BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078B04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 104,248,214 - 104,389,975
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9030205A07Rik, LOC667269
Upstream geneSlc24a4, Rin3, Lgmn, Golga5, Chga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c
Downstream genePrima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078B04.bB6Ng01-078B04.g
ACCDH893876DH893877
length1,221996
definitionDH893876|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B04, 5' end.DH893877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,248,214 - 104,249,438)(104,388,966 - 104,389,975)
sequence
gaattcattttacattttaatcttaataaaagtcttcgtattgtagggat
cccctctcaattatttctgggataaaaatatcctttgtcgaaaacgtgtt
gtactaaataactttcatcagagctaattttgagtacttatggagctatg
gagtctattccattaaaaagagacgattttaatatagcgtttgatgccat
catgaacaggccacttaaagatgtgttaaaaccagtgtgcaagtggatat
catgattatacaacaattaggtgaattttgaagactgtttgctttgcaat
tggacatttgtcgtcgtaggataaatgttattcacagattcaaaagagtc
ctttgtttcaaacaactcagctcaatgtgaagagggtagactttggaaag
ccgaaattgattctcacgataatgaagacacttgtgggggctccgggcga
aggtttgagtacacatgagcactgaaaaccatctaaaagccaacgtgata
atttttacaatatgttatttaagatttctatgtgtaattgaatatgatgt
tatacattatatggagcttgtttgccctgctctctaagtgttgatatgtt
ttagttgggctcccagttccttatgaggttaaccattcacatgtttaagt
gtcctttaagttaagtttgggaatagagatccctcctaggcacaactctg
acaaagtcattatattctggttttatgttttctcatgcagctatgcgtta
gattgcgttagaattttttttctaacagtggcaagaaatggtagcatttg
tatgcaagaagttttgtggttttatctcaattcatttctattgtcttagg
ggctggggctatggcttagtttgtcgtattttcttgacaaggccctggag
ttgatcaccagcattacataaactatatgtagtttgtccaagcctgtatc
cccagctctgattagtagaagcaggaggatcaagaatttaaagtcatcct
gagttcgtagaagcctgaggctagcctcagctacaaagagacaccatcta
aaaagaaagaaagaaggggtcagtcttacctcagttcatttggagccttc
tcaggaggcttctttcaaggatctttgtaatgggagcagtaggtactctc
atatctaggaaatggatttgcacctaattgaagattttggtttcagtgtt
cctcggagagaaggcattccg
gaattctaggtaaacacttctttttctcttgtatcattttaaagactttc
ccactggaacctacttccctctgggattgtaaggtttgctgttaagtcta
ttttcagagtgtttgctctctcagttgctcttaaaacatttctttttcct
gcttgttccagtcacagctggtcatataaactaacatgtgcaggtgagtg
tatgcaggtgagtgtgtacaggtgagtggacacaggtgagtggacacagg
tgagtgtgtacaggtgagtgaacacaggtgagtgtgtgcaggtgagtgga
cacaggtgagtgtgtgcaggtgagtgtacacaggtgagtgtgtgcaggtg
agtggacacaggtgagtgtgtgcaggtgagtagacacaggtgagtgtgtg
caggtgagtgggcacaagtgggaggattgtaatacttttggacacattgt
atcccaaatcagaggactgatggttttcattaactagggaaatgacaaaa
gcccagtctatgtttctacagactcctaatgtgagttagatctttatatc
tgacctctttttatttttgtctcaatgttttttgatgtctttctgctttt
ccatgtctccaattttccctttaagctatctctaatttgctctttaacct
gtcaattcacttttttacctttagtgattatctttcacttttattaagat
taaattgccctgattctttttttttttttaatgactgaaccctgttccag
gttgtttttaatccactatatgcttatacaatggagtaaacttcttacag
tatggcatgtatttttatggcccaggtctcacaactttcgtgttcgtggg
aggaatactattactatttattgactctctaatctagtccctggtgggtg
tttcacttggcagaattgatttagactactatgccctcaggctttagctc
aggagcactctgggctgagctgcaggtttcctcgagaagctgaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_104248214_104249438
seq2: B6Ng01-078B04.b_44_1264

seq1  GAATTCATTTTACATTTTAATCTTAATAAAAGTCTTCGTATTGTAGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTACATTTTAATCTTAATAAAAGTCTTCGTATTGTAGGGAT  50

seq1  CCCCTCTCAATTATTTCTGGGATAAAAATATCCTTTGTCGAAAACGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTCAATTATTTCTGGGATAAAAATATCCTTTGTCGAAAACGTGTT  100

seq1  GTACTAAATAACTTTCATCAGAGCTAATTTTGAGTACTTATGGAGCTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAAATAACTTTCATCAGAGCTAATTTTGAGTACTTATGGAGCTATG  150

seq1  GAGTCTATTCCATTAAAAAGAGACGATTTTAATATAGCGTTTGATGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATTCCATTAAAAAGAGACGATTTTAATATAGCGTTTGATGCCAT  200

seq1  CATGAACAGGCCACTTAAAGATGTGTTAAAACCAGTGTGCAAGTGGATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACAGGCCACTTAAAGATGTGTTAAAACCAGTGTGCAAGTGGATAT  250

seq1  CATGATTATACAACAATTAGGTGAATTTTGAAGACTGTTTGCTTTGCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTATACAACAATTAGGTGAATTTTGAAGACTGTTTGCTTTGCAAT  300

seq1  TGGACATTTGTCGTCGTAGGATAAATGTTATTCACAGATTCAAAAGAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTTGTCGTCGTAGGATAAATGTTATTCACAGATTCAAAAGAGTC  350

seq1  CTTTGTTTCAAACAACTCAGCTCAATGTGAAGAGGGTAGACTTTGGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTCAAACAACTCAGCTCAATGTGAAGAGGGTAGACTTTGGAAAG  400

seq1  CCGAAATTGATTCTCACGATAATGAAGACACTTGTGGGGGCTCCGGGCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAATTGATTCTCACGATAATGAAGACACTTGTGGGGGCTCCGGGCGA  450

seq1  AGGTTTGAGTACACATGAGCACTGAAAACCATCTAAAAGCCAACGTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGAGTACACATGAGCACTGAAAACCATCTAAAAGCCAACGTGATA  500

seq1  ATTTTTACAATATGTTATTTAAGATTTCTATGTGTAATTGAATATGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTACAATATGTTATTTAAGATTTCTATGTGTAATTGAATATGATGT  550

seq1  TATACATTATATGGAGCTTGTTTGCCCTGCTCTCTAAGTGTTGATATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTATATGGAGCTTGTTTGCCCTGCTCTCTAAGTGTTGATATGTT  600

seq1  TTAGTTGGGCTCCCAGTTCCTTATGAGGTTAACCATTCACATGTTTAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGGGCTCCCAGTTCCTTATGAGGTTAACCATTCACATGTTTAAGT  650

seq1  GTCCTTTAAGTTAAGTTTGGGAATAGAGATCCCTCCTAGGCACAACTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTAAGTTAAGTTTGGGAATAGAGATCCCTCCTAGGCACAACTCTG  700

seq1  ACAAAGTCATTATATTCTGGTTTTATGTTTTCTCATGCAGCTATGCGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTCATTATATTCTGGTTTTATGTTTTCTCATGCAGCTATGCGTTA  750

seq1  GATTGCGTTAGAATTTTTTTTCTAACAGTGGCAAGAAATGGTAGCATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCGTTAGAATTTTTTTTCTAACAGTGGCAAGAAATGGTAGCATTTG  800

seq1  TATGCAAGAAGTTTTGTGGTTTTATCTCAATTCATTTCTATTGTCTTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGAAGTTTTGTGGTTTTATCTCAATTCATTTCTATTGTCTTAGG  850

seq1  GGCTGGGGCTATGGCTTAGTTTGTCGTATTTTCTTGACAAGGCCCTGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGGCTATGGCTTAGTTTGTCGTATTTTCTTGACAAGGCCCTGGAG  900

seq1  TTGATCACCAGCATTACATAAACTATATGTAGTTTGTCCAAGCCTGTATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACCAGCATTACATAAACTATATGTAGTTTGTCCAAGCCTGTATC  950

seq1  CCCAGCTCTGATTAGTAGAAGCAGGAGGATCAAGAATTTAAGGTCATCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCAGCTCTGATTAGTAGAAGCAGGAGGATCAAGAATTTAAAGTCATCCT  1000

seq1  GAGTACGTAGAAAGCCTGAGGCTAGCCTCAGCTACAAAGAGACACCATCT  1050
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCGTAG-AAGCCTGAGGCTAGCCTCAGCTACAAAGAGACACCATCT  1049

seq1  TAAAAAAGAAAGAAAGGAGGTGTCAGTCTTTACTCAGTTCATTTGGAGCT  1100
        |||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||| 
seq2  --AAAAAGAAAGAAAGAAGGGGTCAGTCTTACCTCAGTTCATTTGGAGCC  1097

seq1  TTCTCAGGAAGC-TCTTTCAAGGATCTTTGTAA-GGGAGCAAGTATGTA-  1147
      ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| 
seq2  TTCTCAGGAGGCTTCTTTCAAGGATCTTTGTAATGGGAGC-AGTAGGTAC  1146

seq1  -CTCATATCTA-GAAATTGATTTGCATCTAATTGGAGAATTTTGGTTTCA  1195
       |||||||||| ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||
seq2  TCTCATATCTAGGAAATGGATTTGCACCTAATTGAAG-ATTTTGGTTTCA  1195

seq1  GTGGGTTCCTCCGGGAGAGAAGGCGTTCCG  1225
      ||  |||||||  ||||||||||| |||||
seq2  GT--GTTCCTC--GGAGAGAAGGCATTCCG  1221

seq1: chr12_104388966_104389975
seq2: B6Ng01-078B04.g_68_1063 (reverse)

seq1  ACCTCAGGCTTCTCTGGAGGGAAAACCCTGCAGCTCAGCCCCAGAGTGCT  50
      |||||| |||||||  ||||   || |||||||||||| |||||||||| 
seq2  ACCTCA-GCTTCTC--GAGG---AAACCTGCAGCTCAG-CCCAGAGTGC-  42

seq1  TCCTGAGGCTAAAGCCCTGAGGGGCATAGGTAGTCTAAATTCAATTCTGC  100
      |||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| 
seq2  TCCTGA-GCTAAAG-CCTGA-GGGCATA-GTAGTCTAAA-TCAATTCTG-  86

seq1  CCAAGTGAAAACACCCACAGGGGACTAGATTAAGAGAGTCAATAAATAGT  150
      ||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTG-AAACACCCACCAGGGACTAGATT-AGAGAGTCAATAAATAGT  134

seq1  AATAGTATTCCTCCCACGAACACGAAAGTTGTGAGACCTGGGCCATTAGA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
seq2  AATAGTATTCCTCCCACGAACACGAAAGTTGTGAGACCTGGGCCATAAAA  184

seq1  ATACATGCCATACTGTAAG-AGTTTACTCCATTGTATAAGCATATAGTGG  249
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCCATACTGTAAGAAGTTTACTCCATTGTATAAGCATATAGTGG  234

seq1  ATTAAAGAACAACCTGGAACAGGGTTCAGTCATT-AAAAAAAAAAAAGAA  298
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTAAA-AACAACCTGGAACAGGGTTCAGTCATTAAAAAAAAAAAAAGAA  283

seq1  TCAGGGCAATTTAATCTTAATAAAAGTGAAAGATAATCACT-AAGGTAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGGGCAATTTAATCTTAATAAAAGTGAAAGATAATCACTAAAGGTAAA  333

seq1  AAAGTGAATTGACAGGTTAAAGAGCAAATTAGAGATAGCTTAAAGGGAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAATTGACAGGTTAAAGAGCAAATTAGAGATAGCTTAAAGGGAAA  383

seq1  ATTGGAGACATGGAAAAGCAGAAAGACATCAAAAAACATTGAGACAAAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGACATGGAAAAGCAGAAAGACATCAAAAAACATTGAGACAAAAA  433

seq1  TAAAAAGAGGTCAGATATAAAGATCTAACTCACATTAGGAGTCTGTAGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAGGTCAGATATAAAGATCTAACTCACATTAGGAGTCTGTAGAA  483

seq1  ACATAGACTGGGCTTTTGTCATTTCCCTAGTTAATGAAAACCATCAGTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACTGGGCTTTTGTCATTTCCCTAGTTAATGAAAACCATCAGTCC  533

seq1  TCTGATTTGGGATACAATGTGTCCAAAAGTATTACAATCCTCCCACTTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTTGGGATACAATGTGTCCAAAAGTATTACAATCCTCCCACTTGT  583

seq1  GCCCACTCACCTGCACACACTCACCTGTGTCTACTCACCTGCACACACTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTCACCTGCACACACTCACCTGTGTCTACTCACCTGCACACACTC  633

seq1  ACCTGTGTCCACTCACCTGCACACACTCACCTGTGTACACTCACCTGCAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTCCACTCACCTGCACACACTCACCTGTGTACACTCACCTGCAC  683

seq1  ACACTCACCTGTGTCCACTCACCTGCACACACTCACCTGTGTTCACTCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACCTGTGTCCACTCACCTGCACACACTCACCTGTGTTCACTCAC  733

seq1  CTGTACACACTCACCTGTGTCCACTCACCTGTGTCCACTCACCTGTACAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACACACTCACCTGTGTCCACTCACCTGTGTCCACTCACCTGTACAC  783

seq1  ACTCACCTGCATACACTCACCTGCACATGTTAGTTTATATGACCAGCTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCTGCATACACTCACCTGCACATGTTAGTTTATATGACCAGCTGT  833

seq1  GACTGGAACAAGCAGGAAAAAGAAATGTTTTAAGAGCAACTGAGAGAGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAACAAGCAGGAAAAAGAAATGTTTTAAGAGCAACTGAGAGAGCA  883

seq1  AACACTCTGAAAATAGACTTAACAGCAAACCTTACAATCCCAGAGGGAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTGAAAATAGACTTAACAGCAAACCTTACAATCCCAGAGGGAAG  933

seq1  TAGGTTCCAGTGGGAAAGTCTTTAAAATGATACAAGAGAAAAAGAAGTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCCAGTGGGAAAGTCTTTAAAATGATACAAGAGAAAAAGAAGTGT  983

seq1  TTACCTAGAATTC  1010
      |||||||||||||
seq2  TTACCTAGAATTC  996