BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062I19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 48,425,359 - 48,571,831
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC664952, Nova1, LOC100039190
Downstream geneEG664891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062I19.bB6Ng01-062I19.g
ACCDH882911DH882912
length1,0991,034
definitionDH882911|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I19, 5' end.DH882912|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,425,359 - 48,426,467)(48,570,787 - 48,571,831)
sequence
gaattctcttccaggacgcagaagcactggcaaagacttgaaactcttgt
ggagtgttagactaaattattctcaaaaatctttgacacagcacattaag
aggaaagggacatttgctcatctacctattaagccacaggccttggaata
atgtccctctattctatagtacagacagaaggtttgatatgattgaattt
taaatgaaagacatccttcaaaaagacagactacataatggaaagcagtt
agagttgaaaataggctataaagatgaggtgttggcttctgcaaatagca
tctggaaccattgatgcttaggatgtgtccaaagctctgcctagagcttg
aaaaacaaatgtgaccaagagaaatctttggtaaaatttctatttaagac
agaatgaaaaggtctatttattattctaataatatttataatcatagaga
aaaatcattataaattctcacacacatttgtaggtatttagtaaaattca
ggctttgttccaggtgcctaaaatttcaataaagattgaggcagggcatt
gcacaatatgaactagaaagtaagaatgattaaagaggaaaggtgcaata
atggtctgggaaaagctgatggtcagagtagaagaatgggtatgagaaga
gaacatattattaaatcaattcataataacatatccctgtaattttagat
tattgcatctttcaatcctcattgtaaaaccttctagcagtatatggtga
ttaggataaactggtaacagtttgaagagtgagtcaatggaatgtttacc
tttaaatggggcatttgtattatatccccttttcttttttttttttccat
tttttattaggtatttcgctcatttacatttgcaatgctataccaaaagt
cccccatagccacccaccccctctcccctacccacccactccccttttat
ggccctggcgttccctgtactgggggcatataaagttgcgtgtcaatggg
cctctctttccagtgattggcgcctaggcatcttttggtgcatatgcagc
tagaggtcagagctcggtactggtagtcataatgttgttccactatagg
gaattcctgctgaaattggagactggaatgtagcaattagttggaggaag
tgtggaggagacatgtgtggtccactgggtatgggagcacaggggaaaat
gaggttacagcaagtgtgctgctttagggcttgggatgagacttgtccac
aggatagatttgcagttagcctacctgtttccctgggagaagtcactcat
taattttaggagtcttggattctaagtataagaaagttgtatggtgttag
attattatttttaaaggtgggaacaaaagactttctaactctttatgtac
atttcactagtttatgtaaagataagatagtagtagcggtctactttttg
ttccatctgcattagcagcataattaatttggggatagttttcatcccac
cagcagtggaggagtgttcctttttctccacatcctcaccaacatgtgtt
gtcaactgatgttttgatctttcctcttccttgtttatgcggaaaaggaa
gtctttttccatgtcacgtcacatatatcctaggcagctataccaccaga
agatgatttttgcacgacctgaagccttacccttaaagattcttaatata
tcttcagttatcagaatattttccagtcttatctcttgtctcccagggta
caaagcagtggtgtcttctagctctttcatgcttaacctacctgctgttc
ttttcaaactctgttcaaagaatgttaattgttcctggagctcaggtact
tatataattcatagctcaaggcataaataatagtcacacacttagcgaca
atccggcttttaaaatactattttcctctaaagctgctggcctaaaagac
atttgatctacattccaaataattgcagatgagaattttaagattgttcc
tccctgataacccaactccttatcttaagtacatacttaagtatatacat
aggtatgtatgtatgtatatgggtatgtatgtatacaggaagttcggcta
tccacgggaacccatgctccatttttgagagcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_48425359_48426467
seq2: B6Ng01-062I19.b_50_1148

seq1  GAATTCTCTTCCAGGACGCAGAAGCACTGGCAAAGACTTGAAACTCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCCAGGACGCAGAAGCACTGGCAAAGACTTGAAACTCTTGT  50

seq1  GGAGTGTTAGACTAAATTATTCTCAAAAATCTTTGACACAGCACATTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTTAGACTAAATTATTCTCAAAAATCTTTGACACAGCACATTAAG  100

seq1  AGGAAAGGGACATTTGCTCATCTACCTATTAAGCCACAGGCCTTGGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGGACATTTGCTCATCTACCTATTAAGCCACAGGCCTTGGAATA  150

seq1  ATGTCCCTCTATTCTATAGTACAGACAGAAGGTTTGATATGATTGAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCTCTATTCTATAGTACAGACAGAAGGTTTGATATGATTGAATTT  200

seq1  TAAATGAAAGACATCCTTCAAAAAGACAGACTACATAATGGAAAGCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAAGACATCCTTCAAAAAGACAGACTACATAATGGAAAGCAGTT  250

seq1  AGAGTTGAAAATAGGCTATAAAGATGAGGTGTTGGCTTCTGCAAATAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGAAAATAGGCTATAAAGATGAGGTGTTGGCTTCTGCAAATAGCA  300

seq1  TCTGGAACCATTGATGCTTAGGATGTGTCCAAAGCTCTGCCTAGAGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACCATTGATGCTTAGGATGTGTCCAAAGCTCTGCCTAGAGCTTG  350

seq1  AAAAACAAATGTGACCAAGAGAAATCTTTGGTAAAATTTCTATTTAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAATGTGACCAAGAGAAATCTTTGGTAAAATTTCTATTTAAGAC  400

seq1  AGAATGAAAAGGTCTATTTATTATTCTAATAATATTTATAATCATAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAAAAGGTCTATTTATTATTCTAATAATATTTATAATCATAGAGA  450

seq1  AAAATCATTATAAATTCTCACACACATTTGTAGGTATTTAGTAAAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCATTATAAATTCTCACACACATTTGTAGGTATTTAGTAAAATTCA  500

seq1  GGCTTTGTTCCAGGTGCCTAAAATTTCAATAAAGATTGAGGCAGGGCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGTTCCAGGTGCCTAAAATTTCAATAAAGATTGAGGCAGGGCATT  550

seq1  GCACAATATGAACTAGAAAGTAAGAATGATTAAAGAGGAAAGGTGCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATATGAACTAGAAAGTAAGAATGATTAAAGAGGAAAGGTGCAATA  600

seq1  ATGGTCTGGGAAAAGCTGATGGTCAGAGTAGAAGAATGGGTATGAGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTGGGAAAAGCTGATGGTCAGAGTAGAAGAATGGGTATGAGAAGA  650

seq1  GAACATATTATTAAATCAATTCATAATAACATATCCCTGTAATTTTAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATATTATTAAATCAATTCATAATAACATATCCCTGTAATTTTAGAT  700

seq1  TATTGCATCTTTCAATCCTCATTGTAAAACCTTCTAGCAGTATATGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCATCTTTCAATCCTCATTGTAAAACCTTCTAGCAGTATATGGTGA  750

seq1  TTAGGATAAACTGGTAACAGTTTGAAGAGTGAGTCAATGGAATGTTTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATAAACTGGTAACAGTTTGAAGAGTGAGTCAATGGAATGTTTACC  800

seq1  TTTAAATGGGGCATTTGTATTATATCCCCTTTTCTTTTTTTTTTTTTCCA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTAAATGGGGCATTTGTATTATATCCCCTTTTC-TTTTTTTTTTTTCCA  849

seq1  TTTTTTATTAGGTATTTCGCTCATTTACATTTGCAATGCTATACCAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTAGGTATTTCGCTCATTTACATTTGCAATGCTATACCAAAAG  899

seq1  TCCCCCATAGCCACCCACCCCCTCTCCCCTACCCACCCACTCCCCTTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCATAGCCACCCACCCCCTCTCCCCTACCCACCCACTCCCCTTTTA  949

seq1  TGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACT-GGGGCATATAAAGTTTGCGTGTCCAA  999
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TGGCCCTGGCGTT-CCCTGTACTGGGGGCATATAAAG-TTGCGTGT-CAA  996

seq1  TGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGCCTAGGCCATCTTTTGATGCATAT  1049
      ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TGGGCCTCTCTTTCCAGTGATTGGCGCCTAGG-CATCTTTTGGTGCATAT  1045

seq1  GCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTC  1099
      ||||||||||   |||||||   |||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  GCAGCTAGAGGTCAGAGCTC---GGTACTGG-TAG-TCATAATGTTGTTC  1090

seq1  CACCTATAGG  1109
      || |||||||
seq2  CA-CTATAGG  1099

seq1: chr12_48570787_48571831
seq2: B6Ng01-062I19.g_64_1097 (reverse)

seq1  TTGCTCTCAAAAAAGTTGGAGCAATATGATTACACAGTAGATTAAGAGAA  50
      |||||||||||||   ||||||   |||  | | | || |||  ||   |
seq2  TTGCTCTCAAAAA---TGGAGC---ATGGGTTC-CCGTGGAT--AGCCGA  41

seq1  TATACATGTATACATACATACACAATATACATACATACATACCTATGTAT  100
        | | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGTATACATACATAC-CCATATACATACATACATACCTATGTAT  90

seq1  ATACTTAAGTATGTACTTAAGATAAGGAGTTGGGTTATTCAGGGAGGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATACTTAAGTATGTACTTAAGATAAGGAGTTGGGTTA-TCAGGGAGGAAC  139

seq1  AATCTTAAAATTCTCATCTGCAATTATTTGGAATGTAGATCAAATGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTAAAATTCTCATCTGCAATTATTTGGAATGTAGATCAAATGTCTT  189

seq1  TTAGGCCAGCAGCTTTAGAGGAAAATAGTATTTTAAAAGCCGGATTGTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCCAGCAGCTTTAGAGGAAAATAGTATTTTAAAAGCCGGATTGTCG  239

seq1  CTAAGTGTGTGACTATTATTTATGCCTTGAGCTATGAATTATATAAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGTGTGACTATTATTTATGCCTTGAGCTATGAATTATATAAGTAC  289

seq1  CTGAGCTCCAGGAACAATTAACATTCTTTGAACAGAGTTTGAAAAGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCCAGGAACAATTAACATTCTTTGAACAGAGTTTGAAAAGAACA  339

seq1  GCAGGTAGGTTAAGCATGAAAGAGCTAGAAGACACCACTGCTTTGTACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTAGGTTAAGCATGAAAGAGCTAGAAGACACCACTGCTTTGTACCC  389

seq1  TGGGAGACAAGAGATAAGACTGGAAAATATTCTGATAACTGAAGATATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGACAAGAGATAAGACTGGAAAATATTCTGATAACTGAAGATATAT  439

seq1  TAAGAATCTTTAAGGGTAAGGCTTCAGGTCGTGCAAAAATCATCTTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATCTTTAAGGGTAAGGCTTCAGGTCGTGCAAAAATCATCTTCTGG  489

seq1  TGGTATAGCTGCCTAGGATATATGTGACGTGACATGGAAAAAGACTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATAGCTGCCTAGGATATATGTGACGTGACATGGAAAAAGACTTCCT  539

seq1  TTTCCGCATAAACAAGGAAGAGGAAAGATCAAAACATCAGTTGACAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGCATAAACAAGGAAGAGGAAAGATCAAAACATCAGTTGACAACAC  589

seq1  ATGTTGGTGAGGATGTGGAGAAAAAGGAACACTCCTCCACTGCTGGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGTGAGGATGTGGAGAAAAAGGAACACTCCTCCACTGCTGGTGGG  639

seq1  ATGAAAACTATCCCCAAATTAATTATGCTGCTAATGCAGATGGAACAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACTATCCCCAAATTAATTATGCTGCTAATGCAGATGGAACAAAA  689

seq1  AGTAGACCGCTACTACTATCTTATCTTTACATAAACTAGTGAAATGTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACCGCTACTACTATCTTATCTTTACATAAACTAGTGAAATGTACA  739

seq1  TAAAGAGTTAGAAAGTCTTTTGTTCCCACCTTTAAAAATAATAATCTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGTTAGAAAGTCTTTTGTTCCCACCTTTAAAAATAATAATCTAAC  789

seq1  ACCATACAACTTTCTTATACTTAGAATCCAAGACTCCTAAAATTAATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACAACTTTCTTATACTTAGAATCCAAGACTCCTAAAATTAATGAG  839

seq1  TGACTTCTCCCAGGGAAACAGGTAGGCTAACTGCAAATCTATCCTGTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTCCCAGGGAAACAGGTAGGCTAACTGCAAATCTATCCTGTGGA  889

seq1  CAAGTCTCATCCCAAGCCCTAAAGCAGCACACTTGCTGTAACCTCATTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCATCCCAAGCCCTAAAGCAGCACACTTGCTGTAACCTCATTTT  939

seq1  CCCCTGTGCTCCCATACCCAGTGGACCACACATGTCTCCTCCACACTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTGCTCCCATACCCAGTGGACCACACATGTCTCCTCCACACTTCC  989

seq1  TCCAACTAATTGCTACATTCCAGTCTCCAATTTCAGCAGGAATTC  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTAATTGCTACATTCCAGTCTCCAATTTCAGCAGGAATTC  1034