BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071D17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 22,721,767 - 22,874,996
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG629133, EG668660, EG668662
Upstream gene6030426L16Rik, LOC434693, EG668645, EG668646, LOC100043416, LOC668650, EG668496, LOC668653, EG432637, LOC668656
Downstream geneLOC668664, 2410018L13Rik, LOC77114, EG668669, EG668670, LOC668680, LOC100042895, LOC100043435, EG628081
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071D17.bB6Ng01-071D17.g
ACCDH888988DH888989
length1,0691,161
definitionDH888988|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071D17, 5' end.DH888989|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071D17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,721,767 - 22,722,836)(22,873,818 - 22,874,996)
sequence
gaattcaggcagaactattaagcatagataattttttttttgcctcaggc
cagccttttccttttttatttttattaacagcagggaggagatgtagtct
ccccttcctgaaacctgcttgctcaggggtggagcttcccactcaatcgt
tctgccacgcccactgctggaacctgccgctttgctgttcagagctgtgc
acgtgatcaccctgctattagacccaaagattaattggtgggaatcgagc
cccttcccctgcttcataactgcgctttgatcagaatgcctgtcttagct
gcatttctttctctctccgcctagcccctcttctcttccaggtttccaaa
atgcctttccaggttagaacccaggctgtgatctgctggccagacacaac
atatatgtttcacttgatgtagccttgtctaaaaggactgttatgttcta
ggttttagatgttcagcctgagaggaaacagtatgagtaacagttaatct
aataccagatcctcgactctggacccatattttacgataattttggggat
tatgattacatcattcctacctcctgtgatcaatcagtaaacacatctaa
tgcctgcagctggcaagaagaaaggttgatggcatttcagttcccagcct
tggtgtctttggaagagaccatgaaggagagggaagaagaagcaggaaaa
gggtcccatgggtggatggattgggagagcatggccaggagggctagcct
gagagtatgagcagcctgggcagaatatggcaagtgagccgggcgtggtg
gcactcgcctttaatcccaacacttgagaagcagaggcaggcggatttct
gagttctaggccagctttgtctacaatgtgagttccaggacagccagggc
tatacagagaaaccctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaagaatatggcga
gtgatatctcaaggttcttactaaagaagtagagaaattagcatagagga
atggtatatgccccatgatggtgctttaatgcttaataatattattaagt
cataataattatttcttat
gaattcaggtcctctgaaacagtagcagttgtttgtaagcacagagccag
gtttacaggcctcagagtcctgcccctgtttttgagtcagggcctctctc
tgaacccagagagtacttttcaccattttgtctagactagccagccagaa
cgaccctagaattggttcctgttgtctctatcccacagtgcaagggtcac
agcaaacaaggacatatgtggcgctttacacaggtgctggggatctgaac
ccaggtccttatgcttacacacagggagcactccatctctcagactgcgg
ggtcctgcatttctgtatttaatactttgccaccgtgagcccccacagtg
gcccaaaacaaggcagagtacacacactgtttataactgtgaatcggggc
tgcatgacatttcaaaggctctgcgtgagacccaagagactcttcctatc
ctgaaggctcaaacactttgtgacctccagggttagggactcaggaagaa
atgtgagggatgtggatgaattagtcttctataaagctccattctggcac
aatagtgacagtagaatagacactcaggaatgtgtcacactaggggtgtt
cacttgccagatgctgatgtccctccttttagacagcaatccagctatgg
ggtcccaagtaaggcttcttgttgcttcccaagaggtcattatcatcaaa
aaggctcatcaccagaccagaccttttacaggcccctgcttctgtatggg
accagcaggacatctgggcagctagttctcagcggtggaggaggggaaag
caaaaagcaatgtgtgggtgtgtgccagggccagagctaaggagaactca
ctgtcctgcagcacacaacagctgcccaatgaggaagtgatagtatcccc
acagggacagaggtcggccaggtaacatggagcacaaccaagatgaccaa
cccaagcagattagaactggcatggggatagctggaagacatgaaaggca
ggcagatccaggccctcccgttctcactatgtccagcttaaaggaaacct
tagggattagcagttcaatatcaggaacattcatgctcacttgccaggta
gagctcaggctggccgaggaacagaacctgtgttatcaaacagtcttctt
tctgtgggctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_22721767_22722836
seq2: B6Ng01-071D17.b_45_1113

seq1  GAATTCAGGCAGAACTATTAAGCATAGATAATTTTTTTTTTGCCTCAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAGAACTATTAAGCATAGATAATTTTTTTTTTGCCTCAGGC  50

seq1  CAGCCTTTTCCTTTTTTATTTTTATTAACAGCAGGGAGGAGATGTAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTTCCTTTTTTATTTTTATTAACAGCAGGGAGGAGATGTAGTCT  100

seq1  CCCCTTCCTGAAACCTGCTTGCTCAGGGGTGGAGCTTCCCACTCAATCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCCTGAAACCTGCTTGCTCAGGGGTGGAGCTTCCCACTCAATCGT  150

seq1  TCTGCCACGCCCACTGCTGGAACCTGCCGCTTTGCTGTTCAGAGCTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCACGCCCACTGCTGGAACCTGCCGCTTTGCTGTTCAGAGCTGTGC  200

seq1  ACGTGATCACCCTGCTATTAGACCCAAAGATTAATTGGTGGGAATCGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGATCACCCTGCTATTAGACCCAAAGATTAATTGGTGGGAATCGAGC  250

seq1  CCCTTCCCCTGCTTCATAACTGCGCTTTGATCAGAATGCCTGTCTTAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCCTGCTTCATAACTGCGCTTTGATCAGAATGCCTGTCTTAGCT  300

seq1  GCATTTCTTTCTCTCTCCGCCTAGCCCCTCTTCTCTTCCAGGTTTCCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTTTCTCTCTCCGCCTAGCCCCTCTTCTCTTCCAGGTTTCCAAA  350

seq1  ATGCCTTTCCAGGTTAGAACCCAGGCTGTGATCTGCTGGCCAGACACAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTTCCAGGTTAGAACCCAGGCTGTGATCTGCTGGCCAGACACAAC  400

seq1  ATATATGTTTCACTTGATGTAGCCTTGTCTAAAAGGACTGTTATGTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTTCACTTGATGTAGCCTTGTCTAAAAGGACTGTTATGTTCTA  450

seq1  GGTTTTAGATGTTCAGCCTGAGAGGAAACAGTATGAGTAACAGTTAATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAGATGTTCAGCCTGAGAGGAAACAGTATGAGTAACAGTTAATCT  500

seq1  AATACCAGATCCTCGACTCTGGACCCATATTTTACGATAATTTTGGGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAGATCCTCGACTCTGGACCCATATTTTACGATAATTTTGGGGAT  550

seq1  TATGATTACATCATTCCTACCTCCTGTGATCAATCAGTAAACACATCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTACATCATTCCTACCTCCTGTGATCAATCAGTAAACACATCTAA  600

seq1  TGCCTGCAGCTGGCAAGAAGAAAGGTTGATGGCATTTCAGTTCCCAGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCAGCTGGCAAGAAGAAAGGTTGATGGCATTTCAGTTCCCAGCCT  650

seq1  TGGTGTCTTTGGAAGAGACCATGAAGGAGAGGGAAGAAGAAGCAGGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTTTGGAAGAGACCATGAAGGAGAGGGAAGAAGAAGCAGGAAAA  700

seq1  GGGTCCCATGGGTGGATGGATTGGGAGAGCATGGCCAGGAGGGCTAGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCATGGGTGGATGGATTGGGAGAGCATGGCCAGGAGGGCTAGCCT  750

seq1  GAGAGTATGAGCAGCCTGGGCAGAATATGGCAAGTGAGCCGGGCGTGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTATGAGCAGCCTGGGCAGAATATGGCAAGTGAGCCGGGCGTGGTG  800

seq1  GCACTCGCCTTTAATCCCAACACTTGAGAAGCAGAGGCAGGCGGATTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCGCCTTTAATCCCAACACTTGAGAAGCAGAGGCAGGCGGATTTCT  850

seq1  GAGTTCTAGGCCAGCTTTGTCTACAATGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTAGGCCAGCTTTGTCTACAATGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  900

seq1  TATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATATGGC  950
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAGAAACCCTGTCTC--AAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATATGGC  948

seq1  GAGTGATATCTCAAGGTTCTTACTAAAGAAGTAGAGAAATTAGCATAGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATATCTCAAGGTTCTTACTAAAGAAGTAGAGAAATTAGCATAGAG  998

seq1  GAATGGTATATGCCCCATGATGGTGCTTTAATGCTTATAATTATTATT-A  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |
seq2  GAATGGTATATGCCCCATGATGGTGCTTTAATGCTTAATAATATTATTAA  1048

seq1  GTCATAATTATTATTTCTTAT  1070
      |||||||| ||||||||||||
seq2  GTCATAATAATTATTTCTTAT  1069

seq1: chr12_22873818_22874996
seq2: B6Ng01-071D17.g_67_1227 (reverse)

seq1  CAGCCCACAGGAAGAAGACTGTTTGTATAACACAGGTGTCTGTTCCTCTG  50
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
seq2  CAGCCCACAGAAAGAAGACTGTTTG-ATAACACAGGT-TCTGTTCCTC-G  47

seq1  GCTCAGCCTTGAGCTTCTACTGTGCAGTTGAGCATTGATTGTATCCTGAT  100
      || ||||| ||||| |||||   |||  |||||| ||| ||| |||||||
seq2  GC-CAGCC-TGAGC-TCTACCTGGCAAGTGAGCA-TGAATGT-TCCTGAT  92

seq1  ATTTGGACTTGCTAATTCCCTAAGGTTTCCTTTAAGCTGGACATTAGGTG  150
      |||  ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  ATT--GAACTGCTAA-TCCCTAAGGTTTCCTTTAAGCTGGACAT--AGTG  137

seq1  AGGAACGTGAGGGCCTGGATCTGCCCTGCCTTTCATGTCTTTCCAGCTAT  200
      | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  A-GAACGGGAGGGCCTGGATCTG-CCTGCCTTTCATGTC-TTCCAGCTAT  184

seq1  CCCCATTGCCAGTTCCTAATCTGCTTGGGTTGGTCATCTTGGTTGTGCTC  250
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCA-TGCCAGTT-CTAATCTGCTTGGGTTGGTCATCTTGGTTGTGCTC  232

seq1  CATGTTACCTGGCCGACCTCTGTCCCTGTGGGGATACTATCACTTCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTACCTGGCCGACCTCTGTCCCTGTGGGGATACTATCACTTCCTCA  282

seq1  TTGGGCAGCTGTTGTGTGCTGCAGGACAGTGAGTTCTCCTTAGCTCTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAGCTGTTGTGTGCTGCAGGACAGTGAGTTCTCCTTAGCTCTGGC  332

seq1  CCTGGCACACACCCACACATTGCTTTTTGCTTTCCCCTCCTCCACCGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCACACACCCACACATTGCTTTTTGCTTTCCCCTCCTCCACCGCTG  382

seq1  AGAACTAGCTGCCCAGATGTCCTGCTGGTCCCATACAGAAGCAGGGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTAGCTGCCCAGATGTCCTGCTGGTCCCATACAGAAGCAGGGGCCT  432

seq1  GTAAAAGGTCTGGTCTGGTGATGAGCCTTTTTGATGATAATGACCTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGGTCTGGTCTGGTGATGAGCCTTTTTGATGATAATGACCTCTTG  482

seq1  GGAAGCAACAAGAAGCCTTACTTGGGACCCCATAGCTGGATTGCTGTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAACAAGAAGCCTTACTTGGGACCCCATAGCTGGATTGCTGTCTA  532

seq1  AAAGGAGGGACATCAGCATCTGGCAAGTGAACACCCCTAGTGTGACACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGGACATCAGCATCTGGCAAGTGAACACCCCTAGTGTGACACAT  582

seq1  TCCTGAGTGTCTATTCTACTGTCACTATTGTGCCAGAATGGAGCTTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTGTCTATTCTACTGTCACTATTGTGCCAGAATGGAGCTTTATA  632

seq1  GAAGACTAATTCATCCACATCCCTCACATTTCTTCCTGAGTCCCTAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTAATTCATCCACATCCCTCACATTTCTTCCTGAGTCCCTAACCC  682

seq1  TGGAGGTCACAAAGTGTTTGAGCCTTCAGGATAGGAAGAGTCTCTTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCACAAAGTGTTTGAGCCTTCAGGATAGGAAGAGTCTCTTGGGT  732

seq1  CTCACGCAGAGCCTTTGAAATGTCATGCAGCCCCGATTCACAGTTATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGCAGAGCCTTTGAAATGTCATGCAGCCCCGATTCACAGTTATAAA  782

seq1  CAGTGTGTGTACTCTGCCTTGTTTTGGGCCACTGTGGGGGCTCACGGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTGTACTCTGCCTTGTTTTGGGCCACTGTGGGGGCTCACGGTGG  832

seq1  CAAAGTATTAAATACAGAAATGCAGGACCCCGCAGTCTGAGAGATGGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATTAAATACAGAAATGCAGGACCCCGCAGTCTGAGAGATGGAGT  882

seq1  GCTCCCTGTGTGTAAGCATAAGGACCTGGGTTCAGATCCCCAGCACCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTGTGTGTAAGCATAAGGACCTGGGTTCAGATCCCCAGCACCTGT  932

seq1  GTAAAGCGCCACATATGTCCTTGTTTGCTGTGACCCTTGCACTGTGGGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCGCCACATATGTCCTTGTTTGCTGTGACCCTTGCACTGTGGGAT  982

seq1  AGAGACAACAGGAACCAATTCTAGGGTCGTTCTGGCTGGCTAGTCTAGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAACAGGAACCAATTCTAGGGTCGTTCTGGCTGGCTAGTCTAGAC  1032

seq1  AAAATGGTGAAAAGTACTCTCTGGGTTCAGAGAGAGGCCCTGACTCAAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTGAAAAGTACTCTCTGGGTTCAGAGAGAGGCCCTGACTCAAAA  1082

seq1  ACAGGGGCAGGACTCTGAGGCCTGTAAACCTGGCTCTGTGCTTACAAACA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGCAGGACTCTGAGGCCTGTAAACCTGGCTCTGTGCTTACAAACA  1132

seq1  ACTGCTACTGTTTCAGAGGACCTGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTACTGTTTCAGAGGACCTGAATTC  1161