BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021K07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 43,484,897 - 43,603,124
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneImmp2l, EG638533
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021K07.bB6Ng01-021K07.g
ACCDH854088DH854089
length1,0931,088
definitionDH854088|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021K07, 5' end.DH854089|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,602,015 - 43,603,124)(43,484,897 - 43,486,016)
sequence
gaattcttccctgggagacaaattatcactttcttaacagtcactggttg
tctatagatttcatctagtgattatgtcctataagatttccccccaccca
cattgggaggtcaattgctggtgtcattgttcaggtagccatattgttga
ggtttcataggtacatctctcttatgatatatatatagagagaaacaacc
tggtagcagaagtattgatagtctagcttacaactccctgatattccctc
agccttcagtgtatataggagtatatgtaggagttctagacatatcatag
aggactatatcccccagaggcattgtggtctttcttttgacctgtttcag
ctttcttaaaagatctgtctctgagagctacacttatatgtgggtacaag
agctatagtagattatcctttaaagttttgattttcttatgactttattg
aaaatatttaatgtctttagcatggaatccatcttctttcttatggtcat
gatgcccaaaacctttttcatgtactattcatatatatttaatttaatct
attgatttgactaactgatcaattcttgtaccatttactcaatccctgct
attctgattgctacatgaggcattctgttggtgaaatatttcactgagca
tcttattttcttaatattttcattctcaacatcatttcagtttgagtttt
cttcagcatttgtgtattttatttgttttcttttcatatcctgaattgat
ttatttcatttagttgttcatgatttcttggaatatagtcctgttctttg
gagttctaggaatatatttttatttaagacgtaaaatatattacaattat
gtaactataatatttgaattattttttcaatttcagttatgaaactttca
ttatggaacacactatggcacagacagtatttggatgagtcacactgttt
gttttttttcatgttgtttcgttctcatggagtcttgtcacaaggagtag
tttatttgtgagttttatgttttacttctccttcctttaaaatctgccta
gactgagcagttttatttagggaatggtggtatacatacatgc
gaattctgacttggtagaggcaacataactttggttcttgtagggagcag
tcttgccaatttccatttgtttccttttaagattgactaaaagaatattg
gaagcaggggcaaatatttattatgtccttatgagctgcagagaaaaagg
ctaactgggaacataaatgtgagaagttacatttgattgaacacttgcaa
tcacaagattagttagttcatgcttgctctacatgtgtggtctataatga
ggccttgtccagtctggatattgttcatatatttggaagagagctaatca
agaggttttatgtggcttacatggtgacagttcagtaaaagtattctgat
gggtaagcacagatttggggcagtacccttagaatgctgcttgtttatcg
agttgctatagaagcatagaggatagaggttcacagaagggttaaaatca
tgatcatcactatgctgccaaggtgggcagccacttgcagagagtgaaac
tccatgaaatatttgtgaattaagggaatctggtggtgactttacagttt
acattccagatactttctcttttattatatgcattttaactaagtaccac
ttttaatatatttcagaaagaatttttatgtaaacaataaacaactgtgc
tgccccctcaaatatgtcacatcacctttgggatgacaaagatagtaaat
gctgatggtaatgctggcagatgtgagtgagagtggactacaaggtttga
atctatataattagtactgtctttttgtagcaagctaataccatttctat
aatttagaaaaatgttcttcagtcttaagagaagttagctatggtccaat
atggaaaatacttgctattttttccctaaacacactagacctgcctgatg
cctactttgttcatgtttgcatgtctttagatggtatgtttaccagcata
tatagttattcccagatattggttagtattttataaatttaagatgtaat
gtgtggcttttcaaatatggcatagctaactttaataaattggagctatg
ctgttattttaatgatcaataaagctctccctttttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_43602015_43603124
seq2: B6Ng01-021K07.b_48_1140 (reverse)

seq1  GCATGTATGTATATACACATATCCCTAAATATAACATGCTCAGTCTATGC  50
      |||||||||||||  |||   |||||||||| ||| ||||||||||| ||
seq2  GCATGTATGTATA-CCACCATTCCCTAAATAAAAC-TGCTCAGTCTAGGC  48

seq1  AAGATTTTTAAAAGAAAGAGAAAGTAAAAAACATAAAACTCAACAAATAA  100
       ||| ||||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||| ||||||||
seq2  -AGA-TTTTAAAGGAAGGAG-AAGT--AAAACATAAAACTC-ACAAATAA  92

seq1  ACTAACTCTATGTGTACAAGACTCACTGAAGAAACGAAAACAACATGAAA  150
      ||| ||||  |||| |||||||||  |||   |||| |||||||||||||
seq2  ACT-ACTCCTTGTG-ACAAGACTCCATGA--GAACG-AAACAACATGAAA  137

seq1  AAAAAACAAAACAGTGTGACTCATCCAAATACTGTCTGTGCCATAGTGTT  200
      |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAAA--CAAACAGTGTGACTCATCCAAATACTGTCTGTGCCATAGTG-T  184

seq1  GTTCCATAATGAAAGTTTCATAACTGAAATTTGAAAAAATAATTCAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATAATGAAAGTTTCATAACTGAAA-TTGAAAAAATAATTCAAATA  233

seq1  TTATAGTTACATAATTGTAATATATTTTACGTCTTAAATAAAAATATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTACATAATTGTAATATATTTTACGTCTTAAATAAAAATATATT  283

seq1  CCTAGAACTCCAAAGAACAGGACTATATTCCAAGAAATCATGAACAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAACTCCAAAGAACAGGACTATATTCCAAGAAATCATGAACAACTA  333

seq1  AATGAAATAAATCAATTCAGGATATGAAAAGAAAACAAATAAAATACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATAAATCAATTCAGGATATGAAAAGAAAACAAATAAAATACACA  383

seq1  AATGCTGAAGAAAACTCAAACTGAAATGATGTTGAGAATGAAAATATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGAAGAAAACTCAAACTGAAATGATGTTGAGAATGAAAATATTAA  433

seq1  GAAAATAAGATGCTCAGTGAAATATTTCACCAACAGAATGCCTCATGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAAGATGCTCAGTGAAATATTTCACCAACAGAATGCCTCATGTAG  483

seq1  CAATCAGAATAGCAGGGATTGAGTAAATGGTACAAGAATTGATCAGTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGAATAGCAGGGATTGAGTAAATGGTACAAGAATTGATCAGTTAG  533

seq1  TCAAATCAATAGATTAAATTAAATATATATGAATAGTACATGAAAAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCAATAGATTAAATTAAATATATATGAATAGTACATGAAAAAGGT  583

seq1  TTTGGGCATCATGACCATAAGAAAGAAGATGGATTCCATGCTAAAGACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCATCATGACCATAAGAAAGAAGATGGATTCCATGCTAAAGACAT  633

seq1  TAAATATTTTCAATAAAGTCATAAGAAAATCAAAACTTTAAAGGATAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTTCAATAAAGTCATAAGAAAATCAAAACTTTAAAGGATAATC  683

seq1  TACTATAGCTCTTGTACCCACATATAAGTGTAGCTCTCAGAGACAGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATAGCTCTTGTACCCACATATAAGTGTAGCTCTCAGAGACAGATCT  733

seq1  TTTAAGAAAGCTGAAACAGGTCAAAAGAAAGACCACAATGCCTCTGGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAAGCTGAAACAGGTCAAAAGAAAGACCACAATGCCTCTGGGGG  783

seq1  ATATAGTCCTCTATGATATGTCTAGAACTCCTACATATACTCCTATATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTCCTCTATGATATGTCTAGAACTCCTACATATACTCCTATATAC  833

seq1  ACTGAAGGCTGAGGGAATATCAGGGAGTTGTAAGCTAGACTATCAATACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGGCTGAGGGAATATCAGGGAGTTGTAAGCTAGACTATCAATACT  883

seq1  TCTGCTACCAGGTTGTTTCTCTCTATATATATATCATAAGAGAGATGTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTACCAGGTTGTTTCTCTCTATATATATATCATAAGAGAGATGTAC  933

seq1  CTATGAAACCTCAACAATATGGCTACCTGAACAATGACACCAGCAATTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAACCTCAACAATATGGCTACCTGAACAATGACACCAGCAATTGA  983

seq1  CCTCCCAATGTGGGTGGGGGGAAATCTTATAGGACATAATCACTAGATGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAATGTGGGTGGGGGGAAATCTTATAGGACATAATCACTAGATGA  1033

seq1  AATCTATAGACAACCAGTGACTGTTAAGAAAGTGATAATTTGTCTCCCAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATAGACAACCAGTGACTGTTAAGAAAGTGATAATTTGTCTCCCAG  1083

seq1  GGAAGAATTC  1110
      ||||||||||
seq2  GGAAGAATTC  1093

seq1: chr12_43484897_43486016
seq2: B6Ng01-021K07.g_68_1155

seq1  GAATTCTGACTTGGTAGAGGCAACATAACTTTGGTTCTTGTAGGGAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACTTGGTAGAGGCAACATAACTTTGGTTCTTGTAGGGAGCAG  50

seq1  TCTTGCCAATTTCCATTTGTTTCCTTTTAAGATTGACTAAAAGAATATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCAATTTCCATTTGTTTCCTTTTAAGATTGACTAAAAGAATATTG  100

seq1  GAAGCAGGGGCAAATATTTATTATGTCCTTATGAGCTGCAGAGAAAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGGGGCAAATATTTATTATGTCCTTATGAGCTGCAGAGAAAAAGG  150

seq1  CTAACTGGGAACATAAATGTGAGAAGTTACATTTGATTGAACACTTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGGAACATAAATGTGAGAAGTTACATTTGATTGAACACTTGCAA  200

seq1  TCACAAGATTAGTTAGTTCATGCTTGCTCTACATGTGTGGTCTATAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGATTAGTTAGTTCATGCTTGCTCTACATGTGTGGTCTATAATGA  250

seq1  GGCCTTGTCCAGTCTGGATATTGTTCATATATTTGGAAGAGAGCTAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTCCAGTCTGGATATTGTTCATATATTTGGAAGAGAGCTAATCA  300

seq1  AGAGGTTTTATGTGGCTTACATGGTGACAGTTCAGTAAAAGTATTCTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTTTATGTGGCTTACATGGTGACAGTTCAGTAAAAGTATTCTGAT  350

seq1  GGGTAAGCACAGATTTGGGGCAGTACCCTTAGAATGCTGCTTGTTTATCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGCACAGATTTGGGGCAGTACCCTTAGAATGCTGCTTGTTTATCG  400

seq1  AGTTGCTATAGAAGCATAGAGGATAGAGGTTCACAGAAGGGTTAAAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTATAGAAGCATAGAGGATAGAGGTTCACAGAAGGGTTAAAATCA  450

seq1  TGATCATCACTATGCTGCCAAGGTGGGCAGCCACTTGCAGAGAGTGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATCACTATGCTGCCAAGGTGGGCAGCCACTTGCAGAGAGTGAAAC  500

seq1  TCCATGAAATATTTGTGAATTAAGGGAATCTGGTGGTGACTTTACAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAAATATTTGTGAATTAAGGGAATCTGGTGGTGACTTTACAGTTT  550

seq1  ACATTCCAGATACTTTCTCTTTTATTATATGCATTTTAACTAAGTACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCAGATACTTTCTCTTTTATTATATGCATTTTAACTAAGTACCAC  600

seq1  TTTTAATATATTTCAGAAAGAATTTTTATGTAAACAATAAACAACTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATATATTTCAGAAAGAATTTTTATGTAAACAATAAACAACTGTGC  650

seq1  TGCCCCCTCAAATATGTCACATCACCTTTGGGATGACAAAGATAGTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCTCAAATATGTCACATCACCTTTGGGATGACAAAGATAGTAAAT  700

seq1  GCTGATGGTAATGCTGGCAGATGTGAGTGAGAGTGGACTACAAGGTTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGGTAATGCTGGCAGATGTGAGTGAGAGTGGACTACAAGGTTTGA  750

seq1  ATCTATATAATTAGTACTGTCTTTTTGTAGCAAGCTAATACCATTTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATAATTAGTACTGTCTTTTTGTAGCAAGCTAATACCATTTCTAT  800

seq1  AAATTTAGAAAAATGTTCTTCAGTCTTAAAGAGAAGTTAGCTATGGTCCA  850
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -AATTTAGAAAAATGTTCTTCAGTCTT-AAGAGAAGTTAGCTATGGTCCA  848

seq1  ATATGGAAAATACTTGCTATTTTTTTCCCTAAACACACTAGAACCTGCCT  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATATGGAAAATACTTGCTA-TTTTTTCCCTAAACACACTAG-ACCTGCCT  896

seq1  GATGCCTACTTTGTTCATGTTTGCATGTCTTTAAGATGGTAATGTTTAAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  GATGCCTACTTTGTTCATGTTTGCATGTCTTT-AGATGGT-ATGTTT-AC  943

seq1  CAGCATATATAGTTATTCCCAGATAATTGGTTTAGTTATTTTTATTAAAT  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||   |||||
seq2  CAGCATATATAGTTATTCCCAGAT-ATTGG-TTAG-TATTTT--ATAAAT  988

seq1  TTACAGAATTGTAAAATGTGTGGCCTTTTCAAATTATGGCAATAGCTAAA  1050
      ||| |||  |||  ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||  |
seq2  TTA-AGA--TGT--AATGTGTGG-CTTTTCAAA-TATGGC-ATAGCT--A  1028

seq1  ACTATTAATAATATTTTGAAGCTAATGCTGTTATTTTTAATTGATCAAAT  1100
      ||| |||||||    ||| |||| |||||||||||||  | ||||| |||
seq2  ACT-TTAATAA---ATTGGAGCT-ATGCTGTTATTTT--AATGATC-AAT  1070

seq1  ACAAGCTCTCCTCTTTTTAT  1120
      | ||||||||| ||||||||
seq2  A-AAGCTCTCC-CTTTTTAT  1088