BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129M23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 34,052,650 - 34,204,492
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtxn7l1, 4930504H06Rik, Twistnb, LOC668801
Upstream gene2010109K11Rik, LOC100043548, Pbef1, LOC100043553, 4933406C10Rik, Sypl, LOC100043109, 1110049B09Rik, Atxn7l4
Downstream geneLOC668806, Ferd3l, Twist1, Hdac9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129M23.bB6Ng01-129M23.g
ACCDH931298DH931299
length1,055971
definitionDH931298|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129M23, 5' end.DH931299|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,052,650 - 34,053,740)(34,203,538 - 34,204,492)
sequence
gaattcaagtcctagtagcaaagcctgtaagatcactaaaatgcctggta
tgaatagcgttcacaaaaagaacccacccagccttcttgcaccggtgccc
gatcccgttaacagcacctcctctcggcaggtaagggagctcctggcact
gccttcactggctctggggggcagggggagctgggcagcgcccttgtttg
gccaggtggctcagacaggtaacacacacatggctccttttcccaggttc
cccgtaggctccgagaattcttggtaggactttgctagtccctatgctga
gcactttacagtaatcacttcctttagtcctcacaacaaacccagcacag
ggggtaaaaaaaaaatggccatcacttaacagctgggtaaaccaaggcac
atagactctctgagttcccccattcctttcgtctgtttcctatcttgagg
tttaatatgaggcctacttcattaaagagttgtgttgctaagcagtttga
tctgatctgttggaatcccctcagggtgagcctgaaccccaggctggtga
agtgatgccaggtaccacttggagtggcagcctgagcatccagctcctgg
gtgattgtcccccacctcatcaagctgccctcttttcctcttatatgatg
atacagcttgtcccgtcctaaagcaaaacttgcaccttgcacccagtggc
aaaggagtgcccacccagtgccaggttacccacaaaagggtgaactgtag
ggaaacagggagattggaatggcccaagaatagctgtctctttccttgga
ctttgatccagttcccagtccaggctatctcctcagactgggagagctac
tgttgacagctgtctacactctagcctaccagatggaggctcagtgctgg
aggtcaggccctagtttctcagctgctctgagcagctttgagagctgctc
tctgagcaggtagcccagtttacacatgagctacacagaccttagcagcc
attagatagactttgagataaggagatgtataagatgtttgatgaggagt
tctca
gaattctaagaattaatcatctgatcagaatggtcctgtgtgtaatggtg
accctccacagctgtgagatagcaatagcattccttttgctctcctacta
ctccttttaaagttttatttattgattatttgctttattttaaattattt
cagtgatttgtgtgtgcaaacgccatgacatgtgaatggatgtcagagga
cagtttgaagaaggtggctgtcaacttgcaccatgctggctttgggaatc
caactcaggtcgccagtctcaagtgccttggcccactgatccatatcact
gcccccctttattgctctttagttttaatttccacatagaagttgtgtgg
cagacaagctgaaaaaaaatgacagtttcttccagccttaaaaatttact
ttgtatcaatcctgttaatatcaatgtagaatggagacatttggggtaaa
acaacattgctaatattcaagaaatcaacctccttatgcttgaactgtgg
atagtccggaatgtaagtctggttttccactagccaaagacctgcgttca
taactggaaataatgagttcttctgctactgatattttgaagacggtatc
tcaattcctgcacaacaacatacagatattatatttcatgggtataagaa
aatttaaaacctattatataattccagacgtttgtttctatataatatgt
tacataagtaagatatagtattttaaaatctactacaagtgaagttgcag
atatgggtcaggtgataaattgctgaagctctgagtggcagtatttggga
tccccagtcagcacattccctgctgggtgggtttgggtggcctgcccgta
aattatagatctcacaatgtgaagacaggacctttcccaggcaagcttgg
gtaagccaccttggcgaagccccttggtttccaacttttaaaaacccact
tccattgagatttaagttttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_34052650_34053740
seq2: B6Ng01-129M23.b_50_1104

seq1  GAATTCAAGTCCTAGTAGCAAAGCCTGTAAGATCACTAAAATGCCTGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCCTAGTAGCAAAGCCTGTAAGATCACTAAAATGCCTGGTA  50

seq1  TGAATAGCGTTCACAAAAAGAACCCACCCAGCCTTCTTGCACCGGTGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGCGTTCACAAAAAGAACCCACCCAGCCTTCTTGCACCGGTGCCC  100

seq1  GATCCCGTTAACAGCACCTCCTCTCGGCAGGTAAGGGAGCTCCTGGCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCGTTAACAGCACCTCCTCTCGGCAGGTAAGGGAGCTCCTGGCACT  150

seq1  GCCTTCACTGGCTCTGGGGGGCAGGGGGAGCTGGGCAGCGCCCTTGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCACTGGCTCTGGGGGGCAGGGGGAGCTGGGCAGCGCCCTTGTTTG  200

seq1  GCCAGGTGGCTCAGACAGGTAACACACACATGGCTCCTTTTCCCAGGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTGGCTCAGACAGGTAACACACACATGGCTCCTTTTCCCAGGTTC  250

seq1  CCCGTAGGCTCCGAGAATTCTTGGTAGGACTTTGCTAGTCCCTATGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTAGGCTCCGAGAATTCTTGGTAGGACTTTGCTAGTCCCTATGCTGA  300

seq1  GCACTTTACAGTAATCACTTCCTTTAGTCCTCACAACAAACCCAGCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTACAGTAATCACTTCCTTTAGTCCTCACAACAAACCCAGCACAG  350

seq1  GGGGTAAAAAAAAAATGGCCATCACTTAACAGCTGGGTAAACCAAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAAAAAAAAATGGCCATCACTTAACAGCTGGGTAAACCAAGGCAC  400

seq1  ATAGACTCTCTGAGTTCCCCCATTCCTTTCGTCTGTTTCCTATCTTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTCTCTGAGTTCCCCCATTCCTTTCGTCTGTTTCCTATCTTGAGG  450

seq1  TTTAATATGAGGCCTACTTCATTAAAGAGTTGTGTTGCTAAGCAGTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATGAGGCCTACTTCATTAAAGAGTTGTGTTGCTAAGCAGTTTGA  500

seq1  TCTGATCTGTTGGAATCCCCTCAGGGTGAGCCTGAACCCCAGGCTGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCTGTTGGAATCCCCTCAGGGTGAGCCTGAACCCCAGGCTGGTGA  550

seq1  AGTGATGCCAGGTACCACTTGGAGTGGCAGCCTGAGCATCCAGCTCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGCCAGGTACCACTTGGAGTGGCAGCCTGAGCATCCAGCTCCTGG  600

seq1  GTGATTGTCCCCCACCTCATCAAGCTGCCCTCTTTTCCTCTTATATGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGTCCCCCACCTCATCAAGCTGCCCTCTTTTCCTCTTATATGATG  650

seq1  ATACAGCTTGTCCCGTCCTAAAGCAAAACTTGCACCTTGCACCCAGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCTTGTCCCGTCCTAAAGCAAAACTTGCACCTTGCACCCAGTGGC  700

seq1  AAAGGAGTGCCCACCCAGTGCCAGGTTACCCACAAAAGGGTGAACTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTGCCCACCCAGTGCCAGGTTACCCACAAAAGGGTGAACTGTAG  750

seq1  GGAAACAGGGAGATTGGAATGGCCCAAGAATAGCTGTCTCTTTCCTTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGGGAGATTGGAATGGCCCAAGAATAGCTGTCTCTTTCCTTGGA  800

seq1  CTTTGATCCAGTTCCCAGTCCAGGCTATCTCCTCAGACTGGGAGAGCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATCCAGTTCCCAGTCCAGGCTATCTCCTCAGACTGGGAGAGCTAC  850

seq1  TGTTGACAGCTGTCTACAACTCTAGGCCTACCAGATGGAGGCTCAGTGCT  900
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACAGCTGTCTAC-ACTCTA-GCCTACCAGATGGAGGCTCAGTGCT  898

seq1  GGAGGTCAGGGCCCTAGTTTTCCTCAGCCTGCTCTGAGCAGGCTTTGAGA  950
      |||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  GGAGGTCA-GGCCCTAGTTT--CTCAG-CTGCTCTGAGCA-GCTTTGAGA  943

seq1  GCTGCTCTTCTGGAAGCAAGGGTAGCCCAGGTTTACCACCATGGAGCTAA  1000
      ||||||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||   ||| ||||| |
seq2  GCTGCTC-TCTG--AGCA--GGTAGCCCA-GTTTAC--ACAT-GAGCT-A  983

seq1  CACCAGACCCTAAGGCCAGCCCATTTAGGGATAGGGACTTTGGAGATATA  1050
      || |||||| ||    ||| |||||    ||||  |||||| |||||| |
seq2  CA-CAGACCTTA---GCAG-CCATT---AGATA--GACTTT-GAGATA-A  1021

seq1  GGAGATGGTTATTAAAAGATGGTTTGATGAAGGAGTTCTCA  1091
      |||||||     || ||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GGAGATG-----TATAAGAT-GTTTGATG-AGGAGTTCTCA  1055

seq1: chr12_34203538_34204492
seq2: B6Ng01-129M23.g_69_1037 (reverse)

seq1  AAACTT-AATCTC-ATTGATGTGGGTTTTT-AAAGTTTGAACCCAAGGG-  46
      |||||| |||||| || || |||||||||| |||||| ||| ||||||| 
seq2  AAACTTAAATCTCAATGGAAGTGGGTTTTTAAAAGTTGGAAACCAAGGGG  50

seq1  -CTCGCCAATGTGGC-TACCC-AGCTTGCCCTGGGAAGGTCCTGTCTTCA  93
        ||||||| ||||| ||||| ||||||||  || |||||||||||||||
seq2  CTTCGCCAAGGTGGCTTACCCAAGCTTGCCTGGGAAAGGTCCTGTCTTCA  100

seq1  CATTGTGAGATCTATAA-TTACGGGCAGGCCA-CCAAACCCACCCAGCA-  140
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  CATTGTGAGATCTATAATTTACGGGCAGGCCACCCAAACCCACCCAGCAG  150

seq1  GGAATGTGCTGACTGGGGAT-CCAAATACTGCCACTCAGAGCTTCAGCAC  189
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGAATGTGCTGACTGGGGATCCCAAATACTGCCACTCAGAGCTTCAGCAA  200

seq1  TTTATCCCCTGACCCATATCTGCAACTTCACTTGTAGTAGATTTT-AAAT  238
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTATCACCTGACCCATATCTGCAACTTCACTTGTAGTAGATTTTAAAAT  250

seq1  ACTATATCTTACTTATGTAACATATTATATAGAAACAAACGTCTGGAATT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATCTTACTTATGTAACATATTATATAGAAACAAACGTCTGGAATT  300

seq1  ATATAATAGGTTTTAAATTTTCTTATACCCATG-AATATAATATCTGTAT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATATAATAGGTTTTAAATTTTCTTATACCCATGAAATATAATATCTGTAT  350

seq1  GTTGTTGTGCAGGAATTGAGATACCGTCTTC-AAATATCAGTAGCAGAAG  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTGCAGGAATTGAGATACCGTCTTCAAAATATCAGTAGCAGAAG  400

seq1  AACTCATTATTTCCAGTTATGAACGCAGGTCTTTGGCTAGTGGAAAACCA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATTATTTCCAGTTATGAACGCAGGTCTTTGGCTAGTGGAAAACCA  450

seq1  GACTTACATTCCGGACTATCCACAGTTCAAGCATAAGGAGGTTGATTTCT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACATTCCGGACTATCCACAGTTCAAGCATAAGGAGGTTGATTTCT  500

seq1  TGAATATTAGCAATGTTGTTTTACCCCAAATGTCTCCATTCTACATTGAT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTAGCAATGTTGTTTTACCCCAAATGTCTCCATTCTACATTGAT  550

seq1  ATTAACAGGATTGATACAAAGTAAATTTTTAAGGCTGGAAGAAACTGTCA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACAGGATTGATACAAAGTAAATTTTTAAGGCTGGAAGAAACTGTCA  600

seq1  TTTTTTTTCAGCTTGTCTGCCACACAACTTCTATGTGGAAATTAAAACTA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCAGCTTGTCTGCCACACAACTTCTATGTGGAAATTAAAACTA  650

seq1  AAGAGCAATAAAGGGGGGCAGTGATATGGATCAGTGGGCCAAGGCACTTG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAATAAAGGGGGGCAGTGATATGGATCAGTGGGCCAAGGCACTTG  700

seq1  AGACTGGCGACCTGAGTTGGATTCCCAAAGCCAGCATGGTGCAAGTTGAC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCGACCTGAGTTGGATTCCCAAAGCCAGCATGGTGCAAGTTGAC  750

seq1  AGCCACCTTCTTCAAACTGTCCTCTGACATCCATTCACATGTCATGGCGT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCTTCTTCAAACTGTCCTCTGACATCCATTCACATGTCATGGCGT  800

seq1  TTGCACACACAAATCACTGAAATAATTTAAAATAAAGCAAATAATCAATA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACACACAAATCACTGAAATAATTTAAAATAAAGCAAATAATCAATA  850

seq1  AATAAAACTTTAAAAGGAGTAGTAGGAGAGCAAAAGGAATGCTATTGCTA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACTTTAAAAGGAGTAGTAGGAGAGCAAAAGGAATGCTATTGCTA  900

seq1  TCTCACAGCTGTGGAGGGTCACCATTACACACAGGACCATTCTGATCAGA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGCTGTGGAGGGTCACCATTACACACAGGACCATTCTGATCAGA  950

seq1  TGATTAATTCTTAGAATTC  955
      |||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATTCTTAGAATTC  969