BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054P04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 54,602,675 - 54,668,964
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas3
Upstream geneArhgap5, Akap6
Downstream geneEgln3, EG665239, EG665251, LOC665256
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054P04.bB6Ng01-054P04.g
ACCDH877550DH877551
length1,1561,081
definitionDH877550|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054P04, 5' end.DH877551|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,602,675 - 54,603,845)(54,667,873 - 54,668,964)
sequence
gaattcatgactttattgactttgaaaatcaatccatctattaatttttc
atgtttctctatggacacattagctgaaacttatgaatataaacatatat
ttgtttttcaaatcctttacatagttattcttaaagttatttttaaatag
taggtctgcccctctgatgattaaattttagaattttcttgtttcctgaa
acttctaaaaattgagggcatttttagtgttcaaatatgcatggattaat
tgatgtatatgtggtattggccattgattttcttttcttaagggtgatta
tttgtagtggatggccaaaaatcttgagattctcatgtcctaacatataa
ggagcctttgcaagcatcaaataaaaacagactaaggaggtgtagataat
ctatcctgtaggcaaaaggcagattaagttctttccttaagatttatttt
tattattttaattgtatgtatgtatatgtgtctctgtggggctatgtaca
tgtaagtgggggtgccctagaaggcaagaggccttggaccttcctggatc
tagagtttcaggcagttgtaaatttcccagtgagctggaaaccaaactca
ggtcttcttaactgataggacatctctagctctatttttttattgtgggc
ttcagggtaagacagggtcttattatatagacctggctgttagggatctc
actgtgcagaccaggttttcagactcatggagatctgcttatctctgcct
accaagtgctggggttaaaggtttatgccaccatgtccatctgaaataat
tcttaggtgatgtcatattgccagctaccactgaaaaagtccttgtagct
ttggctggtgaggtgctataaccttttatttgaattctgatcaaaatgaa
gcatctattttgaccgtgattgtttgtcattgcatgctaagagctgtgat
cacacatatgtgaatcacttagtttgcaaatccctattacaggcatgacc
ttagaaactttctagtgctcagagtattcacatgatgcaaataagaaagc
tttgtgcatgctattcttatattttaggataatatataaacttatattag
gtggcatacaagggagatatacattggagtgtgggaaataagtgatttgc
atatag
gaattccaggacagccacggctacacagagaaaccctgtctcgaaaaacc
aaaatcaaacaaacaaacaaaaaaacccaagaaggaacactccagcactc
tgagatagcttctaaggcctgcgcctcagatatcctacttttacttacat
atacatcaaaaagtaaaaccaaagccaaataatactgcctagagagagct
agagaccttaccataatgaagaacagcagaatattaatcctgactcccag
tcactttttcatcaccaccatgacatttaactctccaaatttctccttga
tcacctgtaaatcctgaatatggggcgagtcacagcgctcagtgcttatg
taacaaggatttgtctgacatgaatcagcaattagcaccaatatcccatt
tttgtgcagtcgaagtacccctcttcagaagagagcacaggatagaggca
aatgcagaagggtctaaacccttttatcttttttttttcccccagaaagg
agccacaattataagggaagtgaaggaagctagacctccacaatcttcaa
tgcaatgcatcttcaaagggatcttcaaatatttaggaagggatccctcc
agaaggacagtgtaagtccgagctgttacatatgtgatggtaggtaacac
ctgatttggtatggaacatctattcagatgggccaagataatcatctcaa
atttagtttcccacatcccagctgtaggcctaccatccgataccctactc
agctctgctccaggctagcagtcgagcagactagttaaaagacaattagt
ccaatttcacattctctagcagccgaaaaatttcatgttatttcagtcac
agtggatggatgccaagttcactggaagcagccccgctgatttatccagt
ccattttaatactttagaatactgttaaaacatggctgtcctaattacgc
aggatcaacgcacagtgtcctctcacccaggattctcccaggaggctgca
atcagctgcattccccttatttcaccatgcattccactatttcatctagt
acagtgctgtcagacactcccatgctctgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_54602675_54603845
seq2: B6Ng01-054P04.b_51_1206

seq1  GAATTCATGACTTTATTGACTTTGAAAATCAATCCATCTATTAATTTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGACTTTATTGACTTTGAAAATCAATCCATCTATTAATTTTTC  50

seq1  ATGTTTCTCTATGGACACATTAGCTGAAACTTATGAATATAAACATATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTCTATGGACACATTAGCTGAAACTTATGAATATAAACATATAT  100

seq1  TTGTTTTTCAAATCCTTTACATAGTTATTCTTAAAGTTATTTTTAAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTCAAATCCTTTACATAGTTATTCTTAAAGTTATTTTTAAATAG  150

seq1  TAGGTCTGCCCCTCTGATGATTAAATTTTAGAATTTTCTTGTTTCCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTGCCCCTCTGATGATTAAATTTTAGAATTTTCTTGTTTCCTGAA  200

seq1  ACTTCTAAAAATTGAGGGCATTTTTAGTGTTCAAATATGCATGGATTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAAAAATTGAGGGCATTTTTAGTGTTCAAATATGCATGGATTAAT  250

seq1  TGATGTATATGTGGTATTGGCCATTGATTTTCTTTTCTTAAGGGTGATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTATATGTGGTATTGGCCATTGATTTTCTTTTCTTAAGGGTGATTA  300

seq1  TTTGTAGTGGATGGCCAAAAATCTTGAGATTCTCATGTCCTAACATATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGTGGATGGCCAAAAATCTTGAGATTCTCATGTCCTAACATATAA  350

seq1  GGAGCCTTTGCAAGCATCAAATAAAAACAGACTAAGGAGGTGTAGATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTTTGCAAGCATCAAATAAAAACAGACTAAGGAGGTGTAGATAAT  400

seq1  CTATCCTGTAGGCAAAAGGCAGATTAAGTTCTTTCCTTAAGATTTATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTGTAGGCAAAAGGCAGATTAAGTTCTTTCCTTAAGATTTATTTT  450

seq1  TATTATTTTAATTGTATGTATGTATATGTGTCTCTGTGGGGCTATGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTAATTGTATGTATGTATATGTGTCTCTGTGGGGCTATGTACA  500

seq1  TGTAAGTGGGGGTGCCCTAGAAGGCAAGAGGCCTTGGACCTTCCTGGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGGGGGTGCCCTAGAAGGCAAGAGGCCTTGGACCTTCCTGGATC  550

seq1  TAGAGTTTCAGGCAGTTGTAAATTTCCCAGTGAGCTGGAAACCAAACTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTCAGGCAGTTGTAAATTTCCCAGTGAGCTGGAAACCAAACTCA  600

seq1  GGTCTTCTTAACTGATAGGACATCTCTAGCTCTATTTTTTTATTGTGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCTTAACTGATAGGACATCTCTAGCTCTATTTTTTTATTGTGGGC  650

seq1  TTCAGGGTAAGACAGGGTCTTATTATATAGACCTGGCTGTTAGGGATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGTAAGACAGGGTCTTATTATATAGACCTGGCTGTTAGGGATCTC  700

seq1  ACTGTGCAGACCAGGTTTTCAGACTCATGGAGATCTGCTTATCTCTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCAGACCAGGTTTTCAGACTCATGGAGATCTGCTTATCTCTGCCT  750

seq1  ACCAAGTGCTGGGGTTAAAGGTTTATGCCACCATGTCCATCTGAAATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTGCTGGGGTTAAAGGTTTATGCCACCATGTCCATCTGAAATAAT  800

seq1  TCTTAGGTGATGTCATATTGCCAGCTACCACTGAAAAAGTCCTTGTAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGTGATGTCATATTGCCAGCTACCACTGAAAAAGTCCTTGTAGCT  850

seq1  TTGGCTGGTGAGGTGCTATAACCTTTTATTTGAATTCTGATCAAAATGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGGTGAGGTGCTATAACCTTTTATTTGAATTCTGATCAAAATGAA  900

seq1  GCATCTATTTTGACCGTGATTGTTTGTCATTGCATGCTAAGAGCTGTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTATTTTGACCGTGATTGTTTGTCATTGCATGCTAAGAGCTGTGAT  950

seq1  CACACATATGTGAATCACTTAGTTTGCAAATCCCTAATTACAAGCCATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
seq2  CACACATATGTGAATCACTTAGTTTGCAAATCCCT-ATTAC-AGGCATGA  998

seq1  CCTTAGAAACTCTCTAGTGCTCAGAGTATTCCAACATGATGCCATAATAA  1050
      ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||   |||||
seq2  CCTTAGAAACTTTCTAGTGCTCAGAGTATTC--ACATGATGC--AAATAA  1044

seq1  GAAAGCTTTGTTGCATGCCTATTCTTATATATTAAGAATAATATATAAAC  1100
      |||||||||| |||||| |||||||||||| || || |||||||||||||
seq2  GAAAGCTTTG-TGCATG-CTATTCTTATAT-TTTAGGATAATATATAAAC  1091

seq1  TTATATTAAGGTGGCATACATAGGGAGATATACATAGGGATGTGTGAAAA  1150
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||   |||||  ||
seq2  TTATATT-AGGTGGCATACA-AGGGAGATATACATTGG--AGTGTGGGAA  1137

seq1  ATAAGTGAATTTTGCATATAG  1171
      ||||||||  |||||||||||
seq2  ATAAGTGA--TTTGCATATAG  1156

seq1: chr12_54667873_54668964
seq2: B6Ng01-054P04.g_68_1148 (reverse)

seq1  CGCAGAGGCATGGGAGTTGTCTGACAGCACTGTACTAGGATGAAATTAGT  50
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| 
seq2  CGCAGA-GCATGGGAG-TGTCTGACAGCACTGTACTA-GATGAAA-TAG-  45

seq1  TGGAATTGCATGGTGAAATTAAGGGGAATGCAGCTGATTGCAGCCCTTCT  100
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGGAA-TGCATGGTGAAA-TAAGGGGAATGCAGCTGATTGCAG-CCTCCT  92

seq1  GGGAGAATCCTGGGTGAGAGGGACACTGTGCGTTGATCCCTGCGTAATTA  150
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGAGAATCCTGGGTGAGA-GGACACTGTGCGTTGAT-CCTGCGTAATTA  140

seq1  GGACAGCCATGTTTTAACAGTATTTCTAAAGTATTAAAATGGACTGGATA  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCCATGTTTTAACAGTA-TTCTAAAGTATTAAAATGGACTGGATA  189

seq1  AATCAGCGGGGCTGCTTCCAGTGAACTTGGCATCCATCCACTGTGACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCGGGGCTGCTTCCAGTGAACTTGGCATCCATCCACTGTGACTGA  239

seq1  AATAACATGAAATTTTTCGGCTGCTAGAGAATGTGAAATTGGACTAATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACATGAAATTTTTCGGCTGCTAGAGAATGTGAAATTGGACTAATTG  289

seq1  TCTTTTAACTAGTCTGCTCGACTGCTAGCCTGGAGCAGAGCTGAGTAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAACTAGTCTGCTCGACTGCTAGCCTGGAGCAGAGCTGAGTAGGG  339

seq1  TATCGGATGGTAGGCCTACAGCTGGGATGTGGGAAACTAAATTTGAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGGATGGTAGGCCTACAGCTGGGATGTGGGAAACTAAATTTGAGATG  389

seq1  ATTATCTTGGCCCATCTGAATAGATGTTCCATACCAAATCAGGTGTTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTTGGCCCATCTGAATAGATGTTCCATACCAAATCAGGTGTTACC  439

seq1  TACCATCACATATGTAACAGCTCGGACTTACACTGTCCTTCTGGAGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCACATATGTAACAGCTCGGACTTACACTGTCCTTCTGGAGGGAT  489

seq1  CCCTTCCTAAATATTTGAAGATCCCTTTGAAGATGCATTGCATTGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTAAATATTTGAAGATCCCTTTGAAGATGCATTGCATTGAAGAT  539

seq1  TGTGGAGGTCTAGCTTCCTTCACTTCCCTTATAATTGTGGCTCCTTTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGTCTAGCTTCCTTCACTTCCCTTATAATTGTGGCTCCTTTCTG  589

seq1  GGGGAAAAAAAAAAGATAAAAGGGTTTAGACCCTTCTGCATTTGCCTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAAAAAAAGATAAAAGGGTTTAGACCCTTCTGCATTTGCCTCTA  639

seq1  TCCTGTGCTCTCTTCTGAAGAGGGGTACTTCGACTGCACAAAAATGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCTCTCTTCTGAAGAGGGGTACTTCGACTGCACAAAAATGGGAT  689

seq1  ATTGGTGCTAATTGCTGATTCATGTCAGACAAATCCTTGTTACATAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGCTAATTGCTGATTCATGTCAGACAAATCCTTGTTACATAAGCA  739

seq1  CTGAGCGCTGTGACTCGCCCCATATTCAGGATTTACAGGTGATCAAGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCGCTGTGACTCGCCCCATATTCAGGATTTACAGGTGATCAAGGAG  789

seq1  AAATTTGGAGAGTTAAATGTCATGGTGGTGATGAAAAAGTGACTGGGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGGAGAGTTAAATGTCATGGTGGTGATGAAAAAGTGACTGGGAGT  839

seq1  CAGGATTAATATTCTGCTGTTCTTCATTATGGTAAGGTCTCTAGCTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTAATATTCTGCTGTTCTTCATTATGGTAAGGTCTCTAGCTCTCT  889

seq1  CTAGGCAGTATTATTTGGCTTTGGTTTTACTTTTTGATGTATATGTAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCAGTATTATTTGGCTTTGGTTTTACTTTTTGATGTATATGTAAGT  939

seq1  AAAAGTAGGATATCTGAGGCGCAGGCCTTAGAAGCTATCTCAGAGTGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGGATATCTGAGGCGCAGGCCTTAGAAGCTATCTCAGAGTGCTG  989

seq1  GAGTGTTCCTTCTTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGATTTTGGTTTTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTCCTTCTTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGATTTTGGTTTTTC  1039

seq1  GAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCGTGGCTGTCCTGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCGTGGCTGTCCTGGAATTC  1081