BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052B04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 18,770,231 - 18,913,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668558, LOC100042641, LOC668568
Upstream geneHpcal1, EG668525, LOC673341, EG245297, LOC100042573, LOC668539, LOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160, 5730507C01Rik, EG668553
Downstream geneLOC668570, EG668413, LOC671401, EG546524, EG668584, EG544848, EG627871, LOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052B04.bB6Ng01-052B04.g
ACCDH875536DH875537
length964797
definitionDH875536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052B04, 5' end.DH875537|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,770,231 - 18,771,193)(18,912,207 - 18,913,003)
sequence
gaattcagtacctagtctgaggaagtgctctgaacaaaacaggaccagag
tctgaaggtagatgagaattgatgctaatcctagaggcctcttccaagag
aaagcacatatacctgaggactgaccctctctgaaacagacagcaagaag
ggcagagaggtggaggatctgcagatgcagagaccctggggctgaaacat
atttaccagggtccaaagggggggggcacagtaatgatgtcccagaagtg
taagtcttaacagaaagtcagaaatgccattcgggatgttggggagagtg
accatggagtctgggaaatccacccccaaggagtggtgggatgtttgtgt
ctgaacaggctgcagggtgtgagtaggagcttcctgggtgactggagtga
gtgtgacccagatgagcctagcttagtgaagagagtcacccacatggctc
ccttcctgttacagtagcagtttctgttaagaaaaaagttcttggggatt
tcttgttcttttctccaccttctctgattccccaactcctgtggggcctc
tcaggcttgggaaagagcagagggagagaggtctggcagtgcagggtggg
gctttccatgcagccttgccagctgcccctctttctccttttacattgca
cttttactttgttgcttaagttttatgcatatggattagtttgtgtgtgg
tgggcaagtgatccagtgaatgtaggtcagaggacacaacctctgggatt
cagttctctcctcctaccacgtgagtttctcatgctggtgcttttaccca
gggagttcattttcaatggctctgcttcctttttttttaaacagtcttga
ggctctggggaattgggagtgtgagctcctgaatgtggcttgggagacag
gatggttttgcagtgactagaaccgtgacagggatctatggtttagatag
caggctgaaggttg
gaattcagtggacaacttgtggaagctggttctcttttcctaccatgtgg
gtcttagggatagaacccaggctgccaggcttggaagcaagtacctttac
ccacagagtcagcccactggaccaaatacagagatggtttagagcatgga
gcaggaaggatacagtgtgcacataagcatcgctcctgtgaagaactgac
tgctgactcatcctttactgtgtcgttctgatttctataggaagccctat
agacagctaatgtgtgtgtatgttatacatgtgtgtgcagatgaacactc
atctgtgcagaggccaaacaggaataccggtgttcacaatattccctttt
ctctctcactgaacccggccggggcttaccattttagctagggtgcctgc
tcagcaagcttctgggactcacttgtcccctagttctagggtttcgggca
tgctcagccactcctgacttttccgtgggtgttgggatcagaactcatgt
cctcatgctgggcatcaagcgttcttcaacactgagccattttaccagtt
cttgctttgacaattcttaatcacctatctgagcctcagatctcattaga
gcttaaaaaaaagacgcattttatagaattgtgtgaataaaccttatgga
tgagctcagctggggcctgatgtccagcaagcaatcaatagatgcttggc
ttttatcgttactctctgcaaagacatgcagtcctttagtacaccaggta
gcaagtgggcagaggaatgacctggtgtatggggttggggatggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_18770231_18771193
seq2: B6Ng01-052B04.b_45_1008

seq1  GAATTCAGTACCTAGTCTGAGGAAGTGCTCTGAACAAAACAGGACCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACCTAGTCTGAGGAAGTGCTCTGAACAAAACAGGACCAGAG  50

seq1  TCTGAAGGTAGATGAGAATTGATGCTAATCCTAGAGGCCTCTTCCAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTAGATGAGAATTGATGCTAATCCTAGAGGCCTCTTCCAAGAG  100

seq1  AAAGCACATATACCTGAGGACTGACCCTCTCTGAAACAGACAGCAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACATATACCTGAGGACTGACCCTCTCTGAAACAGACAGCAAGAAG  150

seq1  GGCAGAGAGGTGGAGGATCTGCAGATGCAGAGACCCTGGGGCTGAAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAGGTGGAGGATCTGCAGATGCAGAGACCCTGGGGCTGAAACAT  200

seq1  ATTTACCAGGGTCCAAAGGGGGGGGGCACAGTAATGATGTCCCAGAAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCAGGGTCCAAAGGGGGGGGGCACAGTAATGATGTCCCAGAAGTG  250

seq1  TAAGTCTTAACAGAAAGTCAGAAATGCCATTCGGGATGTTGGGGAGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTTAACAGAAAGTCAGAAATGCCATTCGGGATGTTGGGGAGAGTG  300

seq1  ACCATGGAGTCTGGGAAATCCACCCCCAAGGAGTGGTGGGATGTTTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGAGTCTGGGAAATCCACCCCCAAGGAGTGGTGGGATGTTTGTGT  350

seq1  CTGAACAGGCTGCAGGGTGTGAGTAGGAGCTTCCTGGGTGACTGGAGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGGCTGCAGGGTGTGAGTAGGAGCTTCCTGGGTGACTGGAGTGA  400

seq1  GTGTGACCCAGATGAGCCTAGCTTAGTGAAGAGAGTCACCCACATGGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACCCAGATGAGCCTAGCTTAGTGAAGAGAGTCACCCACATGGCTC  450

seq1  CCTTCCTGTTACAGTAGCAGTTTCTGTTAAGAAAAAAGTTCTTGGGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGTTACAGTAGCAGTTTCTGTTAAGAAAAAAGTTCTTGGGGATT  500

seq1  TCTTGTTCTTTTCTCCACCTTCTCTGATTCCCCAACTCCTGTGGGGCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTCTTTTCTCCACCTTCTCTGATTCCCCAACTCCTGTGGGGCCTC  550

seq1  TCAGGCTTGGGAAAGAGCAGAGGGAGAGAGGTCTGGCAGTGCAGGGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTGGGAAAGAGCAGAGGGAGAGAGGTCTGGCAGTGCAGGGTGGG  600

seq1  GCTTTCCATGCAGCCTTGCCAGCTGCCCCTCTTTCTCCTTTTACATTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCATGCAGCCTTGCCAGCTGCCCCTCTTTCTCCTTTTACATTGCA  650

seq1  CTTTTACTTTGTTGCTTAAGTTTTATGCATATGGATTAGTTTGTGTGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTTTGTTGCTTAAGTTTTATGCATATGGATTAGTTTGTGTGTGG  700

seq1  TGGGCAAGTGATCCAGTGAATGTAGGTCAGAGGACACAACCTCTGGGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAGTGATCCAGTGAATGTAGGTCAGAGGACACAACCTCTGGGATT  750

seq1  CAGTTCTCTCCTCCTACCACGTGAG-TTCTCATGCTGGTGCCTTTACCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGTTCTCTCCTCCTACCACGTGAGTTTCTCATGCTGGTGCTTTTACCCA  800

seq1  GGGAG-TCA-TTTCAATGGCTCTGCTTCCTTTTTTTTTAAACAGTCATTG  847
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGAGTTCATTTTCAATGGCTCTGCTTCCTTTTTTTTTAAACAGTC-TTG  849

seq1  AGGCTCTGGGGAATTGGGAGTGTGAGCTCCTGGAATGTGGCTTGGGAGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTGGGGAATTGGGAGTGTGAGCTCCT-GAATGTGGCTTGGGAGAC  898

seq1  AGGATGGTTTTGCAGTGACTAGTACCGTGACATGGGATCTATGGTTCAGA  947
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AGGATGGTTTTGCAGTGACTAGAACCGTGACA-GGGATCTATGGTTTAGA  947

seq1  TGGCAGGCTG-AGGTTG  963
      | |||||||| ||||||
seq2  TAGCAGGCTGAAGGTTG  964

seq1: chr12_18912207_18913003
seq2: B6Ng01-052B04.g_68_864 (reverse)

seq1  CCCCCATCCCCAACCCCATACACCAGGTCATTCCTCTGCCCACTTGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATCCCCAACCCCATACACCAGGTCATTCCTCTGCCCACTTGCTAC  50

seq1  CTGGTGTACTAAAGGACTGCATGTCTTTGCAGAGAGTAACGATAAAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTACTAAAGGACTGCATGTCTTTGCAGAGAGTAACGATAAAAGCC  100

seq1  AAGCATCTATTGATTGCTTGCTGGACATCAGGCCCCAGCTGAGCTCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCTATTGATTGCTTGCTGGACATCAGGCCCCAGCTGAGCTCATCC  150

seq1  ATAAGGTTTATTCACACAATTCTATAAAATGCGTCTTTTTTTTAAGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTTTATTCACACAATTCTATAAAATGCGTCTTTTTTTTAAGCTCT  200

seq1  AATGAGATCTGAGGCTCAGATAGGTGATTAAGAATTGTCAAAGCAAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGATCTGAGGCTCAGATAGGTGATTAAGAATTGTCAAAGCAAGAAC  250

seq1  TGGTAAAATGGCTCAGTGTTGAAGAACGCTTGATGCCCAGCATGAGGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAATGGCTCAGTGTTGAAGAACGCTTGATGCCCAGCATGAGGACA  300

seq1  TGAGTTCTGATCCCAACACCCACGGAAAAGTCAGGAGTGGCTGAGCATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTGATCCCAACACCCACGGAAAAGTCAGGAGTGGCTGAGCATGC  350

seq1  CCGAAACCCTAGAACTAGGGGACAAGTGAGTCCCAGAAGCTTGCTGAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAACCCTAGAACTAGGGGACAAGTGAGTCCCAGAAGCTTGCTGAGCA  400

seq1  GGCACCCTAGCTAAAATGGTAAGCCCCGGCCGGGTTCAGTGAGAGAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCCTAGCTAAAATGGTAAGCCCCGGCCGGGTTCAGTGAGAGAGAAA  450

seq1  AGGGAATATTGTGAACACCGGTATTCCTGTTTGGCCTCTGCACAGATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATATTGTGAACACCGGTATTCCTGTTTGGCCTCTGCACAGATGAG  500

seq1  TGTTCATCTGCACACACATGTATAACATACACACACATTAGCTGTCTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATCTGCACACACATGTATAACATACACACACATTAGCTGTCTATA  550

seq1  GGGCTTCCTATAGAAATCAGAACGACACAGTAAAGGATGAGTCAGCAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCCTATAGAAATCAGAACGACACAGTAAAGGATGAGTCAGCAGTC  600

seq1  AGTTCTTCACAGGAGCGATGCTTATGTGCACACTGTATCCTTCCTGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTCACAGGAGCGATGCTTATGTGCACACTGTATCCTTCCTGCTCC  650

seq1  ATGCTCTAAACCATCTCTGTATTTGGTCCAGTGGGCTGACTCTGTGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTAAACCATCTCTGTATTTGGTCCAGTGGGCTGACTCTGTGGGTA  700

seq1  AAGGTACTTGCTTCCAAGCCTGGCAGCCTGGGTTCTATCCCTAAGACCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACTTGCTTCCAAGCCTGGCAGCCTGGGTTCTATCCCTAAGACCCA  750

seq1  CATGGTAGGAAAAGAGAACCAGCTTCCACAAGTTGTCCACTGAATTC  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGGAAAAGAGAACCAGCTTCCACAAGTTGTCCACTGAATTC  797