BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012K01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 46,998,931 - 47,137,967
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStxbp6
Downstream geneLOC664952, Nova1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012K01.bB6Ng01-012K01.g
ACCDH847669DH847670
length7891,130
definitionDH847669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012K01, 5' end.DH847670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,998,931 - 46,999,719)(47,136,811 - 47,137,967)
sequence
gaattctgtctttccttatgtggcttccagtcagaaattctgtcacacca
tcaaaacagctaactaaattaaacaattatctcctttgccattgaatttt
atttctgatgaaaaattacaaactgaacagaagcatctaatgaatgactt
cgttaagtttaatatttattctttgggtaaacttttggaagaaaaatgta
taaaatgcatttgagctcttatcagatctcttgctctaaaatgtaattct
tattggagctgtctggttcagggctatagtatttacaatcaataagtctg
tgtaaatttgccagttgtgtcttggggcatttaatctaacatttcatatg
ctatacctataacttaagtagtaaattccatgtaggatctatcttaaagg
tcaagatttcgtacaaaaatgtgataatcaactgtcaactttgtatacaa
aatgtagccttattaatatacaataatgaatatctgataagaaaccacct
taaccactgacatcatgaaccaatattatagctgtgtatgacatcttata
tttctcttctagctctaggatctaagaaactgaggaaagcaggactatat
actaagaccctttctaaaatcaacaacagaaaaaaaaacccaatattatt
taatgattttagaaaccaggaaaacaggatgttgttatggaacgggccat
ggtttggaagaatagctgaatagctttggaaatgttatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatgatgggacttg
gaattcactcagctagtatcaggtttgtcaacagtagtcttacataagtg
tggacgattaaagtcagaaggctctttgccctgttcaacactctattggt
gtaatttcttggcaagctgcatagctcactaagccacaatttccatatct
ataaactaacgataattgagactattttcctagggctatcatgaggatta
aaggaattaaagcatttgcaactctgcacaatggttgacatgtgataact
caataagcattgtacttacaatagctacaggagaagaaaagaagttgaag
ccagaggcatagtagtgctataaaccaactcacccctacttcccatcttc
tacagtaaggattcttggtgagtgaacaactgagctaacactagatcatt
gaaggactatcacagttgtcacaatcactttgggagagacctattttata
gcacagaaaaatatttttacagattaataataacaaatatatagataaat
cccataataaaaattagaacttgaattgctataaaaattcttcatataat
ttggatgttgaaagttctgtggataaacgaaactattaaccactgacttc
aaacctgaaggataatattatacatatgcagattacttcaatttataaag
tttattttctaatgatgtggaagttttataaaattaaaatataggggatg
ttaacattatctgttgctgaagtgcttttgtgcatttaaggactttttac
agtttatatgcttgaagactgtcatatttcctcacagtttacaaatgttc
ttgaatatttttgtgaaaaaaatctttaaaggcttgaaatattctcatga
gacataatggttaaattgccttgttttaggtactaaagaggcaataagct
aatgagggtggaagccatgcttttttattattacatgcttatattttgcc
atccctcctccttactcccctctcagagtcttaactatctcctctctccc
cacatcccctccctgggtatcagttctacagaagatagtgcatcttctcc
actgaggccagacaaggcagtctcatctacatatgtgctcagactagaca
gccaagtattctcttgggtgtagcttagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_46998931_46999719
seq2: B6Ng01-012K01.b_37_825

seq1  GAATTCTGTCTTTCCTTATGTGGCTTCCAGTCAGAAATTCTGTCACACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTTTCCTTATGTGGCTTCCAGTCAGAAATTCTGTCACACCA  50

seq1  TCAAAACAGCTAACTAAATTAAACAATTATCTCCTTTGCCATTGAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACAGCTAACTAAATTAAACAATTATCTCCTTTGCCATTGAATTTT  100

seq1  ATTTCTGATGAAAAATTACAAACTGAACAGAAGCATCTAATGAATGACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGATGAAAAATTACAAACTGAACAGAAGCATCTAATGAATGACTT  150

seq1  CGTTAAGTTTAATATTTATTCTTTGGGTAAACTTTTGGAAGAAAAATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAGTTTAATATTTATTCTTTGGGTAAACTTTTGGAAGAAAAATGTA  200

seq1  TAAAATGCATTTGAGCTCTTATCAGATCTCTTGCTCTAAAATGTAATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCATTTGAGCTCTTATCAGATCTCTTGCTCTAAAATGTAATTCT  250

seq1  TATTGGAGCTGTCTGGTTCAGGGCTATAGTATTTACAATCAATAAGTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAGCTGTCTGGTTCAGGGCTATAGTATTTACAATCAATAAGTCTG  300

seq1  TGTAAATTTGCCAGTTGTGTCTTGGGGCATTTAATCTAACATTTCATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTTGCCAGTTGTGTCTTGGGGCATTTAATCTAACATTTCATATG  350

seq1  CTATACCTATAACTTAAGTAGTAAATTCCATGTAGGATCTATCTTAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCTATAACTTAAGTAGTAAATTCCATGTAGGATCTATCTTAAAGG  400

seq1  TCAAGATTTCGTACAAAAATGTGATAATCAACTGTCAACTTTGTATACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATTTCGTACAAAAATGTGATAATCAACTGTCAACTTTGTATACAA  450

seq1  AATGTAGCCTTATTAATATACAATAATGAATATCTGATAAGAAACCACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGCCTTATTAATATACAATAATGAATATCTGATAAGAAACCACCT  500

seq1  TAACCACTGACATCATGAACCAATATTATAGCTGTGTATGACATCTTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACTGACATCATGAACCAATATTATAGCTGTGTATGACATCTTATA  550

seq1  TTTCTCTTCTAGCTCTAGGATCTAAGAAACTGAGGAAAGCAGGACTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTCTAGCTCTAGGATCTAAGAAACTGAGGAAAGCAGGACTATAT  600

seq1  ACTAAGACCCTTTCTAAAATCAACAACAGAAAAAAAAACCCAATATTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGACCCTTTCTAAAATCAACAACAGAAAAAAAAACCCAATATTATT  650

seq1  TAATGATTTTAGAAACCAGGAAAACAGGATGTTGTTATGGAACGGGCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATTTTAGAAACCAGGAAAACAGGATGTTGTTATGGAACGGGCCAT  700

seq1  GGTTTGGAAGAATAGCTGAATAGCTTTGGAAATGTTATATATATATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGAAGAATAGCTGAATAGCTTTGGAAATGTTATATATATATATAT  750

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATGATGGGACTTG  789
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATGATGGGACTTG  789

seq1: chr12_47136811_47137967
seq2: B6Ng01-012K01.g_65_1194 (reverse)

seq1  GACTAAGCTACCACCCCAAGAGAATACACTGGCTGGTCTAAGGCCCTGGA  50
      |||||||||||   |||||||||||||  ||||| |||||  | |   ||
seq2  GACTAAGCTAC--ACCCAAGAGAATAC-TTGGCT-GTCTA--GTC--TGA  42

seq1  GCACATATGTAGAAGAGGACTGCCTTGTCTGGCCTCAGTGGGAGAGGATG  100
      ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  GCACATATGTAGATGA-GACTGCCTTGTCTGGCCTCAGT-GGAGAAGATG  90

seq1  CACCTATCTTCTGTAGAAACTTGATACCCCAGGGAAGGGGGATGTGGGGA  150
      || |||||||||||||||   ||||| ||||||||  |||||||||||||
seq2  CA-CTATCTTCTGTAGAA--CTGATA-CCCAGGGA--GGGGATGTGGGGA  134

seq1  GGAGAGGGAGAATAGGTTAAAGAACTCTGAGAGGGGGAGTAAGGAAGGAG  200
       |||| |||| ||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  -GAGA-GGAG-ATA-GTTAA--GACTCTGAGA-GGGGAGTAAGG-AGGAG  176

seq1  GGATGGCAAAAATATAAAGCATGTAATAATAAAAAAGCATGGCTTCCACC  250
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGC-AAAATAT-AAGCATGTAATAATAAAAAAGCATGGCTTCCACC  224

seq1  CTCATTAGCTTATTGCCTCTTTAGTACCTAAAACAAGGCAATTTTAACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCATTAGCTTATTGCCTCTTTAGTACCTAAAACAAGGCAA-TTTAACCA  273

seq1  TTATGTCTCATGAGAATATTTCAAGCCTTTAAAGATTTTTTTCACAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTCATGAGAATATTTCAAGCCTTTAAAGATTTTTTTCACAAAAA  323

seq1  TATTCAAGAACATTTGTAAACTGTGAGGAAATATGACAGTCTTCAAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAGAACATTTGTAAACTGTGAGGAAATATGACAGTCTTCAAGCAT  373

seq1  ATAAACTGTAAAAAGTCCTTAAATGCACAAAAGCACTTCAGCAACAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTGTAAAAAGTCCTTAAATGCACAAAAGCACTTCAGCAACAGATA  423

seq1  ATGTTAACATCCCCTATATTTTAATTTTATAAAACTTCCACATCATTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAACATCCCCTATATTTTAATTTTATAAAACTTCCACATCATTAGA  473

seq1  AAATAAACTTTATAAATTGAAGTAATCTGCATATGTATAATATTATCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACTTTATAAATTGAAGTAATCTGCATATGTATAATATTATCCTT  523

seq1  CAGGTTTGAAGTCAGTGGTTAATAGTTTCGTTTATCCACAGAACTTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTGAAGTCAGTGGTTAATAGTTTCGTTTATCCACAGAACTTTCAA  573

seq1  CATCCAAATTATATGAAGAATTTTTATAGCAATTCAAGTTCTAATTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAAATTATATGAAGAATTTTTATAGCAATTCAAGTTCTAATTTTTA  623

seq1  TTATGGGATTTATCTATATATTTGTTATTATTAATCTGTAAAAATATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGATTTATCTATATATTTGTTATTATTAATCTGTAAAAATATTTT  673

seq1  TCTGTGCTATAAAATAGGTCTCTCCCAAAGTGATTGTGACAACTGTGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTATAAAATAGGTCTCTCCCAAAGTGATTGTGACAACTGTGATA  723

seq1  GTCCTTCAATGATCTAGTGTTAGCTCAGTTGTTCACTCACCAAGAATCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCAATGATCTAGTGTTAGCTCAGTTGTTCACTCACCAAGAATCCT  773

seq1  TACTGTAGAAGATGGGAAGTAGGGGTGAGTTGGTTTATAGCACTACTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAGAAGATGGGAAGTAGGGGTGAGTTGGTTTATAGCACTACTATG  823

seq1  CCTCTGGCTTCAACTTCTTTTCTTCTCCTGTAGCTATTGTAAGTACAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGCTTCAACTTCTTTTCTTCTCCTGTAGCTATTGTAAGTACAATG  873

seq1  CTTATTGAGTTATCACATGTCAACCATTGTGCAGAGTTGCAAATGCTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGAGTTATCACATGTCAACCATTGTGCAGAGTTGCAAATGCTTTA  923

seq1  ATTCCTTTAATCCTCATGATAGCCCTAGGAAAATAGTCTCAATTATCGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTAATCCTCATGATAGCCCTAGGAAAATAGTCTCAATTATCGTT  973

seq1  AGTTTATAGATATGGAAATTGTGGCTTAGTGAGCTATGCAGCTTGCCAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATAGATATGGAAATTGTGGCTTAGTGAGCTATGCAGCTTGCCAAG  1023

seq1  AAATTACACCAATAGAGTGTTGAACAGGGCAAAGAGCCTTCTGACTTTAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACACCAATAGAGTGTTGAACAGGGCAAAGAGCCTTCTGACTTTAA  1073

seq1  TCGTCCACACTTATGTAAGACTACTGTTGACAAACCTGATACTAGCTGAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCCACACTTATGTAAGACTACTGTTGACAAACCTGATACTAGCTGAG  1123

seq1  TGAATTC  1157
      |||||||
seq2  TGAATTC  1130