BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049C17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 11,280,231 - 11,398,897
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmc6, Vsnl1
Upstream geneNt5c1b, Rdh14, LOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik
Downstream geneEG209550, LOC217390, LOC628327, LOC627110, LOC100043209, D12Ertd553e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049C17.bB6Ng01-049C17.g
ACCDH873509DH873510
length1,1111,028
definitionDH873509|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049C17, 5' end.DH873510|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,397,788 - 11,398,897)(11,280,231 - 11,281,264)
sequence
gaattcctgcccgactgagtttctctaggggacagggtctgtctgcttct
atttctaaggtctcccatcattacaaccaggaaacctgtattaagtataa
gaaggaagaaggactgaaagctacatgtaatgtcatggagaaggcaggaa
tgaacagaaccttgcatgagtattgaggtatagactggtgacggggagca
aagggccgtagcaccaagtaactgacacatgagcgaggccagcttcctct
ggttatctctgtgcacagacaagaagccaagagctggagctaagagctaa
tttgtctgaggctgagctggtaatttgacactagaaccaccctggctccc
atccaagggtgtcttccaccccactgtgcattgtgtgcattccagaggtt
tgaggcctgggtcccaaaacctttccttctgctaggctgggccggtgtcc
aagcctgtttcccattgtacttacgctgctgtgtgtctgcacatgtggct
tggctgctccatctcagccaccctggctttatagatgaatcttattaaga
tccaaacaggctgattgccagattacctggcaggagctggctgtgtggct
ctgtgtgcccgttgcaggccctgggatgtactaggaagctgtatatcaca
cacacacacacacacacacacacacacacatacacacacacacacaatta
tcctgtaggagctgtgggtatggacatggtaggacgtggaaaggaaataa
acaaaccttgtggcaggaccaccagttgagatggttgaagcctctaggaa
tgagaagatgatagcctatatcattaagccaagtggtatgagaggcctat
gatcatgccttactaaccattcgtatgctgattaagctagggcaaatcac
cttgtctctctgtctttgacgcactagcaataaaatgggagttttaataa
tctccttctgaccagcactgttagatgggtgaactctgcttacccaaaag
ccttttgttacaacaagattcgtaaaacaatccccatcctattctaagtt
gcactaaatgatctgggcttcttcacagaataccgcccttgcgaagttct
tgtgcccacaa
gaattctctggtatgaaaatggaatgccatattagaaaatgattccatgt
tcagaccatagccagacagtcttctttcagaaatattctaaaaacacttt
tgtatttaatagttatactccaccagtacttctcagggaagtggaggtgt
tctctgcctcccacagtattgaacaataactgaatatatttttgattcct
atacaaatggaagacagatgcatgctaccagcatctattgtgtggaaaag
agatttaggattctgttgaatgttctacaatgcacaggatagactccctt
gcaaaacatatttgaccaggagtagtgttagttttgcctgtgttaagaaa
aagctttgtgatatatttgccaggtcttttaaaggctatagaattagtgg
tatcctaaagaaaattcccactttatgtaatgttggccgttaaagttact
attgcacacttgatgataacttttcattaataaatactgttggtctgtca
gatgcttgaatattagtaatgagtgtattaagagtgattgatttttttta
attcctttattgttaatagactgcagcagaagttggaataattgagagta
ttcagctaagaaatttcatgtgtcattcaatgcttggaccttttaagttt
ggttctaacgtcaactttgttgttggcaataatggaagtaagtgccttcg
ctctctttatgctctactctatgacgacagtgcatgagctttctcaaaga
gctgactattagtactgagagatatttaggactatactttatggcttcct
agaatttattcagtttgcacttgaagaaatattgaattaaccttaagtgc
tatttaagtagtagtataagcatttcctgtttctgttgtgtttagattta
ttactttatgtatatgactgtctgcatgcatctatgtggacctcatggat
gcactgctttcaggttaaatcccttggaactgaagtaacagatggttgtg
agccaccatggggggttgggaaccgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_11397788_11398897
seq2: B6Ng01-049C17.b_43_1153 (reverse)

seq1  TTGTGGGCACAAGAACTCAGCAAGGACGG-AATCTTTGACAGAAAGCCCA  49
      |||||||||||||||||  |||||| ||| | ||| ||| || |||||||
seq2  TTGTGGGCACAAGAACTTCGCAAGGGCGGTATTCTGTGA-AG-AAGCCCA  48

seq1  GATCACTTAGTTGCAAACTTAGAATA-GATGGGGGTTTGTTTACG-ATCT  97
      ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||  |||||| ||||
seq2  GATCATTTAG-TGC-AACTTAGAATAGGATGGGGATTGTTTTACGAATCT  96

seq1  TGTTGT-ACAAAAGGCTTTTGGGT-AGCAGAGTTCACCCATCTACCAGTG  145
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTGTAACAAAAGGCTTTTGGGTAAGCAGAGTTCACCCATCTAACAGTG  146

seq1  CT-GTCAGAAGGAGATTATTAAAACTCCCATTTTATTGCTAGTGCGTCAA  194
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCAGAAGGAGATTATTAAAACTCCCATTTTATTGCTAGTGCGTCAA  196

seq1  AGAACAGAGAGACAAGGTGATTTGCCCTAGCTTAATCAGCATACGAATGG  244
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-ACAGAGAGACAAGGTGATTTGCCCTAGCTTAATCAGCATACGAATGG  245

seq1  TTAGTAAGGCATGATCATAGGCCTCTCATACCACTTGGCTTAATGATATA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAGGCATGATCATAGGCCTCTCATACCACTTGGCTTAATGATATA  295

seq1  GGCTATCATCTTCTCATTCCTAGAGGCTTCAACCATCTCAACTGGTGGTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCATCTTCTCATTCCTAGAGGCTTCAACCATCTCAACTGGTGGTC  345

seq1  CTGCCACAAGGTTTGTTTATTTCCTTTCCACGTCCTACCATGTCCATACC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACAAGGTTTGTTTATTTCCTTTCCACGTCCTACCATGTCCATACC  395

seq1  CACAGCTCCTACAGGATAATTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCCTACAGGATAATTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTG  445

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATATACAGCTTCCTAGTACATCCCAGGGCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATATACAGCTTCCTAGTACATCCCAGGGCC  495

seq1  TGCAACGGGCACACAGAGCCACACAGCCAGCTCCTGCCAGGTAATCTGGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACGGGCACACAGAGCCACACAGCCAGCTCCTGCCAGGTAATCTGGC  545

seq1  AATCAGCCTGTTTGGATCTTAATAAGATTCATCTATAAAGCCAGGGTGGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCCTGTTTGGATCTTAATAAGATTCATCTATAAAGCCAGGGTGGC  595

seq1  TGAGATGGAGCAGCCAAGCCACATGTGCAGACACACAGCAGCGTAAGTAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGAGCAGCCAAGCCACATGTGCAGACACACAGCAGCGTAAGTAC  645

seq1  AATGGGAAACAGGCTTGGACACCGGCCCAGCCTAGCAGAAGGAAAGGTTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAAACAGGCTTGGACACCGGCCCAGCCTAGCAGAAGGAAAGGTTT  695

seq1  TGGGACCCAGGCCTCAAACCTCTGGAATGCACACAATGCACAGTGGGGTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCCAGGCCTCAAACCTCTGGAATGCACACAATGCACAGTGGGGTG  745

seq1  GAAGACACCCTTGGATGGGAGCCAGGGTGGTTCTAGTGTCAAATTACCAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACACCCTTGGATGGGAGCCAGGGTGGTTCTAGTGTCAAATTACCAG  795

seq1  CTCAGCCTCAGACAAATTAGCTCTTAGCTCCAGCTCTTGGCTTCTTGTCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTCAGACAAATTAGCTCTTAGCTCCAGCTCTTGGCTTCTTGTCT  845

seq1  GTGCACAGAGATAACCAGAGGAAGCTGGCCTCGCTCATGTGTCAGTTACT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGAGATAACCAGAGGAAGCTGGCCTCGCTCATGTGTCAGTTACT  895

seq1  TGGTGCTACGGCCCTTTGCTCCCCGTCACCAGTCTATACCTCAATACTCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTACGGCCCTTTGCTCCCCGTCACCAGTCTATACCTCAATACTCA  945

seq1  TGCAAGGTTCTGTTCATTCCTGCCTTCTCCATGACATTACATGTAGCTTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGTTCTGTTCATTCCTGCCTTCTCCATGACATTACATGTAGCTTT  995

seq1  CAGTCCTTCTTCCTTCTTATACTTAATACAGGTTTCCTGGTTGTAATGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTCTTCCTTCTTATACTTAATACAGGTTTCCTGGTTGTAATGAT  1045

seq1  GGGAGACCTTAGAAATAGAAGCAGACAGACCCTGTCCCCTAGAGAAACTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACCTTAGAAATAGAAGCAGACAGACCCTGTCCCCTAGAGAAACTC  1095

seq1  AGTCGGGCAGGAATTC  1110
      ||||||||||||||||
seq2  AGTCGGGCAGGAATTC  1111

seq1: chr12_11280231_11281264
seq2: B6Ng01-049C17.g_66_1093

seq1  GAATTCTCTGGTATGAAAATGGAATGCCATATTAGAAAATGATTCCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGTATGAAAATGGAATGCCATATTAGAAAATGATTCCATGT  50

seq1  TCAGACCATAGCCAGACAGTCTTCTTTCAGAAATATTCTAAAAACACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCATAGCCAGACAGTCTTCTTTCAGAAATATTCTAAAAACACTTT  100

seq1  TGTATTTAATAGTTATACTCCACCAGTACTTCTCAGGGAAGTGGAGGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTAATAGTTATACTCCACCAGTACTTCTCAGGGAAGTGGAGGTGT  150

seq1  TCTCTGCCTCCCACAGTATTGAACAATAACTGAATATATTTTTGATTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCTCCCACAGTATTGAACAATAACTGAATATATTTTTGATTCCT  200

seq1  ATACAAATGGAAGACAGATGCATGCTACCAGCATCTATTGTGTGGAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATGGAAGACAGATGCATGCTACCAGCATCTATTGTGTGGAAAAG  250

seq1  AGATTTAGGATTCTGTTGAATGTTCTACAATGCACAGGATAGACTCCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAGGATTCTGTTGAATGTTCTACAATGCACAGGATAGACTCCCTT  300

seq1  GCAAAACATATTTGACCAGGAGTAGTGTTAGTTTTGCCTGTGTTAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACATATTTGACCAGGAGTAGTGTTAGTTTTGCCTGTGTTAAGAAA  350

seq1  AAGCTTTGTGATATATTTGCCAGGTCTTTTAAAGGCTATAGAATTAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTGTGATATATTTGCCAGGTCTTTTAAAGGCTATAGAATTAGTGG  400

seq1  TATCCTAAAGAAAATTCCCACTTTATGTAATGTTGGCCGTTAAAGTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTAAAGAAAATTCCCACTTTATGTAATGTTGGCCGTTAAAGTTACT  450

seq1  ATTGCACACTTGATGATAACTTTTCATTAATAAATACTGTTGGTCTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCACACTTGATGATAACTTTTCATTAATAAATACTGTTGGTCTGTCA  500

seq1  GATGCTTGAATATTAGTAATGAGTGTATTAAGAGTGATTGATTTTTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTGAATATTAGTAATGAGTGTATTAAGAGTGATTGATTTTTTTTA  550

seq1  ATTCCTTTATTGTTAATAGACTGCAGCAGAAGTTGGAATAATTGAGAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTATTGTTAATAGACTGCAGCAGAAGTTGGAATAATTGAGAGTA  600

seq1  TTCAGCTAAGAAATTTCATGTGTCATTCAATGCTTGGACCTTTTAAGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTAAGAAATTTCATGTGTCATTCAATGCTTGGACCTTTTAAGTTT  650

seq1  GGTTCTAACGTCAACTTTGTTGTTGGCAATAATGGAAGTAAGTGCCTTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAACGTCAACTTTGTTGTTGGCAATAATGGAAGTAAGTGCCTTCG  700

seq1  CTCTCTTTATGCTCTACTCTATGACGACAGTGCATGAGCTTTCTCAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTATGCTCTACTCTATGACGACAGTGCATGAGCTTTCTCAAAGA  750

seq1  GCTGACTATTAGTACTGAGAGATATTTAGGACTATACTTTATGGCTTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTATTAGTACTGAGAGATATTTAGGACTATACTTTATGGCTTCCT  800

seq1  AGAATTTATTCAGTTTGCACTTGAAGAAAATATTGAATTAACCTTAAGTG  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTATTCAGTTTGCACTTGAAG-AAATATTGAATTAACCTTAAGTG  849

seq1  CTATTTAAGTAGTAGGTATAAGCATTTCCTGTTTTCTGTTGTGTTTTAGA  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  CTATTTAAGTAGTA-GTATAAGCATTTCCTG-TTTCTGTTGTG-TTTAGA  896

seq1  TTTATTACTTTATGTATATGACTGTCTGCATGCATCTATGTGAACCTCAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTATTACTTTATGTATATGACTGTCTGCATGCATCTATGTGGACCTCAT  946

seq1  GGATGCACTGCCTTCAGGGTTAAATCCCTTGGAACTGAAGTTACAGATGG  1000
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGATGCACTGCTTTCA-GGTTAAATCCCTTGGAACTGAAGTAACAGATGG  995

seq1  TTGTGAGCCACCATGTGGGTGTTGGGAACTGAAC  1034
      ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  TTGTGAGCCACCATG-GGGGGTTGGGAACCGAAC  1028