BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046H24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,157,728 - 108,235,366
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneVrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451, LOC673604
Downstream geneLOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046H24.bB6Ng01-046H24.g
ACCDH871642DH871643
length2871,014
definitionDH871642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046H24, 5' end.DH871643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046H24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,157,728 - 108,158,015)(108,234,332 - 108,235,366)
sequence
gaattcctaatatgaagataaagaaatgatagatagatgacagatagata
ggtaggtagataatagatagatagatatattagatagagatagatgatag
attagatatagatagatagatgatagatagatagatagatagatagatag
atagatagatagatagatagtattggtgatagattagataggtgatagat
tagatagatagatagatagatagatagatagatggaccgatagatccatc
gatgatcacctgattgctagacaagacagatggttag
gaattccacggggctttttatggggatcgaagcagaggcagaccttttgg
tccaggttgcatcaatattaaaggagcgaagccaagaaaaaagagagaat
agccaggtgctggtagaaagctgagacgatcgatgcctacatttatcagc
tgtgccgtggcccatgagccttgaaagagctagcaccttgctccgatctc
ataggagacactaacggtaattttgacaaacacctttctttttataaaac
agttgttgttgttgcgtatttgataggtatgcacgagtgtgtgcaggcac
gtgcactggtgtggatgtcagaggaggatgtgtcaggccctgctctacta
cacttgattgcattcccttgacagtagattttccttgaacctggagttaa
gcgagtggccagcaagccttaaggatcctcctgtctcggtctccacagtt
ctgaagtttcaggagcgcatatggccctgtccatcttttcacatgggaac
tagagattcaaactctgcccttcatggttgtccgggagacactcttaccc
gctaactcactcgccagcccccttctgagtttctgtttgggacgcaagca
tcacagtgcatcgtggggacaggtgggacttgtgtaagacttggtaatgc
cggagatcctgagggtgttgccttgggctctatgtttctgcatcttggga
gaaagcaggagtttataaactcagagtcctggctgctaacaggaacttgt
gaggagtgaagggtccttcctccactcccccagccagcagaaaggtagca
cctataactctagcctgacactcactcactccctttgccagaatggtctg
ttctccctttacaactgaaccctctcatctctcaaaacacaggtcaaaga
tactgcctgcatgaaatgaatagagactcctggctaacagagagacaaca
gatgtagtcagagactgcaggatgaagagcagagcagaatctgagaactg
ctcacagtgagcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108157728_108158015
seq2: B6Ng01-046H24.b_39_325

seq1  GAATTCCTAATATGAAGATAAAGAAATGATAGATAGATGACAGATAGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATATGAAGATAAAGAAATGATAGATAGATGACAGATAGATA  50

seq1  GGTAGGTAGATAATAGATAGATAGATATATTAGATAGAGATAGATGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGTAGATAATAGATAGATAGATATATTAGATAGAGATAGATGATAG  100

seq1  ATTAGATATAGATAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATATAGATAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  150

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGTATTGGTGATAGATTAGATAGGTGATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGTATTGGTGATAGATTAGATAGGTGATAGAT  200

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  || 
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGACCGATAGATCCATC  250

seq1  GATGATCAATTAGATAGATAGACAAGACAGATGGTTAG  288
      ||||||||  | ||| | ||||||||||||||||||||
seq2  GATGATCACCT-GATTGCTAGACAAGACAGATGGTTAG  287

seq1: chr12_108234332_108235366
seq2: B6Ng01-046H24.g_65_1078 (reverse)

seq1  TTGCTCACTGTGGGAGCAG-TCTCAGGATTCTGGCCTCTGCTCTTTCCAT  49
      |||||||||||  |||||| ||||| |||||||  ||||||||||  |||
seq2  TTGCTCACTGT--GAGCAGTTCTCA-GATTCTG--CTCTGCTCTT--CAT  43

seq1  CCCTGCAGGTCCTCTGACTACAATCTGTTTGTCCTCTTCTGTTAGCCCAG  99
       |||||||   |||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||
seq2  -CCTGCAG--TCTCTGACTAC-ATCTG-TTGT-CTC-TCTGTTAG-CCAG  85

seq1  GGGTCTCTATTCATTTCAATGCAGGGCAGTATCTTTGACCTGTGTTTTGA  149
      | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCTATTCATTTC-ATGCA-GGCAGTATCTTTGACCTGTGTTTTGA  133

seq1  GAGATGGAGAGGGGTTCAGTTGTAAAGGGAGAACAGACCATTCTGGGCAA  199
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGAT-GAGA-GGGTTCAGTTGTAAAGGGAGAACAGACCATTCT-GGCAA  180

seq1  AGGGAGTGAGTGAGGTGTCAGGCTAGAGTTATAGGTGCTACCTTCCTGCT  249
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGGAGTGAGTGA-GTGTCAGGCTAGAGTTATAGGTGCTACCTTTCTGCT  229

seq1  GGCTGGGGGAGTGGGGGAAGGACCCTTCACTCCTCACAAGTTCCTGTTAG  299
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGGGAGTGGAGGAAGGACCCTTCACTCCTCACAAGTTCCTGTTAG  279

seq1  CAGCCAGGACTCTGAGTTTATAAACTCCCTGCTTTCTCCCAAGATGCAGA  349
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGACTCTGAGTTTATAAACT-CCTGCTTTCTCCCAAGATGCAGA  328

seq1  AACATAGAGCCCAAGGCAACACCCTCAGGATCTCCGGCATTACCAAGTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGAGCCCAAGGCAACACCCTCAGGATCTCCGGCATTACCAAGTCT  378

seq1  TACACAAGTCCCACCTGTCCCCACGATGCACTGTGATGCTTGCGTCCCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAGTCCCACCTGTCCCCACGATGCACTGTGATGCTTGCGTCCCAA  428

seq1  ACAGAAACTCAGAAGGGGGCTGGCGAGTGAGTTAGCGGGTAAGAGTGTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACTCAGAAGGGGGCTGGCGAGTGAGTTAGCGGGTAAGAGTGTCT  478

seq1  CCCGGACAACCATGAAGGGCAGAGTTTGAATCTCTAGTTCCCATGTGAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGACAACCATGAAGGGCAGAGTTTGAATCTCTAGTTCCCATGTGAAA  528

seq1  AGATGGACAGGGCCATATGCGCTCCTGAAACTTCAGAACTGTGGAGACCG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGACAGGGCCATATGCGCTCCTGAAACTTCAGAACTGTGGAGACCG  578

seq1  AGACAGGAGGATCCTTAAGGCTTGCTGGCCACTCGCTTAACTCCAGGTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGAGGATCCTTAAGGCTTGCTGGCCACTCGCTTAACTCCAGGTTC  628

seq1  AAGGAAAATCTACTGTCAAGGGAATGCAATCAAGTGTAGTAGAGCAGGGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAATCTACTGTCAAGGGAATGCAATCAAGTGTAGTAGAGCAGGGC  678

seq1  CTGACACATCCTCCTCTGACATCCACACCAGTGCACGTGCCTGCACACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACATCCTCCTCTGACATCCACACCAGTGCACGTGCCTGCACACAC  728

seq1  TCGTGCATACCTATCAAATACGCAACAACAACAACTGTTTTATAAAAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCATACCTATCAAATACGCAACAACAACAACTGTTTTATAAAAAGA  778

seq1  AAGGTGTTTGTCAAAATTACCGTTAGTGTCTCCTATGAGATCGGAGCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTTTGTCAAAATTACCGTTAGTGTCTCCTATGAGATCGGAGCAAG  828

seq1  GTGCTAGCTCTTTCAAGGCTCATGGGCCACGGCACAGCTGATAAATGTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGCTCTTTCAAGGCTCATGGGCCACGGCACAGCTGATAAATGTAG  878

seq1  GCATCGATCGTCTCAGCTTTCTACCAGCACCTGGCTATTCTCTCTTTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCGATCGTCTCAGCTTTCTACCAGCACCTGGCTATTCTCTCTTTTTT  928

seq1  CTTGGCTTCGCTCCTTTAATATTGATGCAACCTGGACCAAAAGGTCTGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTCGCTCCTTTAATATTGATGCAACCTGGACCAAAAGGTCTGCC  978

seq1  TCTGCTTCGATCCCCATAAAAAGCCCCGTGGAATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCGATCCCCATAAAAAGCCCCGTGGAATTC  1014