BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091N21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 26,914,461 - 27,024,383
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf144
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726
Downstream geneRsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik, Sox11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091N21.bB6Ng01-091N21.g
ACCDH903782DH903783
length8321,131
definitionDH903782|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091N21, 5' end.DH903783|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091N21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,023,555 - 27,024,383)(26,914,461 - 26,915,593)
sequence
gaattctcgccgtgtctctgtggaagccacaggagggagatctgagtgtg
tatgtctctcatttcagactgttctgcgatgaccacagcaaggtaccggc
ccacctgggacctggccctcgacccactggtgtcctgcaagctgtgcctc
ggggaatacccagcggagcagatgacaaccatcgcccaatgccagtgcat
cttctgtaccctggtgggtctcttgggctcaagtccatactctaagagct
tgttgctctcacatccagatgcaccaagccaccttgggactaaacattgt
gggagcctaaacatatattcagatcctacctgtgtgggaaggctgcttct
gtaagtcaggcaggtggctggagtacagttgcttatgacacacaagctat
cacttaagcaggattgtggtatctgctgggacagtataaatgcccgacac
agcacacattcttcttgccagacaggaggctttcccacatctcattttca
gtttaatgatgagtccacacttgacattgtgacagagctaagctgagcac
tgtgagtagcttggatatgtagccattagtgttaattctccctgctggag
gctgaatgactgtgcctacagcttgaggtctagagctttcttacactgca
gccagaatttcttgaggacaagtgatctgttctcagtatgaatgtagaga
ttcctaattcaagaagtttgggtttgggtctaattcacacatggattttt
cctttttattttatgttttgtttctgtctatgtatgtgtatctgctgttt
ttctcttttcttttgtgagttgagtgtgtgtg
gaattcagcccgttatgatagcaagccacagggttgctccacagcctctc
gaaaggctagggagacatctggaaagtacttacaagtgccacatgcaggt
ctcttcatggggacagtggaggaaatgtgtgctgtgaatggcttttgttg
aggagagctgaggaatttctcaacggacgttcagacaattaagaggatct
tagtggtatgtatcggagcagactaagaagcaggagcctgtgttgcgtgg
agactggatctctcttctactgggatgctactcaggcttccttaggaaac
acttgctttctcaagacaagtcatctcctccagcagtgttgacttttaaa
ctgtttaactgtcccctgtgaaagcacagtcattaggcagctttgttttt
cactgtgtctaggtgactgattcctatcaaaaaatctttttctcgggcgt
tgttagatctatgttctcctcttcatccttcgatgaggtcaacaagtctc
ttctaacagatagcaagacacaattggagctatccacatccctgcttgtc
gctatcacggatgcgccatactccaaatgccccttgctgtttcacaccta
ttcaatgccagttatactgctgtgcagtcatcttccatgcttctgttcat
aagtagagctccaagatggggtgtgtagggaaacatactctttaaaccac
cagcttagttcatgttcatcatgacagtgagcgcggtacaagaggctcac
tcattagaaagatacatatgtggggatggtaagtcaggtgttcaaggcct
tgtcgattatgagcaaagtacaaccaagacagaaactcaccagcctagtt
catgacagcatctgtgttaatcatttccagaccccaaacccttcctttaa
tttctggcatgagctttgcaaaggtcagtgcagaattagtgcatgtacac
ttcctaccatgacttgagtctgtttacaaaatgagacttgttttccgtat
accagggtaatctgtgtgctattataaatgtgcctcactcataggcacaa
acttatctttaatcatagagaaattgcaaaatattacccacgttgggata
tgttcctctttcttgtcggatcggtcacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27023555_27024383
seq2: B6Ng01-091N21.b_49_880 (reverse)

seq1  CACACACACTC-ACTCACAAA--GAAAGAGAAAAACAGCAGATACACATA  47
      ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACTCAACTCACAAAAGAAAAGAGAAAAACAGCAGATACACATA  50

seq1  CATAGACAGAAACAAAACATAAAATAAAAAGGAAAAATCCATGTGTGAAT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACAGAAACAAAACATAAAATAAAAAGGAAAAATCCATGTGTGAAT  100

seq1  TAGACCCAAACCCAAACTTCTTGAATTAGGAATCTCTACATTCATACTGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCAAACCCAAACTTCTTGAATTAGGAATCTCTACATTCATACTGA  150

seq1  GAACAGATCACTTGTCCTCAAGAAATTCTGGCTGCAGTGTAAGAAAGCTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATCACTTGTCCTCAAGAAATTCTGGCTGCAGTGTAAGAAAGCTC  200

seq1  TAGACCTCAAGCTGTAGGCACAGTCATTCAGCCTCCAGCAGGGAGAATTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTCAAGCTGTAGGCACAGTCATTCAGCCTCCAGCAGGGAGAATTA  250

seq1  ACACTAATGGCTACATATCCAAGCTACTCACAGTGCTCAGCTTAGCTCTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAATGGCTACATATCCAAGCTACTCACAGTGCTCAGCTTAGCTCTG  300

seq1  TCACAATGTCAAGTGTGGACTCATCATTAAACTGAAAATGAGATGTGGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATGTCAAGTGTGGACTCATCATTAAACTGAAAATGAGATGTGGGA  350

seq1  AAGCCTCCTGTCTGGCAAGAAGAATGTGTGCTGTGTCGGGCATTTATACT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCCTGTCTGGCAAGAAGAATGTGTGCTGTGTCGGGCATTTATACT  400

seq1  GTCCCAGCAGATACCACAATCCTGCTTAAGTGATAGCTTGTGTGTCATAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGCAGATACCACAATCCTGCTTAAGTGATAGCTTGTGTGTCATAA  450

seq1  GCAACTGTACTCCAGCCACCTGCCTGACTTACAGAAGCAGCCTTCCCACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGTACTCCAGCCACCTGCCTGACTTACAGAAGCAGCCTTCCCACA  500

seq1  CAGGTAGGATCTGAATATATGTTTAGGCTCCCACAATGTTTAGTCCCAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGGATCTGAATATATGTTTAGGCTCCCACAATGTTTAGTCCCAAG  550

seq1  GTGGCTTGGTGCATCTGGATGTGAGAGCAACAAGCTCTTAGAGTATGGAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTGGTGCATCTGGATGTGAGAGCAACAAGCTCTTAGAGTATGGAC  600

seq1  TTGAGCCCAAGAGACCCACCAGGGTACAGAAGATGCACTGGCATTGGGCG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCCAAGAGACCCACCAGGGTACAGAAGATGCACTGGCATTGGGCG  650

seq1  ATGGTTGTCATCTGCTCCGCTGGGTATTCCCCGAGGCACAGCTTGCAGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGTCATCTGCTCCGCTGGGTATTCCCCGAGGCACAGCTTGCAGGA  700

seq1  CACCAGTGGGTCGAGGGCCAGGTCCCAGGTGGGCCGGTACCTTGCTGTGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTGGGTCGAGGGCCAGGTCCCAGGTGGGCCGGTACCTTGCTGTGG  750

seq1  TCATCGCAGAACAGTCTGAAATGAGAGACATACACACTCAGATCTCCCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCGCAGAACAGTCTGAAATGAGAGACATACACACTCAGATCTCCCTC  800

seq1  CTGTGGCTTCCACAGAGACACGGCGAGAATTC  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTTCCACAGAGACACGGCGAGAATTC  832

seq1: chr12_26914461_26915593
seq2: B6Ng01-091N21.g_68_1198

seq1  GAATTCAGCCCGTTATGATAGCAAGCCACAGGGTTGCTCCACAGCCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCCGTTATGATAGCAAGCCACAGGGTTGCTCCACAGCCTCTC  50

seq1  GAAAGGCTAGGGAGACATCTGGAAAGTACTTACAAGTGCCACATGCAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCTAGGGAGACATCTGGAAAGTACTTACAAGTGCCACATGCAGGT  100

seq1  CTCTTCATGGGGACAGTGGAGGAAATGTGTGCTGTGAATGGCTTTTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCATGGGGACAGTGGAGGAAATGTGTGCTGTGAATGGCTTTTGTTG  150

seq1  AGGAGAGCTGAGGAATTTCTCAACGGACGTTCAGACAATTAAGAGGATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCTGAGGAATTTCTCAACGGACGTTCAGACAATTAAGAGGATCT  200

seq1  TAGTGGTATGTATCGGAGCAGACTAAGAAGCAGGAGCCTGTGTTGCGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTATGTATCGGAGCAGACTAAGAAGCAGGAGCCTGTGTTGCGTGG  250

seq1  AGACTGGATCTCTCTTCTACTGGGATGCTACTCAGGCTTCCTTAGGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGATCTCTCTTCTACTGGGATGCTACTCAGGCTTCCTTAGGAAAC  300

seq1  ACTTGCTTTCTCAAGACAAGTCATCTCCTCCAGCAGTGTTGACTTTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTTCTCAAGACAAGTCATCTCCTCCAGCAGTGTTGACTTTTAAA  350

seq1  CTGTTTAACTGTCCCCTGTGAAAGCACAGTCATTAGGCAGCTTTGTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAACTGTCCCCTGTGAAAGCACAGTCATTAGGCAGCTTTGTTTTT  400

seq1  CACTGTGTCTAGGTGACTGATTCCTATCAAAAAATCTTTTTCTCGGGCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGTCTAGGTGACTGATTCCTATCAAAAAATCTTTTTCTCGGGCGT  450

seq1  TGTTAGATCTATGTTCTCCTCTTCATCCTTCGATGAGGTCAACAAGTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGATCTATGTTCTCCTCTTCATCCTTCGATGAGGTCAACAAGTCTC  500

seq1  TTCTAACAGATAGCAAGACACAATTGGAGCTATCCACATCCCTGCTTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACAGATAGCAAGACACAATTGGAGCTATCCACATCCCTGCTTGTC  550

seq1  GCTATCACGGATGCGCCATACTCCAAATGCCCCTTGCTGTTTCACACCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCACGGATGCGCCATACTCCAAATGCCCCTTGCTGTTTCACACCTA  600

seq1  TTCAATGCCAGTTATACTGCTGTGCAGTCATCTTCCATGCTTCTGTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCCAGTTATACTGCTGTGCAGTCATCTTCCATGCTTCTGTTCAT  650

seq1  AAGTAGAGCTCCAAGATGGGGTGTGTAGGGAAACATACTCTTTAAACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGCTCCAAGATGGGGTGTGTAGGGAAACATACTCTTTAAACCAC  700

seq1  CAGCTTAGTTCATGTTCATCATGACAGTGAGCGCGGTACAAGAGGCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTAGTTCATGTTCATCATGACAGTGAGCGCGGTACAAGAGGCTCAC  750

seq1  TCATTAGAAAGATACATATGTGGGGATGGTAAGTCAGGTGTTCAAGGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGAAAGATACATATGTGGGGATGGTAAGTCAGGTGTTCAAGGCCT  800

seq1  TGTCGATTATGAGCAAAGTACAACCAAGACAGAAACTCACCAGCCTAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGATTATGAGCAAAGTACAACCAAGACAGAAACTCACCAGCCTAGTT  850

seq1  CATGACAGCATCTGTGTTAATCATTTCCAGACCCCAAAACCCTCCTTT-A  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
seq2  CATGACAGCATCTGTGTTAATCATTTCCAGACCCCAAACCCTTCCTTTAA  900

seq1  TTTCTGGCATGAGCTTTGCAAAGGTCAGTGCAGAATTAGTGCATGTACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCATGAGCTTTGCAAAGGTCAGTGCAGAATTAGTGCATGTACAC  950

seq1  TTCCTACCATGACTTGAGTCTGTTTACAAAATGAGACTTGTTTTCCGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCCTACCATGACTTGAGTCTGTTTACAAAATGAGACTTGTTTTCCGTA-  999

seq1  TACAAGGGTAATCTGTGTTGCTAATTATAAATGTTCCTCACTCATAAGGC  1049
      ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TACCAGGGTAATCTGTG-TGCT-ATTATAAATGTGCCTCACTCAT-AGGC  1046

seq1  AACAAACTTATCTCTAATCATCAGAGAAA-TGCAAAATA-TACCCACAGT  1097
       |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||  |
seq2  -ACAAACTTATCTTTAATCAT-AGAGAAATTGCAAAATATTACCCACGTT  1094

seq1  GGGATA-GTTCCTCCTTCTTGTCAGATCGGTCACAAA  1133
      |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GGGATATGTTCCTCTTTCTTGTCGGATCGGTCACAAA  1131