactcc
aggcagcagcaaactcctcccctgacccactaccaagaactaatagggac
aggtcacccatgatctaatacctaggagaatacttagccattccttcaag
aatctggaggctttaagtgggagcatacatggcataggaaagtaatggta
accagcagatatcacatcacctccgagaggctttcagaatcagagaagtc
agatctgtacagctcagcactgctgtaagatgactgccctgtggacaaga
ctctgacctcacctcttcccttcattgacaaacaaagaaaggccttaatg
gcccccaggaaagcaagagagccaggatgactcccaggaagagtagtgag
tggccatcaagtagctggcctcctttccacttcagagaaacaatgacaag
acataccacatgtgaccaattggacattgctaaggaagatctgtcaagct
ttaaaatgttttgccaattctggtgtgttggttaatttatgttaacttga
cacgaactaggggtatctgagaaagagggatcttaattgagggattgcat
ctatcaaattgacctgtaggtaggtttctagggccgttttcttgattaat
tattgaagtgagaggcccataccactggggatcatgacacccctaggtag
gaggtcatgggttctgtttttttttttttttttttaaaaaaagagctagc
taagaaaacactggagaccaagccattaagcactgttcttccttggcctc
tgcttcagtttctgcctcaaggtttctgcccttgaattcttcccctggat
tcccttaatgatggactgttacctgaagtgtatagaaataagcccctttc
tgccctcagtattttatcacagcagagaagaagcaactcatatctgacac
tgcagaatatgtagagattggcaacaa
gaattcctggagcacaccactttgatgtttgtgaacccagctcagctttc
tctgagtaacattgatctggggcatgcgctccacaagtcccaccttttgg
accctgccattgtctctgaggccacactggaaacaccaggtttgagtggt
gacatcaggcttgtcacattgtcacaccatcatcacccccaggctgcatc
agcagctgccctgatgaataattcattggggtcttgtttactcttcctgg
ttgctcctggcttttaaacccactacagcccctcctaggtccagctgccc
tggcctttgcccatgcctctgatttgaccaccagaaagctttcttggggc
tgacccatgtgttagctatgaattattcaggtctcatctggctagagcca
gcgtagatattgttggctggggtggaatctgggctgtagggtctgggtca
tcggggacactcacagaaagcaagtgtgggacaatactgtatcggaacct
ccatctatgttgaaccccacatcctgttggagatataagcacctgctact
gtgaaccccatggagcagactgcctcattaggaccctacaaacttgcttc
aaggactcctacacatagtatacaaggaagtgctggctgggtgttacctg
tattaccagaagtaaagtctacacagtctctctgggggccacaaacagat
ctctagaacacaatttagattaggactgcatcctgcctctgctactaccc
agccagtcaccttggatgggtcactgaatcctctgtgctgccagaaggtg
gttagtggtttgttctctgccctgcatcaccctgacagcttggttagggt
tcctctatgtagcctaagttggcttcaaattcatgatgtgcctgccccag
cctcctgaatgatgggattataggtgcgcacactatgttgtggtggtttg
atgagaatgtcccccataggttaaactgtttgaatacttggtccttagtt
ggtggttctgtttggtagtttagacgcatgctagttggagagtaaattac
taggggtggccttgagatgtcgaagctctccattgcaattccagggtgga
gctctcctgcttcctggcttcatgattcaggatagagatccagttgcagc
tctcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_81950740_81951820
seq2: B6Ng01-343J02.b_46_1122

seq1  GAATTCCTTCAAGGAGATCCTGAGAGGCTATTGAGTAAAGCTGTAAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAAGGAGATCCTGAGAGGCTATTGAGTAAAGCTGTAAAAGT  50

seq1  GAACCCTGGCTTGTAGCAGGAACTCCAAGGTATTGGTGTTGCCAGCCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGGCTTGTAGCAGGAACTCCAAGGTATTGGTGTTGCCAGCCATA  100

seq1  GCCTAGTGATATGGAGAGCTTCCTACCAGCAATGGAACCTGCCCAACTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGTGATATGGAGAGCTTCCTACCAGCAATGGAACCTGCCCAACTCC  150

seq1  AGGCAGCAGCAAACTCCTCCCCTGACCCACTACCAAGAACTAATAGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCAGCAAACTCCTCCCCTGACCCACTACCAAGAACTAATAGGGAC  200

seq1  AGGTCACCCATGATCTAATACCTAGGAGAATACTTAGCCATTCCTTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACCCATGATCTAATACCTAGGAGAATACTTAGCCATTCCTTCAAG  250

seq1  AATCTGGAGGCTTTAAGTGGGAGCATACATGGCATAGGAAAGTAATGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGAGGCTTTAAGTGGGAGCATACATGGCATAGGAAAGTAATGGTA  300

seq1  ACCAGCAGATATCACATCACCTCCGAGAGGCTTTCAGAATCAGAGAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAGATATCACATCACCTCCGAGAGGCTTTCAGAATCAGAGAAGTC  350

seq1  AGATCTGTACAGCTCAGCACTGCTGTAAGATGACTGCCCTGTGGACAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTACAGCTCAGCACTGCTGTAAGATGACTGCCCTGTGGACAAGA  400

seq1  CTCTGACCTCACCTCTTCCCTTCATTGACAAACAAAGAAAGGCCTTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCTCACCTCTTCCCTTCATTGACAAACAAAGAAAGGCCTTAATG  450

seq1  GCCCCCAGGAAAGCAAGAGAGCCAGGATGACTCCCAGGAAGAGTAGTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCAGGAAAGCAAGAGAGCCAGGATGACTCCCAGGAAGAGTAGTGAG  500

seq1  TGGCCATCAAGTAGCTGGCCTCCTTTCCACTTCAGAGAAACAATGACAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATCAAGTAGCTGGCCTCCTTTCCACTTCAGAGAAACAATGACAAG  550

seq1  ACATACCACATGTGACCAATTGGACATTGCTAAGGAAGATCTGTCAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCACATGTGACCAATTGGACATTGCTAAGGAAGATCTGTCAAGCT  600

seq1  TTAAAATGTTTTGCCAATTCTGGTGTGTTGGTTAATTTATGTTAACTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGTTTTGCCAATTCTGGTGTGTTGGTTAATTTATGTTAACTTGA  650

seq1  CACGAACTAGGGGTATCTGAGAAAGAGGGATCTTAATTGAGGGATTGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAACTAGGGGTATCTGAGAAAGAGGGATCTTAATTGAGGGATTGCAT  700

seq1  CTATCAAATTGACCTGTAGGTAGGTTTCTAGGGCCGTTTTCTTGATTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAATTGACCTGTAGGTAGGTTTCTAGGGCCGTTTTCTTGATTAAT  750

seq1  TATTGAAGTGAGAGGCCCATACCACTGGGGATCATGACACCCCTAGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAGTGAGAGGCCCATACCACTGGGGATCATGACACCCCTAGGTAG  800

seq1  GAGGTCATGGGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGAGCTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCATGGGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGAGCTAGC  850

seq1  TAAGAAAACACTGGAGACCAAGCCATTAAGCACTGTTCTTCCTTGGCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAACACTGGAGACCAAGCCATTAAGCACTGTTCTTCCTTGGCCTC  900

seq1  TGCTTCAGTTTCTGCCTCAAGGTTTCTG-CCTTGAATTCTTCCCCTGGAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAGTTTCTGCCTCAAGGTTTCTGCCCTTGAATTCTTCCCCTGGAT  950

seq1  TCCCTTAATGATGGACTGTTACCTGAAAGTGTAATAGGAAATAAG-CCCT  998
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||
seq2  TCCCTTAATGATGGACTGTTACCTG-AAGTGT-ATA-GAAATAAGCCCCT  997

seq1  TTCTGCCCTCAGTATTTTATCACAGCAGGAGAGAAGCCAACTCAAATATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||  |||||
seq2  TTCTGCCCTCAGTATTTTATCACAGCAGAGAAGAAG-CAACTC--ATATC  1044

seq1  TGGACACTGCAG-ATATGTAGAGATTGCCAACAA  1081
      | |||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  T-GACACTGCAGAATATGTAGAGATTGGCAACAA  1077

seq1: chr11_82108200_82109360
seq2: B6Ng01-343J02.g_67_1223 (reverse)

seq1  CCTG-GAGCTGCAACTGAGATCTC-ATCCCTTGAATCATGA--GCAGGAA  46
      |||| |||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||   ||||||
seq2  CCTGAGAGCTGCAACTG-GATCTCTATCC--TGAATCATGAAGCCAGGAA  47

seq1  GCA-GAGAGCT-CACACTGGGAATGGCAT-GAGA-CTTTGAAATCTCAAA  92
      ||| ||||||| ||| |||| | ||  || |||| ||| || ||||| ||
seq2  GCAGGAGAGCTCCACCCTGGAATTGCAATGGAGAGCTTCGACATCTC-AA  96

seq1  GCCCACCCCTAGTAATTTACTTCCTCCACTAAGGCCATGCCTTCTAAACT  142
      | |||||||||||||||||||  |||||   ||  |||| | ||||||||
seq2  GGCCACCCCTAGTAATTTACT--CTCCAACTAG--CATG-CGTCTAAACT  141

seq1  ACCCAAACAGAACCACCAACTAAGGACCAAGTATTCAAACAGTTTAACCT  192
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CCAAACAGAACCACCAACTAAGGACCAAGTATTCAAACAGTTTAACCT  190

seq1  ATGGGGGACATTCTCATTCAAACCACCACAACATAGTTGTGCGCACCTAT  242
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGGGGGACATTCTCA-TCAAACCACCACAACATAG-TGTGCGCACCTAT  238

seq1  AATCCCATCATTCAGGAGGCTGGGGCAGGCACATCATGAATTTGAAGCCA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATCATTCAGGAGGCTGGGGCAGGCACATCATGAATTTGAAGCCA  288

seq1  ACTTAGGCTACATAGAGGAACCCTAACCAAGCTGTCAGGGTGATGCAGGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGCTACATAGAGGAACCCTAACCAAGCTGTCAGGGTGATGCAGGG  338

seq1  CAGAGAACAAACCACTAACCACCTTCTGGCAGCACAGAGGATTCAGTGAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACAAACCACTAACCACCTTCTGGCAGCACAGAGGATTCAGTGAC  388

seq1  CCATCCAAGGTGACTGGCTGGGTAGTAGCAGAGGCAGGATGCAGTCCTAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAAGGTGACTGGCTGGGTAGTAGCAGAGGCAGGATGCAGTCCTAA  438

seq1  TCTAAATTGTGTTCTAGAGATCTGTTTGTGGCCCCCAGAGAGACTGTGTA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATTGTGTTCTAGAGATCTGTTTGTGGCCCCCAGAGAGACTGTGTA  488

seq1  GACTTTACTTCTGGTAATACAGGTAACACCCAGCCAGCACTTCCTTGTAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTACTTCTGGTAATACAGGTAACACCCAGCCAGCACTTCCTTGTAT  538

seq1  ACTATGTGTAGGAGTCCTTGAAGCAAGTTTGTAGGGTCCTAATGAGGCAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGTAGGAGTCCTTGAAGCAAGTTTGTAGGGTCCTAATGAGGCAG  588

seq1  TCTGCTCCATGGGGTTCACAGTAGCAGGTGCTTATATCTCCAACAGGATG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCCATGGGGTTCACAGTAGCAGGTGCTTATATCTCCAACAGGATG  638

seq1  TGGGGTTCAACATAGATGGAGGTTCCGATACAGTATTGTCCCACACTTGC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTCAACATAGATGGAGGTTCCGATACAGTATTGTCCCACACTTGC  688

seq1  TTTCTGTGAGTGTCCCCGATGACCCAGACCCTACAGCCCAGATTCCACCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGAGTGTCCCCGATGACCCAGACCCTACAGCCCAGATTCCACCC  738

seq1  CAGCCAACAATATCTACGCTGGCTCTAGCCAGATGAGACCTGAATAATTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAACAATATCTACGCTGGCTCTAGCCAGATGAGACCTGAATAATTC  788

seq1  ATAGCTAACACATGGGTCAGCCCCAAGAAAGCTTTCTGGTGGTCAAATCA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTAACACATGGGTCAGCCCCAAGAAAGCTTTCTGGTGGTCAAATCA  838

seq1  GAGGCATGGGCAAAGGCCAGGGCAGCTGGACCTAGGAGGGGCTGTAGTGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATGGGCAAAGGCCAGGGCAGCTGGACCTAGGAGGGGCTGTAGTGG  888

seq1  GTTTAAAAGCCAGGAGCAACCAGGAAGAGTAAACAAGACCCCAATGAATT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAGCCAGGAGCAACCAGGAAGAGTAAACAAGACCCCAATGAATT  938

seq1  ATTCATCAGGGCAGCTGCTGATGCAGCCTGGGGGTGATGATGGTGTGACA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCAGGGCAGCTGCTGATGCAGCCTGGGGGTGATGATGGTGTGACA  988

seq1  ATGTGACAAGCCTGATGTCACCACTCAAACCTGGTGTTTCCAGTGTGGCC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACAAGCCTGATGTCACCACTCAAACCTGGTGTTTCCAGTGTGGCC  1038

seq1  TCAGAGACAATGGCAGGGTCCAAAAGGTGGGACTTGTGGAGCGCATGCCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGACAATGGCAGGGTCCAAAAGGTGGGACTTGTGGAGCGCATGCCC  1088

seq1  CAGATCAATGTTACTCAGAGAAAGCTGAGCTGGGTTCACAAACATCAAAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAATGTTACTCAGAGAAAGCTGAGCTGGGTTCACAAACATCAAAG  1138

seq1  TGGTGTGCTCCAGGAATTC  1161
      |||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGCTCCAGGAATTC  1157