BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071N21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 60,743,026 - 60,897,953
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665644
Upstream geneLOC100040183, Sec23a, Sip1, Trappc6b, Pnn, EG544872, Mia2, Mgea6, Fbxo33, LOC665628, LOC238199, LOC665639
Downstream geneEG622488, LOC665665, Ppia-ps12_475.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071N21.bB6Ng01-071N21.g
ACCDH889441DH889442
length1,1531,150
definitionDH889441|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071N21, 5' end.DH889442|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071N21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,896,789 - 60,897,953)(60,743,026 - 60,744,204)
sequence
gaattctttggaacagattactaagtgtggccttgttggaggaggtgggt
gtgccactgcggttggctttgaagtttcaaaatcccaaaccattgctatt
agctccttctttgtcctgtgcttgtggatcacatgtggctttctttcacc
tccctgcctgctgtgcctactgtcatgcttccggccatgatggccatgga
ctctccctgtgaaactgtaagcatgctttcatgctttattctacgtgttg
ccttggtcatgatgttctgtcacagaacagaacagtagctaaaacagtta
acttgccagttacctcctgaaaatcgtcaggagataatttattgtaaaat
tattatcctgccaacaaaatgattaacaaaagaaccaaaaattattggct
gagaatgagaaaactaaatattattaatgaatacaatagtacagaatgaa
aacatggtgcttcggtgtttttctaacacatgttctggaaaacttttttc
ttcctcaaatgaagcatcaaggaagtggtctgcattttttaagcacttga
gaagcagagattgaggaaatctgtgtgaattttgaaatcagcttggtcta
catagtaattttcaaaccagctatggctggagagtaaggatctggagaca
gagacacagatacagagacacagagaaagacagagactgacggggggacc
tacaaaagggacggacattcaggaagttgggagtgattattagtaggaaa
agaaatactcaaattgtccaagttcacgtctaaattaaataaaaaattaa
agtctatgcctcttcctatgacatatcctaataacctagtaacaatgcag
ctccctctgcttcgcttgttttgagctgtgattgcaacagttcttacact
cacgcacaattaaccccaaaggtcccacttggatttcttcctctttatca
gcaatatccactgtgctctgggttcctttcatctcttctgtattgctact
acttgacaataaatttaagtatgaagatataacagttaaatctgtcttca
ctatttttagctctgagtcttggtactaccccgagactcagttccctctt
cttataaatgaagacccgagtgtttactgcaggagctgacgaagctaaca
aac
gaattcctgtttgtgctgagcctacattttaggacagtggttctcaggta
ttggtgcatatcaggaaaacctgaaaagacttggcaactcctcaggatta
agttttatagatgcaaactaactcatcacttacagggatgaacacaggaa
tcagtattattttgtgaaatgtgcaagatgatttcaaagtacctctatgt
ttgaggacctaagcttagtctataggcacgggtattcattgtcatgcatg
ggagtgaccaatgggaagggtctgttaaaaccctttttgttttgtatttt
taatttttgtttttgtggttttgattattaaatttgtgttttgattcaat
aatctgaaattttgcattttcttatctttctcagtgttgctgatttatgg
actgcattatgagaaggatggatatggaggcttgacactaaatgcgtggt
gctaagtcctttggatgagctttacctaggagcttgttagaaatatagga
tctacagccaggtttggtggcacacacttgataatgtcaacaggcaagaa
gcaaaggcaaagtggaattctgtaaacttgaggccagcctggtctgcata
ctcagtgtacatactcaattctatagcagccagggctacatagtgagacc
ctgtcagcaaacacacaaacaaacaaataaacaacaattaaaatgcaaaa
gaaaaaaagaagagagaaaatagagctgcaagctggctgataccaggccc
agtggaatctggaattggaatttgttgtttaacaggatccccatatgatc
aaataggaatttaaatttgtaaatacttactacactttagtggacctttt
ctgtgcagttaagcaaagccaactacagactgattattgttctatatgtt
ccctttaactaactaatgccataaatgttttcaaaacaaaacactgcact
cttgatatctgtttgtttgttgtttgtttgttgtttgttttgatgcatgg
tcttagttatagcccagtgagtcttgaacttatgatgacttctgccttgg
ttaagtgctgagtcccaggcatgactatacagcagatcttataatctttt
ccactcgagtcagtaaatcaccgatagctagtctcattaccttgctagaa

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_60896789_60897953
seq2: B6Ng01-071N21.b_48_1200 (reverse)

seq1  GTTTGTTAGACTCTCTGTCAGCTTCCTGCAGTAAACACTCGTGTCTTCAT  50
      |||||||||   ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTTTGTTAG---CTTCGTCAGC-TCCTGCAGTAAACACTCGGGTCTTCAT  46

seq1  TTTATAGAAGAGGGAACTGAGTCTCGGGGTTAGTTAACCAAGACTCAGAG  100
      ||   |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||
seq2  TTATAAGAAGAGGGAACTGAGTCTCGGGG-TAGT--ACCAAGACTCAGAG  93

seq1  CTAAAAATAGTGAAGACAGGATTTAAACTGTTATATCTTCATAACTTAAA  150
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTAAAAATAGTGAAGACA-GATTT-AACTGTTATATCTTCAT-ACTTAAA  140

seq1  TTTATTGTCAAGTAGTAGCAATAACAGAAGAGATGAAAGGAACCCAGAGC  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTCAAGTAGTAGCAAT-ACAGAAGAGATGAAAGGAACCCAGAGC  189

seq1  ACAGTGGATATTGCTGATAAAGAGGAAGAAATCCAAGTGGGACCTTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGATATTGCTGATAAAGAGGAAGAAATCCAAGTGGGACCTTTGGG  239

seq1  GTTAATTGTGCGTGAGTGTAAGAACTGTTGCAATCACAGCTCAAAACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTGTGCGTGAGTGTAAGAACTGTTGCAATCACAGCTCAAAACAAG  289

seq1  CGAAGCAGAGGGAGCCTGCATTGTTACTAGGTTATTAGGATATGTCATAG  350
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCAGAGGGAG-CTGCATTGTTACTAGGTTATTAGGATATGTCATAG  338

seq1  GAAGAGGCATAGACTTTAATTTTTTATTTAATTTAGACGTGAACTTGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGCATAGACTTTAATTTTTTATTTAATTTAGACGTGAACTTGGAC  388

seq1  AATTTGAGTATTTCTTTTCCTACTAATAATCACTCCCAACTTCCTGAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAGTATTTCTTTTCCTACTAATAATCACTCCCAACTTCCTGAATG  438

seq1  TCCGTCCCTTTTGTAGGTCCCCCCGTCAGTCTCTGTCTTTCTCTGTGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCCCTTTTGTAGGTCCCCCCGTCAGTCTCTGTCTTTCTCTGTGTCT  488

seq1  CTGTATCTGTGTCTCTGTCTCCAGATCCTTACTCTCCAGCCATAGCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTGTGTCTCTGTCTCCAGATCCTTACTCTCCAGCCATAGCTGGT  538

seq1  TTGAAAATTACTATGTAGACCAAGCTGATTTCAAAATTCACACAGATTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATTACTATGTAGACCAAGCTGATTTCAAAATTCACACAGATTTC  588

seq1  CTCAATCTCTGCTTCTCAAGTGCTTAAAAAATGCAGACCACTTCCTTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCTCTGCTTCTCAAGTGCTTAAAAAATGCAGACCACTTCCTTGAT  638

seq1  GCTTCATTTGAGGAAGAAAAAAGTTTTCCAGAACATGTGTTAGAAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATTTGAGGAAGAAAAAAGTTTTCCAGAACATGTGTTAGAAAAACA  688

seq1  CCGAAGCACCATGTTTTCATTCTGTACTATTGTATTCATTAATAATATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGCACCATGTTTTCATTCTGTACTATTGTATTCATTAATAATATTT  738

seq1  AGTTTTCTCATTCTCAGCCAATAATTTTTGGTTCTTTTGTTAATCATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTCATTCTCAGCCAATAATTTTTGGTTCTTTTGTTAATCATTTT  788

seq1  GTTGGCAGGATAATAATTTTACAATAAATTATCTCCTGACGATTTTCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCAGGATAATAATTTTACAATAAATTATCTCCTGACGATTTTCAGG  838

seq1  AGGTAACTGGCAAGTTAACTGTTTTAGCTACTGTTCTGTTCTGTGACAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACTGGCAAGTTAACTGTTTTAGCTACTGTTCTGTTCTGTGACAGA  888

seq1  ACATCATGACCAAGGCAACACGTAGAATAAAGCATGAAAGCATGCTTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGACCAAGGCAACACGTAGAATAAAGCATGAAAGCATGCTTACA  938

seq1  GTTTCACAGGGAGAGTCCATGGCCATCATGGCCGGAAGCATGACAGTAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACAGGGAGAGTCCATGGCCATCATGGCCGGAAGCATGACAGTAGG  988

seq1  CACAGCAGGCAGGGAGGTGAAAGAAAGCCACATGTGATCCACAAGCACAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGGCAGGGAGGTGAAAGAAAGCCACATGTGATCCACAAGCACAG  1038

seq1  GACAAAGAAGGAGCTAATAGCAATGGTTTGGGATTTTGAAACTTCAAAGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGAAGGAGCTAATAGCAATGGTTTGGGATTTTGAAACTTCAAAGC  1088

seq1  CAACCGCAGTGGCACACCCACCTCCTCCAACAAGGCCACACTTAGTAATC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCGCAGTGGCACACCCACCTCCTCCAACAAGGCCACACTTAGTAATC  1138

seq1  TGTTCCAAAGAATTC  1165
      |||||||||||||||
seq2  TGTTCCAAAGAATTC  1153

seq1: chr12_60743026_60744204
seq2: B6Ng01-071N21.g_67_1216

seq1  GAATTCCTGTTTGTGCTGAGCCTACATTTTAGGACAGTGGTTCTCAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTTTGTGCTGAGCCTACATTTTAGGACAGTGGTTCTCAGGTA  50

seq1  TTGGTGCATATCAGGAAAACCTGAAAAGACTTGGCAACTCCTCAGGATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCATATCAGGAAAACCTGAAAAGACTTGGCAACTCCTCAGGATTA  100

seq1  AGTTTTATAGATGCAAACTAACTCATCACTTACAGGGATGAACACAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATAGATGCAAACTAACTCATCACTTACAGGGATGAACACAGGAA  150

seq1  TCAGTATTATTTTGTGAAATGTGCAAGATGATTTCAAAGTACCTCTATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTATTTTGTGAAATGTGCAAGATGATTTCAAAGTACCTCTATGT  200

seq1  TTGAGGACCTAAGCTTAGTCTATAGGCACGGGTATTCATTGTCATGCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACCTAAGCTTAGTCTATAGGCACGGGTATTCATTGTCATGCATG  250

seq1  GGAGTGACCAATGGGAAGGGTCTGTTAAAACCCTTTTTGTTTTGTATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGACCAATGGGAAGGGTCTGTTAAAACCCTTTTTGTTTTGTATTTT  300

seq1  TAATTTTTGTTTTTGTGGTTTTGATTATTAAATTTGTGTTTTGATTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTGTTTTTGTGGTTTTGATTATTAAATTTGTGTTTTGATTCAAT  350

seq1  AATCTGAAATTTTGCATTTTCTTATCTTTCTCAGTGTTGCTGATTTATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAAATTTTGCATTTTCTTATCTTTCTCAGTGTTGCTGATTTATGG  400

seq1  ACTGCATTATGAGAAGGATGGATATGGAGGCTTGACACTAAATGCGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATTATGAGAAGGATGGATATGGAGGCTTGACACTAAATGCGTGGT  450

seq1  GCTAAGTCCTTTGGATGAGCTTTACCTAGGAGCTTGTTAGAAATATAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTCCTTTGGATGAGCTTTACCTAGGAGCTTGTTAGAAATATAGGA  500

seq1  TCTACAGCCAGGTTTGGTGGCACACACTTGATAATGTCAACAGGCAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGCCAGGTTTGGTGGCACACACTTGATAATGTCAACAGGCAAGAA  550

seq1  GCAAAGGCAAAGTGGAATTCTGTAAACTTGAGGCCAGCCTGGTCTGCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGCAAAGTGGAATTCTGTAAACTTGAGGCCAGCCTGGTCTGCATA  600

seq1  CTCAGTGTACATACTCAATTCTATAGCAGCCAGGGCTACATAGTGAGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGTACATACTCAATTCTATAGCAGCCAGGGCTACATAGTGAGACC  650

seq1  CTGTCAGCAAACACACAAACAAACAAATAAACAACAATTAAAATGCAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCAAACACACAAACAAACAAATAAACAACAATTAAAATGCAAAA  700

seq1  GAAAAAAAGAAGAGAGAAAATAGAGCTGCAAGCTGGCTGATACCAGGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAGAAGAGAGAAAATAGAGCTGCAAGCTGGCTGATACCAGGCCC  750

seq1  AGTGGAATCTGGAATTGGAATTTGTTGTTTAACAGGATCCCCATATGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAATCTGGAATTGGAATTTGTTGTTTAACAGGATCCCCATATGATC  800

seq1  AAATAGGAATTTAAATTTGTAAATACTTACTACACTTTAGTGGACCTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGAATTTAAATTTGTAAATACTTACTACACTTTAGTGGACCTTTT  850

seq1  CTGTGCAGTTAAGCAAAGCCAACTACAGACTGATTATTGTTCTATATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGTTAAGCAAAGCCAACTACAGACTGATTATTGTTCTATATGTT  900

seq1  CCCTTTAACTAACTAATGCCATAAATGTTTTCAAAACAAAACACTGCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAACTAACTAATGCCATAAATGTTTTCAAAACAAAACACTGCACT  950

seq1  CTTGATAATCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGATGCA  1000
      |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTGAT-ATCTGTTTGTTTG-TTGTTTGTTTG-TTGTTTGTTTTGATGCA  997

seq1  TGGTCTTAGGTTATAGCCCAGGTGAGTCTTGAACTTATGATGAACTTCTT  1050
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TGGTCTTA-GTTATAGCCCA-GTGAGTCTTGAACTTATGATG-ACTTC-T  1043

seq1  GCCTTGGTTTTAAAGTGCTGAGTCCACAGGCATGACCTATTACAGCCAGA  1100
      |||||||||   ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||
seq2  GCCTTGGTT---AAGTGCTGAGTCC-CAGGCATGA-CTA-TACAG-CAGA  1086

seq1  TCTTATATATCTTTTTCTACATCAGAAGTTCTAGTAAATATCAACGATAG  1150
      ||||||| ||| ||||| ||   ||    || |||||  |||| ||||||
seq2  TCTTATA-ATC-TTTTCCACTCGAG----TC-AGTAA--ATCACCGATAG  1127

seq1  CTAAGGTTCTTCATTATACCTTGCTAGAA  1179
      |||  ||   ||||  |||||||||||||
seq2  CTA--GT--CTCAT--TACCTTGCTAGAA  1150