BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025P09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 20,407,696 - 20,573,862
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042751, LOC100043371, EG668455, LOC100042755
Upstream geneEG544848, EG627871, LOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594, EG668600, LOC100042727, LOC673301, EG668605, LOC668614
Downstream geneLOC100043377, LOC625810, 1700030C10Rik, 3110053B16Rik, LOC668698, LOC546752, EG629257, Ddef2, Itgb1bp1, Cpsf3, Iah1, Adam17, Ywhaq, LOC100043407
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025P09.bB6Ng01-025P09.g
ACCDH857144DH857145
length9791,122
definitionDH857144|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025P09, 5' end.DH857145|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025P09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,572,885 - 20,573,862)(20,407,696 - 20,408,835)
sequence
gaattcctggtgaaaattccagttccttggggtccatgtcacagtcctca
ggtagctgaaagtagggcacaagtgtgtctttagaacgaccttgatcttg
ccacgacagtcacagtttcttcctgctttccaatctgatagcttcaaccg
agtttacatctccaacctgccctatctacacaatgaactctgtgtttttc
tagtggggtgcaatccagagtgattacggtgggctccctcttatcagaac
aatgctcttgtcttctagtatcctattgtctccactcccatcctcacgaa
tcaatggctcttgaataaaccacttggctcacaagcttcagttttctcat
tgaaaaattaaggtttttatgttggtagacttcagtctctttccattagg
agagccctgccttctcaagggctgctctagacttgcattgaaggctaaga
ccagggctctcaagctttaggtcgcaaaggaattgcctcaggagaggtgt
aggaatccaggtgccacactccagtactgtgatgctgtggcctggggcga
ggcccaaggagctgcattccaggagacccaacctcaggcacattgctgcc
tctctgactactgaagactgacaagcctgcaggccaggagatggcttgaa
gaacacccagaaccctccctagatctgagcatgctcttcagactggctgg
tcccatgaaggacaagttttttttttctccttcctctgactttcatagcc
aatgcgctctttattccaaggaagcagcatcctaatttgactaatggaag
tagtaagggagtatatttgtgagatctgggtgactcccagatctccaaga
ggggtccagactaggtcaggcactacacagccagaaccacgtgtcaactg
tgtacagtggcgtttgtcctctcaggacctgctgcccagctgtggcttct
gaacattctctgatggagaaggggggtag
gaattcatcaggtagactaaagtggaagtcagccctagtggattaaaggt
tggttggtttctgttaagcacagaagaccatgtggaaatctgggttcaag
gcattcgttttggattttgttttctcgagacagagtctcactatgtagcc
ctggctgacctggaacccactatggagatcaggctggcctcaaactcaca
gagatctacctgcctctgcctctcatgtgctgggattcaagacatgtacc
actatgcctcgatttcaaaatgttctttcattcccaatcagagagatact
ttgaaaatgcaaaccttcttgaagtggtttggtgactttccatgagcaga
caacaggagtttaatcctgtgacctaaatcatgggtagatagaacaacca
attcctgcaagttgccctctgacctcatattaggacaaatgcacactccc
ttatatgtatgctccagcccccacccccaacattaattgtgtaatgataa
ataaagcaggaactggggatggagagatggctcagcagttaagagcactg
actgctcttctaggggtcctgagttcagtttccagcaaccacatggtggc
tcacaaccatctgtaatggggtctgatgccctcttctagtgtgtctgaag
acagctacagtgtactcatatacatacaataactagatacacctttaaaa
agaaataaagcaggaactgaatgaggaaatgcctgagtcaatagactatg
gttcaatctctgggtacaagcaaggttggaggagaagtgaggcagcacag
tcaggcattctgggccatgaaagacctcttagagcatattgaagaattta
gggtttattcgtagactgtagggagaccctggaagatatggagccactta
aaactacatttgctttttagaaggatccctatgggaaagagtctggcacc
cagtaagagggtgatggaaagttgattaccagaaatgggagatttattat
aaatacaccttgcgatgagaagacctaatgattagggccacggtatatga
tgccctatgaccacagtgctctggataataaacctaaatttccattcatg
ccgtggattcgttgccaactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_20572885_20573862
seq2: B6Ng01-025P09.b_43_1021 (reverse)

seq1  CTACCCCCCTCTACCATCAGAGAATGTTCAGAAGCCACAGCTGGGCAGCA  50
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCCCTTCTCCATCAGAGAATGTTCAGAAGCCACAGCTGGGCAGCA  50

seq1  GGGTCCTGAGAGGACAAACGCCACTGTACACAGTTGACACGTGGTTCTGG  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGTCCTGAGAGGACAAACGCCACTGTACACAGTTGACACGTGGTTCTGG  99

seq1  CTGTGTAGTGCCTGACCTAGTCTGGACCCCTC-TGGAGATCTGGGAGTCA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGTGCCTGACCTAGTCTGGACCCCTCTTGGAGATCTGGGAGTCA  149

seq1  CCCAGATCTCACAAATATACTCCCTTACTACTTCCATTAGTCAAATTAGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATCTCACAAATATACTCCCTTACTACTTCCATTAGTCAAATTAGG  199

seq1  ATGCTGCTTCCTTGGAATAAAGAGCGCATTGGCTATG-AAGTCAGAGGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGCTGCTTCCTTGGAATAAAGAGCGCATTGGCTATGAAAGTCAGAGGAA  249

seq1  GGAGAAAAAAAAAACTTGTCCTTCATGGGACCAGCCAGTCTGAAGAGCAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAAAAAAAACTTGTCCTTCATGGGACCAGCCAGTCTGAAGAGCAT  299

seq1  GCTCAGATCTAGGGAGGGTTCTGGGTGTTCTTCAAGCCATCTCCTGGCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGATCTAGGGAGGGTTCTGGGTGTTCTTCAAGCCATCTCCTGGCCT  349

seq1  GCAGGCTTGTCAGTCTTCAGTAGTCAGAGAGGCAGCAATGTGCCTGAGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTTGTCAGTCTTCAGTAGTCAGAGAGGCAGCAATGTGCCTGAGGT  399

seq1  TGGGTCTCCTGGAATGCAGCTCCTTGGGCCTCGCCCCAGGCCACAGCATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTCCTGGAATGCAGCTCCTTGGGCCTCGCCCCAGGCCACAGCATC  449

seq1  ACAGTACTGGAGTGTGGCACCTGGATTCCTACACCTCTCCTGAGGCAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACTGGAGTGTGGCACCTGGATTCCTACACCTCTCCTGAGGCAATT  499

seq1  CCTTTGCGACCTAAAGCTTGAGAGCCCTGGTCTTAGCCTTCAATGCAAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCGACCTAAAGCTTGAGAGCCCTGGTCTTAGCCTTCAATGCAAGT  549

seq1  CTAGAGCAGCCCTTGAGAAGGCAGGGCTCTCCTAATGGAAAGAGACTGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCAGCCCTTGAGAAGGCAGGGCTCTCCTAATGGAAAGAGACTGAA  599

seq1  GTCTACCAACATAAAAACCTTAATTTTTCAATGAGAAAACTGAAGCTTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCAACATAAAAACCTTAATTTTTCAATGAGAAAACTGAAGCTTGT  649

seq1  GAGCCAAGTGGTTTATTCAAGAGCCATTGATTCGTGAGGATGGGAGTGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAGTGGTTTATTCAAGAGCCATTGATTCGTGAGGATGGGAGTGGA  699

seq1  GACAATAGGATACTAGAAGACAAGAGCATTGTTCTGATAAGAGGGAGCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAGGATACTAGAAGACAAGAGCATTGTTCTGATAAGAGGGAGCCC  749

seq1  ACCGTAATCACTCTGGATTGCACCCCACTAGAAAAACACAGAGTTCATTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTAATCACTCTGGATTGCACCCCACTAGAAAAACACAGAGTTCATTG  799

seq1  TGTAGATAGGGCAGGTTGGAGATGTAAACTCGGTTGAAGCTATCAGATTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATAGGGCAGGTTGGAGATGTAAACTCGGTTGAAGCTATCAGATTG  849

seq1  GAAAGCAGGAAGAAACTGTGACTGTCGTGGCAAGATCAAGGTCGTTCTAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGGAAGAAACTGTGACTGTCGTGGCAAGATCAAGGTCGTTCTAA  899

seq1  AGACACACTTGTGCCCTACTTTCAGCTACCTGAGGACTGTGACATGGACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACTTGTGCCCTACTTTCAGCTACCTGAGGACTGTGACATGGACC  949

seq1  CCAAGGAACTGGAATTTTCACCAGGAATTC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAACTGGAATTTTCACCAGGAATTC  979

seq1: chr12_20407696_20408835
seq2: B6Ng01-025P09.g_68_1189

seq1  GAATTCATCAGGTAGACTAAAGTGGAAGTCAGCCCTAGTGGATTAAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGGTAGACTAAAGTGGAAGTCAGCCCTAGTGGATTAAAGGT  50

seq1  TGGTTGGTTTCTGTTAAGCACAGAAGACCATGTGGAAATCTGGGTTCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTTCTGTTAAGCACAGAAGACCATGTGGAAATCTGGGTTCAAG  100

seq1  GCATTCGTTTTGGATTTTGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCGTTTTGGATTTTGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGCC  150

seq1  CTGGCTGACCTGGAACCCACTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGACCTGGAACCCACTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCACA  200

seq1  GAGATCTACCTGCCTCTGCCTCTCATGTGCTGGGATTCAAGACATGTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTACCTGCCTCTGCCTCTCATGTGCTGGGATTCAAGACATGTACC  250

seq1  ACTATGCCTCGATTTCAAAATGTTCTTTCATTCCCAATCAGAGAGATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCTCGATTTCAAAATGTTCTTTCATTCCCAATCAGAGAGATACT  300

seq1  TTGAAAATGCAAACCTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATGCAAACCTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGA  350

seq1  CAACAGGAGTTTAATCCTGTGACCTAAATCATGGGTAGATAGAACAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGAGTTTAATCCTGTGACCTAAATCATGGGTAGATAGAACAACCA  400

seq1  ATTCCTGCAAGTTGCCCTCTGACCTCATATTAGGACAAATGCACACTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGCAAGTTGCCCTCTGACCTCATATTAGGACAAATGCACACTCCC  450

seq1  TTATATGTATGCTCCAGCCCCCACCCCCAACATTAATTGTGTAATGATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTATGCTCCAGCCCCCACCCCCAACATTAATTGTGTAATGATAA  500

seq1  ATAAAGCAGGAACTGGGGATGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCAGGAACTGGGGATGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTG  550

seq1  ACTGCTCTTCTAGGGGTCCTGAGTTCAGTTTCCAGCAACCACATGGTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTTCTAGGGGTCCTGAGTTCAGTTTCCAGCAACCACATGGTGGC  600

seq1  TCACAACCATCTGTAATGGGGTCTGATGCCCTCTTCTAGTGTGTCTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACCATCTGTAATGGGGTCTGATGCCCTCTTCTAGTGTGTCTGAAG  650

seq1  ACAGCTACAGTGTACTCATATACATACAATAACTAGATACACCTTTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACAGTGTACTCATATACATACAATAACTAGATACACCTTTAAAA  700

seq1  AGAAATAAAGCAGGAACTGAATGAGGAAATGCCTGAGTCAATAGACTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAAGCAGGAACTGAATGAGGAAATGCCTGAGTCAATAGACTATG  750

seq1  GTTCAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCAGCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCAGCACAG  800

seq1  TCAGGCATTCTGGGCCATGAAGGACCTCTTAGAGCATATTGAAGAATTTA  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCATTCTGGGCCATGAAAGACCTCTTAGAGCATATTGAAGAATTTA  850

seq1  GGGTTTATTCGTAGACTGTAGGGAGACCCTGGAAGATATTGAGCCACTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGTTTATTCGTAGACTGTAGGGAGACCCTGGAAGATATGGAGCCACTTA  900

seq1  AAACTACATTTGCTTTTTAGAAGGATCACTATGGGAAAGAGTCTGGCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACATTTGCTTTTTAGAAGGATCCCTATGGGAAAGAGTCTGGCACC  950

seq1  CAGTAAAGAGGGTGATTGGAAAGTTGATTAACCCAGAAATGGGAAGATTT  1000
      |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||
seq2  CAGT-AAGAGGGTGA-TGGAAAGTTGATTA--CCAGAAATGGG-AGATTT  995

seq1  ATTATAAAATAACACTTGCAGATGAGGAGAGACCTAAATGGATAAGGGCA  1050
      ||||| |||||   ||||| ||||||   |||||| ||||  || || ||
seq2  ATTAT-AAATACACCTTGC-GATGAG--AAGACCT-AATGATTAGGGCCA  1040

seq1  CAGTGGGAAATGAGTGCTC-AGGACCACAGTGCTCATGGATAATAAACTG  1099
      |   || | |||| ||| | | ||||||||||||| ||||||||||||  
seq2  C---GGTATATGA-TGCCCTATGACCACAGTGCTC-TGGATAATAAACCT  1085

seq1  AAATATCCAATCCAATGGCATGTGGATTCGTTGCCAACTGA  1140
      |||| |||| ||  ||| |  ||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCATTC--ATGCC--GTGGATTCGTTGCCAACTGA  1122