BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348C14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,631,610 - 4,812,355
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5
Upstream geneOsbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik
Downstream geneNefh, Ap1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1, Kremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348C14.bB6Ng01-348C14.g
ACCGA129538GA129539
length1,1411,108
definitionB6Ng01-348C14.b B6Ng01-348C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,811,212 - 4,812,355)(4,631,610 - 4,632,712)
sequence
gaattcctgtcccacacattactgagtttgtgacctggaagataaactta
ctgacgtgaggaggctcagttcccacagctataaaagagagactgggggc
aggagaccagtgcactaggctgcatccttacatacagtagacttggctga
ggcatgcagccctgaagagtagagttagcatgcagacggctgcggctctg
gtcccagcaccacacaagtgaacctacacactctaaagtctcacaaccgt
atgcagcatactagtagtacagacgtgtagagaaacttagtgtcatgaag
taacaaaccacactcaggacacagagcacagtccacttcaggctgactgg
agtgagcttgtctctcaagcactcagcaacaatctgctccactctgccta
tgtgacatgagtcgtccgtctcttggtatgttactgtggaactctgggat
cctactgcggtgagcaagtaagacactctggtttctctgcctttttcttt
cctgatggtagtgggagatggaaccagggcttaagctacaccccagctcc
tcctcctccgtcctaagggtaggaatgccacagatcccggataccatttg
cctgactacatatgaagaaggaaggacaacttttccaacagccaactact
gctttatagctggaaacaatggttaaatcatcccatcccaaccaagcaag
ctggaccccaggtgagcgctctaactgccttgaggctccagttcacccca
catgccaggctgtcacgctaccagagtcacagtccttacctacagcagtc
tttttaataggttagtctggaattctacaggaaaatagaagtgcaaacag
tagaactttaaacacaaaagaaagttactcaccctgtctagggggctggg
aggaggatttcatatgagctgatgatggcaacggaagagagcaaaggggg
aggaggagacggaaggaccaaggagacaccaggaaagacacagtatgtcc
ttgtgccatggctgggacgggcatgcacaaggaacagtgtatgtctgtct
gatgccatgggattaagtgtgaacaggaagaaaagtttagtgcttagtgg
agaagctgacagccagaagcaacccttaaaatcttagcaga
gaattctttccactcattgcttggtttttagtacagtgaggagaaagccc
aggaaaaagacttattattactgtgcctagggttagagacctggcgggtg
caacaccatcctacagtccaaattgcctcctgcacccccaatttaaaccc
ctcttgagagtgaagctctgtattcattgtcttgcttctagctccccaag
gcttggaggtagccagcatgtctctgacagagagcagagcgaggctgcga
tcactaggtcactgtgcacagaggagctggggagctagtggaataagggg
acagaccggtggctctgatcctgacctactgacccacttcctctgacagg
ccagtacatcaccccagggcttctcagcaccacctgctgctctgcggaag
agtgagattcaggccagcagggctgtccctcacccttccttgtcactctg
ttctccacagaggagaggcgggccagagaatggcccctagagaccgccga
gcttcctgagggccacctggaggactggctggagaagagagctaagaggc
taagctcagccccaagtagcaggtatgggcccaggattatccctcctttc
ctactgggaaagccttccttgggggaagatgaggcatctctgtgaactgc
ccacgcccagggaccagccgtgaactcccactacagagttttctggaaac
agatgtgactccccacttggccgtgactaaaggtcacacggcctatggca
gctccttatgttcctggtgctcacagtcccctgtagggctctgtgaagca
gagactcacagagtcaacaaggtcattagcccactgcatccccagatcct
ctcttcttataccaggagctactgagatgtgggccatgtgctgtcctctc
atggagagtcaggatgcagcccacacttcatcagacagatgctcagggct
ggggtaggagcgtctgtagccacatgggatcaacaaggcagggcacagga
ggagagggctagcttggtgcatggctttgtacaggttactcctgatttca
gacttccgtgttatcttctgtactccaaggacaggtgggctttagcctat
gataaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4811212_4812355
seq2: B6Ng01-348C14.b_52_1192 (reverse)

seq1  TCTGCTAAGGATTTTAAGGGTTTTGC-TCTGCCTGCTCAGC-TCT-CACT  47
      |||||||| |||||||||||  |||| |||| ||| ||||| ||| ||||
seq2  TCTGCTAA-GATTTTAAGGG--TTGCTTCTGGCTG-TCAGCTTCTCCACT  46

seq1  TAGCACTAAACTTTTCTTCCTTGTTCACACCTTATCCCATGGCATCAGAC  97
       ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  AAGCACTAAACTTTTCTTCC-TGTTCACACTTAATCCCATGGCATCAGAC  95

seq1  AGACATACACTGTTCC-TGTGCATGCCCCGTCCCAGCCATGGCACCAGGA  146
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGACATACACTGTTCCTTGTGCATG-CCCGTCCCAGCCATGGCACAAGGA  144

seq1  CATTACTGTGTCTTTTCTTGTGTCTCCTTGGTCCTTCCGTCTCCTCCTCC  196
      || |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-TACTGTGTCTTTCCTGGTGTCTCCTTGGTCCTTCCGTCTCCTCCTCC  193

seq1  CCCTTTGCTCTCTTCCGTTGCCATCATCAGCTCATATGAAATCCTCCTCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGCTCTCTTCCGTTGCCATCATCAGCTCATATGAAATCCTCCTCC  243

seq1  CAGCCCCCTAGACAGGGTGAGTAACTTTCTTTTGTGTTTAAAGTTCTACT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCCTAGACAGGGTGAGTAACTTTCTTTTGTGTTTAAAGTTCTACT  293

seq1  GTTTGCACTTCTATTTTCCTGTAGAATTCCAGACTAACCTATTAAAAAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCACTTCTATTTTCCTGTAGAATTCCAGACTAACCTATTAAAAAGA  343

seq1  CTGCTGTAGGTAAGGACTGTGACTCTGGTAGCGTGACAGCCTGGCATGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTAGGTAAGGACTGTGACTCTGGTAGCGTGACAGCCTGGCATGTG  393

seq1  GGGTGAACTGGAGCCTCAAGGCAGTTAGAGCGCTCACCTGGGGTCCAGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAACTGGAGCCTCAAGGCAGTTAGAGCGCTCACCTGGGGTCCAGCT  443

seq1  TGCTTGGTTGGGATGGGATGATTTAACCATTGTTTCCAGCTATAAAGCAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGTTGGGATGGGATGATTTAACCATTGTTTCCAGCTATAAAGCAG  493

seq1  TAGTTGGCTGTTGGAAAAGTTGTCCTTCCTTCTTCATATGTAGTCAGGCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGCTGTTGGAAAAGTTGTCCTTCCTTCTTCATATGTAGTCAGGCA  543

seq1  AATGGTATCCGGGATCTGTGGCATTCCTACCCTTAGGACGGAGGAGGAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTATCCGGGATCTGTGGCATTCCTACCCTTAGGACGGAGGAGGAGG  593

seq1  AGCTGGGGTGTAGCTTAAGCCCTGGTTCCATCTCCCACTACCATCAGGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGTGTAGCTTAAGCCCTGGTTCCATCTCCCACTACCATCAGGAA  643

seq1  AGAAAAAGGCAGAGAAACCAGAGTGTCTTACTTGCTCACCGCAGTAGGAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGGCAGAGAAACCAGAGTGTCTTACTTGCTCACCGCAGTAGGAT  693

seq1  CCCAGAGTTCCACAGTAACATACCAAGAGACGGACGACTCATGTCACATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTTCCACAGTAACATACCAAGAGACGGACGACTCATGTCACATA  743

seq1  GGCAGAGTGGAGCAGATTGTTGCTGAGTGCTTGAGAGACAAGCTCACTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGTGGAGCAGATTGTTGCTGAGTGCTTGAGAGACAAGCTCACTCC  793

seq1  AGTCAGCCTGAAGTGGACTGTGCTCTGTGTCCTGAGTGTGGTTTGTTACT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCCTGAAGTGGACTGTGCTCTGTGTCCTGAGTGTGGTTTGTTACT  843

seq1  TCATGACACTAAGTTTCTCTACACGTCTGTACTACTAGTATGCTGCATAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACACTAAGTTTCTCTACACGTCTGTACTACTAGTATGCTGCATAC  893

seq1  GGTTGTGAGACTTTAGAGTGTGTAGGTTCACTTGTGTGGTGCTGGGACCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGAGACTTTAGAGTGTGTAGGTTCACTTGTGTGGTGCTGGGACCA  943

seq1  GAGCCGCAGCCGTCTGCATGCTAACTCTACTCTTCAGGGCTGCATGCCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCGCAGCCGTCTGCATGCTAACTCTACTCTTCAGGGCTGCATGCCTC  993

seq1  AGCCAAGTCTACTGTATGTAAGGATGCAGCCTAGTGCACTGGTCTCCTGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGTCTACTGTATGTAAGGATGCAGCCTAGTGCACTGGTCTCCTGC  1043

seq1  CCCCAGTCTCTCTTTTATAGCTGTGGGAACTGAGCCTCCTCACGTCAGTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTCTCTCTTTTATAGCTGTGGGAACTGAGCCTCCTCACGTCAGTA  1093

seq1  AGTTTATCTTCCAGGTCACAAACTCAGTAATGTGTGGGACAGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATCTTCCAGGTCACAAACTCAGTAATGTGTGGGACAGGAATTC  1141

seq1: chr11_4631610_4632712
seq2: B6Ng01-348C14.g_65_1172

seq1  GAATTCTTTCCACTCATTGCTTGGTTTTTAGTACAGTGAGGAGAAAGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCACTCATTGCTTGGTTTTTAGTACAGTGAGGAGAAAGCCC  50

seq1  AGGAAAAAGACTTATTATTACTGTGCCTAGGGTTAGAGACCTGGCGGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAGACTTATTATTACTGTGCCTAGGGTTAGAGACCTGGCGGGTG  100

seq1  CAACACCATCCTACAGTCCAAATTGCCTCCTGCACCCCCAATTTAAACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCATCCTACAGTCCAAATTGCCTCCTGCACCCCCAATTTAAACCC  150

seq1  CTCTTGAGAGTGAAGCTCTGTATTCATTGTCTTGCTTCTAGCTCCCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGAGTGAAGCTCTGTATTCATTGTCTTGCTTCTAGCTCCCCAAG  200

seq1  GCTTGGAGGTAGCCAGCATGTCTCTGACAGAGAGCAGAGCGAGGCTGCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGAGGTAGCCAGCATGTCTCTGACAGAGAGCAGAGCGAGGCTGCGA  250

seq1  TCACTAGGTCACTGTGCACAGAGGAGCTGGGGAGCTAGTGGAATAAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGGTCACTGTGCACAGAGGAGCTGGGGAGCTAGTGGAATAAGGGG  300

seq1  ACAGACCGGTGGCTCTGATCCTGACCTACTGACCCACTTCCTCTGACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCGGTGGCTCTGATCCTGACCTACTGACCCACTTCCTCTGACAGG  350

seq1  CCAGTACATCACCCCAGGGCTTCTCAGCACCACCTGCTGCTCTGCGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACATCACCCCAGGGCTTCTCAGCACCACCTGCTGCTCTGCGGAAG  400

seq1  AGTGAGATTCAGGCCAGCAGGGCTGTCCCTCACCCTTCCTTGTCACTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATTCAGGCCAGCAGGGCTGTCCCTCACCCTTCCTTGTCACTCTG  450

seq1  TTCTCCACAGAGGAGAGGCGGGCCAGAGAATGGCCCCTAGAGACCGCCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCACAGAGGAGAGGCGGGCCAGAGAATGGCCCCTAGAGACCGCCGA  500

seq1  GCTTCCTGAGGGCCACCTGGAGGACTGGCTGGAGAAGAGAGCTAAGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGAGGGCCACCTGGAGGACTGGCTGGAGAAGAGAGCTAAGAGGC  550

seq1  TAAGCTCAGCCCCAAGTAGCAGGTATGGGCCCAGGATTATCCCTCCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCAGCCCCAAGTAGCAGGTATGGGCCCAGGATTATCCCTCCTTTC  600

seq1  CTACTGGGAAAGCCTTCCTTGGGGGAAGATGAGGCATCTCTGTGAACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGGAAAGCCTTCCTTGGGGGAAGATGAGGCATCTCTGTGAACTGC  650

seq1  CCACGCCCAGGGACCAGCCGTGAACTCCCACTACAGAGTTTTCTGGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGCCCAGGGACCAGCCGTGAACTCCCACTACAGAGTTTTCTGGAAAC  700

seq1  AGATGTGACTCCCCACTTGGCCGTGACTAAAGGTCACACGGCCTATGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGACTCCCCACTTGGCCGTGACTAAAGGTCACACGGCCTATGGCA  750

seq1  GCTCCTTATGTTCCTGGTGCTCACAGTCCCCTGTAGGGCTCTGTGAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTATGTTCCTGGTGCTCACAGTCCCCTGTAGGGCTCTGTGAAGCA  800

seq1  GAGACTCACAGAGTCAACAAGGTCATTAGCCCACTGCATCCCCAGATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCACAGAGTCAACAAGGTCATTAGCCCACTGCATCCCCAGATCCT  850

seq1  CTCTTCTTATACCAGGAGCTACTGAGATGT-GGCCATGTGCTGTCCTCTC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTTATACCAGGAGCTACTGAGATGTGGGCCATGTGCTGTCCTCTC  900

seq1  ATGGAGAGTCAGGATGCAGCCCACACTTCATCAGACAGATGCTCAGGGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGTCAGGATGCAGCCCACACTTCATCAGACAGATGCTCAGGGCT  950

seq1  GGGGTAGGAGCGTCTGTAGCCACATGGGATCAACAAGGCAGGGCACAGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGGAGCGTCTGTAGCCACATGGGATCAACAAGGCAGGGCACAGGA  1000

seq1  GGAAGAAGGGCTAAGCT--GTGCATGGCTTTGTACA-GTTACTCCTGATT  1046
      |||   |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  GGA--GAGGGCT-AGCTTGGTGCATGGCTTTGTACAGGTTACTCCTGA-T  1046

seq1  TTCAGAC-TCCGTG-TATC-TCTGTGGCCCCAAGGGACA-GTGG--CTTA  1090
      ||||||| |||||| |||| |||||  | |||| ||||| ||||   |||
seq2  TTCAGACTTCCGTGTTATCTTCTGT-ACTCCAA-GGACAGGTGGGCTTTA  1094

seq1  G-CTATGATAAGGG  1103
      | ||||||||||||
seq2  GCCTATGATAAGGG  1108