BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132O23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,730,538 - 118,879,668
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef5, A930023M06Rik
Upstream genePtprn2, LOC627375, LOC432713, LOC100042461
Downstream geneCdca7l, Dnahc11, Sp4, LOC100042993, LOC668611
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132O23.bB6Ng01-132O23.g
ACCDH933615DH933616
length8651,140
definitionDH933615|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132O23, 5' end.DH933616|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132O23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,730,538 - 118,731,410)(118,878,518 - 118,879,668)
sequence
gaattcacttgacccctgtccttaagaggttcaaatccatatgaatgagc
cagcaagagccagcaagatgcaataagctctctagccccattaactcttg
acaccccaattcagtgaccttaaccccaaaaacttgaaaactaggcagtt
cttcagaggtaaggcagcttaccaatcctgctgctcatgggccgtcaaca
aaagcatagacatgatcaactttcagttctttttttgctttgcctccacc
gggtttccatcttacaaataccatgtttccttcccatcaaacagcaaatg
acactctgtatacctttacagatccaccccagacttttcttgtctccctt
ctttgcttgtccttctaagcatccccacagaatagaggcacagagcctgg
gcagtgatgaggaagaaatgaattcaggtcaggaaaggctaccttggcct
cttgagagattatcttgaatctgaacctgggagggtaggttgagatgtca
gaagggagagcagggctctggaaggaagtgtctggaggtgagcaaaggca
aagagggtttgcagtctactttaggactgagctaggggatgagttatggg
aggggtgattggcaacttccctacaggatctttcaacttaagaagtttta
agtgcactcttgtttcagattgtaaaacatggcaaaggatggagtgtctg
tggaaatggatgtgttagatggaaacccatctaactgtgctgtttgttgc
tgttgttgttgtaattagacaaagactaaatcatctgggaagaggaacct
cattgagaaatttcttattattggctgtaggcaactctatattgccgttt
ttatagtagtcgtaa
gaattctattcatctttcagaaaaatgaagtcatgatctgtaagtaaaca
gagaactggaaacagtacataagtgacgtgacccagacccagaaagacag
tgctgcatctcctcggggacaaactgctggcttgctcgtgttccttcctt
ctttcacgtttgccttttaatgtgtatgagtgttttgtctacatatatgt
gtatgagccacatgcatggctgatattcttggaggtcagaagagggtgtc
ctaccccctggaactggagttatacatacttgtgagccacagttgagtga
tgggatccaaccaatgctctctataagagcagccagtgctcttaagcact
gatccatctccgcagccccacagagcaatgtttctctccaataacttact
ataatagatgttaaggcaagtctcctagtgactccactaaaactacttaa
acccaaagtttaaatgatagcctcctgtttttaaattcttatttaatttt
tgtttgaggcagggttgtgccacattcccttagctggtccagtatttcct
atgtagcccaggctggcccagtacttcctatatagcccaggctggctcag
cacttcctatatagcccaggctggcccagcacttcctatgtagcccaggc
tggcctctgaatcagagcagtgctcctgcttcatctcactgatgctgcaa
ttgcagtgtccttctcaataactttgtaaaggtaaaacctatgctcacag
ggagcacctgcacacaaagggtagtgcacctgcacacaaagggtagtgag
cctgcacacaagggtagtgagcctgcacacaagggtagtgagcctgcaca
caagggtagtgagcctgcacacaggagtagtgagtctgcacacaggggta
gtacacatatagctgacatgcttttttaaaataattcacccatgtcttta
tcaaagtgcttacaagtcacaaaacttctacagatagaaatttagatttc
aagttctcatgtgaatagtcagcaaagaaaattcagaaaaatagaaatac
tgagtcacttgcaagattttcttatttgggcattcttttaggaagaaacc
ttacaaagagttcactggaaccttaggttactaggactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118730538_118731410
seq2: B6Ng01-132O23.b_49_913

seq1  GAATTCACTTGACCCCTGTCCTTAAGAGGTTCAAATCCATATGAATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGACCCCTGTCCTTAAGAGGTTCAAATCCATATGAATGAGC  50

seq1  CAGCAAGAGCCAGCAAGATGCAATAAGCTCTCTAGCCCCATTAACTCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGAGCCAGCAAGATGCAATAAGCTCTCTAGCCCCATTAACTCTTG  100

seq1  ACACCCCAATTCAGTGACCTTAACCCCAAAAACTTGAAAACTAGGCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCAATTCAGTGACCTTAACCCCAAAAACTTGAAAACTAGGCAGTT  150

seq1  CTTCAGAGGTAAGGCAGCTTACCAATCCTGCTGCTCATGGGCCGTCAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGGTAAGGCAGCTTACCAATCCTGCTGCTCATGGGCCGTCAACA  200

seq1  AAAGCATAGACATGATCAACTTTCAGTTCTTTTTTTGCTTTGCCTCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATAGACATGATCAACTTTCAGTTCTTTTTTTGCTTTGCCTCCACC  250

seq1  GGGTTTCCATCTTACAAATACCATGTTTCCTTCCCATCAAACAGCAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCCATCTTACAAATACCATGTTTCCTTCCCATCAAACAGCAAATG  300

seq1  ACACTCTGTATACCTTTACAGATCCACCCCAGACTTTTCTTGTCTCCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTGTATACCTTTACAGATCCACCCCAGACTTTTCTTGTCTCCCTT  350

seq1  CTTTGCTTGTCCTTCTAAGCATCCCCACAGAATAGAGGCACAGAGCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTGTCCTTCTAAGCATCCCCACAGAATAGAGGCACAGAGCCTGG  400

seq1  GCAGTGATGAGGAAGAAATGAATTCAGGTCAGGAAAGGCTACCTTGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGATGAGGAAGAAATGAATTCAGGTCAGGAAAGGCTACCTTGGCCT  450

seq1  CTTGAGAGATTATCTTGAATCTGAACCTGGGAGGGTAGGTTGAGATGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGATTATCTTGAATCTGAACCTGGGAGGGTAGGTTGAGATGTCA  500

seq1  GAAGGGAGAGCAGGGCTCTGGAAGGAAGTGTCTGGAGGTGAGCAAAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAGAGCAGGGCTCTGGAAGGAAGTGTCTGGAGGTGAGCAAAGGCA  550

seq1  AAGAGGGTTTGCAGTCTACTTTAGGACTGAGCTAGGGGATGAGTTATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTTTGCAGTCTACTTTAGGACTGAGCTAGGGGATGAGTTATGGG  600

seq1  AGGGGTGATTGGCAACTTCCCTACAGGATCTTTCAACTTAAGAAGTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGATTGGCAACTTCCCTACAGGATCTTTCAACTTAAGAAGTTTTA  650

seq1  AGTGCACTCTTGTTTCAGATTGTAAAACATGGCAAAGGATGGAGTGTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACTCTTGTTTCAGATTGTAAAACATGGCAAAGGATGGAGTGTCTG  700

seq1  TGGAAATGGATGTGTTAGATGGAAACCCATCTAACTGTGCTGTTTTGTTG  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGAAATGGATGTGTTAGATGGAAACCCATCTAACTGTGCTG-TTTGTTG  749

seq1  CTGTTGTTGTTTGTTAATTAGACACAAGACTAAGTCATCTGGGAAGAGGA  800
      |||||||||||   |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTGTT--GTAATTAGACA-AAGACTAAATCATCTGGGAAGAGGA  796

seq1  ACCTCAATTGAGAAATTTTCTTCATTATTGGCTGTAGGCAAGCCTATATA  850
      ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||| 
seq2  ACCTC-ATTGAGAAA-TTTCTT-ATTATTGGCTGTAGGCAACTCTATATT  843

seq1  GCCGTTTTTATTAGTAGTCGTAA  873
      |||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCGTTTTTA-TAGTAGTCGTAA  865

seq1: chr12_118878518_118879668
seq2: B6Ng01-132O23.g_70_1209 (reverse)

seq1  TCAGCTCCTATGTAACCTTAGTGTCCAGTGAGACTCTTTGTAAAAGGGTT  50
      |||| ||||| ||||||| ||  |||||||| |||||||||||    | |
seq2  TCAG-TCCTA-GTAACCTAAGGTTCCAGTGA-ACTCTTTGTAA----GGT  43

seq1  TTCTTCCTAAAAGGAAATG-CCAAATAAGAAATCTTTGCAAAGTG-CTCA  98
      |||||||||||||  |||| ||||||||||||   |||| ||||| ||||
seq2  TTCTTCCTAAAAG--AATGCCCAAATAAGAAAATCTTGC-AAGTGACTCA  90

seq1  GTA-TTCTATTTTTCTGAATTATCTTTGCTGACTATTCACATGTG-ACTT  146
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  GTATTTCTATTTTTCTGAATTTTCTTTGCTGACTATTCACATGAGAACTT  140

seq1  GAAATCCTAAATTTCTATCTGTAGAAGTTTTTGTTGACTTGTAAGCACTT  196
      ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  GAAAT-CTAAATTTCTATCTGTAGAAGTTTT--GTGACTTGTAAGCACTT  187

seq1  TGATAAAAGACATGGGTGAATTTATTTTTAAAAAAAGCATGTCAGCTATA  246
      |||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TGAT-AAAGACATGGGTGAA-TTATTTT--AAAAAAGCATGTCAGCTATA  233

seq1  TGTGTACTACCCCTGTGTGCAGACTCACTACTCCTGTGTGCAGGCTCACT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACTACCCCTGTGTGCAGACTCACTACTCCTGTGTGCAGGCTCACT  283

seq1  ACCCTTGTGTGCAGGCTCACTACCCTTGTGTGCAGGCTCACTACCCTTGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGTGTGCAGGCTCACTACCCTTGTGTGCAGGCTCACTACCCTTGT  333

seq1  GTGCAGGCTCACTACCC-TTGTGTGCAGGTGCACTACCC-TTGTGTGCAG  394
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGCAGGCTCACTACCCTTTGTGTGCAGGTGCACTACCCTTTGTGTGCAG  383

seq1  GTGCTCCCTGTGAGCATAGGTTTTACCTTTACAAAGTTATTGAGAAGGAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCTGTGAGCATAGGTTTTACCTTTACAAAGTTATTGAGAAGGAC  433

seq1  ACTGCAATTGCAGCATCAGTGAGATGAAGCAGGAGCACTGCTCTGATTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAATTGCAGCATCAGTGAGATGAAGCAGGAGCACTGCTCTGATTCA  483

seq1  GAGGCCAGCCTGGGCTACATAGGAAGTGCTGGGCCAGCCTGGGCTATATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGCCTGGGCTACATAGGAAGTGCTGGGCCAGCCTGGGCTATATA  533

seq1  GGAAGTGCTGAGCCAGCCTGGGCTATATAGGAAGTACTGGGCCAGCCTGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGCTGAGCCAGCCTGGGCTATATAGGAAGTACTGGGCCAGCCTGG  583

seq1  GCTACATAGGAAATACTGGACCAGCTAAGGGAATGTGGCACAACCCTGCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATAGGAAATACTGGACCAGCTAAGGGAATGTGGCACAACCCTGCC  633

seq1  TCAAACAAAAATTAAATAAGAATTTAAAAACAGGAGGCTATCATTTAAAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAAAATTAAATAAGAATTTAAAAACAGGAGGCTATCATTTAAAC  683

seq1  TTTGGGTTTAAGTAGTTTTAGTGGAGTCACTAGGAGACTTGCCTTAACAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTTTAAGTAGTTTTAGTGGAGTCACTAGGAGACTTGCCTTAACAT  733

seq1  CTATTATAGTAAGTTATTGGAGAGAAACATTGCTCTGTGGGGCTGCGGAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATAGTAAGTTATTGGAGAGAAACATTGCTCTGTGGGGCTGCGGAG  783

seq1  ATGGATCAGTGCTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTATAGAGAGCATTGGTTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCAGTGCTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTATAGAGAGCATTGGTTG  833

seq1  GATCCCATCACTCAACTGTGGCTCACAAGTATGTATAACTCCAGTTCCAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCATCACTCAACTGTGGCTCACAAGTATGTATAACTCCAGTTCCAG  883

seq1  GGGGTAGGACACCCTCTTCTGACCTCCAAGAATATCAGCCATGCATGTGG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGGACACCCTCTTCTGACCTCCAAGAATATCAGCCATGCATGTGG  933

seq1  CTCATACACATATATGTAGACAAAACACTCATACACATTAAAAGGCAAAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACACATATATGTAGACAAAACACTCATACACATTAAAAGGCAAAC  983

seq1  GTGAAAGAAGGAAGGAACACGAGCAAGCCAGCAGTTTGTCCCCGAGGAGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGAAGGAAGGAACACGAGCAAGCCAGCAGTTTGTCCCCGAGGAGA  1033

seq1  TGCAGCACTGTCTTTCTGGGTCTGGGTCACGTCACTTATGTACTGTTTCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCACTGTCTTTCTGGGTCTGGGTCACGTCACTTATGTACTGTTTCC  1083

seq1  AGTTCTCTGTTTACTTACAGATCATGACTTCATTTTTCTGAAAGATGAAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCTGTTTACTTACAGATCATGACTTCATTTTTCTGAAAGATGAAT  1133

seq1  AGAATTC  1151
      |||||||
seq2  AGAATTC  1140