BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026P05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 82,281,280 - 82,428,312
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmoc1, Slc8a3, LOC100042143
Upstream geneActn1, Wdr22, Exdl2, 2310002D06Rik, Galntl1, LOC100041715, Erh, Slc39a9, 3830431G21Rik, Gm1568, 4933426M11Rik, Sfrs5, Slc10a1
Downstream geneLOC100042148, EG214321, Hspe1-ps2, Adam4, 1810020G14Rik, Synj2bp, Adam21, Med6, Ttc9, LOC100041821, Map3k9, Pcnx, Sipa1l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026P05.bB6Ng01-026P05.g
ACCDH857833DH857834
length1,055982
definitionDH857833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026P05, 5' end.DH857834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,281,280 - 82,282,331)(82,427,325 - 82,428,312)
sequence
gaattctctggaacagtcctagacgtgtcctgcatgtaatttctcatggt
tcacaaactggagctcttgagagctgtagcaactataggtggcaggaggt
aaggtaaggctagaaagcccttcactcaagtgggaggctttataaaggca
gtgaggaaccaatggattgggacggtcatatttgacagagactgtagtgc
tcatcccagacctacccaggaacacttgctacttagtgaggagttgctgg
ggcctgaccctggcccattccatgccccttttgtgttgcgagtacctgtc
catacagcaactaaagccaagggaaggtacaatgtggtgacttggtccat
ggaactcagggatcctccctctggaactttgctggggaccagttgtctac
cacttcagccaacacacaggacccagaggaagcatctagaggaagctgtg
atctgggatgcaggatttaagaatcagtgctcacctggatgcccctccaa
tccaaattctgtgaggagcaggctgtagattcgagtcatctgaatatttt
ttttcccagagactcctggggtaatttctgtttcttgcccaaccctacct
tgaccctctcacttaaaaagtgtcattgagggtctggctgaagcacctgt
gtctgcaaatgtgactgcgacaggtctgcctgcatctgtgcatgcatctc
ttcagcatattgctgtgagcatgcctgcatgggtacctgtctgacagcat
ctctatctctgtgtgtacacacgtgtgtttatctatgcccgtttttaaaa
attattttttgtgtgtgtatgagtgcttctctccattttacgttatgtgc
accaagtatgtgcttggtgcctgcagaggccagaagagggccttgttgga
actggaattacagatagttgtgagccaccatgttggatgctgggaactga
acctgtgttctctgcaatggcagcaattgatcttagttgctgggccatct
cctcagccctttatgcccgacttaaaaggatcctatgtatgctagactta
catgc
gaattccatatttcaacagcttaaatcttcagctaattgaaatggcatta
agatgaatcaagctttgggagaatagtctaaaacttatgtaaaggactgt
gttttccagcctccctgtgccactcagccacgagtcagaggatgtcagca
ctctctccatgagtaacatcaacactagggtcaggaggtggactctctga
aacagccaggggcaggaaggaaagcaacatctgctctagactgtgctata
tttctcacacatctattttctatcccaataaccttccagttcagggatgc
ctttttctcggcccttcctcatctgatgtactccttcaggcctggtgcaa
ggagacttatgtagtcagaggaggaaggtctagtttcggttccatactta
ctggtgtagaaaaattggcagtagactgaacgcagtcgactgtgttcttc
atctgtgtgatcaccctcacaagaaagctaaaacaagatcattcaaggga
ggaagcctttgtaaactcttggcacatcaactggctagaactttgttgaa
taaatgatgcagtataaatattggttgtcattatcacatcctctagaagg
aagtgcaggagagagggctagagttcagaaggggaactgtgttgatttgg
acttagattatgctccaaaaccacgtgattctattggttctcctagtgtt
tttggaggagcatcggctatcccctctcaatgtacatggtttctgaatca
cttagtactataatcattcattcattcatccaataaatacttagtgagcc
ctccttatgccagactgatgcactgtggtgaatggagagggcacattcct
tgcccaaatagaatttttattccttaataagccaaccaacaaatggacaa
accacaatgtgttcagaactgatacgtgcaatgaagatatgaatgtgata
tgatatgatatgatatgaattgatatccagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_82281280_82282331
seq2: B6Ng01-026P05.b_45_1099

seq1  GAATTCTCTGGAACAGTCCTAGACGTGTCCTGCATGTAATTTCTCATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAACAGTCCTAGACGTGTCCTGCATGTAATTTCTCATGGT  50

seq1  TCACAAACTGGAGCTCTTGAGAGCTGTAGCAACTATAGGTGGCAGGAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACTGGAGCTCTTGAGAGCTGTAGCAACTATAGGTGGCAGGAGGT  100

seq1  AAGGTAAGGCTAGAAAGCCCTTCACTCAAGTGGGAGGCTTTATAAAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAAGGCTAGAAAGCCCTTCACTCAAGTGGGAGGCTTTATAAAGGCA  150

seq1  GTGAGGAACCAATGGATTGGGACGGTCATATTTGACAGAGACTGTAGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAACCAATGGATTGGGACGGTCATATTTGACAGAGACTGTAGTGC  200

seq1  TCATCCCAGACCTACCCAGGAACACTTGCTACTTAGTGAGGAGTTGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCAGACCTACCCAGGAACACTTGCTACTTAGTGAGGAGTTGCTGG  250

seq1  GGCCTGACCCTGGCCCATTCCATGCCCCTTTTGTGTTGCGAGTACCTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGACCCTGGCCCATTCCATGCCCCTTTTGTGTTGCGAGTACCTGTC  300

seq1  CATACAGCAACTAAAGCCAAGGGAAGGTACAATGTGGTGACTTGGTCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGCAACTAAAGCCAAGGGAAGGTACAATGTGGTGACTTGGTCCAT  350

seq1  GGAACTCAGGGATCCTCCCTCTGGAACTTTGCTGGGGACCAGTTGTCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCAGGGATCCTCCCTCTGGAACTTTGCTGGGGACCAGTTGTCTAC  400

seq1  CACTTCAGCCAACACACAGGACCCAGAGGAAGCATCTAGAGGAAGCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGCCAACACACAGGACCCAGAGGAAGCATCTAGAGGAAGCTGTG  450

seq1  ATCTGGGATGCAGGATTTAAGAATCAGTGCTCACCTGGATGCCCCTCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGATGCAGGATTTAAGAATCAGTGCTCACCTGGATGCCCCTCCAA  500

seq1  TCCAAATTCTGTGAGGAGCAGGCTGTAGATTCGAGTCATCTGAATATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATTCTGTGAGGAGCAGGCTGTAGATTCGAGTCATCTGAATATTTT  550

seq1  TTTTCCCAGAGACTCCTGGGGTAATTTCTGTTTCTTGCCCAACCCTACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCAGAGACTCCTGGGGTAATTTCTGTTTCTTGCCCAACCCTACCT  600

seq1  TGACCCTCTCACTTAAAAAGTGTCATTGAGGGTCTGGCTGAAGCACCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTCTCACTTAAAAAGTGTCATTGAGGGTCTGGCTGAAGCACCTGT  650

seq1  GTCTGCAAATGTGACTGCGACAGGTCTGCCTGCATCTGTGCATGCATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAAATGTGACTGCGACAGGTCTGCCTGCATCTGTGCATGCATCTC  700

seq1  TTCAGCATATTGCTGTGAGCATGCCTGCATGGGTACCTGTCTGACAGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATATTGCTGTGAGCATGCCTGCATGGGTACCTGTCTGACAGCAT  750

seq1  CTCTATCTCTGTGTGTACACACGTGTGTTTATCTATGCCCGTTTTTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCTCTGTGTGTACACACGTGTGTTTATCTATGCCCGTTTTTAAAA  800

seq1  ATTA-TTTTTGTGTGTGTATGAGTGCTTCTCTCCA-TTTACGTTATGTGC  848
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTATTTTTTGTGTGTGTATGAGTGCTTCTCTCCATTTTACGTTATGTGC  850

seq1  ACCAAGTATGTGCCTGGTGCCTGCAGAGGCCAGAAGAGGGCC-TGTTGGA  897
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACCAAGTATGTGCTTGGTGCCTGCAGAGGCCAGAAGAGGGCCTTGTTGGA  900

seq1  ACTGGAATTACAGATAGTTGTGAGCCACCATG-TGGATGCTGGGAACTGA  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTGGAATTACAGATAGTTGTGAGCCACCATGTTGGATGCTGGGAACTGA  950

seq1  ACCTGGGTTCTCTGCAATGGCAGCAAGTGATCTTAAGTGCTGGGCCATCT  996
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||
seq2  ACCTGTGTTCTCTGCAATGGCAGCAATTGATCTTAGTTGCTGGGCCATCT  1000

seq1  CCTCAGCCCTTTATGCCCGACTTAAAATGTATCTATGTATGCATGACTAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||  |||| |
seq2  CCTCAGCCCTTTATGCCCGACTTAAAAGGATCCTATGTATGCTAGACT-T  1049

seq1  ACATGC  1052
      ||||||
seq2  ACATGC  1055

seq1: chr12_82427325_82428312
seq2: B6Ng01-026P05.g_69_1050 (reverse)

seq1  TCCTGGACTATCATATCATATCATATCATATCATATCACATTTCATATCT  50
      ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  TCCTGGA-TATCAATTCATATCATATCATATCATATCACA-TTCATATC-  47

seq1  TTCATTGCACGTATCAGTTTCTGAACACATTGTTGGTTTTGTCCATTTGT  100
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||
seq2  TTCATTGCACGTATCAG-TTCTGAACACATTGT--GGTTTGTCCATTTGT  94

seq1  TGGTTGGCTTATTAAGGAATAAAAATTCTATTTGGGCAAGGAATGTGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGCTTATTAAGGAATAAAAATTCTATTTGGGCAAGGAATGTGCCC  144

seq1  TCTCCATTCACCACAGTGCATCAGTCTGGCATAAGGAGGGCTCACTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTCACCACAGTGCATCAGTCTGGCATAAGGAGGGCTCACTAAGT  194

seq1  ATTTATTGGATGAATGAATGAATGATTATAGTACTAAGTGATTCAGAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGGATGAATGAATGAATGATTATAGTACTAAGTGATTCAGAAAC  244

seq1  CATGTACATTGAGAGGGGATAGCCGATGCTCCTCCAAAAACACTAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACATTGAGAGGGGATAGCCGATGCTCCTCCAAAAACACTAGGAGA  294

seq1  ACCAATAGAATCACGTGGTTTTGGAGCATAATCTAAGTCCAAATCAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAGAATCACGTGGTTTTGGAGCATAATCTAAGTCCAAATCAACAC  344

seq1  AGTTCCCCTTCTGAACTCTAGCCCTCTCTCCTGCACTTCCTTCTAGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCCTTCTGAACTCTAGCCCTCTCTCCTGCACTTCCTTCTAGAGGA  394

seq1  TGTGATAATGACAACCAATATTTATACTGCATCATTTATTCAACAAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAATGACAACCAATATTTATACTGCATCATTTATTCAACAAAGTT  444

seq1  CTAGCCAGTTGATGTGCCAAGAGTTTACAAAGGCTTCCTCCCTTGAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAGTTGATGTGCCAAGAGTTTACAAAGGCTTCCTCCCTTGAATGA  494

seq1  TCTTGTTTTAGCTTTCTTGTGAGGGTGATCACACAGATGAAGAACACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTTAGCTTTCTTGTGAGGGTGATCACACAGATGAAGAACACAGT  544

seq1  CGACTGCGTTCAGTCTACTGCCAATTTTTCTACACCAGTAAGTATGGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGCGTTCAGTCTACTGCCAATTTTTCTACACCAGTAAGTATGGAAC  594

seq1  CGAAACTAGACCTTCCTCCTCTGACTACATAAGTCTCCTTGCACCAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAACTAGACCTTCCTCCTCTGACTACATAAGTCTCCTTGCACCAGGCC  644

seq1  TGAAGGAGTACATCAGATGAGGAAGGGCCGAGAAAAAGGCATCCCTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGTACATCAGATGAGGAAGGGCCGAGAAAAAGGCATCCCTGAAC  694

seq1  TGGAAGGTTATTGGGATAGAAAATAGATGTGTGAGAAATATAGCACAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTTATTGGGATAGAAAATAGATGTGTGAGAAATATAGCACAGTC  744

seq1  TAGAGCAGATGTTGCTTTCCTTCCTGCCCCTGGCTGTTTCAGAGAGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGATGTTGCTTTCCTTCCTGCCCCTGGCTGTTTCAGAGAGTCCA  794

seq1  CCTCCTGACCCTAGTGTTGATGTTACTCATGGAGAGAGTGCTGACATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGACCCTAGTGTTGATGTTACTCATGGAGAGAGTGCTGACATCCT  844

seq1  CTGACTCGTGGCTGAGTGGCACAGGGAGGCTGGAAAACACAGTCCTTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCGTGGCTGAGTGGCACAGGGAGGCTGGAAAACACAGTCCTTTAC  894

seq1  ATAAGTTTTAGACTATTCTCCCAAAGCTTGATTCATCTTAATGCCATTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTTTAGACTATTCTCCCAAAGCTTGATTCATCTTAATGCCATTTC  944

seq1  AATTAGCTGAAGATTTAAGCTGTTGAAATATGGAATTC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCTGAAGATTTAAGCTGTTGAAATATGGAATTC  982