BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088O07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 51,298,433 - 51,393,889
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039366, Foxg1, ENSMUSG00000045946, LOC100039424, LOC665071, LOC665077, LOC100039455
Downstream genePrkcm, LOC100039517, LOC636070
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088O07.bB6Ng01-088O07.g
ACCDH901621DH901622
length1,0831,156
definitionDH901621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088O07, 5' end.DH901622|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088O07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,298,433 - 51,299,522)(51,392,701 - 51,393,889)
sequence
gaattctttttgtggacacagtcatacttaagttgtgactccctaaggaa
caatgtgcaaggctgcccagtaggctagtggtcaatggacaattctggaa
atcagtatcgagttctgttatcattgtgtggagttcaaattcaggtacaa
gcagcagctggaatctctccaactgtcaggagtgtctgaaaaacactaag
agactaaataatttagattacactatattgacctgtataattgtttaaat
gagtaatgcagtcatcaactgaaagaggtcaaccatctgtagaggaaaca
cagaatttggtttcatttccaaacaaacttttgaaagcaaattgtttttt
tctgtgggaggtaggggaaagtctgaagacagattaatggcttctcctgc
taaataaaggttgaagcttctgtcgtttataaaatgcgacatcaataggg
aagattccacacgcagctggtgcccaagtgccagagaatccgttgctggg
gtcttgtttccatggggttaaaaggaaagtagcctgagggattcacctta
gttttttatccggtatcatcattcattgcacgtgtgtgtggatacatgtg
tatagagaacaggggaaatctttgaaaaaatattaatctttatgctaaac
aactatatctttgtagataaagcaagtcgaaccaaatctttattatagca
gaacagcagggctgcctctatgtaaatgcttagggcctgtgcagctgcag
aagcatctcctgcaggaggacctaattgaggactgcctgtgacaccagca
ttcctgcaggggacctaattgaggactgcctgagagagcaaggatggcta
gtgtaaatattgccagccaaccaggaactgctgtttagaagagatacttt
tcttggaaccaatggggatgtgggtaaagtgcattaaaggagcttgcagc
aatgctcagatgagctgctgcagcattctcacctgctccggagtctggtg
tcattgacttctgttcacttcatccccacacccagtacaggtaagggttg
ggtagagagctatcaggcacagcacactctgta
gaattcaaaagaagttaaaataggcgttgcttgtatatcttaagaattgt
aaaggaaaagaaatgaattatataaaatggatctatctataaatctttag
aaaataatgcatgccacctaataatgcttgaacagatatttgtggaataa
gtggacataacatacataataaaaatttgcattcattcttcctttcttat
aacatacttactaagttaattgtataagtaatttcacaaatggggaattt
tgcacaagagtgttgactgtaagcactggtaatttcacagtcacaaataa
ggcttagctatggaattaaactatttatgtaacattatttcatttaagtt
tagttcagagtagatttactaagtgttggtgaggcagagactgaattaaa
tgacttcccaagtttgttaggactttgagatttaaaaagtttaaaatgct
tctactaaacgaaggcctgaataacttccacacttccacatcttcaatac
ttgtccttgcttttgttgaaggatgtggcttgctatactgtcaataagaa
atttacaacataagtaattctgtaatcataatgtgaaaaattatatattc
catatttcatcttaagattttattttatcttaaaatcataaagtaaaatg
caaattttcatttgccatattatttaactccacaaaaggcttttttgtta
actaattatttgatttatttacatcccaaatcctatccctgagcccccct
cacagagttcttcgcctgatccctcctgcccttcacctctgagagggtgc
tcccctgccctcatcctccttcacttgggcatcaagtctctacaggatcc
tctcccattgtggccaaagaagtcatctgctacatatgtactgggggcct
gtgacagtcccatgtatgctccttggttggtggtttagctctgggagctc
ccaatgatccaggttactgcacactattggtgaaattggtttattggtta
tttattatcatttcaaattgcctccctcctgtttcccctctgcaaacaac
taatcttctctctgctcaataagggtgcttgccatcacctaccattccat
ggcctagcatcacctaactggctcacttccaggacaaggcttccctctca
ctgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_51298433_51299522
seq2: B6Ng01-088O07.b_47_1129

seq1  GAATTCTTTTTGTGGACACAGTCATACTTAAGTTGTGACTCCCTAAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTGTGGACACAGTCATACTTAAGTTGTGACTCCCTAAGGAA  50

seq1  CAATGTGCAAGGCTGCCCAGTAGGCTAGTGGTCAATGGACAATTCTGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGCAAGGCTGCCCAGTAGGCTAGTGGTCAATGGACAATTCTGGAA  100

seq1  ATCAGTATCGAGTTCTGTTATCATTGTGTGGAGTTCAAATTCAGGTACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTATCGAGTTCTGTTATCATTGTGTGGAGTTCAAATTCAGGTACAA  150

seq1  GCAGCAGCTGGAATCTCTCCAACTGTCAGGAGTGTCTGAAAAACACTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGCTGGAATCTCTCCAACTGTCAGGAGTGTCTGAAAAACACTAAG  200

seq1  AGACTAAATAATTTAGATTACACTATATTGACCTGTATAATTGTTTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAATAATTTAGATTACACTATATTGACCTGTATAATTGTTTAAAT  250

seq1  GAGTAATGCAGTCATCAACTGAAAGAGGTCAACCATCTGTAGAGGAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATGCAGTCATCAACTGAAAGAGGTCAACCATCTGTAGAGGAAACA  300

seq1  CAGAATTTGGTTTCATTTCCAAACAAACTTTTGAAAGCAAATTGTTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTTGGTTTCATTTCCAAACAAACTTTTGAAAGCAAATTGTTTTTT  350

seq1  TCTGTGGGAGGTAGGGGAAAGTCTGAAGACAGATTAATGGCTTCTCCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGAGGTAGGGGAAAGTCTGAAGACAGATTAATGGCTTCTCCTGC  400

seq1  TAAATAAAGGTTGAAGCTTCTGTCGTTTATAAAATGCGACATCAATAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAGGTTGAAGCTTCTGTCGTTTATAAAATGCGACATCAATAGGG  450

seq1  AAGATTCCACACGCAGCTGGTGCCCAAGTGCCAGAGAATCCGTTGCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCCACACGCAGCTGGTGCCCAAGTGCCAGAGAATCCGTTGCTGGG  500

seq1  GTCTTGTTTCCATGGGGTTAAAAGGAAAGTAGCCTGAGGGATTCACCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTTTCCATGGGGTTAAAAGGAAAGTAGCCTGAGGGATTCACCTTA  550

seq1  GTTTTTTATCCGGTATCATCATTCATTGCACGTGTGTGTGGATACATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTATCCGGTATCATCATTCATTGCACGTGTGTGTGGATACATGTG  600

seq1  TATAGAGAACAGGGGAAATCTTTGAAAAAATATTAATCTTTATGCTAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGAACAGGGGAAATCTTTGAAAAAATATTAATCTTTATGCTAAAC  650

seq1  AACTATATCTTTGTAGATAAAGCAAGTCGAACCAAATCTTTATTATAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATATCTTTGTAGATAAAGCAAGTCGAACCAAATCTTTATTATAGCA  700

seq1  GAACAGCAGGGCTGCCTCTATGTAAATGCTTAGGGCCTGTGCAGCTGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCAGGGCTGCCTCTATGTAAATGCTTAGGGCCTGTGCAGCTGCAG  750

seq1  AAGCATCTCCTGCAGGAGGACCTAATTGAGGACTGCCTGTGACACCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCTCCTGCAGGAGGACCTAATTGAGGACTGCCTGTGACACCAGCA  800

seq1  TTCCTGCAGGGGGACCTAATTGAGGACTGCCTGAGAGAGCAAGGATGGCT  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCA-GGGGACCTAATTGAGGACTGCCTGAGAGAGCAAGGATGGCT  849

seq1  AGTGTAAATATTGCCAGCCAACCAGGAACTGCTGTTTAGAAGAGATAC-T  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTGTAAATATTGCCAGCCAACCAGGAACTGCTGTTTAGAAGAGATACTT  899

seq1  TTCTTGGAACCAATGGGGATGTGGGTAAAGTGCATTAAAGGAGCTTGCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGAACCAATGGGGATGTGGGTAAAGTGCATTAAAGGAGCTTGCAG  949

seq1  CAATGCTCAGATGAGCTTGCTGCAGCATTTCTCACCTGCTTCCGGAGTCT  999
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  CAATGCTCAGATGAGC-TGCTGCAGCA-TTCTCACCTGC-TCCGGAGTCT  996

seq1  -GTGTCATTGAC-TCTGTATCAACTCATCCCCAACACCCAAGTACAGGT-  1046
       ||||||||||| ||||| |||  |||||||| |||||| ||||||||| 
seq2  GGTGTCATTGACTTCTGT-TCACTTCATCCCC-ACACCC-AGTACAGGTA  1043

seq1  AGGGTTGGGTAGAGAGCTATCCAGGGCACAGGCAACACTCTGTA  1090
      |||||||||||||||||||||   |||||||   ||||||||||
seq2  AGGGTTGGGTAGAGAGCTATC--AGGCACAG--CACACTCTGTA  1083

seq1: chr12_51392701_51393889
seq2: B6Ng01-088O07.g_69_1224 (reverse)

seq1  CATCAGTGAGAGGGGAAGCCCTTGGTCCTGTGGAGGTTTGATGCCCCAGT  50
      ||||||||||| ||||||||  | ||||  |||| |     ||  |||||
seq2  CATCAGTGAGA-GGGAAGCC--TTGTCC--TGGAAG-----TGAGCCAGT  40

seq1  GTAGGGTGATGCTAGGGCAGTGGGAATGGGTAGGTGGATGGGAAAGCACC  100
       || |||||||||||| ||   ||||| ||||||| ||| || |||||||
seq2  -TA-GGTGATGCTAGGCCA--TGGAAT-GGTAGGT-GAT-GGCAAGCACC  83

seq1  CTTATTGAAGCAGGGGGGAGGGAGAGTGGGGTGGGGGTTGCAGAGGGGAA  150
      ||||||| ||||| |     | ||| |     |  | |||||||||||||
seq2  CTTATTG-AGCAGAG----AGAAGATT----AGTTGTTTGCAGAGGGGAA  124

seq1  ACAGGGAGGGAGGGCAAAATTTGAAATGATAATAAAATAACCAATAAAAC  200
      ||| |||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ACA-GGAGGGAGG---CAATTTGAAATGATAAT-AAATAACCAAT-AAAC  168

seq1  CAATTTCACCAATAGTGTGCAGTAACCTGGATCATTGGGAGCTCCCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAATTTCACCAATAGTGTGCAGTAACCTGGATCATTGGGAGCTCCCAGA-  217

seq1  GCTAAACCACCAACCAAGGAGCATACATGGGACTGTCACAGGCCCCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACCACCAACCAAGGAGCATACATGGGACTGTCACAGGCCCCCAGT  267

seq1  ACATATGTAGCAGATGACTTCTTTGGCCACAATGGGAGAGGATCCTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTAGCAGATGACTTCTTTGGCCACAATGGGAGAGGATCCTGTAG  317

seq1  AGACTTGATGCCCAAGTGAAGGAGGATGAGGGCAGGGGAGCACCCTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGATGCCCAAGTGAAGGAGGATGAGGGCAGGGGAGCACCCTCTCA  367

seq1  GAGGTGAAGGGCAGGAGGGATCAGGCGAAGAACTCTGTGAGGGGGGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAAGGGCAGGAGGGATCAGGCGAAGAACTCTGTGAGGGGGGCTCA  417

seq1  GGGATAGGATTTGGGATGTAAATAAATCAAATAATTAGTTAACAAAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGGATTTGGGATGTAAATAAATCAAATAATTAGTTAACAAAAAAG  467

seq1  CCTTTTGTGGAGTTAAATAATATGGCAAATGAAAATTTGCATTTTACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTGGAGTTAAATAATATGGCAAATGAAAATTTGCATTTTACTTT  517

seq1  ATGATTTTAAGATAAAATAAAATCTTAAGATGAAATATGGAATATATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTAAGATAAAATAAAATCTTAAGATGAAATATGGAATATATAAT  567

seq1  TTTTCACATTATGATTACAGAATTACTTATGTTGTAAATTTCTTATTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACATTATGATTACAGAATTACTTATGTTGTAAATTTCTTATTGAC  617

seq1  AGTATAGCAAGCCACATCCTTCAACAAAAGCAAGGACAAGTATTGAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGCAAGCCACATCCTTCAACAAAAGCAAGGACAAGTATTGAAGAT  667

seq1  GTGGAAGTGTGGAAGTTATTCAGGCCTTCGTTTAGTAGAAGCATTTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGTGTGGAAGTTATTCAGGCCTTCGTTTAGTAGAAGCATTTTAAA  717

seq1  CTTTTTAAATCTCAAAGTCCTAACAAACTTGGGAAGTCATTTAATTCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAAATCTCAAAGTCCTAACAAACTTGGGAAGTCATTTAATTCAGT  767

seq1  CTCTGCCTCACCAACACTTAGTAAATCTACTCTGAACTAAACTTAAATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCACCAACACTTAGTAAATCTACTCTGAACTAAACTTAAATGA  817

seq1  AATAATGTTACATAAATAGTTTAATTCCATAGCTAAGCCTTATTTGTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTTACATAAATAGTTTAATTCCATAGCTAAGCCTTATTTGTGAC  867

seq1  TGTGAAATTACCAGTGCTTACAGTCAACACTCTTGTGCAAAATTCCCCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATTACCAGTGCTTACAGTCAACACTCTTGTGCAAAATTCCCCAT  917

seq1  TTGTGAAATTACTTATACAATTAACTTAGTAAGTATGTTATAAGAAAGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAATTACTTATACAATTAACTTAGTAAGTATGTTATAAGAAAGGA  967

seq1  AGAATGAATGCAAATTTTTATTATGTATGTTATGTCCACTTATTCCACAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAATGCAAATTTTTATTATGTATGTTATGTCCACTTATTCCACAA  1017

seq1  ATATCTGTTCAAGCATTATTAGGTGGCATGCATTATTTTCTAAAGATTTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTTCAAGCATTATTAGGTGGCATGCATTATTTTCTAAAGATTTA  1067

seq1  TAGATAGATCCATTTTATATAATTCATTTCTTTTCCTTTACAATTCTTAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATCCATTTTATATAATTCATTTCTTTTCCTTTACAATTCTTAA  1117

seq1  GATATACAAGCAACGCCTATTTTAACTTCTTTTGAATTC  1189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACAAGCAACGCCTATTTTAACTTCTTTTGAATTC  1156