BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079B21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 40,329,668 - 40,382,220
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDgkb, LOC668824, LOC100043142, Etv1, LOC100043145
Downstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277, Dock4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079B21.bB6Ng01-079B21.g
ACCDH894621DH894622
length1,1191,185
definitionDH894621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079B21, 5' end.DH894622|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,381,085 - 40,382,220)(40,329,668 - 40,330,878)
sequence
gaattcattagcaggaagccagtcagtttaagttttttttgttttcatgg
tcacttcatattttagtgggctacagcaaaaataactatcttttgtttaa
ttcatttttacattttctcttttgagtgttcatcaatctcaatatctctc
tgttttctttgattaatacttagttgtgaaaaggacccataccaagtata
attttatctaatgatatttaatcagttttattttcagagatcctatatgc
aaataaggtatcatgtgagatcatgggtagatatggagtggaggacacta
ttcaacctactgcactgaatatagttgctcaactataattagtttaaaaa
gagacaactaatgcagcctaggttctctttttcatcccctctccctttct
tttctacactcacttctccttccattcccttctctctttttctttttctt
aaactctttggggtctagatctcatgcagcctcagtgaggctcagagggc
caagtacaagtctttacaaatgattgaacagtgtgtgcaaaagctagcaa
cagcaacttcctcttcaactcaagaccactcccctaccaagaatacccaa
ctctgcttctacagcgattctctctcctacttctgtactttattgtagta
tgtgtcctccatcagagacagcatggtccatttgatcccattgtttctct
gtgtgtctattatttcttcagtgtctggagtttcttcatttttaaattgc
tgcaatcagatttccaggaccaagccttgtaggatatggaaaattagttt
tcgtaatacatcactagtattacaggggcttgagtaaatgagaaaattag
aggtgtgaaaattagcctatatttccaaacttatctacctatcatgtgtt
tattctctatcacctacttaactatcatctatgtagctatcatttaccca
gcttttttacgtatgtatgtatgtatgtatgatctatctatttatccact
tatctatcaaaatctgtatctatctgtctatctgtctgtctatcatcatc
tatctatctatctatcatcatccatcatcatcctcctctatcatcatcat
gcatcacttctagacgcat
gaattcttcagagcacaatgacaccatcaggcttgaaatattttgctgta
atgatggaaagggtccaagtaatcaacctacaatctgaacgtctagtttg
gttttcgtgttagttattagacatgttcacaaatattttccttccgtgtt
catggtaatttactgcactttaacaatgaggggagactatgcaaacatat
ttacctaatgaaatatgagaagtatctcatcacatattagtcagggttct
ctagagccacagaacttatggaatgtctctatatattaagggaatttact
atgatgacttatagtctgtagtccaactagcccaacaatggccagctgtg
gattggaagtccaagaatgtaccaattgctcagtcccttgagacttttga
gctggccttctgtagaagcaggttccaacagatgtgctggcaagtaatgc
aagaagttgaagaagagtgacttttcctccttccaatgttcttataaggc
ctccagcagaagattttggctcagattaatggtgtgtattaccacacctg
gatctggaatttgttttgtcccagaatgatcttgaactcagagatctgct
tatctcagtcttctgggattaaaagtcttctgggattactaccttgcctg
ggcctaatcttttcatgacaactatgcctcaagatctccatgtcaaggtc
caggacagaaatctgtatcttccagcctgaagatctggatcacaagtgta
ccccccatttctggatttttgttcattccagatgaagtcaaggtgacaac
caggaacagccatcacacatcacttctgggcaaagttccttgatcacggg
tatgggaattgtttcaaaagtccatattgaaaaaaattcttccatcgtca
acctagtcctttgatgtcttagaattaaaaaaaaaaaaattgctgctagt
tcacactaaatacacagcatttgatagatcatctactctgaccagacaga
gtgttctctgatctgaaatctcagagtttaccaattatgggatgtacaat
cttgacagtggtgactcactgcatatcattaatcagttcaatgattcaaa
ttttcatgtattcgattgaactcaagtatgggaatgtggacatttgtcag
tcctcagaatcacatattgatggtattcactggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_40381085_40382220
seq2: B6Ng01-079B21.b_44_1162 (reverse)

seq1  ATGCGTCTAGAAGGTTGAATGCAAATAGATGATAGATTAGAGAGAGGATA  50
      |||||||||||||  || |||||    |||||| || ||||| |||||| 
seq2  ATGCGTCTAGAAG--TG-ATGCA---TGATGAT-GA-TAGAG-GAGGAT-  40

seq1  GATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGAC  100
      |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  GATGATGGAT-GAT-GATAGATAGATAGATAGAT-GAT-GATAGACAGAC  86

seq1  AGATAGACAGATAGATAACAGATATTTGATAGATAAGTGGATAAATAGAT  150
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGACAGATAGAT-ACAGAT-TTTGATAGATAAGTGGATAAATAGAT  134

seq1  AAGATCATACATACATACATACATACGTAAAAAAGCTGGGTAAATGATAG  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGATCATACATACATACATACATACGTAAAAAAGCTGGGTAAATGATAG  183

seq1  CTACATAGATGATAGTTAAGTAGGTGATAGAGAATAAACACATGATAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGATGATAGTTAAGTAGGTGATAGAGAATAAACACATGATAGGT  233

seq1  AGATAAGTTTGGAAATATAGGCTAATTTTCACACCTCTAATTTTCTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGTTTGGAAATATAGGCTAATTTTCACACCTCTAATTTTCTCATT  283

seq1  TACTCAAGCCCCTGTAATACTAGTGATGTATTACGAAAACTAATTTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAAGCCCCTGTAATACTAGTGATGTATTACGAAAACTAATTTTCCA  333

seq1  TATCCTACAAGGCTTGGTCCTGGAAATCTGATTGCAGCAATTTAAAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTACAAGGCTTGGTCCTGGAAATCTGATTGCAGCAATTTAAAAATG  383

seq1  AAGAAACTCCAGACACTGAAGAAATAATAGACACACAGAGAAACAATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTCCAGACACTGAAGAAATAATAGACACACAGAGAAACAATGGG  433

seq1  ATCAAATGGACCATGCTGTCTCTGATGGAGGACACATACTACAATAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGGACCATGCTGTCTCTGATGGAGGACACATACTACAATAAAGT  483

seq1  ACAGAAGTAGGAGAGAGAATCGCTGTAGAAGCAGAGTTGGGTATTCTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGTAGGAGAGAGAATCGCTGTAGAAGCAGAGTTGGGTATTCTTGG  533

seq1  TAGGGGAGTGGTCTTGAGTTGAAGAGGAAGTTGCTGTTGCTAGCTTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAGTGGTCTTGAGTTGAAGAGGAAGTTGCTGTTGCTAGCTTTTGC  583

seq1  ACACACTGTTCAATCATTTGTAAAGACTTGTACTTGGCCCTCTGAGCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGTTCAATCATTTGTAAAGACTTGTACTTGGCCCTCTGAGCCTC  633

seq1  ACTGAGGCTGCATGAGATCTAGACCCCAAAGAGTTTAAGAAAAAGAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGCTGCATGAGATCTAGACCCCAAAGAGTTTAAGAAAAAGAAAAA  683

seq1  GAGAGAAGGGAATGGAAGGAGAAGTGAGTGTAGAAAAGAAAGGGAGAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGGGAATGGAAGGAGAAGTGAGTGTAGAAAAGAAAGGGAGAGGG  733

seq1  GATGAAAAAGAGAACCTAGGCTGCATTAGTTGTCTCTTTTTAAACTAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAAGAGAACCTAGGCTGCATTAGTTGTCTCTTTTTAAACTAATT  783

seq1  ATAGTTGAGCAACTATATTCAGTGCAGTAGGTTGAATAGTGTCCTCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGAGCAACTATATTCAGTGCAGTAGGTTGAATAGTGTCCTCCACT  833

seq1  CCATATCTACCCATGATCTCACATGATACCTTATTTGCATATAGGATCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTACCCATGATCTCACATGATACCTTATTTGCATATAGGATCTC  883

seq1  TGAAAATAAAACTGATTAAATATCATTAGATAAAATTATACTTGGTATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAAACTGATTAAATATCATTAGATAAAATTATACTTGGTATGG  933

seq1  GTCCTTTTCACAACTAAGTATTAATCAAAGAAAACAGAGAGATATTGAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTCACAACTAAGTATTAATCAAAGAAAACAGAGAGATATTGAGA  983

seq1  TTGATGAACACTCAAAAGAGAAAATGTAAAAATGAATTAAACAAAAGATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGAACACTCAAAAGAGAAAATGTAAAAATGAATTAAACAAAAGATA  1033

seq1  GTTATTTTTGCTGTAGCCCACTAAAATATGAAGTGACCATGAAAACAAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTTGCTGTAGCCCACTAAAATATGAAGTGACCATGAAAACAAAA  1083

seq1  AAAACTTAAACTGACTGGCTTCCTGCTAATGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAAACTGACTGGCTTCCTGCTAATGAATTC  1119

seq1: chr12_40329668_40330878
seq2: B6Ng01-079B21.g_67_1251

seq1  GAATTCTTCAGAGCACAATGACACCATCAGGCTTGAAATATTTTGCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGAGCACAATGACACCATCAGGCTTGAAATATTTTGCTGTA  50

seq1  ATGATGGAAAGGGTCCAAGTAATCAACCTACAATCTGAACGTCTAGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAAAGGGTCCAAGTAATCAACCTACAATCTGAACGTCTAGTTTG  100

seq1  GTTTTCGTGTTAGTTATTAGACATGTTCACAAATATTTTCCTTCCGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCGTGTTAGTTATTAGACATGTTCACAAATATTTTCCTTCCGTGTT  150

seq1  CATGGTAATTTACTGCACTTTAACAATGAGGGGAGACTATGCAAACATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAATTTACTGCACTTTAACAATGAGGGGAGACTATGCAAACATAT  200

seq1  TTACCTAATGAAATATGAGAAGTATCTCATCACATATTAGTCAGGGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAATGAAATATGAGAAGTATCTCATCACATATTAGTCAGGGTTCT  250

seq1  CTAGAGCCACAGAACTTATGGAATGTCTCTATATATTAAGGGAATTTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCCACAGAACTTATGGAATGTCTCTATATATTAAGGGAATTTACT  300

seq1  ATGATGACTTATAGTCTGTAGTCCAACTAGCCCAACAATGGCCAGCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACTTATAGTCTGTAGTCCAACTAGCCCAACAATGGCCAGCTGTG  350

seq1  GATTGGAAGTCCAAGAATGTACCAATTGCTCAGTCCCTTGAGACTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGAAGTCCAAGAATGTACCAATTGCTCAGTCCCTTGAGACTTTTGA  400

seq1  GCTGGCCTTCTGTAGAAGCAGGTTCCAACAGATGTGCTGGCAAGTAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTCTGTAGAAGCAGGTTCCAACAGATGTGCTGGCAAGTAATGC  450

seq1  AAGAAGTTGAAGAAGAGTGACTTTTCCTCCTTCCAATGTTCTTATAAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTTGAAGAAGAGTGACTTTTCCTCCTTCCAATGTTCTTATAAGGC  500

seq1  CTCCAGCAGAAGATTTTGGCTCAGATTAATGGTGTGTATTACCACACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCAGAAGATTTTGGCTCAGATTAATGGTGTGTATTACCACACCTG  550

seq1  GATCTGGAATTTGTTTTGTCCCAGAATGATCTTGAACTCAGAGATCTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGAATTTGTTTTGTCCCAGAATGATCTTGAACTCAGAGATCTGCT  600

seq1  TATCTCAGTCTTCTGGGATTAAAAGTCTTCTGGGATTACTACCTTGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGTCTTCTGGGATTAAAAGTCTTCTGGGATTACTACCTTGCCTG  650

seq1  GGCCTAATCTTTTCATGACAACTATGCCTCAAGATCTCCATGTCAAGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAATCTTTTCATGACAACTATGCCTCAAGATCTCCATGTCAAGGTC  700

seq1  CAGGACAGAAATCTGTATCTTCCAGCCTGAAGATCTGGATCACAAGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGAAATCTGTATCTTCCAGCCTGAAGATCTGGATCACAAGTGTA  750

seq1  CCCCCCATTTCTGGATTTTTGTTCATTCCAGATGAAGTCAAGGTGACAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCATTTCTGGATTTTTGTTCATTCCAGATGAAGTCAAGGTGACAAC  800

seq1  CAGGAACAGCCATCACACATCACTTCTGGGCAAAGTTCCTTGATCACGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACAGCCATCACACATCACTTCTGGGCAAAGTTCCTTGATCACGGG  850

seq1  TATGGGAATTGTTTCAAAAGTCCATATTGAAAAAAATTCTTCCATCGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAATTGTTTCAAAAGTCCATATTGAAAAAAATTCTTCCATCGTCA  900

seq1  ACCTAGTCCTTTGATGTCTTAGAATTAAAAAAAAAAAAATTGCTGCTAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTCCTTTGATGTCTTAGAATTAAAAAAAAAAAAATTGCTGCTAGT  950

seq1  TCACACTAAATACACAGCATTTGAATAAGATCATCTACTCTGACCAGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| 
seq2  TCACACTAAATACACAGCATTTGA--TAGATCATCTACTCTGACCAGAC-  997

seq1  AGAGTGTTCTCTGATCTGAAATCTCCAGAGTTTACCAAATTATGGGATGT  1050
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGTGTTCTCTGATCTGAAATCT-CAGAGTTTACC-AATTATGGGATGT  1045

seq1  ACAAATCTTTGACAGT-GTGACTCAACTGCAATAATCATTTAAATTCAGT  1099
      || |||| |||||||| ||||||| ||||||   ||||||   | |||||
seq2  AC-AATC-TTGACAGTGGTGACTC-ACTGCA--TATCATT---AATCAGT  1087

seq1  TCCAAATGATTCAAATTTTCATGTATTCAGATTGAACTCCAAAGGTAT-G  1148
      ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||   | |||| |
seq2  TC--AATGATTCAAATTTTCATGTATTC-GATTGAACTC---AAGTATGG  1131

seq1  GATAGTGAGCATTTGTGCCCAGTTCCCTCAGGATTCATCATATTTGATGG  1198
      ||  |||  |||||||   ||||  ||||| || ||| |||| |||||||
seq2  GAATGTGGACATTTGT---CAGT--CCTCA-GAATCA-CATA-TTGATGG  1173

seq1  TAGTCCACTGGGA  1211
      || | ||||||||
seq2  TA-TTCACTGGGA  1185