BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047C02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,375,415 - 108,486,226
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040484, LOC382635
Upstream geneLOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451, LOC673604
Downstream geneLOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b, Setd3, Ccnk, EG668158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047C02.bB6Ng01-047C02.g
ACCDH872076DH872077
length962575
definitionDH872076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047C02, 5' end.DH872077|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,375,415 - 108,376,381)(108,485,646 - 108,486,226)
sequence
gaattcctcaaaccatgtcggcttccttacatgtaaggtgttaaaatgag
cagttgtctgagcattgaacactcagaagggcttgtattgtgggttaaga
acataaaagtgggatctgaggtaagaaatagctcttatgttactcctttg
agaacatactgataatgggatggctggccccttaggaggaagatgctgtt
ttaggccctttctccaccttcattactctgtatggggaaaacacagctat
tttaagaagttgattctgaatacattctgaggatctttccttcagaagga
tgtctatgttgatgtgtgtactgaaggtgccctcatctctctgctcaagg
aaggtccagtgggttgtttggagttccattgctcctggaatcctctcttg
catacatacctttagcaccataagtgaatcctttcattctgtgcttttcc
ctcatgagaagagaggtagggtgtcctcaattatggaagagcagagaata
ttttgagctgagcacaaacaagcaagtgagattatatgcatattcacctc
gctcggttcttgattgttgagtggatgtaactaatgttttgacattctta
ccttagacttacacagagggactgtagcctggaattgtacactaaagtaa
aacccatcctcccttaagttgctttgtgttgggatattttatcacagcga
cagaaatgaaaccagaacagctagacagccttgccaggcagtggtggcta
tgaatggatagatgtttaaagacagaagctccagtctaggagtttgacca
ttctccataagctgttcatttcaaagtgacaaccttagatgccgtgccct
ctatcctgaagtaaatgacttgccttgaccctgagattaagatatccagg
atatatcttccacagcccataaatcaagaatgtctagggtgaatgggatg
tgggttgtatga
aaagtcagttctccacagtttatccgatgagctccctcttcagaattcag
taccagtttttattgcatggaaacagtatctgcaaaatgacttaaaagtt
aagaaatgtttatatacagcgagtgtcctggtttgatttctgttgctgtg
ctaaaacactctgacccaaagcaacaaaggagaagaaacagtttatttgg
ctgacacttcttggtcacagcccatcactgatagaagtcaggacagaagc
tcaagcaggaacttgaggcagaaatcatagagaagggctgcttgctcact
tgcagacttctgcttagctggctttcttgtatagcccaggtgcccatgcc
caggaatggtgctacccacagtaggctgggcctttctaagtctgttcaca
atcatgaccagccctgttgggaaaccatgctattaaggtcatagtctatc
ccatgactgatcaactcgcagagcttggtgtgaaatggaagactcccttt
ctcagcaggacttcccccttctccactgaccctatctggagagtgtctct
aagcacaggtgtgtctgaccttatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108375415_108376381
seq2: B6Ng01-047C02.b_37_998

seq1  GAATTCCTCAAACCATGTCGGCTTCCTTACATGTAAGGTGTTAAAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAACCATGTCGGCTTCCTTACATGTAAGGTGTTAAAATGAG  50

seq1  CAGTTGTCTGAGCATTGAACACTCAGAAGGGCTTGTATTGTGGGTTAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTCTGAGCATTGAACACTCAGAAGGGCTTGTATTGTGGGTTAAGA  100

seq1  ACATAAAAGTGGGATCTGAGGTAAGAAATAGCTCTTATGTTACTCCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAGTGGGATCTGAGGTAAGAAATAGCTCTTATGTTACTCCTTTG  150

seq1  AGAACATACTGATAATGGGATGGCTGGCCCCTTAGGAGGAAGATGCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATACTGATAATGGGATGGCTGGCCCCTTAGGAGGAAGATGCTGTT  200

seq1  TTAGGCCCTTTCTCCACCTTCATTACTCTGTATGGGGAAAACACAGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCCCTTTCTCCACCTTCATTACTCTGTATGGGGAAAACACAGCTAT  250

seq1  TTTAAGAAGTTGATTCTGAATACATTCTGAGGATCTTTCCTTCAGAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAGTTGATTCTGAATACATTCTGAGGATCTTTCCTTCAGAAGGA  300

seq1  TGTCTATGTTGATGTGTGTACTGAAGGTGCCCTCATCTCTCTGCTCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATGTTGATGTGTGTACTGAAGGTGCCCTCATCTCTCTGCTCAAGG  350

seq1  AAGGTCCAGTGGGTTGTTTGGAGTTCCATTGCTCCTGGAATCCTCTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCAGTGGGTTGTTTGGAGTTCCATTGCTCCTGGAATCCTCTCTTG  400

seq1  CATACATACCTTTAGCACCATAAGTGAATCCTTTCATTCTGTGCTTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACCTTTAGCACCATAAGTGAATCCTTTCATTCTGTGCTTTTCC  450

seq1  CTCATGAGAAGAGAGGTAGGGTGTCCTCAATTATGGAAGAGCAGAGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGAAGAGAGGTAGGGTGTCCTCAATTATGGAAGAGCAGAGAATA  500

seq1  TTTTGAGCTGAGCACAAACAAGCAAGTGAGATTATATGCATATTCACCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCTGAGCACAAACAAGCAAGTGAGATTATATGCATATTCACCTC  550

seq1  GCTCGGTTCTTGATTGTTGAGTGGATGTAACTAATGTTTTGACATTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGGTTCTTGATTGTTGAGTGGATGTAACTAATGTTTTGACATTCTTA  600

seq1  CCTTAGACTTACACAGAGGGACTGTAGCCTGGAATTGTACACTAAAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGACTTACACAGAGGGACTGTAGCCTGGAATTGTACACTAAAGTAA  650

seq1  AACCCATCCTCCCTTAAGTTGCTTTGTGTTGGGATATTTTATCACAGCGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATCCTCCCTTAAGTTGCTTTGTGTTGGGATATTTTATCACAGCGA  700

seq1  CAGAAATGAAACCAGAACAGCTAGACAGCCTTGCCAGGCAGTGGTGGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGAAACCAGAACAGCTAGACAGCCTTGCCAGGCAGTGGTGGCTA  750

seq1  TGAATGGATAGATGTTTAAAGACAGAAGCTCCAGTCTAGGAGTTTGACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGATAGATGTTTAAAGACAGAAGCTCCAGTCTAGGAGTTTGACCA  800

seq1  TTCTCCATAAGCTGTTCATTTCAAAGTGACAACCTTAGATGCCGTGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATAAGCTGTTCATTTCAAAGTGACAACCTTAGATGCCGTGCCCT  850

seq1  CTATCCTGAAGTAAATGACTTGCCTTGACCCTGAAGATTAAGATATCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTATCCTGAAGTAAATGACTTGCCTTGACCCTG-AGATTAAGATATCCAG  899

seq1  GATATATCTTCCCACAGCCCATAAAATCAAGAAATGTCTAGGGTGAATGG  950
      |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATATATCTT-CCACAGCCCAT-AAATCAAG-AATGTCTAGGGTGAATGG  946

seq1  GATGTGGGTATGTATGA  967
      ||||||||| |||||||
seq2  GATGTGGGT-TGTATGA  962

seq1: chr12_108485646_108486226
seq2: B6Ng01-047C02.g_61_641 (reverse)

seq1  GATAAGGTCAGACACACCTGTGCTTAGAGACACTCTCCAGATAGGGTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGGTCAGACACACCTGTGCTTAGAGACACTCTCCAGATAGGGTCAG  50

seq1  TGGAGAAGGGGGAAGTCCTGCTGAGAAAGGGAGTCTTCCATTTCACACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGGGGGAAGTCCTGCTGAGAAAGGGAGTCTTCCATTTCACACCA  100

seq1  AGCTCTGCGAGTTGATCAGTCATGGGATAGACTATGACCTTAATAGCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCGAGTTGATCAGTCATGGGATAGACTATGACCTTAATAGCATG  150

seq1  GTTTCCCAACAGGGCTGGTCATGATTGTGAACAGACTTAGAAAGGCCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCAACAGGGCTGGTCATGATTGTGAACAGACTTAGAAAGGCCCAG  200

seq1  CCTACTGTGGGTAGCACCATTCCTGGGCATGGGCACCTGGGCTATACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGTGGGTAGCACCATTCCTGGGCATGGGCACCTGGGCTATACAAG  250

seq1  AAAGCCAGCTAAGCAGAAGTCTGCAAGTGAGCAAGCAGCCCTTCTCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGCTAAGCAGAAGTCTGCAAGTGAGCAAGCAGCCCTTCTCTATG  300

seq1  ATTTCTGCCTCAAGTTCCTGCTTGAGCTTCTGTCCTGACTTCTATCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGCCTCAAGTTCCTGCTTGAGCTTCTGTCCTGACTTCTATCAGTG  350

seq1  ATGGGCTGTGACCAAGAAGTGTCAGCCAAATAAACTGTTTCTTCTCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTGTGACCAAGAAGTGTCAGCCAAATAAACTGTTTCTTCTCCTTT  400

seq1  GTTGCTTTGGGTCAGAGTGTTTTAGCACAGCAACAGAAATCAAACCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTTGGGTCAGAGTGTTTTAGCACAGCAACAGAAATCAAACCAGGA  450

seq1  CACTCGCTGTATATAAACATTTCTTAACTTTTAAGTCATTTTGCAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGCTGTATATAAACATTTCTTAACTTTTAAGTCATTTTGCAGATAC  500

seq1  TGTTTCCATGCAATAAAAACTGGTACTGAATTCTGAAGAGGGAGCTCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCATGCAATAAAAACTGGTACTGAATTCTGAAGAGGGAGCTCATC  550

seq1  GGATAAACTGTGGAGAACTGACTTTGAATTC  581
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAACTGTGGAGAACTGACTTTGAATTC  581