BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042G01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 26,443,744 - 26,568,772
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668726
Upstream geneLOC668719, Mboat2, EG629397, C330002I19Rik, Id2, LOC100042973, LOC100042974
Downstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042G01.bB6Ng01-042G01.g
ACCDH868775DH868776
length1,1801,133
definitionDH868775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042G01, 5' end.DH868776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,567,579 - 26,568,772)(26,443,744 - 26,444,875)
sequence
gaattccataatttcaaggctacagtgtcccaagtggaaatctgaaagcc
acacctgattgtgctcccgaagatctgagccctcaggtgcctctttaagg
ggggagacagccaatccttgagcagggtccctttcttctcacagatgggc
aagactttcttggtcctaattttttctgcagtaagccaggtggtaggccc
gttgagattgcagcaggcagtcatgccagcttgctgcttctctagatgag
gatttttgttgaatggacaccttctttgaaatcaatagtgatttgaacac
ctcctacctaaaatctacacaaagcaaatatgtcaggaccctgaaacatc
agtgaattacctaaattcagaactgataatgaattccaaacagcagaagt
gagataatgcccattaaaggtttgctgcagggtgtgggtggatgaaaaaa
aaaaaaaaacacagtggcccaacaaggagagaggtgtgatgccagtcaca
gattgcggatggcgaaaaggtaacgttataaaaaacgactaagattgggt
agaagctctggagaatgtccaccccctgtcatccaaaaggcaaaggcaaa
catggtttctgtactgctaaatcaatgcaggagagagctgtagagaaggt
ttagttgataaaccttctgtataatcctgagcagcacctgagttcagagt
tctagcatccacataaaagccaagtgagcatggtaccctgtctgtaacct
cagagctcaagaggcagagacagggtaccccaaagcaagtagtctagctc
aactagacaaatctgcaagcgctgggtccagagagagacccagcctatgt
agataaactggagagggatcaagaaacatacccgatgtcaacctctgaca
ttcacaaggacacctgcaaacatgcacttacatatgtctgaacacacata
ccaaatacacatccatgtgcaataaataagtaatactaatgcagaaatgt
ttgaagatttctaacagctggtttaaaaaatccacctcaatttcagatga
accatgttctaaatgttttccagttcgctgctcagacaaattctaacaat
aaggaaaaaaagaaagaaatggtggatggatcaattaacgttttttcttt
cacggaatttcagtcattgatcatgaaaca
gaattcatgaaattcttagataaatggatggaactagaaaatatcgtgag
tgaggtaacccaatcacaaaagaacacacatggtatgtaatcactgataa
gtagatattagccccaaagctcagaatacataagatacagttcacagagc
acatgaagctcaagaagaaggaccaccaacgtgtggataattcggtcctt
cttagaagggggaacaaaatacccatggaggagatacagaaacaaagtgt
ggagcagagactgaaagaaaggccatccagctactgctccacctagggat
tcatcccatatacaattaccaaacccagatactattgtggatgctaacaa
gtgcttttgacaggagcctgttggacattcctacttgtgaaagattaacg
acatatgtgaaaaataccaattaatgtgtaatgagtagttaatgtttagg
tcttttttttcccctctgttgaagctcacatatcccataaaaaaaaccat
gataaagtatatatgttttccttcctttcttccctcaccccaacagcacc
tgaccacatggtgaggaggaaacctttacaagcttagaagagagtttgca
ccaaccaaataccatccttgatataataattatcttaaacttgtgagatg
taaactctgttgtttatgggattttcatatagtggtctgtttgactaata
cacccagcacccgttttaagacaccagaagaggcatatgatgtctgctta
tacttgtatggtattttattatgtgcaacatatttattttaatttagttt
gccaaaaaaaaaaatgcttattgccacagactggactcggtcagtccctc
atcctgcgggagaatcagggtcctggtactcatgtgggcaaggagtcggt
gggggtgacaaaacagacacaaacactagagagagtgttgaatttgagta
tattttcaaaccgagcatcagacttacagaagaaaaacagggaagttagg
tgaatacatcaaccaagtacatcggtgttgctagtgactcttttactgaa
aatgagaaaaatgctacgttaaactaacaggaaccagtcagtgtttacac
tggagataagaatcagccctattcaaagtcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_26567579_26568772
seq2: B6Ng01-042G01.b_42_1221 (reverse)

seq1  TGTTTCAATGAGATCAATGAACTTGAAATCCTTGTAAGGAAAAAAAGCTA  50
      |||||||    |||||||| |||  || ||| || || ||||||| | ||
seq2  TGTTTCA---TGATCAATG-ACTGAAATTCCGTG-AAAGAAAAAACGTTA  45

seq1  AATTAGATCCTATCAC--ATTCTTTCTTCTTTCCTCTATTTTGTTAGAAT  98
      |  | |||||   |||   ||||||||| |||  ||  | ||||||||||
seq2  A--TTGATCCATCCACCATTTCTTTCTTTTTT--TCCTTATTGTTAGAAT  91

seq1  TTGTCTGAGCAGCGATACTTGAAAACATTTAGAACATGGTTCATCTGAAA  148
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGAGCAGCGA-ACTGGAAAACATTTAGAACATGGTTCATCTGAAA  140

seq1  TTGAGTTGATTTTTATACACACAGCTGTTAGAAATCTTCAAACATTTTCC  198
      ||||| ||  |||| || || ||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TTGAGGTGGATTTTTTAAAC-CAGCTGTTAGAAATCTTCAAACATTT--C  187

seq1  TGCATTAGTTAATTAACTTATTTATTGCACATGGATGTGTATTTGGTATG  248
      |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTAGT--ATT-ACTTATTTATTGCACATGGATGTGTATTTGGTATG  234

seq1  TGTGTTCAGACATATGTAAGTGCATGTTTGCAGGTGTCCTTGTGAATGTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCAGACATATGTAAGTGCATGTTTGCAGGTGTCCTTGTGAATGTC  284

seq1  AGAGGTTGACATCGGGTATGTTTCTTGATCCCTCTCCAGTTTATCTACAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTGACATCGGGTATGTTTCTTGATCCCTCTCCAGTTTATCTACAT  334

seq1  AGGCTGGGTCTCTCTCTGGACCCAGCGCTTGCAGATTTGTCTAGTTGAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGGTCTCTCTCTGGACCCAGCGCTTGCAGATTTGTCTAGTTGAGC  384

seq1  TAGACTACTTGCTTTGGGGTACCCTGTCTCTGCCTCTTGAGCTCTGAGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTACTTGCTTTGGGGTACCCTGTCTCTGCCTCTTGAGCTCTGAGGT  434

seq1  TACAGACAGGGTACCATGCTCACTTGGCTTTTATGTGGATGCTAGAACTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACAGGGTACCATGCTCACTTGGCTTTTATGTGGATGCTAGAACTC  484

seq1  TGAACTCAGGTGCTGCTCAGGATTATACAGAAGGTTTATCAACTAAACCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAGGTGCTGCTCAGGATTATACAGAAGGTTTATCAACTAAACCT  534

seq1  TCTCTACAGCTCTCTCCTGCATTGATTTAGCAGTACAGAAACCATGTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACAGCTCTCTCCTGCATTGATTTAGCAGTACAGAAACCATGTTTG  584

seq1  CCTTTGCCTTTTGGATGACAGGGGGTGGACATTCTCCAGAGCTTCTACCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTTTTGGATGACAGGGGGTGGACATTCTCCAGAGCTTCTACCC  634

seq1  AATCTTAGTCGTTTTTTATAACGTTACCTTTTCGCCATCCGCAATCTGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTAGTCGTTTTTTATAACGTTACCTTTTCGCCATCCGCAATCTGTG  684

seq1  ACTGGCATCACACCTCTCTCCTTGTTGGGCCACTGTGTTTTTTTTTTTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCATCACACCTCTCTCCTTGTTGGGCCACTGTGTTTTTTTTTTTTT  734

seq1  TTCATCCACCCACACCCTGCAGCAAACCTTTAATGGGCATTATCTCACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCACCCACACCCTGCAGCAAACCTTTAATGGGCATTATCTCACTT  784

seq1  CTGCTGTTTGGAATTCATTATCAGTTCTGAATTTAGGTAATTCACTGATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTTGGAATTCATTATCAGTTCTGAATTTAGGTAATTCACTGATG  834

seq1  TTTCAGGGTCCTGACATATTTGCTTTGTGTAGATTTTAGGTAGGAGGTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGTCCTGACATATTTGCTTTGTGTAGATTTTAGGTAGGAGGTGT  884

seq1  TCAAATCACTATTGATTTCAAAGAAGGTGTCCATTCAACAAAAATCCTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCACTATTGATTTCAAAGAAGGTGTCCATTCAACAAAAATCCTCA  934

seq1  TCTAGAGAAGCAGCAAGCTGGCATGACTGCCTGCTGCAATCTCAACGGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGAAGCAGCAAGCTGGCATGACTGCCTGCTGCAATCTCAACGGGC  984

seq1  CTACCACCTGGCTTACTGCAGAAAAAATTAGGACCAAGAAAGTCTTGCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACCTGGCTTACTGCAGAAAAAATTAGGACCAAGAAAGTCTTGCCC  1034

seq1  ATCTGTGAGAAGAAAGGGACCCTGCTCAAGGATTGGCTGTCTCCCCCCTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGAGAAGAAAGGGACCCTGCTCAAGGATTGGCTGTCTCCCCCCTT  1084

seq1  AAAGAGGCACCTGAGGGCTCAGATCTTCGGGAGCACAATCAGGTGTGGCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGCACCTGAGGGCTCAGATCTTCGGGAGCACAATCAGGTGTGGCT  1134

seq1  TTCAGATTTCCACTTGGGACACTGTAGCCTTGAAATTATGGAATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATTTCCACTTGGGACACTGTAGCCTTGAAATTATGGAATTC  1180

seq1: chr12_26443744_26444875
seq2: B6Ng01-042G01.g_66_1198

seq1  GAATTCATGAAATTCTTAGATAAATGGATGGAACTAGAAAATATCGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAATTCTTAGATAAATGGATGGAACTAGAAAATATCGTGAG  50

seq1  TGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACACACATGGTATGTAATCACTGATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACACACATGGTATGTAATCACTGATAA  100

seq1  GTAGATATTAGCCCCAAAGCTCAGAATACATAAGATACAGTTCACAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATATTAGCCCCAAAGCTCAGAATACATAAGATACAGTTCACAGAGC  150

seq1  ACATGAAGCTCAAGAAGAAGGACCACCAACGTGTGGATAATTCGGTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGCTCAAGAAGAAGGACCACCAACGTGTGGATAATTCGGTCCTT  200

seq1  CTTAGAAGGGGGAACAAAATACCCATGGAGGAGATACAGAAACAAAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAGGGGGAACAAAATACCCATGGAGGAGATACAGAAACAAAGTGT  250

seq1  GGAGCAGAGACTGAAAGAAAGGCCATCCAGCTACTGCTCCACCTAGGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGAGACTGAAAGAAAGGCCATCCAGCTACTGCTCCACCTAGGGAT  300

seq1  TCATCCCATATACAATTACCAAACCCAGATACTATTGTGGATGCTAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCATATACAATTACCAAACCCAGATACTATTGTGGATGCTAACAA  350

seq1  GTGCTTTTGACAGGAGCCTGTTGGACATTCCTACTTGTGAAAGATTAACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTTGACAGGAGCCTGTTGGACATTCCTACTTGTGAAAGATTAACG  400

seq1  ACATATGTGAAAAATACCAATTAATGTGTAATGAGTAGTTAATGTTTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTGAAAAATACCAATTAATGTGTAATGAGTAGTTAATGTTTAGG  450

seq1  TCTTTTTTTTCCCCTCTGTTGAAGCTCACATATCCCATAAAAAAAACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTTCCCCTCTGTTGAAGCTCACATATCCCATAAAAAAAACCAT  500

seq1  GATAAAGTATATATGTTTTCCTTCCTTTCTTCCCTCACCCCAACAGCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGTATATATGTTTTCCTTCCTTTCTTCCCTCACCCCAACAGCACC  550

seq1  TGACCACATGGTGAGGAGGAAACCTTTACAAGCTTAGAAGAGAGTTTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACATGGTGAGGAGGAAACCTTTACAAGCTTAGAAGAGAGTTTGCA  600

seq1  CCAACCAAATACCATCCTTGATATAATAATTATCTTAAACTTGTGAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAAATACCATCCTTGATATAATAATTATCTTAAACTTGTGAGATG  650

seq1  TAAACTCTGTTGTTTATGGGATTTTCATATAGTGGTCTGTTTGACTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCTGTTGTTTATGGGATTTTCATATAGTGGTCTGTTTGACTAATA  700

seq1  CACCCAGCACCCGTTTTAAGACACCAGAAGAGGCATATGATGTCTGCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGCACCCGTTTTAAGACACCAGAAGAGGCATATGATGTCTGCTTA  750

seq1  TACTTGTATGGTATTTTATTATGTGCAACATATTTACTTTAATTTAG-TT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TACTTGTATGGTATTTTATTATGTGCAACATATTTATTTTAATTTAGTTT  800

seq1  GCCAAAAAAAAAAATGCTTATTGCCACAGACTGGACTCGGTCAGTCCCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAAAAAAAATGCTTATTGCCACAGACTGGACTCGGTCAGTCCCTC  850

seq1  ATCCTGCGGGAGAATCAGGGTCCTGGTACTCAGGTGGGCAAGGAGTCGGT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCGGGAGAATCAGGGTCCTGGTACTCATGTGGGCAAGGAGTCGGT  900

seq1  -GGGGTGAC-AAACAGACACAAACACCAGAGAGAGTGTTGAATTTGAGTA  947
       |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGACAAAACAGACACAAACACTAGAGAGAGTGTTGAATTTGAGTA  950

seq1  TAATTTTTCAAACCGAGCATCAGACTTACAGAAGAAAAACAAGGAAGTTA  997
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TA--TTTTCAAACCGAGCATCAGACTTACAGAAGAAAAACAGGGAAGTTA  998

seq1  GGTG-ATACATCAACCAAGGTACATC-GAGATGCATAGTGACTCTTTACA  1045
      |||| ||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||||||||||   
seq2  GGTGAATACATCAACCAA-GTACATCGGTGTTGC-TAGTGACTCTTTTAC  1046

seq1  TGAAACAGAG-AAAATGCATACGTAAAATCTAACAGGAACCAGGCAGTGT  1094
      |||||  ||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TGAAAATGAGAAAAATGC-TACGTTAAA-CTAACAGGAACCAGTCAGTGT  1094

seq1  TTACAACTGAGATAAG-ATCAGCCCTATCTAAAGTCAGT  1132
      |||||   |||||||| |||||||||||  |||||||||
seq2  TTACACTGGAGATAAGAATCAGCCCTATTCAAAGTCAGT  1133