BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139P08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 107,656,736 - 107,811,063
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451
Upstream geneD430019H16Rik, Bdkrb2, Bdkrb1, 2410024A21Rik, 4933433P14Rik, Ak7, Papola, Vrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420
Downstream geneLOC673604, LOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139P08.bB6Ng01-139P08.g
ACCDH938812DH938813
length847341
definitionDH938812|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139P08, 5' end.DH938813|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139P08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,810,214 - 107,811,063)(107,656,736 - 107,657,076)
sequence
gaattcccagtcagatcagactacccaggatactccctttttagactcaa
aatcaatgtgacacagtggtattggtagcatctcttttttttttttttgc
catatcacaattcagacagcccctgagcaggcctttctggcttgatgcac
agctctcctgttttatgggagattaaaagcatcatgcactcagtagatgt
tacactttctttggacatctgtatgtatgtgggtagtacctgtttgcatg
gtcacaggcatgtaagagcaagtgagtgcacgtgtatggatgccaggggt
cggtggccactgtctgcctcagttgctctcactgtatttagatatagggt
cccccagtttggctaatctggccacccagatttcccaggtgatcctctgt
ctccaccatctgagcactgggattgcaggctggctcccacaccagcccag
ctcttatgtgaggccagggatccacaagcactttaaccatcaagccacgc
taaatgttgaattcacgctcttcaatcttccctcatgatacccaactgga
agatgatcttgtatccccagccagcttaagatgagctcagttgagttaca
tggtgtgcatgataaacacagtttgacttaaaatattttctgctggtggt
aggctgaccagaatgtgacagggaacaactgcatactcatctcacaccct
caagcagtcttgtcactgaatgaggagtgctacagagagattaaacatgg
gggtggagcctggggttggagtggagcctggggatgggggtggagcctgg
gaatggggtgggcatcttgacttttaatgttaaaatatgtgtactcc
ttacatgtcgagaatcagccttgtatcttgggtacacccagagtgaaagt
cattgggagtgctcaggatatattgctctgactttgggaaatcccaagaa
ggtggagattcagtagagtcatcagtggagatgaccttctgtgggttggg
ctcatgaaccaaattaaaggggtagcgtgagctgacagccagcatcctcc
ccccacctctgcttctttagtgaagacgcaatgggaagagctgcctcaag
ttcctgctgatgcgattccccagcgtggacagtgacctggaactgtgaga
caaaagcaaccttccttccttccttccttccttccttcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_107810214_107811063
seq2: B6Ng01-139P08.b_49_895 (reverse)

seq1  GGAGTGACACATATTTAGGAATTAGAAGTCAAAGATGCCCCACCCCATTC  50
      ||||| ||||||||||    |||| ||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GGAGT-ACACATATTTTAACATTAAAAGTC-AAGATG-CCCACCCCATTC  47

seq1  CCAGGCTCCACCCCCATCCCCAGGCTCCACTCCAACCCCAGGCTCCACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTCCACCCCCATCCCCAGGCTCCACTCCAACCCCAGGCTCCACCC  97

seq1  CCATGTTTAATCTCTCTGTAGCACTCCTCATTCAGTGACAAGACTGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTAATCTCTCTGTAGCACTCCTCATTCAGTGACAAGACTGCTTG  147

seq1  AGGGTGTGAGATGAGTATGCAGTTGTTCCCTGTCACATTCTGGTCAGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTGAGATGAGTATGCAGTTGTTCCCTGTCACATTCTGGTCAGCCT  197

seq1  ACCACCAGCAGAAAATATTTTAAGTCAAACTGTGTTTATCATGCACACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAGCAGAAAATATTTTAAGTCAAACTGTGTTTATCATGCACACCA  247

seq1  TGTAACTCAACTGAGCTCATCTTAAGCTGGCTGGGGATACAAGATCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCAACTGAGCTCATCTTAAGCTGGCTGGGGATACAAGATCATCT  297

seq1  TCCAGTTGGGTATCATGAGGGAAGATTGAAGAGCGTGAATTCAACATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTGGGTATCATGAGGGAAGATTGAAGAGCGTGAATTCAACATTTA  347

seq1  GCGTGGCTTGATGGTTAAAGTGCTTGTGGATCCCTGGCCTCACATAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCTTGATGGTTAAAGTGCTTGTGGATCCCTGGCCTCACATAAGAG  397

seq1  CTGGGCTGGTGTGGGAGCCAGCCTGCAATCCCAGTGCTCAGATGGTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGGTGTGGGAGCCAGCCTGCAATCCCAGTGCTCAGATGGTGGAG  447

seq1  ACAGAGGATCACCTGGGAAATCTGGGTGGCCAGATTAGCCAAACTGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGATCACCTGGGAAATCTGGGTGGCCAGATTAGCCAAACTGGGGG  497

seq1  ACCCTATATCTAAATACAGTGAGAGCAACTGAGGCAGACAGTGGCCACCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTATATCTAAATACAGTGAGAGCAACTGAGGCAGACAGTGGCCACCG  547

seq1  ACCCCTGGCATCCATACACGTGCACTCACTTGCTCTTACATGCCTGTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGGCATCCATACACGTGCACTCACTTGCTCTTACATGCCTGTGAC  597

seq1  CATGCAAACAGGTACTACCCACATACATACAGATGTCCAAAGAAAGTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAACAGGTACTACCCACATACATACAGATGTCCAAAGAAAGTGTA  647

seq1  ACATCTACTGAGTGCATGATGCTTTTAATCTCCCATAAAACAGGAGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACTGAGTGCATGATGCTTTTAATCTCCCATAAAACAGGAGAGCT  697

seq1  GTGCATCAAGCCAGAAAGGCCTGCTCAGGGGCTGTCTGAATTGTGATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCAAGCCAGAAAGGCCTGCTCAGGGGCTGTCTGAATTGTGATATG  747

seq1  GCAAAAAAAAAAAAAAGAGATGCTACCAATACCACTGTGTCACATTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAAAAAAAAAAGAGATGCTACCAATACCACTGTGTCACATTGATT  797

seq1  TTGAGTCTAAAAAGGGAGTATCCTGGGTAGTCTGATCTGACTGGGAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCTAAAAAGGGAGTATCCTGGGTAGTCTGATCTGACTGGGAATTC  847

seq1: chr12_107656736_107657076
seq2: B6Ng01-139P08.g_76_416

seq1  TTACTTGTCGAGAATCAGCCTTGTATCTTGGGTACACCCAGAGTGTTTGT  50
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TTACATGTCGAGAATCAGCCTTGTATCTTGGGTACACCCAGAGTGAAAGT  50

seq1  CATTGGGAGTGCTCAGGATATATTGCTCTGACTTTGGGAAATCCCAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGAGTGCTCAGGATATATTGCTCTGACTTTGGGAAATCCCAAGAA  100

seq1  GGTGGAGATTCAGTAGAGTCATCAGTGGAGATGACCTTCTGTGGGTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGATTCAGTAGAGTCATCAGTGGAGATGACCTTCTGTGGGTTGGG  150

seq1  CTCATGAACCAAATTAAAGGGGTAGCGTGAGCTGACAGCCAGCATCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAACCAAATTAAAGGGGTAGCGTGAGCTGACAGCCAGCATCCTCC  200

seq1  CCCCACCTCTGCTTCTTTAGTGAAGACGCAATGGGAAGAGCTGCCTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTCTGCTTCTTTAGTGAAGACGCAATGGGAAGAGCTGCCTCAAG  250

seq1  TTCCTGCTGATGCGATTCCCCAGCGTGGACAGTGACCTGGAACTGTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTGATGCGATTCCCCAGCGTGGACAGTGACCTGGAACTGTGAGA  300

seq1  CAAAAGCAACCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT  341
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCAACCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT  341