BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107H14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 55,213,512 - 55,368,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEgln3
Upstream geneAkap6, Npas3
Downstream geneEG665239, EG665251, LOC665256, LOC621363, 1110002B05Rik, Eapp, LOC673582, LOC100039735, LOC100039764, Snx6, Cfl2, Baz1a, LOC100039804, 2700097O09Rik, LOC665144, EG665137, Srp54, 1700047I17Rik, LOC100039815, LOC665155, LOC100039830
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107H14.bB6Ng01-107H14.g
ACCDH914935DH914936
length1,151897
definitionDH914935|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107H14, 5' end.DH914936|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107H14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,367,340 - 55,368,506)(55,213,512 - 55,214,391)
sequence
gaattcaataagtgatgccagagtttgcccttcatctggtgtatagcaga
tgtcaatgctgctgcacactgcattgtatgaatgccttctgaagtattta
aacaaccctctgttagtggagagtcaggatcattccagctttctgataat
acgctatgttctctaatgaatatctttgattacgtactttgagtccatat
atgatgatctctcatgtacattttgagacatatggttaagtaaaaggtgg
tgtgtgttcacatgtatgttcatacatttgggggccagaggtcaaactca
gatatcattcctcaggcagtgaccatcttgtttttgaagcagggtctctc
actggctgagaactttctaaggaggctaggctggctggtcatcgagaccc
aggtgtcattagtctctgtctccccagaactcaggtcctcctgtctgcat
ggcaaaccctttattatctgaattactctccccggactgaatatctatta
ttaaagacttgaaacacatacatgtatgtattctgttcccaatgacaatc
tacatatgaacctttctaaacatatatatgtgtgtgtgtttgtgtatagc
ataaacttgaactaaaatctttctcttttttgagatttattttaatatcg
tgtgtgtgtgtgtgcaggtgccttcagaagccagaaaatccctccaagct
gaagttatagacagttgtgtgctgctcaacgtgagtgctgaaaactgagc
tctagtcctctgagagggcattaggcactcattactgctgagccattttt
cctgctcagcaacacttctctgaattcatatttttatctacgtaactgaa
tttatactagtgttgtatttacttttacatgacactattagctatcatca
cttaactttttttccatttggaaaggtaaaaatcctacctcatgttcacg
atttgcacacttctgattcttaataagatgcccttctttcagtgagtatg
ggcattcacaacgcacgtaccttgtgatctcttttcttatgagtgtctgt
gtttctattatttgagatgtttttgatctactattgatttttgctgttac
tttgagtttaaactatggaaatgaagctggcataatgtcctttaaaaaga
a
gaattctgggttcagatatgaactctttatcctggagaggcaccctcggc
tccatcctctactccaagatccgcatcttgcctctttttccctacccagt
ggtaaaattaatactaaatcatacttttggtgtgtgtttgtatgtgtgtg
gctatggaggcagggggatgccaggagataggttgggagatgatactagc
tttgtattgttgtgtaataaattaacacaaatttagcagtttaaatgaac
atacatgtatcatctcatcattttatatgtatatacatgttggatattgt
gagtctacatgtatttcatctctatatgtgtatggaggagtatgcatgca
cttgtgcagaggtagaggccagaggataatgtgtggagagcttttggggc
cacttctagagacttggcaggagtttaacattgggtgaggacatggaagt
aagctctggcaggaatctgactttgggcttgaacaaagaagtaggcttca
ggcaggatttgactttgggctaagacagggaagtaggctcagatatctta
gtcatcctgataagcctctagaaacagtgaaattgaaagtataacaacgt
aaaaactgaattctaggcctttaggcccaggcttgggaatgtggcctttg
taaaggtatgctaatcataaaagaaatagcgacattcctccatccacccg
cttcctgggttcaaagagtgctcattcaaagaaagtcacccagaaactgc
aatgcaaatgtgctattgttgggggctcttagaagctgtcttgagagtta
acaattaccaggtattccttgtgactcttgtaactttacacttcctgtga
cttttactggtatctttggtatcttccaacaacaccctcccacttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_55367340_55368506
seq2: B6Ng01-107H14.b_45_1195 (reverse)

seq1  TTCTTTTTAAGGGCCATTATGCACAGCTTTCATTTTCATAGGTTTTAAAC  50
      |||||||||| || |||||||| |||| ||||||| |||||  |||||||
seq2  TTCTTTTTAAAGGACATTATGC-CAGC-TTCATTTCCATAG--TTTAAAC  46

seq1  TCAAAGTAACAGCAAAAAAATCAATAGTTAGATCAAAAACATCCTACAAA  100
      |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||   ||||
seq2  TCAAAGTAACAGC--AAAAATCAATAG-TAGATCAAAAACATC--TCAAA  91

seq1  TTAATAGAAACACAGACCACTCATAAGAAAAGAGATCACAGGGTACGTGC  150
       ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TAATAGAAACACAGA-CACTCATAAGAAAAGAGATCACAAGGTACGTGC  139

seq1  GTTTGTGAATGCCCCATACTCACTGGAAAGAAGGGCATTCTTAATTAAGA  200
      | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||
seq2  G-TTGTGAATG-CCCATACTCACT-GAAAGAAGGGCA-TCTT-ATTAAGA  184

seq1  ATCAGAAGTGTGCAAATCGTGAACATGAGGTAGGATTTTTACCTTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCAGAAGTGTGCAAATCGTGAACATGAGGTAGGATTTTTACCTTTCCAA  234

seq1  TTGGAAAAAAAGTTAAGTGATGATAGCTAATAGTGTCATGTAAAAGTAAA  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAAAAGTTAAGTGATGATAGCTAATAGTGTCATGTAAAAGTAAA  284

seq1  TACAACACTAGTATAAATTCAGTTACGTAGATAAAAATATGAATTCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACACTAGTATAAATTCAGTTACGTAGATAAAAATATGAATTCAGAG  334

seq1  AAGTGTTGCTGAGCAGGAAAAATGGCTCAGCAGTAATGAGTGCCTAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTGCTGAGCAGGAAAAATGGCTCAGCAGTAATGAGTGCCTAATGC  384

seq1  CCTCTCAGAGGACTAGAGCTCAGTTTTCAGCACTCACGTTGAGCAGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCAGAGGACTAGAGCTCAGTTTTCAGCACTCACGTTGAGCAGCACA  434

seq1  CAACTGTCTATAACTTCAGCTTGGAGGGATTTTCTGGCTTCTGAAGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCTATAACTTCAGCTTGGAGGGATTTTCTGGCTTCTGAAGGCAC  484

seq1  CTGCACACACACACACACGATATTAAAATAAATCTCAAAAAAGAGAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACACACACACACACGATATTAAAATAAATCTCAAAAAAGAGAAAGA  534

seq1  TTTTAGTTCAAGTTTATGCTATACACAAACACACACACATATATATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTTCAAGTTTATGCTATACACAAACACACACACATATATATGTTT  584

seq1  AGAAAGGTTCATATGTAGATTGTCATTGGGAACAGAATACATACATGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGTTCATATGTAGATTGTCATTGGGAACAGAATACATACATGTAT  634

seq1  GTGTTTCAAGTCTTTAATAATAGATATTCAGTCCGGGGAGAGTAATTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCAAGTCTTTAATAATAGATATTCAGTCCGGGGAGAGTAATTCAG  684

seq1  ATAATAAAGGGTTTGCCATGCAGACAGGAGGACCTGAGTTCTGGGGAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAGGGTTTGCCATGCAGACAGGAGGACCTGAGTTCTGGGGAGAC  734

seq1  AGAGACTAATGACACCTGGGTCTCGATGACCAGCCAGCCTAGCCTCCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTAATGACACCTGGGTCTCGATGACCAGCCAGCCTAGCCTCCTTA  784

seq1  GAAAGTTCTCAGCCAGTGAGAGACCCTGCTTCAAAAACAAGATGGTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTCTCAGCCAGTGAGAGACCCTGCTTCAAAAACAAGATGGTCACT  834

seq1  GCCTGAGGAATGATATCTGAGTTTGACCTCTGGCCCCCAAATGTATGAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGGAATGATATCTGAGTTTGACCTCTGGCCCCCAAATGTATGAAC  884

seq1  ATACATGTGAACACACACCACCTTTTACTTAACCATATGTCTCAAAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGAACACACACCACCTTTTACTTAACCATATGTCTCAAAATGT  934

seq1  ACATGAGAGATCATCATATATGGACTCAAAGTACGTAATCAAAGATATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGAGATCATCATATATGGACTCAAAGTACGTAATCAAAGATATTC  984

seq1  ATTAGAGAACATAGCGTATTATCAGAAAGCTGGAATGATCCTGACTCTCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAACATAGCGTATTATCAGAAAGCTGGAATGATCCTGACTCTCC  1034

seq1  ACTAACAGAGGGTTGTTTAAATACTTCAGAAGGCATTCATACAATGCAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACAGAGGGTTGTTTAAATACTTCAGAAGGCATTCATACAATGCAGT  1084

seq1  GTGCAGCAGCATTGACATCTGCTATACACCAGATGAAGGGCAAACTCTGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCAGCATTGACATCTGCTATACACCAGATGAAGGGCAAACTCTGG  1134

seq1  CATCACTTATTGAATTC  1167
      |||||||||||||||||
seq2  CATCACTTATTGAATTC  1151

seq1: chr12_55213512_55214391
seq2: B6Ng01-107H14.g_70_947

seq1  GAATTCTGGGTTCAGATATGAACTCTTTATCCTGGAGAGGCACCCTCGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTTCAGATATGAACTCTTTATCCTGGAGAGGCACCCTCGGC  50

seq1  TCCATCCTCTACTCCAAGATCCGCATCTTGCCTCTTTTTCCCTACCCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCTCTACTCCAAGATCCGCATCTTGCCTCTTTTTCCCTACCCAGT  100

seq1  GGTAAAATTAATACTAAATCATACTTTTGGTGTGTGTTTGTATGTGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAATTAATACTAAATCATACTTTTGGTGTGTGTTTGTATGTGTGTG  150

seq1  GCTATGGAGGCAGGGGGATGCCAGGAGATAGGTTGGGAGATGATACTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGAGGCAGGGGGATGCCAGGAGATAGGTTGGGAGATGATACTAGC  200

seq1  TTTGTATTGTTGTGTAATAAATTAACACAAATTTAGCAGTTTAAATGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTGTTGTGTAATAAATTAACACAAATTTAGCAGTTTAAATGAAC  250

seq1  ATACATGTATCATCTCATCATTTTATATGTATATACATGTTGGATATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTATCATCTCATCATTTTATATGTATATACATGTTGGATATTGT  300

seq1  GAGTCTACATGTATTTCATCTCTATATGTGTATGGAGGAGTATGCATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTACATGTATTTCATCTCTATATGTGTATGGAGGAGTATGCATGCA  350

seq1  CTTGTGCAGAGGTAGAGGCCAGAGGATAATGTGTGGAGAGCTTTTGGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGCAGAGGTAGAGGCCAGAGGATAATGTGTGGAGAGCTTTTGGGGC  400

seq1  CACTTCTAGAGACTTGGCAGGAGTTTAACATTGGGTGAGGACATGGAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTAGAGACTTGGCAGGAGTTTAACATTGGGTGAGGACATGGAAGT  450

seq1  AAGCTCTGGCAGGAATCTGACTTTGGGCTTGAACAAAGAAGTAGGCTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGGCAGGAATCTGACTTTGGGCTTGAACAAAGAAGTAGGCTTCA  500

seq1  GGCAGGATTTGACTTTGGGCTAAGACAGGGAAGTAGGCTCAGATATCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGATTTGACTTTGGGCTAAGACAGGGAAGTAGGCTCAGATATCTTA  550

seq1  GTCATCCTGATAAGCCTCTAGAAACAGTGAAATTGAAAGTATAACAACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTGATAAGCCTCTAGAAACAGTGAAATTGAAAGTATAACAACGT  600

seq1  AAAAACTGAATTCTAGGCCTTTAGGCCCAGGCTTGGGAATGTGGCCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGAATTCTAGGCCTTTAGGCCCAGGCTTGGGAATGTGGCCTTTG  650

seq1  TAAAGGTATGCTAATCATAAAAGAAATAGCGACATTCCTCCATCCACCCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTATGCTAATCATAAAAGAAATAGCGACATTCCTCCATCCACCCG  700

seq1  CTTCCTGGGTTCAAAGAGTGCTCATTCAAAGAAAGTCACCCAGAAACTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGGTTCAAAGAGTGCTCATTCAAAGAAAGTCACCCAGAAACTGC  750

seq1  AATGCAAATGTGCTATTGTTGGGGGCTCTTAGAAGCTGTCTTGAGAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAATGTGCTATTGTTGGGGGCTCTTAGAAGCTGTCTTGAGAGTTA  800

seq1  ACAATTACCAGGTATTCCTTGTGACTCTTGTAACTTTACACTTCCTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACAATTACCAGGTATTCCTTGTGACTCTTGTAACTTTACACTTCC-TGTG  849

seq1  ACTTTTAACTGGTATCTTTGGTATCTTCCA  880
      |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTT-ACTGGTATCTTTGGTATCTTCCA  878