BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083B09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 31,535,185 - 31,653,315
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043055, Acp1, Sh3yl1
Upstream geneMyt1l, Pxdn, Tpo, Sntg2, Tmem18
Downstream geneLOC629656, 9030611O19Rik, LOC668781, LOC100043065, LOC100043514, EG629667, LOC100043068, Lamb1-1, Dld, LOC668786, Slc26a3, Cbll1, Slc26a4, LOC100043531, Bcap29, Dus4l, LOC100043081, Gpr22, Hbp1, Prkar2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083B09.bB6Ng01-083B09.g
ACCDH897448DH897449
length1,1091,222
definitionDH897448|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083B09, 5' end.DH897449|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,652,193 - 31,653,315)(31,535,185 - 31,536,443)
sequence
gaattctaatcctgtagttcaggcttcattccagtgacagctgtcctgcc
tgacacttttacatgggaccaccagcagcacgcgtttatgttctacaagg
aaaagcagctatttagataggcctctgtggcagggctggctctgcacaga
ccaaggggaatgaatgtctgtaggacatacaatggatgatacccaggtga
tctgggtcttgatcctggcctctgcttccacctgggccttctgggagaag
gaagcagcagcaccttagaggttgaggtatcactacttctacagagcaac
acccttcgaaagagcaacaacttagggcctgcagagctaacgcaccttct
cggtgtgaaagagccacatcctgtgggttgacagaactgtatttagccag
ctactgctggtattctctggtgatctggcctttgccagcttgcataccct
cagtagcaaagcaatgggcaccacactgccaccatccttggctatctatg
tagccagtgaggttgctgctcccaggacagcgactctgccttcatccacc
cctctcccaggatcacagcagtaacaataggtctaggtttgttcactagg
gcttgtcaaacagacctctatgtttaaagaacttttcttattaacaaatg
atgtctcttgaacagactggccagatgcagccctatgatcagtttgaata
tatggtttcctttttaatgtacataaccacaggcttttccacccacaccc
caggctctgaaataacgactctgagatgtaattatatatgagtaaatgtc
ttagccataagcttgggcttgttcccaaactagctcataacttaattaac
ccatctattctactctatgagtaccacatgcctggttacctcttctcagt
ttcgtgcatctgtctcctcagagtttggggtcaatctcagatcccctctc
tctactggattccccactcctatttctgctcagcttattggctaatcatc
tttttatgacagtctgctttcatacagtatacaagaagattctctacaat
agatactaaaaggtgtataaatgacacatgactttatactctgatttaat
tttggagta
gaattcctgtcttctgaacatgaatggctgtcaaaattatgatctcacat
cagctgtggttacctgcacaagaccgtaacaaaattaagctagcagaaat
aaatgaaatcgataatttctagtccctcctcaatattgaggagctattgg
cagtagatagttagtgggaagggagaattatgctttgtgaagatatgact
atggttttccatactctaatagataacacagcaatacatgggcaacatta
actggatttagtgatttataagtaaaatgtgacaactaaaagctaaagaa
ttacctcaattctagggatattgtgctttttgcatgtcaatatgtgataa
atatttaggtagaaaaatcatttcaaatctaagtttaattacaagtcact
atcagtaaatgataacaaagtaatgctgagctcacactcagtcagatttc
ctaaccttagtccgtggtctatattgatgtgatacagtggcaaacacttt
gtgtttcgattttaaggacccataaatttgtgttcattttaccattagag
actttcttcctaactgtgagcatggtaaggaatctatacagaactgaaac
ctcccacgaggaggtttgctaatctatttgcttaatgcatgttttccttg
atatgactaatttccactcctgtgaaatgctcaactggcaaacatgtagt
tgatagctgtccaagtcactctggctttgagcctagacccaacctctcac
caaagggaatccaggctcagtaacacaacaaccgcctcacagtttaaaaa
aaaattagcatttcctttcagcacacagaaccaaacagcacactaagagg
attatacaccataagtcattagacacagcagaagagttgctctaatcata
ttagtgtagttcccaataagaaaaacagttactataatacacaacccaga
tgaaacccagctcagagagatcactcaacagatacataaattacattgac
agcattcagatcgtttatggtaagatacgcacaaagtagagtgtagagat
ttctgactgctgatgcactaaaagcacgcagactcatgcttagttggaag
tcaagatctcttaagcctaaacagcaaattggtgccattttaatcttatc
tctcacactgtgacgaactctgactagagcatcagcagtacaacttaaga
ccagtatctaatggcatatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_31652193_31653315
seq2: B6Ng01-083B09.b_43_1151 (reverse)

seq1  TACTCAAAATTTAAAAATCAGAGTATAAAGTCATGTGTCATTTAATTACA  50
      ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TACTCCAAAATT--AAATCAGAGTATAAAGTCATGTGTCATTTA--TACA  46

seq1  CTTTTTAAGTATCTATTTGTAGGAAGAATC-TCTTGTATACTGTATGAAA  99
      | |||| |||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTTTT-AGTATCTA-TTGTAG--AGAATCTTCTTGTATACTGTATGAAA  92

seq1  GCAGAACCTGTCAATAAAAAGATGATTAGCCAATAAGCTGAGGCAAGAAA  149
      |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  GCAGA--CTGTC-ATAAAAAGATGATTAGCCAATAAGCTGAG--CAGAAA  137

seq1  TAGGAGGTGGGGAATCCAGTAGAGAGAGGGGATCCTGAGATTGACCCCAA  199
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAGGA-GTGGGGAATCCAGTAGAGAGAGGGGAT-CTGAGATTGACCCCAA  185

seq1  ACTCTGAGGAGACAGATGCACGAAACTGAGAAGAGGTAACCAGGCATGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGGAGACAGATGCACGAAACTGAGAAGAGGTAACCAGGCATGTG  235

seq1  GTACTCATAGAGTAGAATAGATGGGTTAATTAAGTTATGAGCTAGTTTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATAGAGTAGAATAGATGGGTTAATTAAGTTATGAGCTAGTTTGG  285

seq1  GAACAAGCCCAAGCTTATGGCTAAGACATTTACTCATATATAATTACATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGCCCAAGCTTATGGCTAAGACATTTACTCATATATAATTACATC  335

seq1  TCAGAGTCGTTATTTCAGAGCCTGGGGTGTGGGTGGAAAAGCCTGTGGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCGTTATTTCAGAGCCTGGGGTGTGGGTGGAAAAGCCTGTGGTT  385

seq1  ATGTACATTAAAAAGGAAACCATATATTCAAACTGATCATAGGGCTGCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATTAAAAAGGAAACCATATATTCAAACTGATCATAGGGCTGCAT  435

seq1  CTGGCCAGTCTGTTCAAGAGACATCATTTGTTAATAAGAAAAGTTCTTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGTCTGTTCAAGAGACATCATTTGTTAATAAGAAAAGTTCTTTA  485

seq1  AACATAGAGGTCTGTTTGACAAGCCCTAGTGAACAAACCTAGACCTATTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGAGGTCTGTTTGACAAGCCCTAGTGAACAAACCTAGACCTATTG  535

seq1  TTACTGCTGTGATCCTGGGAGAGGGGTGGATGAAGGCAGAGTCGCTGTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTGTGATCCTGGGAGAGGGGTGGATGAAGGCAGAGTCGCTGTCC  585

seq1  TGGGAGCAGCAACCTCACTGGCTACATAGATAGCCAAGGATGGTGGCAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCAGCAACCTCACTGGCTACATAGATAGCCAAGGATGGTGGCAGT  635

seq1  GTGGTGCCCATTGCTTTGCTACTGAGGGTATGCAAGCTGGCAAAGGCCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCCATTGCTTTGCTACTGAGGGTATGCAAGCTGGCAAAGGCCAG  685

seq1  ATCACCAGAGAATACCAGCAGTAGCTGGCTAAATACAGTTCTGTCAACCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAGAGAATACCAGCAGTAGCTGGCTAAATACAGTTCTGTCAACCC  735

seq1  ACAGGATGTGGCTCTTTCACACCGAGAAGGTGCGTTAGCTCTGCAGGCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGTGGCTCTTTCACACCGAGAAGGTGCGTTAGCTCTGCAGGCCC  785

seq1  TAAGTTGTTGCTCTTTCGAAGGGTGTTGCTCTGTAGAAGTAGTGATACCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGTTGCTCTTTCGAAGGGTGTTGCTCTGTAGAAGTAGTGATACCT  835

seq1  CAACCTCTAAGGTGCTGCTGCTTCCTTCTCCCAGAAGGCCCAGGTGGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTCTAAGGTGCTGCTGCTTCCTTCTCCCAGAAGGCCCAGGTGGAAG  885

seq1  CAGAGGCCAGGATCAAGACCCAGATCACCTGGGTATCATCCATTGTATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCAGGATCAAGACCCAGATCACCTGGGTATCATCCATTGTATGT  935

seq1  CCTACAGACATTCATTCCCCTTGGTCTGTGCAGAGCCAGCCCTGCCACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGACATTCATTCCCCTTGGTCTGTGCAGAGCCAGCCCTGCCACAG  985

seq1  AGGCCTATCTAAATAGCTGCTTTTCCTTGTAGAACATAAACGCGTGCTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTATCTAAATAGCTGCTTTTCCTTGTAGAACATAAACGCGTGCTGC  1035

seq1  TGGTGGTCCCATGTAAAAGTGTCAGGCAGGACAGCTGTCACTGGAATGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCCCATGTAAAAGTGTCAGGCAGGACAGCTGTCACTGGAATGAA  1085

seq1  GCCTGAACTACAGGATTAGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAACTACAGGATTAGAATTC  1109

seq1: chr12_31535185_31536443
seq2: B6Ng01-083B09.g_68_1289

seq1  GAATTCCTGTCTTCTGAACATGAATGGCTGTCAAAATTATGATCTCACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCTTCTGAACATGAATGGCTGTCAAAATTATGATCTCACAT  50

seq1  CAGCTGTGGTTACCTGCACAAGACCGTAACAAAATTAAGCTAGCAGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGGTTACCTGCACAAGACCGTAACAAAATTAAGCTAGCAGAAAT  100

seq1  AAATGAAATCGATAATTTCTAGTCCCTCCTCAATATTGAGGAGCTATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAATCGATAATTTCTAGTCCCTCCTCAATATTGAGGAGCTATTGG  150

seq1  CAGTAGATAGTTAGTGGGAAGGGAGAATTATGCTTTGTGAAGATATGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGATAGTTAGTGGGAAGGGAGAATTATGCTTTGTGAAGATATGACT  200

seq1  ATGGTTTTCCATACTCTAATAGATAACACAGCAATACATGGGCAACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTTCCATACTCTAATAGATAACACAGCAATACATGGGCAACATTA  250

seq1  ACTGGATTTAGTGATTTATAAGTAAAATGTGACAACTAAAAGCTAAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATTTAGTGATTTATAAGTAAAATGTGACAACTAAAAGCTAAAGAA  300

seq1  TTACCTCAATTCTAGGGATATTGTGCTTTTTGCATGTCAATATGTGATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCAATTCTAGGGATATTGTGCTTTTTGCATGTCAATATGTGATAA  350

seq1  ATATTTAGGTAGAAAAATCATTTCAAATCTAAGTTTAATTACAAGTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAGGTAGAAAAATCATTTCAAATCTAAGTTTAATTACAAGTCACT  400

seq1  ATCAGTAAATGATAACAAAGTAATGCTGAGCTCACACTCAGTCAGATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTAAATGATAACAAAGTAATGCTGAGCTCACACTCAGTCAGATTTC  450

seq1  CTAACCTTAGTCCGTGGTCTATATTGATGTGATACAGTGGCAAACACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTTAGTCCGTGGTCTATATTGATGTGATACAGTGGCAAACACTTT  500

seq1  GTGTTTCGATTTTAAGGACCCATAAATTTGTGTTCATTTTACCATTAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCGATTTTAAGGACCCATAAATTTGTGTTCATTTTACCATTAGAG  550

seq1  ACTTTCTTCCTAACTGTGAGCATGGTAAGGAATCTATACAGAACTGAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTCCTAACTGTGAGCATGGTAAGGAATCTATACAGAACTGAAAC  600

seq1  CTCCCACGAGGAGGTTTGCTAATCTATTTGCTTAATGCATGTTTTCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACGAGGAGGTTTGCTAATCTATTTGCTTAATGCATGTTTTCCTTG  650

seq1  ATATGACTAATTTCCACTCCTGTGAAATGCTCAACTGGCAAACATGTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACTAATTTCCACTCCTGTGAAATGCTCAACTGGCAAACATGTAGT  700

seq1  TGATAGCTGTCCAAGTCACTCTGGCTTTGAGCCTAGACCCAACCTCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCTGTCCAAGTCACTCTGGCTTTGAGCCTAGACCCAACCTCTCAC  750

seq1  CAAAGGGAATCCAGGCTCAGTAACACAACAACCGCCTCACAGTTTAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGAATCCAGGCTCAGTAACACAACAACCGCCTCACAGTTTAAAAA  800

seq1  AAAATTAGCATTTCCTTTCAGCACACAGAACCAAACAGCACACTAAGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAGCATTTCCTTTCAGCACACAGAACCAAACAGCACACTAAGAGG  850

seq1  ATTATACACCATAAGTCATTAGACACAGCAGAAGAGTTGCTCTAATCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACACCATAAGTCATTAGACACAGCAGAAGAGTTGCTCTAATCATA  900

seq1  TTAGTGTAGTTCCCAATAAGAAAAACAGTTACTATAATACACAACCCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTAGTTCCCAATAAGAAAAACAGTTACTATAATACACAACCCAGA  950

seq1  TGAAACCCAGCTCAGGAGAGATCACCTCAACAGATACATAAATTACATTT  1000
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAAACCCAGCTCA-GAGAGATCA-CTCAACAGATACATAAATTACA-TT  997

seq1  GACAGCATTCAGGATCCGTTTATGGTAAAGATACGCAACAAAGTAGGAGT  1050
      ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||
seq2  GACAGCATTCA-GAT-CGTTTATGGT-AAGATACGC-ACAAAGTA-GAGT  1042

seq1  GTAAGGAGGATTTCTGACATGCTGAAGTGCAACTAAAAAAGCACGGCAGA  1100
      |||  || |||||||||| ||||||  ||| |||  |||||||| |||||
seq2  GTA--GA-GATTTCTGAC-TGCTGA--TGC-ACT--AAAAGCAC-GCAGA  1082

seq1  CATCATGCTTAGTTGAGAAAGTCAAAGATCCTCTACAGCCTAAAAACAAG  1150
      | ||||||||||||  | ||||| ||||| ||||  ||||||||    ||
seq2  C-TCATGCTTAGTT--GGAAGTC-AAGAT-CTCTTAAGCCTAAA---CAG  1124

seq1  GCAGTATGTG-CATTTTTATTCTATCT-TCAGCACTGTGACGGACATCCT  1198
        | |  ||| |||||| ||  ||||| ||| |||||||||| ||   ||
seq2  CAAATTGGTGCCATTTTAATCTTATCTCTCA-CACTGTGACGAAC--TCT  1171

seq1  AGCAAGAGCAATCAGGCAAGGAACAAACACAAGAAGCACCAGTATCTAAA  1248
        | ||||| |||| |||  | || |||  |||    |||||||||| ||
seq2  GACTAGAGC-ATCA-GCA--GTAC-AACTTAAG----ACCAGTATCT-AA  1211

seq1  TGGCATATGAA  1259
      |||||||||||
seq2  TGGCATATGAA  1222