BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046J19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,123,300 - 105,325,970
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSerpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1
Upstream geneCox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954
Downstream geneSerpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc, Dicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046J19.bB6Ng01-046J19.g
ACCDH871721DH871722
length1,1201,047
definitionDH871721|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046J19, 5' end.DH871722|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046J19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,123,300 - 105,124,423)(105,324,906 - 105,325,970)
sequence
gaattccatgttgggttaagggaaagctggaagtcttgaggctagcctca
gtggcagggacttaccttcccagaagagatctcacacaattctgataact
tgggctgacatagtgtatttcctggcttgtgttgtgtagtgtcttactta
gttttgctgtgaagaaacaccatggccacagccactcctataaagtaaac
tatttaattggtgctggcttgcagcttcagaagtttagtccattgtcatc
atggcagggtgtatggtgacacacaggcagacatggtgccggagaaagaa
ctgggagttctacatctggatctgcaggtaacactgggcctagcttgggc
tcttgaaacctcaaagtccatcacaaataccatgtttcctctgagaagac
cacatgtgttaatcatcctcaggtagtgccactgcctaataaccagacat
ttcaatctgtgagactatggcagccattcccattcaaaccaccgcacagc
taaatatctcctgttgagttcttaacattgttatggaaaagaccatgagc
aactgggactctttttctccttggtttgattaaactatagtaagtccatt
tccctttgtcagtttgaaacttagtgtctttaaggccaggctctaagggc
tctttataacaactataactgatccataactaactgattccttggatggg
acaaaaggtggattctcattctggatctcccttttcaaaggagccgactt
tcccttactttcaccctgaatgaaacatttgagtgctctggttcccaggt
ggtaaagctggttggaaaggattaggatgtgtggcctcactggaggagac
ttgtcaatggaggtgggctatgagtgtcagaagtccaagctattgcagtt
caccccactcccctatctccatcttttgcttctgtcttccatttgttgca
tcggatataaactcttagttcctggtccagtggcatgcatacatgtcttc
ttgcctggctgccatgcttcccacaataaaaaaaggccatccactcaccc
cctggaatctgtagcaagtctacaataaaaatgctcttttaaggtggctt
ggcataaaatggaaaaacaa
gaattcactctgcattctgaaatgatctgagctagatccagggcatgtgg
gtataacatattactcaggtggagaaactgagccccaagaagggcctaga
cttgccagatcacatcagcagggccaatacattgaaaagtcactgttcct
gtccctgacctcctgttcctgcagcatgccgttggccacagctgtctatt
ttgggagtggcactagtcacatcttaggccaaaggtagcatgcctctctg
aggcatcctcactagaactatggtacaaatctgaaatgtccctacaggct
acgctttgaatacattttgcagctggtaacactgtgtagatgggtttgtt
aaagtgagtctcttggtgtgggcttttgaagactggatggaacccttggt
tcagacctcacaatttgttttctggtccatgagcaacctcctccatcaac
tgcctcccatccccaccgtgacccaagcttgttgccaggtcttccctgcc
gtgttgcacagaaaccctctgacgcagtgaaccaatgtaaatctgtcctt
ccataaactgcttctggtaggcattgtcacaatgaggcaaacataagaaa
agcaccggccagtgtccagatggcccaggctgcttctgttgggagtctcc
ctatcaaagctgtctcagcttctcttccagaatgaaacactacttcccag
ccaacttctcttcttctcatagctgggcaacagtgtgtagcttaagcaca
tcacactctatgtctggaaccagatttgctaacagggtaaggcctgtaag
tctgtaagttgtccactacatatgagcaccacacacatactagggtttta
gagatatcatttgttttaatcagtgtgacaccttagaggtctctcccact
ttcaaacccatctagcccatgccctcctgtatgctcttgtgtcagggcct
ttcctacccaagtcgtgatcagagttatcatacccagcactcccagtcac
atctcctgctggtaacaaacagctagtcgaggttgctggcgtggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105123300_105124423
seq2: B6Ng01-046J19.b_42_1161

seq1  GAATTCCATGTTGGGTTAAGGGAAAGCTGGAAGTCTTGAGGCTAGCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTTGGGTTAAGGGAAAGCTGGAAGTCTTGAGGCTAGCCTCA  50

seq1  GTGGCAGGGACTTACCTTCCCAGAAGAGATCTCACACAATTCTGATAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGGGACTTACCTTCCCAGAAGAGATCTCACACAATTCTGATAACT  100

seq1  TGGGCTGACATAGTGTATTTCCTGGCTTGTGTTGTGTAGTGTCTTACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGACATAGTGTATTTCCTGGCTTGTGTTGTGTAGTGTCTTACTTA  150

seq1  GTTTTGCTGTGAAGAAACACCATGGCCACAGCCACTCCTATAAAGTAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCTGTGAAGAAACACCATGGCCACAGCCACTCCTATAAAGTAAAC  200

seq1  TATTTAATTGGTGCTGGCTTGCAGCTTCAGAAGTTTAGTCCATTGTCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATTGGTGCTGGCTTGCAGCTTCAGAAGTTTAGTCCATTGTCATC  250

seq1  ATGGCAGGGTGTATGGTGACACACAGGCAGACATGGTGCCGGAGAAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGGGTGTATGGTGACACACAGGCAGACATGGTGCCGGAGAAAGAA  300

seq1  CTGGGAGTTCTACATCTGGATCTGCAGGTAACACTGGGCCTAGCTTGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGTTCTACATCTGGATCTGCAGGTAACACTGGGCCTAGCTTGGGC  350

seq1  TCTTGAAACCTCAAAGTCCATCACAAATACCATGTTTCCTCTGAGAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAACCTCAAAGTCCATCACAAATACCATGTTTCCTCTGAGAAGAC  400

seq1  CACATGTGTTAATCATCCTCAGGTAGTGCCACTGCCTAATAACCAGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTGTTAATCATCCTCAGGTAGTGCCACTGCCTAATAACCAGACAT  450

seq1  TTCAATCTGTGAGACTATGGCAGCCATTCCCATTCAAACCACCGCACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCTGTGAGACTATGGCAGCCATTCCCATTCAAACCACCGCACAGC  500

seq1  TAAATATCTCCTGTTGAGTTCTTAACATTGTTATGGAAAAGACCATGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATCTCCTGTTGAGTTCTTAACATTGTTATGGAAAAGACCATGAGC  550

seq1  AACTGGGACTCTTTTTCTCCTTGGTTTGATTAAACTATAGTAAGTCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGACTCTTTTTCTCCTTGGTTTGATTAAACTATAGTAAGTCCATT  600

seq1  TCCCTTTGTCAGTTTGAAACTTAGTGTCTTTAAGGCCAGGCTCTAAGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGTCAGTTTGAAACTTAGTGTCTTTAAGGCCAGGCTCTAAGGGC  650

seq1  TCTTTATAACAACTATAACTGATCCATAACTAACTGATTCCTTGGATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATAACAACTATAACTGATCCATAACTAACTGATTCCTTGGATGGG  700

seq1  ACAAAAGGTGGATTCTCATTCTGGATCTCCCTTTTCAAAGGAGCCGACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGTGGATTCTCATTCTGGATCTCCCTTTTCAAAGGAGCCGACTT  750

seq1  TCCCTTACTTTCACCCTGAATGAAACATTTGAGTGCTCTGGTTCCCAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTACTTTCACCCTGAATGAAACATTTGAGTGCTCTGGTTCCCAGGT  800

seq1  GGTAAAGCTGGTTGGAAAGGATTAGGATGTGTGGCCTCACTGGAGGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGCTGGTTGGAAAGGATTAGGATGTGTGGCCTCACTGGAGGAGAC  850

seq1  TTGTCAATGGAGGTGGGCTATGAGGTGTCAGAAGTCCAAGCTATTGCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAATGGAGGTGGGCTATGA-GTGTCAGAAGTCCAAGCTATTGCAGT  899

seq1  TCACCCCACTCCCCTATCTCCATC-TCTGCTTCTGTCTTCCATTTG-TGC  948
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||
seq2  TCACCCCACTCCCCTATCTCCATCTTTTGCTTCTGTCTTCCATTTGTTGC  949

seq1  ATCGGATATAAGCTCTTAGTTCCTGGTCCAGTGGCATGCATACATGTCTT  998
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGATATAAACTCTTAGTTCCTGGTCCAGTGGCATGCATACATGTCTT  999

seq1  CCTGCCT-GCTGCCATGCTTCCCACAAT-AATAATGGCCATCCACTCACC  1046
      | ||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGGCTGCCATGCTTCCCACAATAAAAAAAGGCCATCCACTCACC  1049

seq1  CCCT-GAATCTGTAAGCAAGTCTACAATTAAAATGCCTTCTTTTATAGGT  1095
      |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| 
seq2  CCCTGGAATCTGT-AGCAAGTCTACAATAAAAATGC--TCTTTTA-AGG-  1094

seq1  TGCCTTGGCAATAAAAATGGAAATAACAA  1124
      || |||||||   |||||||||| |||||
seq2  TGGCTTGGCA--TAAAATGGAAA-AACAA  1120

seq1: chr12_105324906_105325970
seq2: B6Ng01-046J19.g_68_1114 (reverse)

seq1  ACCCCACAGCACAGCAGACCTCGGACTAGCTGGTCTGTTACCAGCAGGAG  50
      ||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||
seq2  ACCCCAC-GC-CAGCA-ACCTC-GACTAGCT-GTTTGTTACCAGCAGGAG  45

seq1  AATGTGACTGGGGAGTGCTGGGTATGAATAACTCTGCATCCACGACTTGG  100
       |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |
seq2  -ATGTGACT-GGGAGTGCTGGGTATG-ATAACTCTG-AT-CACGACTT-G  89

seq1  GGTAGGGAAGGGCCCCTGACACCAAGAGCAATACAGGAGGGCATGGGGCT  150
      |||||| ||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  GGTAGGAAAGG--CCCTGACA-CAAGAGC-ATACAGGAGGGCAT-GGGCT  134

seq1  AGATGGGTTTGAAAGTGGGAGAGACCCTCCTAGGGTGTCACACTGATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTTTGAAAGTGGGAGAGACC--TCTAAGGTGTCACACTGATTAA  182

seq1  AACAAATGATATCTCTAAAACCCTAGTATGTGTGTGGTGCCTCATATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACAAATGATATCTCTAAAACCCTAGTATGTGTGTGGTG-CTCATATGTA  231

seq1  GTGGAC-ACTTACAGACTTACAGGCCTTACCCTGTTAGCAAATCTGGTTC  299
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAACTTACAGACTTACAGGCCTTACCCTGTTAGCAAATCTGGTTC  281

seq1  CAGACATAGAGTGTGATGTGCTTAAGCTACACACTGTTGCCCAGCTATGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATAGAGTGTGATGTGCTTAAGCTACACACTGTTGCCCAGCTATGA  331

seq1  GAAGAAGAGAAGTTGGCTGGGAAGTAGTGTTTCATTCTGGAAGAGAAGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGAGAAGTTGGCTGGGAAGTAGTGTTTCATTCTGGAAGAGAAGCT  381

seq1  GAGACAGCTTTGATAGGGAGACTCCCAACAGAAGCAGCCTGGGCCATCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGCTTTGATAGGGAGACTCCCAACAGAAGCAGCCTGGGCCATCTG  431

seq1  GACACTGGCCGGTGCTTTTCTTATGTTTGCCTCATTGTGACAATGCCTAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGGCCGGTGCTTTTCTTATGTTTGCCTCATTGTGACAATGCCTAC  481

seq1  CAGAAGCAGTTTATGGAAGGACAGATTTACATTGGTTCACTGCGTCAGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCAGTTTATGGAAGGACAGATTTACATTGGTTCACTGCGTCAGAG  531

seq1  GGTTTCTGTGCAACACGGCAGGGAAGACCTGGCAACAAGCTTGGGTCACG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTGTGCAACACGGCAGGGAAGACCTGGCAACAAGCTTGGGTCACG  581

seq1  GTGGGGATGGGAGGCAGTTGATGGAGGAGGTTGCTCATGGACCAGAAAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGATGGGAGGCAGTTGATGGAGGAGGTTGCTCATGGACCAGAAAAC  631

seq1  AAATTGTGAGGTCTGAACCAAGGGTTCCATCCAGTCTTCAAAAGCCCACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTGAGGTCTGAACCAAGGGTTCCATCCAGTCTTCAAAAGCCCACA  681

seq1  CCAAGAGACTCACTTTAACAAACCCATCTACACAGTGTTACCAGCTGCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGACTCACTTTAACAAACCCATCTACACAGTGTTACCAGCTGCAA  731

seq1  AATGTATTCAAAGCGTAGCCTGTAGGGACATTTCAGATTTGTACCATAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTCAAAGCGTAGCCTGTAGGGACATTTCAGATTTGTACCATAGT  781

seq1  TCTAGTGAGGATGCCTCAGAGAGGCATGCTACCTTTGGCCTAAGATGTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGAGGATGCCTCAGAGAGGCATGCTACCTTTGGCCTAAGATGTGA  831

seq1  CTAGTGCCACTCCCAAAATAGACAGCTGTGGCCAACGGCATGCTGCAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCCACTCCCAAAATAGACAGCTGTGGCCAACGGCATGCTGCAGGA  881

seq1  ACAGGAGGTCAGGGACAGGAACAGTGACTTTTCAATGTATTGGCCCTGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGTCAGGGACAGGAACAGTGACTTTTCAATGTATTGGCCCTGCT  931

seq1  GATGTGATCTGGCAAGTCTAGGCCCTTCTTGGGGCTCAGTTTCTCCACCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATCTGGCAAGTCTAGGCCCTTCTTGGGGCTCAGTTTCTCCACCT  981

seq1  GAGTAATATGTTATACCCACATGCCCTGGATCTAGCTCAGATCATTTCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATATGTTATACCCACATGCCCTGGATCTAGCTCAGATCATTTCAG  1031

seq1  AATGCAGAGTGAATTC  1065
      ||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAGTGAATTC  1047