BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102P13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 40,797,987 - 40,945,112
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScin, Gm889, Ifrd1
Upstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606
Downstream geneEG629820, Zfp277, Dock4, LOC638487, LOC100043157, LOC100043162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102P13.bB6Ng01-102P13.g
ACCDH911709DH911710
length7141,144
definitionDH911709|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102P13, 5' end.DH911710|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102P13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,944,402 - 40,945,112)(40,797,987 - 40,799,129)
sequence
gaattccagaattttgcagtttaccacacagtattttttttcttttcttt
tctttttgttttttttttttttgagacagggtttctctgtatagccctgc
ctgtcctggaactcactctgtaggccaagcttgccttgaactcacagatc
ctcctgcctctgcctcccaagcgctaggattaaaggcgtgcaccaccact
gcccagctaacacacacttttaaatattaaaactgacactgtctcaaaca
tggtgagattcaaggatggacacacaatgtcacacatatacagacacagg
tgtgattgttgcccatcctggtgaacctagcactaaggagcttgacctct
cactggtgattgcagtgaatttaaggccagccttgtcttcataatgaatt
ccatgccagctcaggctatccagggagacactgacttaaaacgggagcag
gggaagcattttaatttgcaccggcttttataacatatcagatataaaac
ttctgctattcttttgttaccttaaaacctgccccttttgaacttggcac
ttgcctttaaaatcaggctcctgaacaagaggctattttatttactggct
actgctttactaaagctagttctcattgttgatgattggtacatttctgc
agtgcttcataatgtaaatatgttgaccttctggagtacagacttgatga
atcaaactattttt
gaattcaactgatgacacccctaaagaaatgtcaactatgggcgaggtca
ggaattcaacagtggagccttgtgattgactcttccatatgaactcaaat
gagtgtccacaggtaaagactccactgttgatttaatggattaaaaaaat
tagttacaattaaacacatgagaatctgtgcctagaatgttataagatca
atatggagaccagatttaaatgataagaccacatgagatcaccttggcct
ggaatactccagtgcttagaggccaagcagagtaaagccctaacctctct
gggaatgtggagacatctagctcatcagaaaaatatgctcaacaaacagt
acaagttgactgtggtaaatgcctgcctgtggctggttaagaaaaacaag
atcagagaagtgatctttgaaagcactgtgctcattcaccccgcttacca
tatttaggctcacaagaacatatgctctcagaaggacagaaatgtgaaaa
cccaggagaaggcaagacacagtgtctacagaatttgttttcaagcacat
ctcctggtttcatatctcctggtaaatgatccaggatacaagaataaatt
tgtcatgtatatgaggaaaaaggagattacagcctgcagtcagaacaaac
agcgagtattggaagaactgtgagtctatacaaggggatctgaaaccaaa
gaaagtctaagcaaaaccagagaggggaccatgggcagaggggtagactg
ggggatggagcaatttggctttagataagagccatacatttttattctat
gtaataagtatttattatcaacttaacagatcactacaaaatatataatt
tatgggtgacattgatattaattgataaaacacctcatcacttttgtata
agttactaatatatggattattcttaaaaatatgaatcagtttatctttt
taaatattcataagtcagaggagagatatattctatgtacagatgtagct
agtgaattacaggatgcagatgtggtgatcttgtattgtgatacatttat
gtttctcttcttgaaagaaggaggaagttgtggaaagaacagatagagtg
tgacataagagaatccatggcctgtgcatctcaatgacaaggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_40944402_40945112
seq2: B6Ng01-102P13.b_45_757 (reverse)

seq1  AAAATAAGTTGATTCATCAAGTCTGTACTACAGAAGGTCAAC-TATTTAC  49
      ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  AAAATAGTTTGATTCATCAAGTCTGTACTCCAGAAGGTCAACATATTTAC  50

seq1  ATTATGAAGCAACTGCAGAAATGTACCAATCATCAACAATGAGAACTAGC  99
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAAGC-ACTGCAGAAATGTACCAATCATCAACAATGAGAACTAGC  99

seq1  TTTAGT-AAGCAGTAGCCAGTAAAT-AAATAGCCTCTTGTTCAGGAGCCT  147
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTAAAGCAGTAGCCAGTAAATAAAATAGCCTCTTGTTCAGGAGCCT  149

seq1  GATTTTAAAGGCAAGTGCCAAGTTCAAAAGGGGCAGGTTTTAAGGTAACA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAAGGCAAGTGCCAAGTTCAAAAGGGGCAGGTTTTAAGGTAACA  199

seq1  AAAGAATAGCAGAAGTTTTATATCTGATATGTTATAAAAGCCGGTGCAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATAGCAGAAGTTTTATATCTGATATGTTATAAAAGCCGGTGCAAA  249

seq1  TTAAAATGCTTCCCCTGCTCCCGTTTTAAGTCAGTGTCTCCCTGGATAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCTTCCCCTGCTCCCGTTTTAAGTCAGTGTCTCCCTGGATAGC  299

seq1  CTGAGCTGGCATGGAATTCATTATGAAGACAAGGCTGGCCTTAAATTCAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGGCATGGAATTCATTATGAAGACAAGGCTGGCCTTAAATTCAC  349

seq1  TGCAATCACCAGTGAGAGGTCAAGCTCCTTAGTGCTAGGTTCACCAGGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCACCAGTGAGAGGTCAAGCTCCTTAGTGCTAGGTTCACCAGGAT  399

seq1  GGGCAACAATCACACCTGTGTCTGTATATGTGTGACATTGTGTGTCCATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACAATCACACCTGTGTCTGTATATGTGTGACATTGTGTGTCCATC  449

seq1  CTTGAATCTCACCATGTTTGAGACAGTGTCAGTTTTAATATTTAAAAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCTCACCATGTTTGAGACAGTGTCAGTTTTAATATTTAAAAGTG  499

seq1  TGTGTTAGCTGGGCAGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCTAGCGCTTGGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAGCTGGGCAGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCTAGCGCTTGGGA  549

seq1  GGCAGAGGCAGGAGGATCTGTGAGTTCAAGGCAAGCTTGGCCTACAGAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGAGGATCTGTGAGTTCAAGGCAAGCTTGGCCTACAGAGT  599

seq1  GAGTTCCAGGACAGGCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAGGACAGGCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAA  649

seq1  AAAAAACAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAAATACTGTGTGGTAAACTGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAAATACTGTGTGGTAAACTGCA  699

seq1  AAATTCTGGAATTC  711
      ||||||||||||||
seq2  AAATTCTGGAATTC  713

seq1: chr12_40797987_40799129
seq2: B6Ng01-102P13.g_68_1211

seq1  GAATTCAACTGATGACACCCCTAAAGAAATGTCAACTATGGGCGAGGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTGATGACACCCCTAAAGAAATGTCAACTATGGGCGAGGTCA  50

seq1  GGAATTCAACAGTGGAGCCTTGTGATTGACTCTTCCATATGAACTCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAACAGTGGAGCCTTGTGATTGACTCTTCCATATGAACTCAAAT  100

seq1  GAGTGTCCACAGGTAAAGACTCCACTGTTGATTTAATGGATTAAAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCCACAGGTAAAGACTCCACTGTTGATTTAATGGATTAAAAAAAT  150

seq1  TAGTTACAATTAAACACATGAGAATCTGTGCCTAGAATGTTATAAGATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACAATTAAACACATGAGAATCTGTGCCTAGAATGTTATAAGATCA  200

seq1  ATATGGAGACCAGATTTAAATGATAAGACCACATGAGATCACCTTGGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAGACCAGATTTAAATGATAAGACCACATGAGATCACCTTGGCCT  250

seq1  GGAATACTCCAGTGCTTAGAGGCCAAGCAGAGTAAAGCCCTAACCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTCCAGTGCTTAGAGGCCAAGCAGAGTAAAGCCCTAACCTCTCT  300

seq1  GGGAATGTGGAGACATCTAGCTCATCAGAAAAATATGCTCAACAAACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGTGGAGACATCTAGCTCATCAGAAAAATATGCTCAACAAACAGT  350

seq1  ACAAGTTGACTGTGGTAAATGCCTGCCTGTGGCTGGTTAAGAAAAACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTGACTGTGGTAAATGCCTGCCTGTGGCTGGTTAAGAAAAACAAG  400

seq1  ATCAGAGAAGTGATCTTTGAAAGCACTGTGCTCATTCACCCCGCTTACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAAGTGATCTTTGAAAGCACTGTGCTCATTCACCCCGCTTACCA  450

seq1  TATTTAGGCTCACAAGAACATATGCTCTCAGAAGGACAGAAATGTGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGGCTCACAAGAACATATGCTCTCAGAAGGACAGAAATGTGAAAA  500

seq1  CCCAGGAGAAGGCAAGACACAGTGTCTACAGAATTTGTTTTCAAGCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAGAAGGCAAGACACAGTGTCTACAGAATTTGTTTTCAAGCACAT  550

seq1  CTCCTGGTTTCATATCTCCTGGTAAATGATCCAGGATACAAGAATAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTTTCATATCTCCTGGTAAATGATCCAGGATACAAGAATAAATT  600

seq1  TGTCATGTATATGAGGAAAAAGGAGATTACAGCCTGCAGTCAGAACAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTATATGAGGAAAAAGGAGATTACAGCCTGCAGTCAGAACAAAC  650

seq1  AGCGAGTATTGGAAGAACTGTGAGTCTATACAAGGGGATCTGAAACCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGTATTGGAAGAACTGTGAGTCTATACAAGGGGATCTGAAACCAAA  700

seq1  GAAAGTCTAAGCAAAACCAGAGAGGGGACCATGGGCAGAGGGGTAGACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTAAGCAAAACCAGAGAGGGGACCATGGGCAGAGGGGTAGACTG  750

seq1  GGGGATGGAGCAATTTGGCTTTAGATAAGAGCCATACATTTTTATTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGGAGCAATTTGGCTTTAGATAAGAGCCATACATTTTTATTCTAT  800

seq1  GTAATAAGTATTTATTATCAACTTAACAGATCACTACAAAATATATAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAGTATTTATTATCAACTTAACAGATCACTACAAAATATATAATT  850

seq1  TATGGGTGACATTGATATTAATTGATAAAACACCTCATCACTTTTGTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGACATTGATATTAATTGATAAAACACCTCATCACTTTTGTATA  900

seq1  AGTTACTAATATATGGATTATTCTTAAAAATATGAATCAGTTTATCTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTAATATATGGATTATTCTTAAAAATATGAATCAGTTTATCTTTT  950

seq1  TAAATTATTTCATAAGTCAGAGGAGAGGATAATATCTATGTACAGATGTA  1000
      |||||   |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||
seq2  TAAAT--ATTCATAAGTCAGAGGAGA-GATATATTCTATGTACAGATGTA  997

seq1  GCTAGTGAAATTACAGGAGTGCAGATGTGGTGATC-TGTA-TGTGATTAC  1048
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||
seq2  GCTAGTG-AATTACAGGA-TGCAGATGTGGTGATCTTGTATTGTGA-TAC  1044

seq1  ATTTATG-TTCTCT--CTGAGAGAAGGAGGAGGTTGTTGAAAGGAACAGG  1095
      ||||||| ||||||   ||| |||||||||| ||||| |||| |||||  
seq2  ATTTATGTTTCTCTTCTTGAAAGAAGGAGGAAGTTGTGGAAA-GAACA--  1091

seq1  GATAGA-AGTGAC---AGAGA--TCATGG-CTGTGGCCATCACAATGACA  1138
      ||||||  |||||   |||||   ||||| |||||  |||| ||||||||
seq2  GATAGAGTGTGACATAAGAGAATCCATGGCCTGTG--CATCTCAATGACA  1139

seq1  AGGCA  1143
      |||||
seq2  AGGCA  1144