BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039K01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 19,110,223 - 19,237,680
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC671401
Upstream geneLOC100042573, LOC668539, LOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160, 5730507C01Rik, EG668553, LOC668558, LOC100042641, LOC668568, LOC668570, EG668413
Downstream geneEG546524, EG668584, EG544848, EG627871, LOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594, EG668600, LOC100042727, LOC673301, EG668605
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039K01.bB6Ng01-039K01.g
ACCDH866846DH866847
length957988
definitionDH866846|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039K01, 5' end.DH866847|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,236,723 - 19,237,680)(19,110,223 - 19,111,101)
sequence
gaattcccatgagcatgtttgttctgcccatgactgagctgtatctgtga
gtaaggaagagagttacttaatacttagttgaactcaggctcttgggtga
ggctctgtggggcttgtgtcttctggggcaaagtcaagaagcagccccac
atgtcagtgtccacacatgctgcaatgagtgtgctgagaaagcctattca
tcagtctattctagactgacagcacctcctctcctgcctcctcacttgga
aaatgtcactgagctcactttgtggggaaagcaggagctgggaatttcct
aggtctgtgccactttgtgcgttggaagggggcctggctcttttctgatg
atggcaataagggcatgttgctgtcttggattacccacttatgggtcctg
ttactatggaaaaaaggctctttcttagctgcaagtgagtagctcaaaag
agaaaatcgtgtccaacagaagctcccaaaggaggaaggacaggacagtt
aggacttaatagagaggcacaaattgtgctgtggaaggcaggtgatgaaa
ttgcttcacatcaattctggtttctgttttaaaacatttggtttgtttct
atgaaaacaaatatatggaaagaatgcaggtcggtgacacgaaaggcatt
tctttttcctaattttagatgctgtttccctctaccctttgacaagtcgc
tgcccagtagaggagacagatgtgggaggggagacaatgctctttctgga
gatgtggcctcatcccaagctcacaaggtgtgtatggggtgggtcgggtg
caattttaaactaattgatgaactgctgtgggggagtctatttcttaaaa
cacactcttgatcctgattaaaactctaacctactggggccagaggaggc
atgtaaatcttagcaaggggaagtcttcatggttctctgtgactcaccag
gttgtct
gaattccagggccactccatgctagaaactggatcctccttagcatctcc
ttctatgtccttttaaaacaatgattctcaactttcctaatgctgtgacc
ctttaattcagcgaggagatgacggccccttcaggtcttggggatgaaca
gaaatcaatgccagaggaccaaaggaggaagaaaattctatcgtgctcag
ggctgcatggaaaaggaatggaggtcagagagcaacagtccagagatgca
attacactgcacaagtacttagaactgactgttccctatgtttgtctcca
gccttgaaaggcaactctgttgacaacggtgttcatgttcaaggtgtggt
taatccattattcctgcactagctgtcagagcatctttcacgcacctgac
tcaaccagcaagaacgacgctgcaacaggatccttctgcacacttttatt
gggagagcttgattgtagaggcaaagagaccccaagcccagaactggtgc
tgcttatataggcctaggagaggcgtgtctcacacccggattggttatgc
actaagcctcatttgcatgttcctcatctgattggctactttctctctct
gtacctcacagagcctcattatcataccgcatttgcatgtctcacatctg
attggttttactctcaaagcctcattatcatgctcaggcaaggcagtgtc
tttgcaaaaaactttacttcatatgtacacattggttgtttgtccaaact
tatgtgtggtggccagcagtagtcagcaccactcttcaatggcacatgtg
gcttcccacatctgcccctttttgttttaataaaatgatgctggactagg
cctgtgcaattatgtctatccgccgtggctcctgttttgggtcattcctc
taatgtcacagcctttacccatcatagggtaaccctatcgccaccggggc
ccatgtctaggttggactgtgcacggtgaaaagttgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_19236723_19237680
seq2: B6Ng01-039K01.b_46_1002 (reverse)

seq1  AGACAGCCTGGTGAGTCACAGAGAACCATGAAGACTGTCCCCTTGGCTAG  50
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| 
seq2  AGACAACCTGGTGAGTCACAGAGAACCATGAAGACT-TCCCCTT-GCTAA  48

seq1  GATCTCCATGCCTCCTCCTGGCCCCTGTAGCTTAG-GGTTTCATCAGTAT  99
      ||| | |||||||||| |||||||| |||| |||| | ||| ||||| ||
seq2  GATTTACATGCCTCCT-CTGGCCCCAGTAGGTTAGAGTTTTAATCAGGAT  97

seq1  CAAGAGTGTGTTTTAATGAATAGACT-CCCCACAGCAGTTCATCAATTAG  148
      ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTGTGTTTTAAGAAATAGACTCCCCCACAGCAGTTCATCAATTAG  147

seq1  TTTAAAATTGCACCCGACCCACCCCATACACACCTTGTGAGCTTGGGATG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTGCACCCGACCCACCCCATACACACCTTGTGAGCTTGGGATG  197

seq1  AGGCCACATCTCCAGAAAGAGCATTGTCTCCCCTCCCACATCTGTCTCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACATCTCCAGAAAGAGCATTGTCTCCCCTCCCACATCTGTCTCCT  247

seq1  CTACTGGGCAGCGACTTGTCAAAGGGTAGAGGGAAACAGCATCTAAAATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGGCAGCGACTTGTCAAAGGGTAGAGGGAAACAGCATCTAAAATT  297

seq1  AGGAAAAAGAAATGCCTTTCGTGTCACCGACCTGCATTCTTTCCATATAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAGAAATGCCTTTCGTGTCACCGACCTGCATTCTTTCCATATAT  347

seq1  TTGTTTTCATAGAAACAAACCAAATGTTTTAAAACAGAAACCAGAATTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCATAGAAACAAACCAAATGTTTTAAAACAGAAACCAGAATTGA  397

seq1  TGTGAAGCAATTTCATCACCTGCCTTCCACAGCACAATTTGTGCCTCTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGCAATTTCATCACCTGCCTTCCACAGCACAATTTGTGCCTCTCT  447

seq1  ATTAAGTCCTAACTGTCCTGTCCTTCCTCCTTTGGGAGCTTCTGTTGGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTCCTAACTGTCCTGTCCTTCCTCCTTTGGGAGCTTCTGTTGGAC  497

seq1  ACGATTTTCTCTTTTGAGCTACTCACTTGCAGCTAAGAAAGAGCCTTTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTTTCTCTTTTGAGCTACTCACTTGCAGCTAAGAAAGAGCCTTTTT  547

seq1  TCCATAGTAACAGGACCCATAAGTGGGTAATCCAAGACAGCAACATGCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTAACAGGACCCATAAGTGGGTAATCCAAGACAGCAACATGCCC  597

seq1  TTATTGCCATCATCAGAAAAGAGCCAGGCCCCCTTCCAACGCACAAAGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCCATCATCAGAAAAGAGCCAGGCCCCCTTCCAACGCACAAAGTG  647

seq1  GCACAGACCTAGGAAATTCCCAGCTCCTGCTTTCCCCACAAAGTGAGCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGACCTAGGAAATTCCCAGCTCCTGCTTTCCCCACAAAGTGAGCTC  697

seq1  AGTGACATTTTCCAAGTGAGGAGGCAGGAGAGGAGGTGCTGTCAGTCTAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACATTTTCCAAGTGAGGAGGCAGGAGAGGAGGTGCTGTCAGTCTAG  747

seq1  AATAGACTGATGAATAGGCTTTCTCAGCACACTCATTGCAGCATGTGTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGACTGATGAATAGGCTTTCTCAGCACACTCATTGCAGCATGTGTGG  797

seq1  ACACTGACATGTGGGGCTGCTTCTTGACTTTGCCCCAGAAGACACAAGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGACATGTGGGGCTGCTTCTTGACTTTGCCCCAGAAGACACAAGCC  847

seq1  CCACAGAGCCTCACCCAAGAGCCTGAGTTCAACTAAGTATTAAGTAACTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGCCTCACCCAAGAGCCTGAGTTCAACTAAGTATTAAGTAACTC  897

seq1  TCTTCCTTACTCACAGATACAGCTCAGTCATGGGCAGAACAAACATGCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTACTCACAGATACAGCTCAGTCATGGGCAGAACAAACATGCTC  947

seq1  ATGGGAATTC  958
      ||||||||||
seq2  ATGGGAATTC  957

seq1: chr12_19110223_19111101
seq2: B6Ng01-039K01.g_66_944

seq1  GAATTCCAGGGCCACTCCATGCTAGAAACTGGATCCTCCTTAGCATCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCCACTCCATGCTAGAAACTGGATCCTCCTTAGCATCTCC  50

seq1  TTCTATGTCCTTTTAAAACAATGATTCTCAACTTTCCTAATGCTGTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGTCCTTTTAAAACAATGATTCTCAACTTTCCTAATGCTGTGACC  100

seq1  CTTTAATTCAGCGAGGAGATGACGGCCCCTTCAGGTCTTGGGGATGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTCAGCGAGGAGATGACGGCCCCTTCAGGTCTTGGGGATGAACA  150

seq1  GAAATCAATGCCAGAGGACCAAAGGAGGAAGAAAATTCTATCGTGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAATGCCAGAGGACCAAAGGAGGAAGAAAATTCTATCGTGCTCAG  200

seq1  GGCTGCATGGAAAAGGAATGGAGGTCAGAGAGCAACAGTCCAGAGATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATGGAAAAGGAATGGAGGTCAGAGAGCAACAGTCCAGAGATGCA  250

seq1  ATTACACTGCACAAGTACTTAGAACTGACTGTTCCCTATGTTTGTCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTGCACAAGTACTTAGAACTGACTGTTCCCTATGTTTGTCTCCA  300

seq1  GCCTTGAAAGGCAACTCTGTTGACAACGGTGTTCATGTTCAAGGTGTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAAAGGCAACTCTGTTGACAACGGTGTTCATGTTCAAGGTGTGGT  350

seq1  TAATCCATTATTCCTGCACTAGCTGTCAGAGCATCTTTCACGCACCTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCATTATTCCTGCACTAGCTGTCAGAGCATCTTTCACGCACCTGAC  400

seq1  TCAACCAGCAAGAACGACGCTGCAACAGGATCCTTCTGCACACTTTTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCAGCAAGAACGACGCTGCAACAGGATCCTTCTGCACACTTTTATT  450

seq1  GGGAGAGCTTGATTGTAGAGGCAAAGAGACCCCAAGCCCAGAACTGGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCTTGATTGTAGAGGCAAAGAGACCCCAAGCCCAGAACTGGTGC  500

seq1  TGCTTATATAGGCCTAGGAGAGGCGTGTCTCACACCCGGATTGGTTATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATATAGGCCTAGGAGAGGCGTGTCTCACACCCGGATTGGTTATGC  550

seq1  ACTAAGCCTCATTTGCATGTTCCTCATCTGATTGGCTACTTTCTCTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCCTCATTTGCATGTTCCTCATCTGATTGGCTACTTTCTCTCTCT  600

seq1  GTACCTCACAGAGCCTCATTATCATACCGCATTTGCATGTCTCACATCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTCACAGAGCCTCATTATCATACCGCATTTGCATGTCTCACATCTG  650

seq1  ATTGGTTTTACTCTCAAAGCCTCATTATCATGCTCAGGCAAGGCAGTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTTTACTCTCAAAGCCTCATTATCATGCTCAGGCAAGGCAGTGTC  700

seq1  TTTGCAAAAAACTTTACTTCATATGTACACATTGGTTGTTTGTCCAAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAAAACTTTACTTCATATGTACACATTGGTTGTTTGTCCAAACT  750

seq1  TATGTGTGGTGGCCAGCAGTAGTCAGCACCACTCTTCAATGGCACATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGGTGGCCAGCAGTAGTCAGCACCACTCTTCAATGGCACATGTG  800

seq1  GCTTCCCACATCTGCCCCTTTTTGTTTTAATAAAATGATGCTGGACTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCACATCTGCCCCTTTTTGTTTTAATAAAATGATGCTGGACTAGG  850

seq1  CCTGTGCAATTATGTCTATCCGCCGTGGC  879
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCAATTATGTCTATCCGCCGTGGC  879