BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029N05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 98,125,102 - 98,305,142
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG628277
Upstream gene1700019M22Rik, LOC100039664
Downstream geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732, LOC628351, LOC100039770
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029N05.bB6Ng01-029N05.g
ACCDH859914DH859915
length1,0871,020
definitionDH859914|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029N05, 5' end.DH859915|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029N05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,125,102 - 98,126,208)(98,304,116 - 98,305,142)
sequence
gaattccatccagctattaatcaaaacattagttaagtcaatacgtgaat
actctctttccattaactaataacaatagttttccatgaataaaaattta
tatgcttaaatgtctatgctatgtgtatttaaaaattgtactcagtgtta
ttgtaagtcttttacaaccagaagaattaacatattctaatcaagtatgc
tccctaaaaataattactgaggaacaccaatcagtatttcctaacagtgt
tttccaagttctgtactagctcttacctgatgcgtaattatgattgaata
aatgacattgagtctttggatatggttatatccaaccaatccataatact
tgaatcattcattataatatctaagaatactataattaggtccacttttg
tcattctgttattttacaaatgtttgaagaactagtatcaagatatttaa
cattttcttagagctacaactactcaatgaacataatttacagtgaaaaa
atatgaacaattctcagtcaaaccagaattagttggtagcctcatctact
aggtgaatgtcacccattccaaaagattacattctacaagagcatgtgtt
catggaagcagacagtgtgctgattcatgtagaaacactaggtatgaata
aaatatgtgaaaataattgttttaagttggatcagtatagtgaggaaata
ctcagtgaggaaaaataattaagaaaataatggagtccatgtgttgatat
ctggctttaaagttaaaagacagaaacagtgacacagggggtgtgggatg
agggcgtccatgtgcattctaatcattagagggggtacatttcagtgatc
caaattactgtgacaattcatccaataatgcattcagacaaataaacagg
ctcacagagtctcaagtatttagacatagtgaaatttttggtttagaacc
tttaagctaaaataaaataaactttcacctactttaagctatgtgcagcc
ttgtctagaattatcaggatgacactcagaacagtagaatctgttagacg
actatgaaatattaccagaagcgtaatgcgggtttcc
gaattcacatatcttagtaagactctcccttacatttggagcattcagta
agaatgatcatataatttgggatgtgttaatagccagaggaattctcctt
ttgcaattataaatgggtaggaaggaagctctttctaaccatttgaagtc
ataagtgggcatgctatattaaggatattttgaagtgcttggtatgtatc
actcatacattgttaagtatgctggtatttctttctgctctgtgaactgt
gagagaccatgttgttgagctgtatcagccaaaaggagagaagtcagcaa
tattgagttactactaagattgaaacgaggatgataatttccaaggcaaa
aaatgaaggttaatgccacagaaagactgtctagcgctatctttatgaac
cttttattctagaaaaactaccacaaagttactgtgatccaaggtaagag
tctagacttgacatctgtatgccaaatatctacataccaggtgtcagggt
catggaatatatgcttagccatcctcaggaatatatttaacaattttcaa
atgtgtctaaatcaaaagcacaaaatgttttggtagatagaaagaaatag
gtatgaaaatatcccattgatttgagttagttcttttgagtgtatgtgtg
tgtgtgcacatggaggaaaggatccacatgctaacacctattctttgatt
ttgattttatttaatttatgtattttatgtgtacacatacatttatcttt
taaattgttttgagattataatatgagcacgtttttttttcctccaaata
ttcccatatattcacccactttccttcaaatttattgccccttgtttcat
taattgttattatatgcattggttaagttatagaagtttcattttataga
ttataatctgtatgtgtatttcagggctggctttttgatctgacagccaa
tatgcatgttctccactgtggaaaaccagctctctgttctcagctctcgc
agttgctgaggtctttttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_98125102_98126208
seq2: B6Ng01-029N05.b_45_1131

seq1  GAATTCCATCCAGCTATTAATCAAAACATTAGTTAAGTCAATACGTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCAGCTATTAATCAAAACATTAGTTAAGTCAATACGTGAAT  50

seq1  ACTCTCTTTCCATTAACTAATAACAATAGTTTTCCATGAATAAAAATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTTCCATTAACTAATAACAATAGTTTTCCATGAATAAAAATTTA  100

seq1  TATGCTTAAATGTCTATGCTATGTGTATTTAAAAATTGTACTCAGTGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTAAATGTCTATGCTATGTGTATTTAAAAATTGTACTCAGTGTTA  150

seq1  TTGTAAGTCTTTTACAACCAGAAGAATTAACATATTCTAATCAAGTATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGTCTTTTACAACCAGAAGAATTAACATATTCTAATCAAGTATGC  200

seq1  TCCCTAAAAATAATTACTGAGGAACACCAATCAGTATTTCCTAACAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAAAATAATTACTGAGGAACACCAATCAGTATTTCCTAACAGTGT  250

seq1  TTTCCAAGTTCTGTACTAGCTCTTACCTGATGCGTAATTATGATTGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGTTCTGTACTAGCTCTTACCTGATGCGTAATTATGATTGAATA  300

seq1  AATGACATTGAGTCTTTGGATATGGTTATATCCAACCAATCCATAATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATTGAGTCTTTGGATATGGTTATATCCAACCAATCCATAATACT  350

seq1  TGAATCATTCATTATAATATCTAAGAATACTATAATTAGGTCCACTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCATTCATTATAATATCTAAGAATACTATAATTAGGTCCACTTTTG  400

seq1  TCATTCTGTTATTTTACAAATGTTTGAAGAACTAGTATCAAGATATTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTGTTATTTTACAAATGTTTGAAGAACTAGTATCAAGATATTTAA  450

seq1  CATTTTCTTAGAGCTACAACTACTCAATGAACATAATTTACAGTGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTTAGAGCTACAACTACTCAATGAACATAATTTACAGTGAAAAA  500

seq1  ATATGAACAATTCTCAGTCAAACCAGAATTAGTTGGTAGCCTCATCTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAACAATTCTCAGTCAAACCAGAATTAGTTGGTAGCCTCATCTACT  550

seq1  AGGTGAATGTCACCCATTCCAAAAGATTACATTCTACAAGAGCATGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAATGTCACCCATTCCAAAAGATTACATTCTACAAGAGCATGTGTT  600

seq1  CATGGAAGCAGACAGTGTGCTGATTCATGTAGAAACACTAGGTATGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGCAGACAGTGTGCTGATTCATGTAGAAACACTAGGTATGAATA  650

seq1  AAATATGTGAAAATAATTGTTTTAAGTTGGATCAGTATAGTGAGGAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTGAAAATAATTGTTTTAAGTTGGATCAGTATAGTGAGGAAATA  700

seq1  CTCAGTGAGGAAAAATAATTAAGAAAATAATGGAGTCCATGTGTTGATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGAGGAAAAATAATTAAGAAAATAATGGAGTCCATGTGTTGATAT  750

seq1  CTGGCTTTAAAGTTAAAAGACAGAAACAGTGACACAGGGGGTGTGGGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTAAAGTTAAAAGACAGAAACAGTGACACAGGGGGTGTGGGATG  800

seq1  AGGGCGTCCATGTGCATTCTAATCATTAGAGGGGGTACATTTCAGTGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGTCCATGTGCATTCTAATCATTAGAGGGGGTACATTTCAGTGATC  850

seq1  CAAATTACTGTGACAAATTCATCCAATAATGCATTCAGACAAATAAACAG  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTACTGTGAC-AATTCATCCAATAATGCATTCAGACAAATAAACAG  899

seq1  GCTCACAGAGTCTCAAGTATTTAAGACATAGTGAAATTTTTGGTTTTAGA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCTCACAGAGTCTCAAGTATTT-AGACATAGTGAAATTTTTGG-TTTAGA  947

seq1  ACCTTTAAGCTAAAATAAAATACACTTTCACCTACTTTTAGGCTTATTGT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||   |||
seq2  ACCTTTAAGCTAAAATAAAATAAACTTTCACCTAC-TTTAAGCT--ATGT  994

seq1  GCAGCCCTGTCTAGAATTATCAAGGATGACACTTCAAGAATCAAGTTAGA  1050
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||   |||| ||   ||| 
seq2  GCAGCCTTGTCTAGAATTATC-AGGATGACACT--CAGAA-CA--GTAG-  1037

seq1  AATCTGTTAGACGACTATGAAAATATTACACAGGAAAGCAGATAATGCGG  1100
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||   ||||||||
seq2  AATCTGTTAGACGACTATG-AAATATTAC-CAG--AAGC--GTAATGCGG  1081

seq1  TGTTTCC  1107
       ||||||
seq2  -GTTTCC  1087

seq1: chr12_98304116_98305142
seq2: B6Ng01-029N05.g_69_1088 (reverse)

seq1  TAAAAAAGACCTCCAGGCAACTGCGGAGAGCTGGAAACAGGAGAGCTGGT  50
      |||||||||||||   |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||
seq2  TAAAAAAGACCTC--AGCAACTGC-GAGAGCTGAGAACA-GAGAGCTGGT  46

seq1  CTTCCACAGTGGAGAACATGCATATTGGCTGTCCAGATCAAAAAAGCCAG  100
       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TTTCCACAGTGGAGAACATGCATATTGGCTGT-CAGATC-AAAAAGCCAG  94

seq1  CCCTGAAATAACACATACAGATTATAATCTATAAAATG-AACTTCTATAA  149
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCTGAAAT-ACACATACAGATTATAATCTATAAAATGAAACTTCTATAA  143

seq1  CTTAAGCCAATGCATATAATAACAATTAATGAAACAAGGGGCAATAAATT  199
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAA-CCAATGCATATAATAACAATTAATGAAACAAGGGGCAATAAATT  192

seq1  TGAAGGAAAGTTGGGTGAATATATGGGAATATTTGGAGGAAAAAAAAACG  249
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAAAG-TGGGTGAATATATGGGAATATTTGGAGGAAAAAAAAACG  241

seq1  TGCTCATATTATAATCTCAAAACAATTTAAAAGATAAATGTATGTGTACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATATTATAATCTCAAAACAATTTAAAAGATAAATGTATGTGTACA  291

seq1  CATAAAATACATAAATTAAATAAAATCAAAATCAAAGAATAGGTGTTAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATACATAAATTAAATAAAATCAAAATCAAAGAATAGGTGTTAGC  341

seq1  ATGTGGATCCTTTCCTCCATGTGCACACACACACATACACTC-AAAGAAC  398
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTGGATCCTTTCCTCCATGTGCACACACACACATACACTCAAAAGAAC  391

seq1  TAACTCAAATCAATGGGATATTTTCATACCTATTTCTTTCTATCTACCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAATCAATGGGATATTTTCATACCTATTTCTTTCTATCTACCAA  441

seq1  AACATTTTGTGCTTTTGATTTAGACACATTTGAAAATTGTTAAATATATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTGTGCTTTTGATTTAGACACATTTGAAAATTGTTAAATATATT  491

seq1  CCTGAGGATGGCTAAGCATATATTCCATGACCCTGACACCTGGTATGTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGATGGCTAAGCATATATTCCATGACCCTGACACCTGGTATGTAG  541

seq1  ATATTTGGCATACAGATGTCAAGTCTAGACTCTTACCTTGGATCACAGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGGCATACAGATGTCAAGTCTAGACTCTTACCTTGGATCACAGTA  591

seq1  ACTTTGTGGTAGTTTTTCTAGAATAAAAGGTTCATAAAGATAGCGCTAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTGGTAGTTTTTCTAGAATAAAAGGTTCATAAAGATAGCGCTAGA  641

seq1  CAGTCTTTCTGTGGCATTAACCTTCATTTTTTGCCTTGGAAATTATCATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTTCTGTGGCATTAACCTTCATTTTTTGCCTTGGAAATTATCATC  691

seq1  CTCGTTTCAATCTTAGTAGTAACTCAATATTGCTGACTTCTCTCCTTTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTTTCAATCTTAGTAGTAACTCAATATTGCTGACTTCTCTCCTTTTG  741

seq1  GCTGATACAGCTCAACAACATGGTCTCTCACAGTTCACAGAGCAGAAAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATACAGCTCAACAACATGGTCTCTCACAGTTCACAGAGCAGAAAGA  791

seq1  AATACCAGCATACTTAACAATGTATGAGTGATACATACCAAGCACTTCAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAGCATACTTAACAATGTATGAGTGATACATACCAAGCACTTCAA  841

seq1  AATATCCTTAATATAGCATGCCCACTTATGACTTCAAATGGTTAGAAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTTAATATAGCATGCCCACTTATGACTTCAAATGGTTAGAAAGA  891

seq1  GCTTCCTTCCTACCCATTTATAATTGCAAAAGGAGAATTCCTCTGGCTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTTCCTACCCATTTATAATTGCAAAAGGAGAATTCCTCTGGCTAT  941

seq1  TAACACATCCCAAATTATATGATCATTCTTACTGAATGCTCCAAATGTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACATCCCAAATTATATGATCATTCTTACTGAATGCTCCAAATGTAA  991

seq1  GGGAGAGTCTTACTAAGATATGTGAATTC  1027
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGTCTTACTAAGATATGTGAATTC  1020