BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039K19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,575,784 - 29,742,169
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC669327, 1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1
Downstream gene4833405L11Rik, LOC629608, Myt1l, LOC100043496, Pxdn, Tpo
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039K19.bB6Ng01-039K19.g
ACCDH866877DH866878
length1,1361,064
definitionDH866877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039K19, 5' end.DH866878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039K19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,741,021 - 29,742,169)(29,575,784 - 29,576,845)
sequence
gaattcactttcactctgtctgatcactcatggccttgactgataaacca
ggctaagtctcctctgcagagaggcaggtaacgcagctgaagccctgcaa
acctgagatgcactctccttgcttgtgctaggataccttagcagctctga
tcaatgccccacccccctctgcatggctaatgaggggagcaggcagcagc
actatgtccttgatcacacatgacctggaggttcctggcccacacatctg
cagtatcttgcaagacttttaattataggaataagatgctggtgagcatg
aaagccaacatagagttactgagtgtccggatatttattctttgggcttc
ctagagtggttgtgctgtgtctgcctggcaacaaaaccaagattttacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
ctcacagtttggaagcacctgaaatctcataccaaaaccacgtgacacag
tccgttgacagggccctccccgtagagttcctctgccttctggaggccct
gagactacctgatagactttaccatctctctcaagtcattcatgcccatg
agtctccctcctctgtcacactggttacagtgatcttggggctaaatgtg
actttcaaaaatggacccaagtattaggtgggatgccactgaggccctga
gaaactgcacacctcaaaggcaccctgagggacctcacacctttctaaga
cagccacgtcaggctctctgcttaatggaagggtcttctgaccctgaggg
cacacagctgaggcataggctatcccaagcacaagccttgggtaggcatg
tcctgcttacctatgatttttgaacatctgttctagaatgtccctgacca
agcaagctggctctatacatctagccttctccaccgtgtgttgatacccc
gaagacttcagccaaagtagcccaagaaacaccacctcaaacacactgga
acctgcaacctggtgccctcaaccttcgctccttgggaactcaccttatc
cagaaagaagtttgtctgacggaagtaagaattcgagaatgattgaacaa
gaagttcaagataagaaagttatctctccttcacgt
gaattcaggaccttgattaactgggtgcctgactaatcactgaagagtcc
agtgaggtttctgaccctcaatcagtgagttgaaaacttctgctttctga
tgctggagcccatgggtgaggctatacaatcccccgcctgccacttactg
tctccaggaggcagaacgttatgtccactatatacagagagaataacatt
caaggactcaagaccacagaaggtgtctgtccagctgtgctcccacattc
atgccattaagcatgtctgcgtgacatactgtgacaatgtgctcaggttg
ctacagagacattgaacatcacagcagttagggaaggtaggtattcgcag
aattgggacatctccacaggtaaattatcattaagcacaacttcctgcat
tctcagtcataaaactacagcaaactcatagcatcatgaggactaaatgc
ttcagaatccaagcactcatggtaaattcttctctgtcttttccctccct
tcttttccaggaccccagctgcctagactctggccctcatgcaagggcct
ttggttccaggcattttgaatactgcataccctcagaaagtgtccctaga
tgcaatgtctttccccctccactcccacccccgctttcggagagcaggct
tctgtgcctgtcagaaaggatgctttgtttgcaaaagagggctagacttc
tggctcaagatgacagattgggctcagtgtttatttccttcccaagatct
ctttaacatgagctgggagataagccatcagcacatgacttttaggagac
tgtctggagcacaggctgacgggtggaggaggtgttcttgctcagcaggt
acaaatggtgtgtgcatctgatggaggagcagaccagggaagcagagtgg
atgctgaatacacggtattacagtggaggtgaactgagcagagacagccc
atttctaggcagattctacctttcgaggcaccagccatggcagctgtcac
tccactcatggagagggcatcttttcttctctaagatcctgagaagaacg
tgtatgtgtgcggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29741021_29742169
seq2: B6Ng01-039K19.b_42_1177 (reverse)

seq1  ACGTGAAGTGAG-GATCAACTCTCTTATCTATGAACTTCTCTGTTTCATT  49
      |||||||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||||| || |||| |
seq2  ACGTGAAG-GAGAGAT-AACTTTCTTATCT-TGAACTTCT-TG-TTCAAT  45

seq1  CATTCTCGGAATGTCTTTACTGTCCGTCAGACAAAC-TCTTTCTGTGATA  98
      ||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  CATTCTC-GAAT-TC-TTACT-TCCGTCAGACAAACTTCTTTCTG-GATA  90

seq1  GGTTGAGTTCCCAAGGAGCTGAAGGTTGAGGGCACCAGGTTGCAGGTTCC  148
       | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTTCCCAAGGAGC-GAAGGTTGAGGGCACCAGGTTGCAGGTTCC  139

seq1  AGTGTGTTTGAGGTTGGTGTTTCTTGGGCTACTTTTGGCTGAAGTCTTCG  198
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTTTGAGG-TGGTGTTTCTTGGGCTAC-TTTGGCTGAAGTCTTCG  187

seq1  GGGTTATCAACACACGGTGGAGAAGGCTAGATGTATAGAGCCAGCTTGCT  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGG-TATCAACACACGGTGGAGAAGGCTAGATGTATAGAGCCAGCTTGCT  236

seq1  TGGTCAGGGACATTCTAGAACAGATGTTCAAAAATCATAGGTAAGCAGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGGGACATTCTAGAACAGATGTTCAAAAATCATAGGTAAGCAGGA  286

seq1  CATGCCTTACCCAAGGCTTGTGCTTGGGATAGCCTATGCCTCAGCTGTGT  348
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCC-TACCCAAGGCTTGTGCTTGGGATAGCCTATGCCTCAGCTGTGT  335

seq1  GCCCTCAGGGTCAGAAGACCCTTCCATTAAGCAGAGAGCCTGACGTGGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAGGGTCAGAAGACCCTTCCATTAAGCAGAGAGCCTGACGTGGCT  385

seq1  GTCTTAGAAAGGTGTGAGGTCCCTCAGGGTGCCTTTGAGGTGTGCAGTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGAAAGGTGTGAGGTCCCTCAGGGTGCCTTTGAGGTGTGCAGTTT  435

seq1  CTCAGGGCCTCAGTGGCATCCCACCTAATACTTGGGTCCATTTTTGAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGCCTCAGTGGCATCCCACCTAATACTTGGGTCCATTTTTGAAAG  485

seq1  TCACATTTAGCCCCAAGATCACTGTAACCAGTGTGACAGAGGAGGGAGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTAGCCCCAAGATCACTGTAACCAGTGTGACAGAGGAGGGAGAC  535

seq1  TCATGGGCATGAATGACTTGAGAGAGATGGTAAAGTCTATCAGGTAGTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGCATGAATGACTTGAGAGAGATGGTAAAGTCTATCAGGTAGTCT  585

seq1  CAGGGCCTCCAGAAGGCAGAGGAACTCTACGGGGAGGGCCCTGTCAACGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCTCCAGAAGGCAGAGGAACTCTACGGGGAGGGCCCTGTCAACGG  635

seq1  ACTGTGTCACGTGGTTTTGGTATGAGATTTCAGGTGCTTCCAAACTGTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTCACGTGGTTTTGGTATGAGATTTCAGGTGCTTCCAAACTGTGA  685

seq1  GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  735

seq1  TGTGTAAAATCTTGGTTTTGTTGCCAGGCAGACACAGCACAACCACTCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAAATCTTGGTTTTGTTGCCAGGCAGACACAGCACAACCACTCTA  785

seq1  GGAAGCCCAAAGAATAAATATCCGGACACTCAGTAACTCTATGTTGGCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCCAAAGAATAAATATCCGGACACTCAGTAACTCTATGTTGGCTT  835

seq1  TCATGCTCACCAGCATCTTATTCCTATAATTAAAAGTCTTGCAAGATACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTCACCAGCATCTTATTCCTATAATTAAAAGTCTTGCAAGATACT  885

seq1  GCAGATGTGTGGGCCAGGAACCTCCAGGTCATGTGTGATCAAGGACATAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTGTGGGCCAGGAACCTCCAGGTCATGTGTGATCAAGGACATAG  935

seq1  TGCTGCTGCCTGCTCCCCTCATTAGCCATGCAGAGGGGGGTGGGGCATTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCCTGCTCCCCTCATTAGCCATGCAGAGGGGGGTGGGGCATTG  985

seq1  ATCAGAGCTGCTAAGGTATCCTAGCACAAGCAAGGAGAGTGCATCTCAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGCTGCTAAGGTATCCTAGCACAAGCAAGGAGAGTGCATCTCAGG  1035

seq1  TTTGCAGGGCTTCAGCTGCGTTACCTGCCTCTCTGCAGAGGAGACTTAGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGGGCTTCAGCTGCGTTACCTGCCTCTCTGCAGAGGAGACTTAGC  1085

seq1  CTGGTTTATCAGTCAAGGCCATGAGTGATCAGACAGAGTGAAAGTGAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTATCAGTCAAGGCCATGAGTGATCAGACAGAGTGAAAGTGAATT  1135

seq1  C  1149
      |
seq2  C  1136

seq1: chr12_29575784_29576845
seq2: B6Ng01-039K19.g_69_1132

seq1  GAATTCAGGACCTTGATTAACTGGGTGCCTGACTAATCACTGAAGAGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTTGATTAACTGGGTGCCTGACTAATCACTGAAGAGTCC  50

seq1  AGTGAGGTTTCTGACCCTCAATCAGTGAGTTGAAAACTTCTGCTTTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTTTCTGACCCTCAATCAGTGAGTTGAAAACTTCTGCTTTCTGA  100

seq1  TGCTGGAGCCCATGGGTGAGGCTATACAATCCCCCGCCTGCCACTTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAGCCCATGGGTGAGGCTATACAATCCCCCGCCTGCCACTTACTG  150

seq1  TCTCCAGGAGGCAGAACGTTATGTCCACTATATACAGAGAGAATAACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGAGGCAGAACGTTATGTCCACTATATACAGAGAGAATAACATT  200

seq1  CAAGGACTCAAGACCACAGAAGGTGTCTGTCCAGCTGTGCTCCCACATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACTCAAGACCACAGAAGGTGTCTGTCCAGCTGTGCTCCCACATTC  250

seq1  ATGCCATTAAGCATGTCTGCGTGACATACTGTGACAATGTGCTCAGGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATTAAGCATGTCTGCGTGACATACTGTGACAATGTGCTCAGGTTG  300

seq1  CTACAGAGACATTGAACATCACAGCAGTTAGGGAAGGTAGGTATTCGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGACATTGAACATCACAGCAGTTAGGGAAGGTAGGTATTCGCAG  350

seq1  AATTGGGACATCTCCACAGGTAAATTATCATTAAGCACAACTTCCTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGACATCTCCACAGGTAAATTATCATTAAGCACAACTTCCTGCAT  400

seq1  TCTCAGTCATAAAACTACAGCAAACTCATAGCATCATGAGGACTAAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTCATAAAACTACAGCAAACTCATAGCATCATGAGGACTAAATGC  450

seq1  TTCAGAATCCAAGCACTCATGGTAAATTCTTCTCTGTCTTTTCCCTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAATCCAAGCACTCATGGTAAATTCTTCTCTGTCTTTTCCCTCCCT  500

seq1  TCTTTTCCAGGACCCCAGCTGCCTAGACTCTGGCCCTCATGCAAGGGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCAGGACCCCAGCTGCCTAGACTCTGGCCCTCATGCAAGGGCCT  550

seq1  TTGGTTCCAGGCATTTTGAATACTGCATACCCTCAGAAAGTGTCCCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCCAGGCATTTTGAATACTGCATACCCTCAGAAAGTGTCCCTAGA  600

seq1  TGCAATGTCTTTCCCCCTCCACTCCCACCCCCGCTTTCGGAGAGCAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTCTTTCCCCCTCCACTCCCACCCCCGCTTTCGGAGAGCAGGCT  650

seq1  TCTGTGCCTGTCAGAAAGGATGCTTTGTTTGCAAAAGAGGGCTAGACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCCTGTCAGAAAGGATGCTTTGTTTGCAAAAGAGGGCTAGACTTC  700

seq1  TGGCTCAAGATGACAGATTGGGCTCAGTGTTTATTTCCTTCCCAAGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAAGATGACAGATTGGGCTCAGTGTTTATTTCCTTCCCAAGATCT  750

seq1  CTTTAACATGAGCTGGGAGATAAGCCATCAGCACATGACTTTTAGGAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACATGAGCTGGGAGATAAGCCATCAGCACATGACTTTTAGGAGAC  800

seq1  TGTCTGGAGCACAGGCTGACGGGTGGAGGAGGTGTTCTTGCTCAGCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGAGCACAGGCTGACGGGTGGAGGAGGTGTTCTTGCTCAGCAGGT  850

seq1  ACAAATGGTGTGTGCATCTGATGGAGGAGCAGACCAGGGAAGCAGAGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGGTGTGTGCATCTGATGGAGGAGCAGACCAGGGAAGCAGAGTGG  900

seq1  ATGCTGAATACACGGTATTACAGTGGAGGTGAACTGAGCAGAGACAG-CC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGCTGAATACACGGTATTACAGTGGAGGTGAACTGAGCAGAGACAGCCC  950

seq1  AATTCTAGGCAGA-TCTACCTTTCGAGGCACCAGCAATGGCAGCTGTCAC  998
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTCTAGGCAGATTCTACCTTTCGAGGCACCAGCCATGGCAGCTGTCAC  1000

seq1  TCCACTCATGGAGAGGGCATC-TTTCTTCTCTAAAGATCCTGAG-AGAAC  1046
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TCCACTCATGGAGAGGGCATCTTTTCTTCTCT-AAGATCCTGAGAAGAAC  1049

seq1  AGTGTATGTGTGCGGG  1062
       |||||||||||||||
seq2  -GTGTATGTGTGCGGG  1064