BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139N03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 46,763,840 - 46,809,633
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStxbp6
Downstream geneLOC664952, Nova1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139N03.bB6Ng01-139N03.g
ACCDH938706DH938707
length1,1931,106
definitionDH938706|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139N03, 5' end.DH938707|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139N03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,808,431 - 46,809,633)(46,763,840 - 46,764,960)
sequence
gaattctagtgaagctctaatcttgggttccttatagccattagatcttg
gcctaaagaccaactcatcaatgagctcctctctgactacttctttctgt
gatcaccaatttctttgttatattctctgtaataggctgagctaaattat
ctgccactcctctcatcaacaggtcagtaaactcctttcataggttttag
gactatagtcagagactgccatcctcctcatgaagtcttttggaacatgt
actcagagaatcatcagccacagtgaaatagtcaagactgttctacaaag
gactcctgtgcagatgaagcaccaattgtcaaagacaaactggagtctat
aagactgaacgtaccacaactgacatcatgtagacatggtttgctattca
gccaagtccagaaaaaaaatggcaactattgtgtaaaggaagtaattttt
gtacttaagtcattaatcatatgctgaaggaactagagaaagtacccaag
gagctgaagggattttcagccccataggaggaacaacaatatgaagtaac
cagtacctcccagagctccctgggactaaagcaccaagcaaagaaaacac
atggtgggactcatgtctcaagctgcatatgtagcagagaatggcctagt
tggtcatcaataggaggagaggcccttagttctgtgaaggttctatgccc
tagtacaggggaatgccagggccagaaagcaggagtgggtggattgggga
gcatagaaaggcagagagggcataaaaggtgtttggagtggaaaacagga
aatgggataacatttgaaatgtaaataagcaaatatctaattaaaaatag
aatatacatatcagagaaaatggtgggaaaaataaaatacaatgtttttt
tttaaaagaaatctccagcattccttaacacaatgtttgcatttatttta
taacatgtcttctacctgcaggattctttttgtatctgtttcatccaaag
cactaccttcaataatgagtgctcttgctctaccccttctttaagtggta
gccagcaccaggagcaaaagacttctgattcattggagtgcactcttaaa
actctggcagaaaaatagcctctatgaatggactagcacactggatctgg
tgttggctaattctatggagaagccacatggattttctgtaaa
gaattctggatataagagttctgcaaaacaacaacaagaacaaaataatt
cgataaagcaaaggttttataggtgatatggtaaaaaggtatcactgctt
agggtagagaaggtttaacaagtgttactcaaatttctgttcagaaattt
cataatgtcattgaagaagagaaaatcctttgccaggttcttgaataagg
tctggaaatttctcttggagtatagggatcaggtaagcagtacattgaac
ctgagcatgatgatgaaggaaaagcaatggtagaggttgggttctcaagt
ttacatagggtggaggcatgacaggagccgccatttagagttctgttctg
gaaggatggagtctcttctccatcactgatacttttcttaggaagagttc
ctatcaaaatacaggaaaagatagagagtaaatatttggatactatattt
agatgttcaactaagagattattttcacagtgtggagctggaaagaagct
agaagtccacaagggacacccacaggtgtggacacttgctgttccatctt
ctccacatacaagaaatatgccatatttcaattaaaagtgactagatgat
tttctctcaggtcaaacagacaattgttataaaaggtgatgaagcatatc
ctgggcacatggtttgctcctgtccacctggtaatgctatttttccttca
aagccaatctgtaggtctgaaaagagcatgtgtttatttttatgtcacat
atataaatgattttgcctgcatgtatgtttgtgagccacatgaatacagt
gcctgtggataccagaaacaggcatcagatcctcgggagctgaagttgtt
gtcagctgttagctactatgtggatgatgggaactgagcagttgccgagc
tatctatccagcacaaactgagacacttaaagtgtattcttctttttggc
ataccaaactcagtatcgacttccatttcctacatggggattaatcgaga
tgtggctaactgcagaaagaatagcagaccttggtattagtgccgaattt
cttttgatgctgagaaaggatcccatgatgttcaggaaaagtctaccagc
atgaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_46808431_46809633
seq2: B6Ng01-139N03.b_44_1236 (reverse)

seq1  TTTACAGAAAATCCATTGTTGCTTTCTCCATAAGAAATTATGCAAACACA  50
      ||||||||||||||| ||| || |||||||||   ||||| || ||||| 
seq2  TTTACAGAAAATCCA-TGTGGC-TTCTCCATA--GAATTA-GCCAACACC  45

seq1  GAATCAAGTGTGCTTGGTTCCATTCAT-GAGGCTA-TTTTCTGGCAGAGT  98
        ||| |||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||
seq2  AGATCCAGTGTGCTAG--TCCATTCATAGAGGCTATTTTTCTGCCAGAGT  93

seq1  TTTAAGAAGTGCACT-CAATGATTCAGGAAGTC-TTTGCTC--TGTGCTG  144
      |||||| |||||||| |||||| ||| |||||| |||||||   ||||||
seq2  TTTAAG-AGTGCACTCCAATGAATCA-GAAGTCTTTTGCTCCTGGTGCTG  141

seq1  GCTACCACTTAAAGAAGGGGTAAGAGGCAAGAGCACTCAATTAATTGAAG  194
      ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  | |||||||
seq2  GCTACCACTTAAAGAAGGGGT-AGA-GCAAGAGCACTCA--TTATTGAAG  187

seq1  GTAGTGCTTTGGATGAAACAGATGACAAAAAGAATCCTTGCAGGTAG-AG  243
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  GTAGTGCTTTGGATGAAACAGAT-ACAAAAAGAATCC-TGCAGGTAGAAG  235

seq1  ACATGTTATAAAATAAAATGCAAAACATTGTGTTAAGGAATGCTGGAGAT  293
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTATAAAAT-AAATGC-AAACATTGTGTTAAGGAATGCTGGAGAT  283

seq1  TTCTTTTAAAAAAAAACATTGTATTTTATTTTT-CCACCATTTTCTCTGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAAAAAAAACATTGTATTTTATTTTTCCCACCATTTTCTCTGA  333

seq1  TATGTATATTCTATTTTTAATTAGATATTTTGCTTATTTACATTTCAAAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATTCTATTTTTAATTAGATA-TTTGCTTATTTACATTTCAAAT  382

seq1  GTTATCCCATTTCCTGTTTTCCACTCCAAACACCTTTTATGCCCTCTCTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCCCATTTCCTGTTTTCCACTCCAAACACCTTTTATGCCCTCTCTG  432

seq1  CCTTTCTATGCTCCCCAATCCACCCACTCCTGCTTTCTGGCCCTGGCATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTATGCTCCCCAATCCACCCACTCCTGCTTTCTGGCCCTGGCATT  482

seq1  CCCCTGTACTAGGGCATAGAACCTTCACAGAACTAAGGGCCTCTCCTCCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTACTAGGGCATAGAACCTTCACAGAACTAAGGGCCTCTCCTCCT  532

seq1  ATTGATGACCAACTAGGCCATTCTCTGCTACATATGCAGCTTGAGACATG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGACCAACTAGGCCATTCTCTGCTACATATGCAGCTTGAGACATG  582

seq1  AGTCCCACCATGTGTTTTCTTTGCTTGGTGCTTTAGTCCCAGGGAGCTCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCACCATGTGTTTTCTTTGCTTGGTGCTTTAGTCCCAGGGAGCTCT  632

seq1  GGGAGGTACTGGTTACTTCATATTGTTGTTCCTCCTATGGGGCTGAAAAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTACTGGTTACTTCATATTGTTGTTCCTCCTATGGGGCTGAAAAT  682

seq1  CCCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGTTCCTTCAGCATATGATTAAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGTTCCTTCAGCATATGATTAAT  732

seq1  GACTTAAGTACAAAAATTACTTCCTTTACACAATAGTTGCCATTTTTTTT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAGTACAAAAATTACTTCCTTTACACAATAGTTGCCATTTTTTTT  782

seq1  CTGGACTTGGCTGAATAGCAAACCATGTCTACATGATGTCAGTTGTGGTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTTGGCTGAATAGCAAACCATGTCTACATGATGTCAGTTGTGGTA  832

seq1  CGTTCAGTCTTATAGACTCCAGTTTGTCTTTGACAATTGGTGCTTCATCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCAGTCTTATAGACTCCAGTTTGTCTTTGACAATTGGTGCTTCATCT  882

seq1  GCACAGGAGTCCTTTGTAGAACAGTCTTGACTATTTCACTGTGGCTGATG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGAGTCCTTTGTAGAACAGTCTTGACTATTTCACTGTGGCTGATG  932

seq1  ATTCTCTGAGTACATGTTCCAAAAGACTTCATGAGGAGGATGGCAGTCTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTGAGTACATGTTCCAAAAGACTTCATGAGGAGGATGGCAGTCTC  982

seq1  TGACTATAGTCCTAAAACCTATGAAAGGAGTTTACTGACCTGTTGATGAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATAGTCCTAAAACCTATGAAAGGAGTTTACTGACCTGTTGATGAG  1032

seq1  AGGAGTGGCAGATAATTTAGCTCAGCCTATTACAGAGAATATAACAAAGA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGGCAGATAATTTAGCTCAGCCTATTACAGAGAATATAACAAAGA  1082

seq1  AATTGGTGATCACAGAAAGAAGTAGTCAGAGAGGAGCTCATTGATGAGTT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTGATCACAGAAAGAAGTAGTCAGAGAGGAGCTCATTGATGAGTT  1132

seq1  GGTCTTTAGGCCAAGATCTAATGGCTATAAGGAACCCAAGATTAGAGCTT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTAGGCCAAGATCTAATGGCTATAAGGAACCCAAGATTAGAGCTT  1182

seq1  CACTAGAATTC  1203
      |||||||||||
seq2  CACTAGAATTC  1193

seq1: chr12_46763840_46764960
seq2: B6Ng01-139N03.g_65_1170

seq1  GAATTCTGGATATAAGAGTTCTGCAAAACAACAACAAGAACAAAATAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGATATAAGAGTTCTGCAAAACAACAACAAGAACAAAATAATT  50

seq1  CGATAAAGCAAAGGTTTTATAGGTGATATGGTAAAAAGGTATCACTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAAGCAAAGGTTTTATAGGTGATATGGTAAAAAGGTATCACTGCTT  100

seq1  AGGGTAGAGAAGGTTTAACAAGTGTTACTCAAATTTCTGTTCAGAAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAGAGAAGGTTTAACAAGTGTTACTCAAATTTCTGTTCAGAAATTT  150

seq1  CATAATGTCATTGAAGAAGAGAAAATCCTTTGCCAGGTTCTTGAATAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGTCATTGAAGAAGAGAAAATCCTTTGCCAGGTTCTTGAATAAGG  200

seq1  TCTGGAAATTTCTCTTGGAGTATAGGGATCAGGTAAGCAGTACATTGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAATTTCTCTTGGAGTATAGGGATCAGGTAAGCAGTACATTGAAC  250

seq1  CTGAGCATGATGATGAAGGAAAAGCAATGGTAGAGGTTGGGTTCTCAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATGATGATGAAGGAAAAGCAATGGTAGAGGTTGGGTTCTCAAGT  300

seq1  TTACATAGGGTGGAGGCATGACAGGAGCCGCCATTTAGAGTTCTGTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAGGGTGGAGGCATGACAGGAGCCGCCATTTAGAGTTCTGTTCTG  350

seq1  GAAGGATGGAGTCTCTTCTCCATCACTGATACTTTTCTTAGGAAGAGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATGGAGTCTCTTCTCCATCACTGATACTTTTCTTAGGAAGAGTTC  400

seq1  CTATCAAAATACAGGAAAAGATAGAGAGTAAATATTTGGATACTATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAAATACAGGAAAAGATAGAGAGTAAATATTTGGATACTATATTT  450

seq1  AGATGTTCAACTAAGAGATTATTTTCACAGTGTGGAGCTGGAAAGAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTCAACTAAGAGATTATTTTCACAGTGTGGAGCTGGAAAGAAGCT  500

seq1  AGAAGTCCACAAGGGACACCCACAGGTGTGGACACTTGCTGTTCCATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCCACAAGGGACACCCACAGGTGTGGACACTTGCTGTTCCATCTT  550

seq1  CTCCACATACAAGAAATATGCCATATTTCAATTAAAAGTGACTAGATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATACAAGAAATATGCCATATTTCAATTAAAAGTGACTAGATGAT  600

seq1  TTTCTCTCAGGTCAAACAGACAATTGTTATAAAAGGTGATGAAGCATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCAGGTCAAACAGACAATTGTTATAAAAGGTGATGAAGCATATC  650

seq1  CTGGGCACATGGTTTGCTCCTGTCCACCTGGTAATGCTATTTTTCCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACATGGTTTGCTCCTGTCCACCTGGTAATGCTATTTTTCCTTCA  700

seq1  AAGCCAATCTGTAGGTCTGAAAAGAGCATGTGTTTATTTTTATGTCACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAATCTGTAGGTCTGAAAAGAGCATGTGTTTATTTTTATGTCACAT  750

seq1  ATATAAATGATTTTGCCTGCATGTATGTTTGTGAGCCACATGAATACAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATGATTTTGCCTGCATGTATGTTTGTGAGCCACATGAATACAGT  800

seq1  GCCTGTGGATACCAGAAACAGGCATCAGATCCTCGGGAGCTGAAGTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGATACCAGAAACAGGCATCAGATCCTCGGGAGCTGAAGTTGTT  850

seq1  GTCAGCTGTTAGCTACTATGTGGATGATGGGAACTGAGCAGTTGCCGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTGTTAGCTACTATGTGGATGATGGGAACTGAGCAGTTGCCGAGC  900

seq1  TATCTATCCAGCCACAAAACTGAGACACTTAAAGTGTATTCTTCTTTTTG  950
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCCAG-CAC-AAACTGAGACACTTAAAGTGTATTCTTCTTTTTG  948

seq1  GCATACCAAACTCAGTATCGACTTCCATTTCCTACAATGGGGATTTAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  GCATACCAAACTCAGTATCGACTTCCATTTCCTAC-ATGGGGA-TTAATC  996

seq1  GAGATGTGGCTAACTGCAAGGAAAGAATAGCAGACCTTGGTATTAGTTGC  1050
      ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGATGTGGCTAACTGCA--GAAAGAATAGCAGACCTTGGTATTAG-TGC  1043

seq1  CGAATTTCCTTTTGAATGCTGAAGAAAAGGATCCCATGAATGTTCAGGAA  1100
      ||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||| |||||||||  
seq2  CGAATTT-CTTTTG-ATGCTGA--GAAAGGATCCCATG-ATGTTCAGG--  1086

seq1  AAAAGTCTACCAGCAATGAAT  1121
      |||||||||||||| ||||||
seq2  AAAAGTCTACCAGC-ATGAAT  1106