BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344F23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 37,237,522 - 37,372,810
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOdz2
Downstream geneLOC100039148, LOC276941
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344F23.bB6Ng01-344F23.g
ACCGA126877GA126878
length1,0751,131
definitionB6Ng01-344F23.b B6Ng01-344F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,237,522 - 37,238,598)(37,371,681 - 37,372,810)
sequence
gaattcaaacctattagcctgtgggaaggccattctcattcacaactcca
cagagtatactgcgaaacattgtatataaatagctatatatcaatcgatg
ccaaatacaacaaataccctaaaactcctcagtatatgagtctattatcc
taattttatagcttaaaatgattgtagaatcaaatatattaaaggatttt
ataaaatcatatgccttaaaagagacagaataaagactggaatttacctc
tacacaattctcttggcaaggatggttgtaacaataaaaatagaaaatat
attataactgcagtattttataaaaataatgtttgggttgacacaggaag
tccaataatgacttacagtactaccatctgctccaggagtaacagaggtg
ttgggcagaagactaatgtgcaaatatgcttaaatctatacaccacgggg
gccaggacatctggtaaagaagaggtgagccacagcctcgccattccagc
tctcccaattatgttaattgtaacagaacttggcttcctggcaatgcaga
gctagtgaggcatttgacatgctgtagaatttaagttcaaaagtaaaatt
gtttaatgaatgcacaccctactcctcattcattatgcaaagtcgggttg
tagagtttttcaatatgtactctaattccctttaagaaacgtgattccac
attcttcatattagtgcaagggggacaaaaagatactttgctggagaggc
tctggggtcagttagaaagtctctgctctattttttttttaaggatgata
taatcccccttttctctgccattgtgttttattatgttggaggctgatgg
ctataaaacacagcacctccccttcaactttccatataacttgattagac
aggaataatctcttatgctttcatgcacaaatttaggagtgacccagaac
caaacgagtttccttttatcacattagcaccaggactatggaaaaatgcc
actcactagctatgcaagtcagattcatttcctttgatgttaataccaaa
ttgcttcgaaaatcaatgagtttcc

gaattctataggctaggaagacaatcaacacaaatacttttgaaattaag
aacttattccctgtgtcactggatcggcattaggtcttcttattatgtgc
cagttactttttgagtcgtcccatgataattaagtacttcctgaaacaaa
tttcagggaaaaattttagttttgcgaacgaactgatatccacagaactt
agttaatatatccaaggtaacacaactggaaaatagtagaaccaggattc
aaattcaggccatctggttcagagctctcactttgatacataacaccatg
ccgtctcatgcatcaccatgctctccattcttgaattttctgcatgacta
agaatggccccaagagtttgtcaaagttcagggtcccccatacactgatg
cactaggcagtactgtgttcctaagaaacttggatggggctttttaagtt
cccctgcagatgtagcatgagtcacactgaggttcagaactctctgaatt
ggcagaaaggagcagacttgctagtgggttacaggatcctgggctcaatg
ctttgaaatttatagtcacagaaatattttgttggtatgcatagtcatga
cagctctctgtgtttatagggtaactctaaataccttcttaaatgactgg
cttttctttttgtttaacatctggcatcttgtcattggattgattttact
tagggatggacactttccctgtgattgtttggaaattcttcccttacagg
agagcatttgctttcatctttaacattttttttttttgcaccttcaggac
actatttgggcctataatttttaacaaagtaaaacttaaaaacccttgtg
tgtgtgcgcgcgtgtcctaaaagttacctaaatccatgacacacttgcaa
aaattatacttgttctaaagtcaagtccaatttgttctaaagttctaagg
tcaaaactggcagaattgtacgaatattcttgtagtacctatgttctgta
atgggagttcatcatcaggtgggaagtttaaacaataacattgaaaggtg
atcttctctaactgatgaatgttaacatatgtaagtggtgcagaggaatt
aagataaggaaaatcctcagcaagttatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_37237522_37238598
seq2: B6Ng01-344F23.b_46_1120

seq1  GAATTCAAACCTATTAGCCTGTGGGAAGGCCATTCTCATTCACAACTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCTATTAGCCTGTGGGAAGGCCATTCTCATTCACAACTCCA  50

seq1  CAGAGTATACTGCGAAACATTGTATATAAATAGCTATATATCAATCGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTATACTGCGAAACATTGTATATAAATAGCTATATATCAATCGATG  100

seq1  CCAAATACAACAAATACCCTAAAACTCCTCAGTATATGAGTCTATTATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATACAACAAATACCCTAAAACTCCTCAGTATATGAGTCTATTATCC  150

seq1  TAATTTTATAGCTTAAAATGATTGTAGAATCAAATATATTAAAGGATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATAGCTTAAAATGATTGTAGAATCAAATATATTAAAGGATTTT  200

seq1  ATAAAATCATATGCCTTAAAAGAGACAGAATAAAGACTGGAATTTACCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATCATATGCCTTAAAAGAGACAGAATAAAGACTGGAATTTACCTC  250

seq1  TACACAATTCTCTTGGCAAGGATGGTTGTAACAATAAAAATAGAAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAATTCTCTTGGCAAGGATGGTTGTAACAATAAAAATAGAAAATAT  300

seq1  ATTATAACTGCAGTATTTTATAAAAATAATGTTTGGGTTGACACAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAACTGCAGTATTTTATAAAAATAATGTTTGGGTTGACACAGGAAG  350

seq1  TCCAATAATGACTTACAGTACTACCATCTGCTCCAGGAGTAACAGAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAATGACTTACAGTACTACCATCTGCTCCAGGAGTAACAGAGGTG  400

seq1  TTGGGCAGAAGACTAATGTGCAAATATGCTTAAATCTATACACCACGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAGAAGACTAATGTGCAAATATGCTTAAATCTATACACCACGGGG  450

seq1  GCCAGGACATCTGGTAAAGAAGAGGTGAGCCACAGCCTCGCCATTCCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGACATCTGGTAAAGAAGAGGTGAGCCACAGCCTCGCCATTCCAGC  500

seq1  TCTCCCAATTATGTTAATTGTAACAGAACTTGGCTTCCTGGCAATGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAATTATGTTAATTGTAACAGAACTTGGCTTCCTGGCAATGCAGA  550

seq1  GCTAGTGAGGCATTTGACATGCTGTAGAATTTAAGTTCAAAAGTAAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGAGGCATTTGACATGCTGTAGAATTTAAGTTCAAAAGTAAAATT  600

seq1  GTTTAATGAATGCACACCCTACTCCTCATTCATTATGCAAAGTCGGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATGAATGCACACCCTACTCCTCATTCATTATGCAAAGTCGGGTTG  650

seq1  TAGAGTTTTTCAATATGTACTCTAATTCCCTTTAAGAAACGTGATTCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTTTCAATATGTACTCTAATTCCCTTTAAGAAACGTGATTCCAC  700

seq1  ATTCTTCATATTAGTGCAAGGGGGACAAAAAGATACTTTGCTGGAGAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCATATTAGTGCAAGGGGGACAAAAAGATACTTTGCTGGAGAGGC  750

seq1  TCTGGGGTCAGTTAGAAAGTCTCTGCTCTA-TTTTTTTTTAAGGATGATA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTCAGTTAGAAAGTCTCTGCTCTATTTTTTTTTTAAGGATGATA  800

seq1  TAATCCCCC-TTTCTCTGCCATTGTGTTTTATTATGTTGGAGGCTGATGG  848
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCCCTTTTCTCTGCCATTGTGTTTTATTATGTTGGAGGCTGATGG  850

seq1  CTATAAAACACAGCACCTCCCCTTCAACTTTCCATATAACTTGATTAGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAACACAGCACCTCCCCTTCAACTTTCCATATAACTTGATTAGAC  900

seq1  AGGAATAATCTCTTATGCTTTCATGCACAAATTTAGGAGTGACCCAGAA-  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGAATAATCTCTTATGCTTTCATGCACAAATTTAGGAGTGACCCAGAAC  950

seq1  CAAACGAGTTTCC-TTTATCACCATAGCAACCAGGACTATGGAAAAATGC  996
      ||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGAGTTTCCTTTTATCACATTAGC-ACCAGGACTATGGAAAAATGC  999

seq1  CACTCACTAGGCTATGCAAGTCAGAATTCA-TTCCTTTGATGTTAATTAC  1045
      ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||
seq2  CACTCACTA-GCTATGCAAGTCAG-ATTCATTTCCTTTGATGTTAA-TAC  1046

seq1  CAAATTGCTTTCAGAAAATCAATTGAGTTTCC  1077
      ||||||||||   ||||||||| |||||||||
seq2  CAAATTGCTT--CGAAAATCAA-TGAGTTTCC  1075


seq1: chr11_37371681_37372810
seq2: B6Ng01-344F23.g_66_1196 (reverse)

seq1  GAAATAAACTTGCTGAAGGTTTTTTTCTTTATCTTATTTCTTCTGCA-CA  49
      ||||| |||||||||| |    ||||| |||||||| ||| |||||| ||
seq2  GAAAT-AACTTGCTGAGG---ATTTTCCTTATCTTAATTCCTCTGCACCA  46

seq1  C-TACATATGTT-ACATTCATCAGTTTAGAG-AGATCA-CTTTCAATGTT  95
      | |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||
seq2  CTTACATATGTTAACATTCATCAG-TTAGAGAAGATCACCTTTCAATGTT  95

seq1  ATTGTTTTAAACTTCCCAACCTGATGATGAACTCCATTTACAAGAACATA  145
      |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||
seq2  ATTG-TTTAAACTTCCC-ACCTGATGATGAACTCCCATTAC-AGAACATA  142

seq1  GGTACTACAAGAAATATTCGTACAATTCTGCCAGTTTTGACTTTAGAACT  195
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTACTACAAG-AATATTCGTACAATTCTGCCAGTTTTGACCTTAGAACT  191

seq1  TTAGAACAAATTGGACTTGACTTTAGAACAAGTATAATTTTTGCAAGTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACAAATTGGACTTGACTTTAGAACAAGTATAATTTTTGCAAGTGT  241

seq1  GTCATGGATTTAGGTAACTTTTAGGACACGCGCGCACACACACAAGGG-T  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCATGGATTTAGGTAACTTTTAGGACACGCGCGCACACACACAAGGGTT  291

seq1  TTTAAG-TTTACTTTGTTAAAAATTATAGG-CCAAATAGTGTCCTGAAGG  342
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTTTACTTTGTTAAAAATTATAGGCCCAAATAGTGTCCTGAAGG  341

seq1  TGC--AAAAAAAAAATGTTAAAGATGAAAGCAAATGCTCTCCTGTAAGGG  390
      |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAAAAAAAAATGTTAAAGATGAAAGCAAATGCTCTCCTGTAAGGG  391

seq1  AAGAATTTCCAAACAATCACAGGGAAAGTGTCCATCCCTAAGTAAAATCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTCCAAACAATCACAGGGAAAGTGTCCATCCCTAAGTAAAATCA  441

seq1  ATCCAATGACAAGATGCCAGATGTTAAACAAAAAGAAAAGCCAGTCATTT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATGACAAGATGCCAGATGTTAAACAAAAAGAAAAGCCAGTCATTT  491

seq1  AAGAAGGTATTTAGAGTTACCCTATAAACACAGAGAGCTGTCATGACTAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGTATTTAGAGTTACCCTATAAACACAGAGAGCTGTCATGACTAT  541

seq1  GCATACCAACAAAATATTTCTGTGACTATAAATTTCAAAGCATTGAGCCC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCAACAAAATATTTCTGTGACTATAAATTTCAAAGCATTGAGCCC  591

seq1  AGGATCCTGTAACCCACTAGCAAGTCTGCTCCTTTCTGCCAATTCAGAGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCTGTAACCCACTAGCAAGTCTGCTCCTTTCTGCCAATTCAGAGA  641

seq1  GTTCTGAACCTCAGTGTGACTCATGCTACATCTGCAGGGGAACTTAAAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAACCTCAGTGTGACTCATGCTACATCTGCAGGGGAACTTAAAAA  691

seq1  GCCCCATCCAAGTTTCTTAGGAACACAGTACTGCCTAGTGCATCAGTGTA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATCCAAGTTTCTTAGGAACACAGTACTGCCTAGTGCATCAGTGTA  741

seq1  TGGGGGACCCTGAACTTTGACAAACTCTTGGGGCCATTCTTAGTCATGCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGACCCTGAACTTTGACAAACTCTTGGGGCCATTCTTAGTCATGCA  791

seq1  GAAAATTCAAGAATGGAGAGCATGGTGATGCATGAGACGGCATGGTGTTA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCAAGAATGGAGAGCATGGTGATGCATGAGACGGCATGGTGTTA  841

seq1  TGTATCAAAGTGAGAGCTCTGAACCAGATGGCCTGAATTTGAATCCTGGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAAAGTGAGAGCTCTGAACCAGATGGCCTGAATTTGAATCCTGGT  891

seq1  TCTACTATTTTCCAGTTGTGTTACCTTGGATATATTAACTAAGTTCTGTG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTATTTTCCAGTTGTGTTACCTTGGATATATTAACTAAGTTCTGTG  941

seq1  GATATCAGTTCGTTCGCAAAACTAAAATTTTTCCCTGAAATTTGTTTCAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCAGTTCGTTCGCAAAACTAAAATTTTTCCCTGAAATTTGTTTCAG  991

seq1  GAAGTACTTAATTATCATGGGACGACTCAAAAAGTAACTGGCACATAATA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACTTAATTATCATGGGACGACTCAAAAAGTAACTGGCACATAATA  1041

seq1  AGAAGACCTAATGCCGATCCAGTGACACAGGGAATAAGTTCTTAATTTCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCTAATGCCGATCCAGTGACACAGGGAATAAGTTCTTAATTTCA  1091

seq1  AAAGTATTTGTGTTGATTGTCTTCCTAGCCTATAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATTTGTGTTGATTGTCTTCCTAGCCTATAGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |