BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028M05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 120,747,757 - 120,867,884
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668632
Upstream geneLOC100042993, LOC668611, EG668615, LOC620665, Sp8, Abcb5, Itgb8, EG627557, LOC100043011, 4732474O15Rik
Downstream geneLOC668633, Gm528, LOC100043017
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028M05.bB6Ng01-028M05.g
ACCDH859155DH859156
length1,1031,056
definitionDH859155|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028M05, 5' end.DH859156|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,866,775 - 120,867,884)(120,747,757 - 120,748,818)
sequence
gaattccatatgcatattttctctttcacaaaacctatcaaatgtctcac
acagtaggagtgcatatttattttagtagcaaatacagagatttcccaga
gtgttctgaatacctttatccacaggaattgtgatggaaagatgaaatat
ctcttaggcttacaactccacaagcagagtttaacattaaatttttgttt
gacaaggaaatatgaaagcttaattcaaatagaatttctagaagtgaagt
gttatcaacatgtctgaagctggaaggcaatgtgtttgtagctgtggtgg
ggaatgagttctcagatgctgagggtctgagtcccagccttagctctaca
catatctacacatatccttaggccaatgatttattctataaggggatagt
aatattatctctttcatgagatatacatggtataatggcattagcataaa
ttacacactgtctggctcctaatgtttgataaataccatagaatatccta
ctttttagcctaagaaacagtttacagtgtaatttcttattgttaattaa
gcagaaaaaatatcaaaacctttatatcaacccccattcttgcaaacagc
agctagttgctatagtacaattctgtcaggaacctgaagaattatcatga
ctgattgtcagtatccttcaggaacacagctgtaaaatgctacattcaat
agactattacaaggaaataggggcatagtcctagaataatatttcttctt
ccatatcaggatttactggctagaattttatgactttcacatatacagtg
ttttaatatacacttttattttatagcctccaaacctgctcaaaaaatta
aaaccatctcaactgccagacatcagaataaccatctagtttaatcagat
gactggaagtctatattgtctagcatggccattacccatgctggccaggc
tcttttccttccttttctctccagtaaaaattagaattcattttgttcta
tcctgacacatgcattattgaagtctgtgagatgctactcccctttacag
ctccaactgctttgcttatttatcacttcgcatgccaaaatacgatgatt
tga
gaattcccgtgaaagtggagttataggtatttgtgagttgatagatgtga
gtcctaggcactgaactctggtcctttgtaaaagcagtacatgctcttaa
ctgctcatccatgacttcagcacctcttataagttacatatatgcataac
atacatctgtttacatatatgttcatgagcccaagaatactatggtgctt
gcatggaggccagaggacaactgtaggcgttaattctttccttccattat
atggtctctacgatcaagctcatgaacttgggcttggcagtaagcattgt
cttgcccattcaaataatctttttaaaacatactttttgttttcagttct
tcatatgaaataaaaagaattattttataaaaatccttttgttaagtcgg
tgcgcaactttgttcttttagattacatgttggcctaacttacttcatag
atattagcaagaaatttgataattacagtgaagctctggatttggtatgt
agtaatttggaacactgcaacagctaagtgacagcttaacctcatcccat
ggatactggtgtgtagtgttccagtgaaagaaggataaatataaaagaat
taatgtttggtttctttatgagttttttaaaaaaattcttttctttttct
tacacaagtaagtaaatttgtactatgaaaaagctaatctctgttaatat
ccactagaataacaattacttttgcacaacgagttgggattgtaatacaa
gaaacttgcggggaggtattctaactatatgcaaactatagcaagtatta
aacgccatgctgaggaaattgaatgttttaccttataattctatttatta
atgttaactttgaattttattggaatgaactggtgaatatgaatgttgat
tggaaatcctatgaagagttattgtgctttctatcaaggactccactgaa
aagtcctgattcctgggaaggacttcagagtcactgacctccattcaact
taggtaaaatggccagggtgtcatgagatttactggattgaacgagtatg
agtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_120866775_120867884
seq2: B6Ng01-028M05.b_42_1144 (reverse)

seq1  TCAAATCATCGTGATTTTTGGCATGGCGAAAGTGATAAATAAGCAAAGCA  50
      ||||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCATCGT--ATTTTGGCAT-GCG-AAGTGATAAATAAGCAAAGCA  46

seq1  GTTGGAGCTGTAAAGGTGGAGTAGCATCCTCACAGACTTCAATAATGCAT  100
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGCTGTAAAGG-GGAGTAGCAT-CTCACAGACTTCAATAATGCAT  94

seq1  GTGTCAGGATAGAACAAAATGAATTCTAATTTTTTACTGGAGAGAAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGGATAGAACAAAATGAATTCTAA-TTTTTACTGGAGAGAAAAGG  143

seq1  AAGGAAAAGAGCCTGGCCAGCATGGGTAATGGCCATGCTAGACAATATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAGAGCCTGGCCAGCATGGGTAATGGCCATGCTAGACAATATAG  193

seq1  ACTTCCAGTCATCTGATTAAACTAGATGGTTATTCTGATGTCTGGCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGTCATCTGATTAAACTAGATGGTTATTCTGATGTCTGGCAGTT  243

seq1  GAGATGGTTTTAATTTTTTGAGCAGGTTTGGAGGCTATAAAATAAAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGTTTTAATTTTTTGAGCAGGTTTGGAGGCTATAAAATAAAAGTG  293

seq1  TATATTAAAACACTGTATATGTGAAAGTCATAAAATTCTAGCCAGTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAAAACACTGTATATGTGAAAGTCATAAAATTCTAGCCAGTAAAT  343

seq1  CCTGATATGGAAGAAGAAATATTATTCTAGGACTATGCCCCTATTTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATATGGAAGAAGAAATATTATTCTAGGACTATGCCCCTATTTCCTT  393

seq1  GTAATAGTCTATTGAATGTAGCATTTTACAGCTGTGTTCCTGAAGGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGTCTATTGAATGTAGCATTTTACAGCTGTGTTCCTGAAGGATAC  443

seq1  TGACAATCAGTCATGATAATTCTTCAGGTTCCTGACAGAATTGTACTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATCAGTCATGATAATTCTTCAGGTTCCTGACAGAATTGTACTATA  493

seq1  GCAACTAGCTGCTGTTTGCAAGAATGGGGGTTGATATAAAGGTTTTGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTAGCTGCTGTTTGCAAGAATGGGGGTTGATATAAAGGTTTTGATA  543

seq1  TTTTTTCTGCTTAATTAACAATAAGAAATTACACTGTAAACTGTTTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTGCTTAATTAACAATAAGAAATTACACTGTAAACTGTTTCTTA  593

seq1  GGCTAAAAAGTAGGATATTCTATGGTATTTATCAAACATTAGGAGCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAAAGTAGGATATTCTATGGTATTTATCAAACATTAGGAGCCAGA  643

seq1  CAGTGTGTAATTTATGCTAATGCCATTATACCATGTATATCTCATGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTAATTTATGCTAATGCCATTATACCATGTATATCTCATGAAAG  693

seq1  AGATAATATTACTATCCCCTTATAGAATAAATCATTGGCCTAAGGATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATATTACTATCCCCTTATAGAATAAATCATTGGCCTAAGGATATG  743

seq1  TGTAGATATGTGTAGAGCTAAGGCTGGGACTCAGACCCTCAGCATCTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATATGTGTAGAGCTAAGGCTGGGACTCAGACCCTCAGCATCTGAG  793

seq1  AACTCATTCCCCACCACAGCTACAAACACATTGCCTTCCAGCTTCAGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATTCCCCACCACAGCTACAAACACATTGCCTTCCAGCTTCAGACA  843

seq1  TGTTGATAACACTTCACTTCTAGAAATTCTATTTGAATTAAGCTTTCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATAACACTTCACTTCTAGAAATTCTATTTGAATTAAGCTTTCATA  893

seq1  TTTCCTTGTCAAACAAAAATTTAATGTTAAACTCTGCTTGTGGAGTTGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTCAAACAAAAATTTAATGTTAAACTCTGCTTGTGGAGTTGTA  943

seq1  AGCCTAAGAGATATTTCATCTTTCCATCACAATTCCTGTGGATAAAGGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAAGAGATATTTCATCTTTCCATCACAATTCCTGTGGATAAAGGTA  993

seq1  TTCAGAACACTCTGGGAAATCTCTGTATTTGCTACTAAAATAAATATGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACACTCTGGGAAATCTCTGTATTTGCTACTAAAATAAATATGCA  1043

seq1  CTCCTACTGTGTGAGACATTTGATAGGTTTTGTGAAAGAGAAAATATGCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACTGTGTGAGACATTTGATAGGTTTTGTGAAAGAGAAAATATGCA  1093

seq1  TATGGAATTC  1110
      ||||||||||
seq2  TATGGAATTC  1103

seq1: chr12_120747757_120748818
seq2: B6Ng01-028M05.g_68_1123

seq1  GAATTCCCGTGAAAGTGGAGTTATAGGTATTTGTGAGTTGATAGATGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGTGAAAGTGGAGTTATAGGTATTTGTGAGTTGATAGATGTGA  50

seq1  GTCCTAGGCACTGAACTCTGGTCCTTTGTAAAAGCAGTACATGCTCTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGCACTGAACTCTGGTCCTTTGTAAAAGCAGTACATGCTCTTAA  100

seq1  CTGCTCATCCATGACTTCAGCACCTCTTATAAGTTACATATATGCATAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATCCATGACTTCAGCACCTCTTATAAGTTACATATATGCATAAC  150

seq1  ATACATCTGTTTACATATATGTTCATGAGCCCAAGAATACTATGGTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTGTTTACATATATGTTCATGAGCCCAAGAATACTATGGTGCTT  200

seq1  GCATGGAGGCCAGAGGACAACTGTAGGCGTTAATTCTTTCCTTCCATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAGGCCAGAGGACAACTGTAGGCGTTAATTCTTTCCTTCCATTAT  250

seq1  ATGGTCTCTACGATCAAGCTCATGAACTTGGGCTTGGCAGTAAGCATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTCTACGATCAAGCTCATGAACTTGGGCTTGGCAGTAAGCATTGT  300

seq1  CTTGCCCATTCAAATAATCTTTTTAAAACATACTTTTTGTTTTCAGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCATTCAAATAATCTTTTTAAAACATACTTTTTGTTTTCAGTTCT  350

seq1  TCATATGAAATAAAAAGAATTATTTTATAAAAATCCTTTTGTTAAGTCGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGAAATAAAAAGAATTATTTTATAAAAATCCTTTTGTTAAGTCGG  400

seq1  TGCGCAACTTTGTTCTTTTAGATTACATGTTGGCCTAACTTACTTCATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCAACTTTGTTCTTTTAGATTACATGTTGGCCTAACTTACTTCATAG  450

seq1  ATATTAGCAAGAAATTTGATAATTACAGTGAAGCTCTGGATTTGGTATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGCAAGAAATTTGATAATTACAGTGAAGCTCTGGATTTGGTATGT  500

seq1  AGTAATTTGGAACACTGCAACAGCTAAGTGACAGCTTAACCTCATCCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTGGAACACTGCAACAGCTAAGTGACAGCTTAACCTCATCCCAT  550

seq1  GGATACTGGTGTGTAGTGTTCCAGTGAAAGAAGGATAAATATAAAAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTGGTGTGTAGTGTTCCAGTGAAAGAAGGATAAATATAAAAGAAT  600

seq1  TAATGTTTGGTTTCTTTATGAGTTTTTTAAAAAAATTCTTTTCTTTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTGGTTTCTTTATGAGTTTTTTAAAAAAATTCTTTTCTTTTTCT  650

seq1  TACACAAGTAAGTAAATTTGTACTATGAAAAAGCTAATCTCTGTTAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAGTAAGTAAATTTGTACTATGAAAAAGCTAATCTCTGTTAATAT  700

seq1  CCACTAGAATAACAATTACTTTTGCACAACGAGTTGGGATTGTAATACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGAATAACAATTACTTTTGCACAACGAGTTGGGATTGTAATACAA  750

seq1  GAAACTTGCGGGGAGGTATTCTAACTATATGCAAACTATAGCAAGTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTGCGGGGAGGTATTCTAACTATATGCAAACTATAGCAAGTATTA  800

seq1  AACGCCATGCTGAGGAAATTGAATGTTTTACCTTATAATTCTATTTATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCATGCTGAGGAAATTGAATGTTTTACCTTATAATTCTATTTATTA  850

seq1  ATGTTAACTTTGAATTTTATTGGAATGAACTGGTGAATATGAATGTTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAACTTTGAATTTTATTGGAATGAACTGGTGAATATGAATGTTGAT  900

seq1  TGGAAATCCTATGAAGAGTTTATTGTGCTTTCTATCAAAGGACTCCACTG  950
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGAAATCCTATGAAGAG-TTATTGTGCTTTCTATC-AAGGACTCCACTG  948

seq1  AAAAAGTCCTGATTCCTGGGAAGGACTTCAGAGTCACTGACCTCCATTCA  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAAGTCCTGATTCCTGGGAAGGACTTCAGAGTCACTGACCTCCATTCA  997

seq1  ACCTTAGGTAAAAATTGGCCAGGGTGTCCATGAAGATTTACTGGATTGAA  1050
      | |||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  A-CTTAGGTAAAA--TGGCCAGGGTGT-CATG-AGATTTACTGGATTGAA  1042

seq1  CAGAGT---AGTGAA  1062
      | ||||   ||||||
seq2  C-GAGTATGAGTGAA  1056