BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129K19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 13,169,663 - 13,330,923
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx1
Upstream geneD12Ertd553e, LOC100043215, Mycn, EG668473, LOC628449
Downstream geneLOC627199, LOC627189, LOC100043243, LOC100042396, LOC238091, EG633789, LOC668481, AW125753
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129K19.bB6Ng01-129K19.g
ACCDH931195DH931196
length1,0571,120
definitionDH931195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129K19, 5' end.DH931196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129K19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,169,663 - 13,170,723)(13,329,812 - 13,330,923)
sequence
gaattctgtgccctttcttattctccaggagtgaggatgttcttatgtgc
atgtatttcattgctgacctgatccaccttcacactatacccactcttcc
taaggcagcctgagttctgggcctctcacacaggatgcttgctgctcctc
tccactttactcagtctcaaactcacaactacctggctctcagtttcaag
gtccctactgtgcagtccttcatccttacctgtctgagttagggtctcta
ttgcagtgataacgcatcatggccaaaagcaacttggggaggaaagggtt
tacaattctcagagttagcttataactctgaggtcccactctattactga
agtaagtcaagccaagaactcaaagcagagacctggagacaggaacagaa
gcagaagccatttaagaacaatgcctaccagcttgctccacatgggttgt
gtattatacagccgaggaccacctacccaggggtattatcactcatactg
ggctatacatcaaccgtcagtcaaaaaaaagtcccatccacttatttaca
ggccagtagtatggaggcattttctcagctgacgttccctcttctcaatt
agagctaggtttgtgtcaagcggacaagaacaaccagcgcaccaccatag
ccactcttcccattccactgcattaagtccctccatctctcagctgcccc
tgtgcactatggttgattccccaggatgtaactcagccctttgaagacta
atctccagcatttcttttttgaatcagataagagcaaccagaatgttgtc
aggtcctgattgcatggaaatgctaatcagcagatcatgcaagctccaat
catcatattctactgccctccgagaggaggaacaggcaaggattaacctc
ctgaccatctaatccccagttttactgctctgtggcagccctcacccagc
agaggtatctttttgacttctgactagaaggggcaggagtgaggagatgt
gtttctacagacttgtcttcaagtatcctctacaaacttgaagttatggg
gaggggg
gaattcctttagcactttaacaaatatgaaaagctctggcttattcattc
aaatggtggcaaaacctgagactagaggcaggctgcagtctggctcaagg
caatgctcattcaaaatactgcagagcacagcaaatagccctaagaggca
gtgttggccacacaggcttcgaaaccagatgctaaagtctcccctcacca
tctgtagtctaggagagaccagtacttagtacacaaaagaggggcagctg
aaggcacacagcaggtagccaaagcctcaggctaggagcaacagttcagt
tcagtgggtaaaggtccttgatgccaagccagacaacctggatttaatca
ctgatagaaggagagaaccacaagatagaaagagagaactgactcctgca
agtttccctctggccttcaagcaagcaccatggaacatactaaaacacac
acacacacacacacacacacacacacatacatgcatgcacacacacgcgc
gagctcgcacacacacatgcatgcactcacgtgagttcacaccacacaca
tatgtaaggtatacaagcatgtacatacggaggccaaagctggataaaca
tcttcttcaattgctttctaacttacacaccaaggcaaggtctctcactt
gaactcagagcccactgatttggctagtccagctagctagctcattttgg
ggattccagtctctacttccagagcactagagttaccacagggctgcgtg
cccaccaggcatttagctgggtactagcatctgagttctggtcctcacac
tttatcttctgattatctcccagactctgagttttctatccactgacttg
taattactcagttagaaaaaagggcattattctaaaagcttacagaactg
tttatttgtaagatgtcagagagccacattgccctctctaatttctttcc
tcactgaatagtagcaattgtgctagaggagctggaggcagcaggaccac
ctccacctttctctgaaaaaagctcctctggagtgtggagcgcagacctc
acagggccggtagttttttgtgaatagttcgaggccgttttccgaggagg
gtgcaaaccctctccatctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_13169663_13170723
seq2: B6Ng01-129K19.b_50_1106

seq1  GAATTCTGTGCCCTTTCTTATTCTCCAGGAGTGAGGATGTTCTTATGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCCCTTTCTTATTCTCCAGGAGTGAGGATGTTCTTATGTGC  50

seq1  ATGTATTTCATTGCTGACCTGATCCACCTTCACACTATACCCACTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTCATTGCTGACCTGATCCACCTTCACACTATACCCACTCTTCC  100

seq1  TAAGGCAGCCTGAGTTCTGGGCCTCTCACACAGGATGCTTGCTGCTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAGCCTGAGTTCTGGGCCTCTCACACAGGATGCTTGCTGCTCCTC  150

seq1  TCCACTTTACTCAGTCTCAAACTCACAACTACCTGGCTCTCAGTTTCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTACTCAGTCTCAAACTCACAACTACCTGGCTCTCAGTTTCAAG  200

seq1  GTCCCTACTGTGCAGTCCTTCATCCTTACCTGTCTGAGTTAGGGTCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTACTGTGCAGTCCTTCATCCTTACCTGTCTGAGTTAGGGTCTCTA  250

seq1  TTGCAGTGATAACGCATCATGGCCAAAAGCAACTTGGGGAGGAAAGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTGATAACGCATCATGGCCAAAAGCAACTTGGGGAGGAAAGGGTT  300

seq1  TACAATTCTCAGAGTTAGCTTATAACTCTGAGGTCCCACTCTATTACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTCTCAGAGTTAGCTTATAACTCTGAGGTCCCACTCTATTACTGA  350

seq1  AGTAAGTCAAGCCAAGAACTCAAAGCAGAGACCTGGAGACAGGAACAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTCAAGCCAAGAACTCAAAGCAGAGACCTGGAGACAGGAACAGAA  400

seq1  GCAGAAGCCATTTAAGAACAATGCCTACCAGCTTGCTCCACATGGGTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCCATTTAAGAACAATGCCTACCAGCTTGCTCCACATGGGTTGT  450

seq1  GTATTATACAGCCGAGGACCACCTACCCAGGGGTATTATCACTCATACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATACAGCCGAGGACCACCTACCCAGGGGTATTATCACTCATACTG  500

seq1  GGCTATACATCAACCGTCAGTCAAAAAAAAGTCCCATCCACTTATTTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATACATCAACCGTCAGTCAAAAAAAAGTCCCATCCACTTATTTACA  550

seq1  GGCCAGTAGTATGGAGGCATTTTCTCAGCTGACGTTCCCTCTTCTCAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTAGTATGGAGGCATTTTCTCAGCTGACGTTCCCTCTTCTCAATT  600

seq1  AGAGCTAGGTTTGTGTCAAGCGGACAAGAACAACCAGCGCACCACCATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAGGTTTGTGTCAAGCGGACAAGAACAACCAGCGCACCACCATAG  650

seq1  CCACTCTTCCCATTCCACTGCATTAAGTCCCTCCATCTCTCAGCTGCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTTCCCATTCCACTGCATTAAGTCCCTCCATCTCTCAGCTGCCCC  700

seq1  TGTGCACTATGGTTGATTCCCCAGGATGTAACTCAGCCCTTTGAAGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTATGGTTGATTCCCCAGGATGTAACTCAGCCCTTTGAAGACTA  750

seq1  ATCTCCAGCATTTCTTTTTTGAATCAGATAAGAGCAACCAGAATGTTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAGCATTTCTTTTTTGAATCAGATAAGAGCAACCAGAATGTTGTC  800

seq1  AGGTCCTGATTGCATGGAAATGCTAATCAGCAGATCATGCAAGCTCCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTGATTGCATGGAAATGCTAATCAGCAGATCATGCAAGCTCCAAT  850

seq1  CATCATATTCTACTGCCCTCCGAGAGGAGGAACAGGCAAGGATTAACCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATATTCTACTGCCCTCCGAGAGGAGGAACAGGCAAGGATTAACCTC  900

seq1  CTGACCATCTAATCCCCAGTTTTACTGCTCTGTGGCAGCCCTCACCCAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCATCTAATCCCCAGTTTTACTGCTCTGTGGCAGCCCTCACCCAGC  950

seq1  AGAGGTATCTTTTTGACTTCTGACTAGAAGGGGGCAAGGAGTGAAGGAGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||| |
seq2  AGAGGTATCTTTTTGACTTCTGACTAGAAGGGG--CAGGAGTG-AGGA-G  996

seq1  ATGTGTTTCTACAAGACTTGTCTCAAAGTATCCTCTACATACTTGAAG-T  1049
      |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |
seq2  ATGTGTTTCTAC-AGACTTGTCTTCAAGTATCCTCTACAAACTTGAAGTT  1045

seq1  ATTGGGAGGGGG  1061
      || |||||||||
seq2  ATGGGGAGGGGG  1057

seq1: chr12_13329812_13330923
seq2: B6Ng01-129K19.g_67_1186 (reverse)

seq1  GAGATGGAGA-GGTTTGCA-CCTCCTCGG-AAACGGCCTCGAACTA-TCA  46
      |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  GAGATGGAGAGGGTTTGCACCCTCCTCGGAAAACGGCCTCGAACTATTCA  50

seq1  CAAAGAACTACC-GCCTTGTGA-GTCTGCGCTCCACAACTCCAGAGGAGC  94
      |||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAAAAAACTACCGGCCCTGTGAGGTCTGCGCTCCAC-ACTCCAGAGGAGC  99

seq1  -TTTATCAGAGAAAGGTG--AGTGGTCCTGCTGCCTCCAGCTCTTCTAGC  141
       ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTTTTCAGAGAAAGGTGGAGGTGGTCCTGCTGCCTCCAGCTCCTCTAGC  149

seq1  ACAATTGCTACTATTTCAGTGAGGAAAGAAATTAGAAGAGGGCATGTTGG  191
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   |||
seq2  ACAATTGCTACTA-TTCAGTGAGGAAAGAAATTAG-AGAGGGCAATGTGG  197

seq1  CTCTCTGACATCTTACAAAT-AACAGTTCTGTAAGCTTTTAGAATAATGC  240
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGACATCTTACAAATAAACAGTTCTGTAAGCTTTTAGAATAATGC  247

seq1  CC-TTTTTCTAACTGAGTAATTACAAGTCAGTGGATAGAAAACTCAGAGT  289
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTTCTAACTGAGTAATTACAAGTCAGTGGATAGAAAACTCAGAGT  297

seq1  CTGGGAGATAATCAGAAGATAAAGTGTGAGGACCAGAACTCAGATGCTAG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGATAATCAGAAGATAAAGTGTGAGGACCAGAACTCAGATGCTAG  347

seq1  TACCCAGCTAAATGCCTGGTGGGCACGCAGCCCTGTGGTAACTCTAGTGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGCTAAATGCCTGGTGGGCACGCAGCCCTGTGGTAACTCTAGTGC  397

seq1  TCTGGAAGTAGAGACTGGAATCCCCAAAATGAGCTAGCTAGCTGGACTAG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGTAGAGACTGGAATCCCCAAAATGAGCTAGCTAGCTGGACTAG  447

seq1  CCAAATCAGTGGGCTCTGAGTTCAAGTGAGAGACCTTGCCTTGGTGTGTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCAGTGGGCTCTGAGTTCAAGTGAGAGACCTTGCCTTGGTGTGTA  497

seq1  AGTTAGAAAGCAATTGAAGAAGATGTTTATCCAGCTTTGGCCTCCGTATG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAAAGCAATTGAAGAAGATGTTTATCCAGCTTTGGCCTCCGTATG  547

seq1  TACATGCTTGTATACCTTACATATGTGTGTGGTGTGAACTCACGTGAGTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTTGTATACCTTACATATGTGTGTGGTGTGAACTCACGTGAGTG  597

seq1  CATGCATGTGTGTGTGCGAGCTCGCGCGTGTGTGTGCATGCATGTATGTG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGTGTGTGTGCGAGCTCGCGCGTGTGTGTGCATGCATGTATGTG  647

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAGTATGTTCCATGGTGCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAGTATGTTCCATGGTGCT  697

seq1  TGCTTGAAGGCCAGAGGGAAACTTGCAGGAGTCAGTTCTCTCTTTCTATC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAAGGCCAGAGGGAAACTTGCAGGAGTCAGTTCTCTCTTTCTATC  747

seq1  TTGTGGTTCTCTCCTTCTATCAGTGATTAAATCCAGGTTGTCTGGCTTGG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTTCTCTCCTTCTATCAGTGATTAAATCCAGGTTGTCTGGCTTGG  797

seq1  CATCAAGGACCTTTACCCACTGAACTGAACTGTTGCTCCTAGCCTGAGGC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGGACCTTTACCCACTGAACTGAACTGTTGCTCCTAGCCTGAGGC  847

seq1  TTTGGCTACCTGCTGTGTGCCTTCAGCTGCCCCTCTTTTGTGTACTAAGT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTACCTGCTGTGTGCCTTCAGCTGCCCCTCTTTTGTGTACTAAGT  897

seq1  ACTGGTCTCTCCTAGACTACAGATGGTGAGGGGAGACTTTAGCATCTGGT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCTCTCCTAGACTACAGATGGTGAGGGGAGACTTTAGCATCTGGT  947

seq1  TTCGAAGCCTGTGTGGCCAACACTGCCTCTTAGGGCTATTTGCTGTGCTC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAAGCCTGTGTGGCCAACACTGCCTCTTAGGGCTATTTGCTGTGCTC  997

seq1  TGCAGTATTTTGAATGAGCATTGCCTTGAGCCAGACTGCAGCCTGCCTCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTATTTTGAATGAGCATTGCCTTGAGCCAGACTGCAGCCTGCCTCT  1047

seq1  AGTCTCAGGTTTTGCCACCATTTGAATGAATAAGCCAGAGCTTTTCATAT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGGTTTTGCCACCATTTGAATGAATAAGCCAGAGCTTTTCATAT  1097

seq1  TTGTTAAAGTGCTAAAGGAATTC  1112
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAAGTGCTAAAGGAATTC  1120