BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069H02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 12,680,409 - 12,810,608
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC628327, LOC627110, LOC100043209, D12Ertd553e
Downstream geneLOC100043215, Mycn, EG668473, LOC628449, Ddx1, LOC627199, LOC627189, LOC100043243, LOC100042396, LOC238091, EG633789, LOC668481
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069H02.bB6Ng01-069H02.g
ACCDH887752DH887753
length1,091481
definitionDH887752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069H02, 5' end.DH887753|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069H02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,680,409 - 12,681,518)(12,810,122 - 12,810,608)
sequence
gaattcaaaccatttgagtctccaaaatcggcaaaacacatctagggaga
agttttgcaactcccaaatggacaattttatggttcatttaatgctttgg
gacaatttgcctaatgacaagttcatgtaggaagattgaaagtgagtttt
atgcacaagtgcctggagtgacatgcatttggcctgtaacacatcatcaa
cagctaatgcctccccgaccccaagattgcctgaagactctatttttggc
aaaattgatcaagccatttccacaggttcctttaattttccagagacttg
cgggactatatcagggaacttatgaagagagagcctctcactgggagaag
atatgcatcattgggcatctctgtgggctctctcataagcagacttgaag
tacacagagtggcatatcaacagagcaatgacacattacatggaatctgc
tactaattacagactgttcttgtgataggaaactacaatgtaaaagaaac
aaaccaacaaccaccactacaacaaccaaaaaaaattaaataaaaccaaa
aaccttactctcagtggtactagggtagaaagagaaaacctgcacctatc
actaccagacagagattaacactttttatacagccatgttcattgctgtt
ccaaagtgctaaatgagcattttggggtcagtgacatgttcaaataactg
gaatttgcctgctatgtgcagttgtttgctttcgatttgctactccctaa
tgaaaaatattcctaaacaattacactgctaatcaatttatttttccttt
ctctgactattaagaatcaccttttgcctgacatgttttgtgctggcaga
gcaagccaacgaatgtctgtgtatttacaaacagttatgcttggttggct
gtaaatgacctgccaacactcacaaagtagtctgaggaagccactctgct
tccccagacctgattgtctcagatctaaaattagaagctaaattacaggt
cactcagccccttcaagctcatacttgtgtttgaactataattgcttcag
gatactgtcactttataagctactggaaattaggaggagtt
ccaagggcagggagggcaccttaggactctccatttcctgtctttctcag
gcagcaggtctcctgggactgtactgatgctctggtcatgaacttggctc
ccactccagcaccgtgtttctttggcagtgggcaatgcagtgaccctagc
tatccattctgttcttctgctgagaaagctaacccaggtcggggaatgtg
tctaaagggcttatttgccactttattttaaaataagaccagttaaaaag
attgaaaggataatgaagagagatcatttcaaattctcctttatttggtt
tcagtttttaaagtactgggaaacatgcttttaagaaaacatattcttaa
gaaaaggtgtgacaaatgtgcctggtgtttgacatgtgtgggtggcatgt
ggtatgtgtggtttgcatatgagatacatgttgcatgtgagtggtgtgca
tatttgtatatatatgtatatggtgaggtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_12680409_12681518
seq2: B6Ng01-069H02.b_46_1136

seq1  GAATTCAAACCATTTGAGTCTCCAAAATCGGCAAAACACATCTAGGGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCATTTGAGTCTCCAAAATCGGCAAAACACATCTAGGGAGA  50

seq1  AGTTTTGCAACTCCCAAATGGACAATTTTATGGTTCATTTAATGCTTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGCAACTCCCAAATGGACAATTTTATGGTTCATTTAATGCTTTGG  100

seq1  GACAATTTGCCTAATGACAAGTTCATGTAGGAAGATTGAAAGTGAGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTTGCCTAATGACAAGTTCATGTAGGAAGATTGAAAGTGAGTTTT  150

seq1  ATGCACAAGTGCCTGGAGTGACATGCATTTGGCCTGTAACACATCATCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAAGTGCCTGGAGTGACATGCATTTGGCCTGTAACACATCATCAA  200

seq1  CAGCTAATGCCTCCCCGACCCCAAGATTGCCTGAAGACTCTATTTTTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAATGCCTCCCCGACCCCAAGATTGCCTGAAGACTCTATTTTTGGC  250

seq1  AAAATTGATCAAGCCATTTCCACAGGTTCCTTTAATTTTCCAGAGACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGATCAAGCCATTTCCACAGGTTCCTTTAATTTTCCAGAGACTTG  300

seq1  CGGGACTATATCAGGGAACTTATGAAGAGAGAGCCTCTCACTGGGAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACTATATCAGGGAACTTATGAAGAGAGAGCCTCTCACTGGGAGAAG  350

seq1  ATATGCATCATTGGGCATCTCTGTGGGCTCTCTCATAAGCAGACTTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATCATTGGGCATCTCTGTGGGCTCTCTCATAAGCAGACTTGAAG  400

seq1  TACACAGAGTGGCATATCAACAGAGCAATGACACATTACATGGAATCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGTGGCATATCAACAGAGCAATGACACATTACATGGAATCTGC  450

seq1  TACTAATTACAGACTGTTCTTGTGATAGGAAACTACAATGTAAAAGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATTACAGACTGTTCTTGTGATAGGAAACTACAATGTAAAAGAAAC  500

seq1  AAACCAACAACCACCACTACAACAACCAAAAAAAATTAAATAAAACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACAACCACCACTACAACAACCAAAAAAAATTAAATAAAACCAAA  550

seq1  AACCTTACTCTCAGTGGTACTAGGGTAGAAAGAGAAAACCTGCACCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTACTCTCAGTGGTACTAGGGTAGAAAGAGAAAACCTGCACCTATC  600

seq1  ACTACCAGACAGAGATTAACACTTTTTATACAGCCATGTTCATTGCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCAGACAGAGATTAACACTTTTTATACAGCCATGTTCATTGCTGTT  650

seq1  CCAAAGTGCTAAATGAGCATTTTGGGGTCAGTGACATGTTCAAATAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTGCTAAATGAGCATTTTGGGGTCAGTGACATGTTCAAATAACTG  700

seq1  GAATTTGCCTGCTATGTGCAGTTGTTTGCTTTCGATTTGCTACTCCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGCCTGCTATGTGCAGTTGTTTGCTTTCGATTTGCTACTCCCTAA  750

seq1  TG-AAAATATTCCTAAACAATTACACTGCTAATCAATTTATTTTTCCTTT  799
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATATTCCTAAACAATTACACTGCTAATCAATTTATTTTTCCTTT  800

seq1  CTCTGAACTATTAAGAATCACCTTTTGCCTGACATGTTTTGTGCTGGCAG  849
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTG-ACTATTAAGAATCACCTTTTGCCTGACATGTTTTGTGCTGGCAG  849

seq1  AGCAAGCCAACGAATGTCTGTGTATTTACAAACAGTTATGC-TGGTTGGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGCAAGCCAACGAATGTCTGTGTATTTACAAACAGTTATGCTTGGTTGGC  899

seq1  TGTAAAATGACCTGCCAACACTCACAAGGTAGTCTGAGGAAGCCACTCTG  948
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGT-AAATGACCTGCCAACACTCACAAAGTAGTCTGAGGAAGCCACTCTG  948

seq1  CTTCCCCAGACCTGATTGTCTCAGATCTAAAATTAGAAGCTAAAATTACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTCCCCAGACCTGATTGTCTCAGATCTAAAATTAGAAGCT-AAATTACA  997

seq1  GGGTCACTCAGGCCCCTTCAAGCTCCAATACTTTGTGTTTGAACTTATTA  1048
       ||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||  
seq2  -GGTCACTCA-GCCCCTTCAAGCTC--ATAC-TTGTGTTTGAAC-TAT--  1039

seq1  ATTTGCTTCCAGGAATAACTGTCACTTTAATAAAGCTAACTGTGAAAAAT  1098
      | |||||| |||||   ||||||||||||   ||||| ||||    ||||
seq2  AATTGCTT-CAGGA--TACTGTCACTTTA--TAAGCT-ACTG---GAAAT  1080

seq1  TAGAGAGGAGTT  1110
      ||| ||||||||
seq2  TAG-GAGGAGTT  1091

seq1: chr12_12810122_12810608
seq2: B6Ng01-069H02.g_69_555 (reverse)

seq1  ATACCTCACCATATACATATATATACAAATATGCACACCACTCACATGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCACCATATACATATATATACAAATATGCACACCACTCACATGCA  50

seq1  ACATGTATCTCATATGCAAACCACACATACCACATGCCACCCACACATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTATCTCATATGCAAACCACACATACCACATGCCACCCACACATGT  100

seq1  CAAACACCAGGCACATTTGTCACACCTTTTCTTAAGAATATGTTTTCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCAGGCACATTTGTCACACCTTTTCTTAAGAATATGTTTTCTTA  150

seq1  AAAGCATGTTTCCCAGTACTTTAAAAACTGAAACCAAATAAAGGAGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGTTTCCCAGTACTTTAAAAACTGAAACCAAATAAAGGAGAATT  200

seq1  TGAAATGATCTCTCTTCATTATCCTTTCAATCTTTTTAACTGGTCTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGATCTCTCTTCATTATCCTTTCAATCTTTTTAACTGGTCTTATT  250

seq1  TTAAAATAAAGTGGCAAATAAGCCCTTTAGACACATTCCCCGACCTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAAAGTGGCAAATAAGCCCTTTAGACACATTCCCCGACCTGGGT  300

seq1  TAGCTTTCTCAGCAGAAGAACAGAATGGATAGCTAGGGTCACTGCATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTCTCAGCAGAAGAACAGAATGGATAGCTAGGGTCACTGCATTGC  350

seq1  CCACTGCCAAAGAAACACGGTGCTGGAGTGGGAGCCAAGTTCATGACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCCAAAGAAACACGGTGCTGGAGTGGGAGCCAAGTTCATGACCAG  400

seq1  AGCATCAGTACAGTCCCAGGAGACCTGCTGCCTGAGAAAGACAGGAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGTACAGTCCCAGGAGACCTGCTGCCTGAGAAAGACAGGAAATG  450

seq1  GAGAGTCCTAAGGTGCCCTCCCTGCCCTTGGGAATTC  487
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCCTAAGGTGCCCTCCCTGCCCTTGGGAATTC  487