BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026A13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 46,013,794 - 46,166,764
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStxbp6
Upstream geneLOC100039081, LOC664854, Dnajb9, LOC100039062, Pnpla8, Nrcam, EG620025
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026A13.bB6Ng01-026A13.g
ACCDH857193DH857194
length1,1021,027
definitionDH857193|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026A13, 5' end.DH857194|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026A13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,013,794 - 46,014,900)(46,165,735 - 46,166,764)
sequence
gaattccctctgctaagcccaaactatgaccttggtgctttaagtaagta
tggcacccacaggctcatatatttgaatgcttactcatcaggaagtagta
gtatttgagaaagattggaagattcagaggttgtggccaagttatagtag
gcatagctttcttggagaaattgtgtcacggggtgtaggcattaaggctt
caaaagctcaagccaagcctggtgtctctcttggccagtgcatcagaatg
tagctctcagctattgctccaaggtcatgtgacccactgtgttccatgcc
atgatgaaaatagaataaacctcggagtctgtagataagccccaattaaa
tctttattttctaaaagttatcttagctgtggtttctttttacagcatca
gaccaatgactaagatctgatgtctccaaaaacaaaaagtgatacacagt
acaaattggtgcatgcatgaactagaaatcagtgattagttgaatggctc
ccctagataaggaagaatagctttatgcctactgtaaaccaggaccaaac
aaaaaacttctttcagattgaactcctagggttcaaaaatcaagccggtg
ttaagaaatttgaacatcttactggaaaagaggaatatcccaggactttg
agtaaaatgaaagggtaatcatcaagaaattatagaaatatcatgagaaa
tagaatggaatagacatagaatagaaggagaggagtttgagcattaacat
catgtatattaatttttattacaaccttattctggaagcttctttagcaa
gtaattcttttgttctcaaaacccaaaaaccatgatcttatccttgggat
ttggcctagtcccactgtacgtgacatataacttccttcacaattcatta
cagactcagagaacaaatcaatttacatgtacttggggtgaaggtgagat
ggaacataaaaaatacaaaactacgttttagctgttgtactttgcatttt
atttgaagagtatatgagattccctgcttcatggaacgaactatgaatca
aacagccaagccagggaagtaatgctcgaacaaacacttcatggagttga
ag
gaattctgatcccttttcacgaacagtccttgctctcagactccactgag
ctgaactccttcagaagctgggaacatgaatcttcatgtgtactttgtat
ccctgtagattctgtgcacacctgctagatagaaaagaatcaatagttgt
gttgagccagacagcttcttcctctgggattcctattcactgtctagtct
attaatgtttctgtcagtgttgcttttattatgtaacacttgcctacaga
ttatatacttcgtggttttgagtactttacaattgattccccttacaata
cacagcaagcaactagaagtttgtagaaacacatcatgcttgaatatcct
atgccttttgttttgtgtttattttcataaacgagtaaaatcataggtat
ctactgtatatactgtgttttgatatgagtgtgctttgtagaatgactaa
gtctagctcatgatgcattcattgcttcacatctacttgtgtgagaacaa
ccgaaaattctcaagcagtttttaagtatacaacacactagtatggatgg
ctgtcatcttgttgttcaatgaatctcttctgtttttgtctcctagctga
aaattggtatcctttgtccaacattctccatatctcttcaccctatccct
ttgtaaccatgattacgcactgcacttctaggagtttgaaaactctgact
taactcttgggtttgtttgtgggatttatctatgctgtatgtgttacagt
actttattccttttcattggtaggtatattcctttgcataactatacagt
aactgtgtatgatacacatttgaatggttttcagcactggtaagaacaat
gctgctacgatattcatcttggtgatcatggtttgcatttctgattgtgc
acatgcacactgctgagtcctaagacatgtgcgagctagtttttggctat
ttgatgtaaactgtagttatctgaaaagagggaacctcattgagaaaatg
ccttcatatgctctgaatgtagggcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_46013794_46014900
seq2: B6Ng01-026A13.b_49_1150

seq1  GAATTCCCTCTGCTAAGCCCAAACTATGACCTTGGTGCTTTAAGTAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTGCTAAGCCCAAACTATGACCTTGGTGCTTTAAGTAAGTA  50

seq1  TGGCACCCACAGGCTCATATATTTGAATGCTTACTCATCAGGAAGTAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCCACAGGCTCATATATTTGAATGCTTACTCATCAGGAAGTAGTA  100

seq1  GTATTTGAGAAAGATTGGAAGATTCAGAGGTTGTGGCCAAGTTATAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGAGAAAGATTGGAAGATTCAGAGGTTGTGGCCAAGTTATAGTAG  150

seq1  GCATAGCTTTCTTGGAGAAATTGTGTCACGGGGTGTAGGCATTAAGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCTTTCTTGGAGAAATTGTGTCACGGGGTGTAGGCATTAAGGCTT  200

seq1  CAAAAGCTCAAGCCAAGCCTGGTGTCTCTCTTGGCCAGTGCATCAGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCTCAAGCCAAGCCTGGTGTCTCTCTTGGCCAGTGCATCAGAATG  250

seq1  TAGCTCTCAGCTATTGCTCCAAGGTCATGTGACCCACTGTGTTCCATGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTCAGCTATTGCTCCAAGGTCATGTGACCCACTGTGTTCCATGCC  300

seq1  ATGATGAAAATAGAATAAACCTCGGAGTCTGTAGATAAGCCCCAATTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAAAATAGAATAAACCTCGGAGTCTGTAGATAAGCCCCAATTAAA  350

seq1  TCTTTATTTTCTAAAAGTTATCTTAGCTGTGGTTTCTTTTTACAGCATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTTTCTAAAAGTTATCTTAGCTGTGGTTTCTTTTTACAGCATCA  400

seq1  GACCAATGACTAAGATCTGATGTCTCCAAAAACAAAAAGTGATACACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATGACTAAGATCTGATGTCTCCAAAAACAAAAAGTGATACACAGT  450

seq1  ACAAATTGGTGCATGCATGAACTAGAAATCAGTGATTAGTTGAATGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTGGTGCATGCATGAACTAGAAATCAGTGATTAGTTGAATGGCTC  500

seq1  CCCTAGATAAGGAAGAATAGCTTTATGCCTACTGTAAACCAGGACCAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGATAAGGAAGAATAGCTTTATGCCTACTGTAAACCAGGACCAAAC  550

seq1  AAAAAACTTCTTTCAGATTGAACTCCTAGGGTTCAAAAATCAAGCCGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACTTCTTTCAGATTGAACTCCTAGGGTTCAAAAATCAAGCCGGTG  600

seq1  TTAAGAAATTTGAACATCTTACTGGAAAAGAGGAATATCCCAGGACTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATTTGAACATCTTACTGGAAAAGAGGAATATCCCAGGACTTTG  650

seq1  AGTAAAATGAAAGGGTAATCATCAAGAAATTATAGAAATATCATGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATGAAAGGGTAATCATCAAGAAATTATAGAAATATCATGAGAAA  700

seq1  TAGAATGGAATAGACATAGAATAGAAGGAGAGGAGTTTGAGCATTAACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGGAATAGACATAGAATAGAAGGAGAGGAGTTTGAGCATTAACAT  750

seq1  CATGTATATTAATTTTTATTACAACCTTATTCTGGAAGCTTCTTTAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATATTAATTTTTATTACAACCTTATTCTGGAAGCTTCTTTAGCAA  800

seq1  GTAATTCTTTTGTTCTCAAAACCCAAAAACCATGATCTTATCCTTGGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCTTTTGTTCTCAAAACCCAAAAACCATGATCTTATCCTTGGGAT  850

seq1  TTGGCCTAGTCCCACTGTACGTGACATATAACTTCCTTCACAATTCATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTAGTCCCACTGTACGTGACATATAACTTCCTTCACAATTCATTA  900

seq1  CAGACTCAGAGAACAAATCAATTTACATGTACTTGGGGTGAAGGTGAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCAGAGAACAAATCAATTTACATGTACTTGGGGTGAAGGTGAGAT  950

seq1  GGAACATAAAAAAATACAAAACTACGTATTAGCTGTTGCAACTTTGCATT  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  GGAACAT-AAAAAATACAAAACTACGTTTTAGCTGTTG-TACTTTGCATT  998

seq1  TTATCTGAGAAGTATATGAGA-TCCCTGCTTCATGGAACGAACTATGAAT  1049
      |||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGAAGAGTATATGAGATTCCCTGCTTCATGGAACGAACTATGAAT  1048

seq1  CAAACAGCCAAGCCAGGGAAGTAAATGCTCAGACAAACAACTTCGATGGA  1099
      |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||
seq2  CAAACAGCCAAGCCAGGGAAGT-AATGCTCGAACAAAC-ACTTC-ATGGA  1095

seq1  GTTTGAAG  1107
      | ||||||
seq2  G-TTGAAG  1102

seq1: chr12_46165735_46166764
seq2: B6Ng01-026A13.g_66_1092 (reverse)

seq1  ATGCCCTACATCTAGAGCATATGAAGGCATTTTCTCAATTGAGGTTCCCT  50
      |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGCCCTACATTCAGAGCATATGAAGGCATTTTCTCAA-TGAGGTTCCCT  49

seq1  CTTTTCAGATAACTACAGTTTACATCAAATTAGCAGAAAACTAGCTCGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGATAACTACAGTTTACATCAAA-TAGCCAAAAACTAGCTCGCA  98

seq1  CAATGTCTTAGGACTCAGCAGTGTGCATGTGCACAATCAGAAATGCAAAC  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ATGTCTTAGGACTCAGCAGTGTGCATGTGCACAATCAGAAATGCAAAC  147

seq1  CATGATCACCAAGATGAATATCGTAGCAGCATTGTTCTTACCAGTGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCACCAAGATGAATATCGTAGCAGCATTGTTCTTACCAGTGCTGA  197

seq1  AAACCATTCAAATGTGTATCATACACAGTTACTGTATAGTTATGCAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATTCAAATGTGTATCATACACAGTTACTGTATAGTTATGCAAAGG  247

seq1  AATATACCTACCAATGAAAAGGAATAAAGTACTGTAACACATACAGCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACCTACCAATGAAAAGGAATAAAGTACTGTAACACATACAGCATA  297

seq1  GATAAATCCCACAAACAAACCCAAGAGTTAAGTCAGAGTTTTCAAACTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCCCACAAACAAACCCAAGAGTTAAGTCAGAGTTTTCAAACTCC  347

seq1  TAGAAGTGCAGTGCGTAATCATGGTTACAAAGGGATAGGGTGAAGAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGCAGTGCGTAATCATGGTTACAAAGGGATAGGGTGAAGAGATA  397

seq1  TGGAGAATGTTGGACAAAGGATACCAATTTTCAGCTAGGAGACAAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAATGTTGGACAAAGGATACCAATTTTCAGCTAGGAGACAAAAACA  447

seq1  GAAGAGATTCATTGAACAACAAGATGACAGCCATCCATACTAGTGTGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATTCATTGAACAACAAGATGACAGCCATCCATACTAGTGTGTTG  497

seq1  TATACTTAAAAACTGCTTGAGAATTTTCGGTTGTTCTCACACAAGTAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTAAAAACTGCTTGAGAATTTTCGGTTGTTCTCACACAAGTAGAT  547

seq1  GTGAAGCAATGAATGCATCATGAGCTAGACTTAGTCATTCTACAAAGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCAATGAATGCATCATGAGCTAGACTTAGTCATTCTACAAAGCAC  597

seq1  ACTCATATCAAAACACAGTATATACAGTAGATACCTATGATTTTACTCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATCAAAACACAGTATATACAGTAGATACCTATGATTTTACTCGT  647

seq1  TTATGAAAATAAACACAAAACAAAAGGCATAGGATATTCAAGCATGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAAATAAACACAAAACAAAAGGCATAGGATATTCAAGCATGATGT  697

seq1  GTTTCTACAAACTTCTAGTTGCTTGCTGTGTATTGTAAGGGGAATCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACAAACTTCTAGTTGCTTGCTGTGTATTGTAAGGGGAATCAATT  747

seq1  GTAAAGTACTCAAAACCACGAAGTATATAATCTGTAGGCAAGTGTTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTACTCAAAACCACGAAGTATATAATCTGTAGGCAAGTGTTACAT  797

seq1  AATAAAAGCAACACTGACAGAAACATTAATAGACTAGACAGTGAATAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGCAACACTGACAGAAACATTAATAGACTAGACAGTGAATAGGA  847

seq1  ATCCCAGAGGAAGAAGCTGTCTGGCTCAACACAACTATTGATTCTTTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGAGGAAGAAGCTGTCTGGCTCAACACAACTATTGATTCTTTTCT  897

seq1  ATCTAGCAGGTGTGCACAGAATCTACAGGGATACAAAGTACACATGAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCAGGTGTGCACAGAATCTACAGGGATACAAAGTACACATGAAGA  947

seq1  TTCATGTTCCCAGCTTCTGAAGGAGTTCAGCTCAGTGGAGTCTGAGAGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTCCCAGCTTCTGAAGGAGTTCAGCTCAGTGGAGTCTGAGAGCA  997

seq1  AGGACTGTTCGTGAAAAGGGATCAGAATTC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGTTCGTGAAAAGGGATCAGAATTC  1027