BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140E08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 33,806,036 - 33,959,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtxn7l4
Upstream genePik3cg, 2010109K11Rik, LOC100043548, Pbef1, LOC100043553, 4933406C10Rik, Sypl, LOC100043109, 1110049B09Rik
Downstream geneAtxn7l1, 4930504H06Rik, Twistnb, LOC668801, LOC668806, Ferd3l, Twist1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140E08.bB6Ng01-140E08.g
ACCDH939047DH939048
length1,1701,106
definitionDH939047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140E08, 5' end.DH939048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140E08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,958,451 - 33,959,621)(33,806,036 - 33,807,154)
sequence
gaattctgttttcttagaatcctggatgccagaaatctggaccaagatgt
ctgcagggttggctcttttaggggcctgagcaagacctgtcccagatctc
attcttggcttttagtggtactgacaaccactgctgttcctgggcttgtg
actacagtctccaactgcatctccaagtgtccttctttgtatgtctcata
cacgtgtgcacttgtgtgtatgtcagaaccccttggagttggaattagag
gtctccgtggccacccagtgtaggagctaggagtaaactccaggtgttcc
taattgccaagccatctttccaggccccctctctggtctgtataatacca
atcaccaaacttagaggccattcctatccaatattattttacgtttatcc
catgacgcctgcgaaccatctttccaaagtagggaatgggagggatttga
gcacatcttctttacgggataaattcaaattgttaccaaagtctagaatg
ttgtatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactg
aagggagaaatgtcacctactcttgttccacattacgctacaaaataata
ggaagaagttgtcacaccagacactgccatgtctatactctctatcctgc
agccagtggggactaagggacattaggagacaaaatccctgcatctcgtg
tttccacaaatggtgctctgtaaaactttcaagcatgactccatggccac
atatcggacggcatgctcatcttcccagggttggtgggttgcatcctctt
tggaaggaagctactctttgaatgaagcacgtgactggtcctgaccaatc
agaacaaggacgtcccaagtgactttaatttcctgttctgattaaactgc
agaagcaagttgtcagcactcacacatctacccacaccagattcagcgag
gaaattattccaggagcacaaggctggccatgcgagggaagcaggtctaa
cgcagcacttctcatagccctgaaaccacaagaatcacgaaaaactactt
gtatgcttttagtatgaagaaagccaaggctaggaggagtcagatatgat
gggtggggcaaaggttggggtatacaccatcgtcctcctcgtgctggcgt
caggcctggcatcagcatgc
gaattcagcatcggcaagttgttgaaaatgatgcgcacactggcaggtta
caatcaaatgtaagggaagatattgagcagtgtggtcaaagcctgcagcg
ctcacacccttggcccaggaacttgggggaaatttatcttaaggaaacaa
gtttaaaagtcatcacacaatgcttcaatctggcatggtttctaccactg
aagactcagacgcaggctaaggcttaatgacagattatcaaaggaaacta
tagcaaaaccaccatgaaacgtgaggttaaaatgtcagtaatggccggcc
atggtggcacacacctttaagcccagcccttgggaagcagaggccggtgg
atctccgcgtgttcaagaataacctggtatacgtagtgagttccaggaac
taaatagtgagatcccgtgtcaaaaaccacaagaacaaaacgtcaggaat
gaactattgaaaccagacattgctatagacacagtgccaagaggaaaaaa
ttgcagagtatatcattgtgtctgtaccacaacgtggttgaatacatata
tattaccaatatacctatgtctaaggactgaactaactcatggaaaaatt
cagacaatatttttattagaaattatgagtggatttttatctttagtctg
gttttgacagacaaagtaaatttgagtttgggacagaatgaaaggacaga
atgaatttcaatgggctttagcctctcgctactaactctacctcaacaca
ctttgtccctatggaaagggagcaggttggacttagggtgaagatgctgc
agcgtaggactttcacatgcacagagtactgtgtgttccttccaggctgg
aaaacacaggcagtggcagagatcggatgtggtcccgtccctccctgtgc
atcttgcaaaaattcaatgaaatgctgttctctgcgtgctcagaatttgt
ctgagtagcaaagctgatcttcagtctgagaagctgagctgatccaagag
tctccccttcaactcctcaccttgttccaacagggtcaatggcagtggca
ggagcctatggacatgaccctgtctggcgggcataagactttggaggcat
gcttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_33958451_33959621
seq2: B6Ng01-140E08.b_48_1217 (reverse)

seq1  GCATGCTGACTGCCAGGCCTGAAGCCCAGCACCGAGGA-GACGATTGGTG  49
      ||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||| ||||| |||||
seq2  GCATGCTGA-TGCCAGGCCTGACG-CCAGCA-CGAGGAGGACGA-TGGTG  46

seq1  -ATAACCCCACATCTGCCC--ACCATCATATCTGACTTCCTTCCTAGCCT  96
       ||| ||| || | |||||   |||||||||||||||  | |||||||||
seq2  TATACCCCAACCTTTGCCCCACCCATCATATCTGACT--CCTCCTAGCCT  94

seq1  TGGC-TTCTTCATACTGAGATGCATAC-AGTAGTTTCTCGTGATTCTTGT  144
      |||| ||||||||||| | | |||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TGGCTTTCTTCATACT-AAAAGCATACAAGTAGTTTTTCGTGATTCTTGT  143

seq1  GGTCTCAGGGCTATG-GGAGTGCTGCGTTAGACCTGCTTCCCTCGCATGG  193
      ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAGGGCTATGAGAAGTGCTGCGTTAGACCTGCTTCCCTCGCATGG  193

seq1  CCAGCCTTGTGCTCCTGGAATAATTTCTTCGCTGAATCTGGGTGTGGGTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| 
seq2  CCAGCCTTGTGCTCCTGGAATAATTTCCTCGCTGAATCT-GGTGTGGGTA  242

seq1  GATGTGTGAGTGCTGACAACTTGCTTCTGCAGTTTAATCAGAACAGGAAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTGAGTGCTGACAACTTGCTTCTGCAGTTTAATCAGAACAGGAAA  292

seq1  TTAAAGTCACTTGGGACGTCCTTGTTCTGATTGGTCAGGACCAGTCACGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTCACTTGGGACGTCCTTGTTCTGATTGGTCAGGACCAGTCACGT  342

seq1  GCTTCATTCAAAGAGTAGCTTCCTTCCAAAGAGGATGCAACCCACCAACC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATTCAAAGAGTAGCTTCCTTCCAAAGAGGATGCAACCCACCAACC  392

seq1  CTGGGAAGATGAGCATGCCGTCCGATATGTGGCCATGGAGTCATGCTTGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAGATGAGCATGCCGTCCGATATGTGGCCATGGAGTCATGCTTGA  442

seq1  AAGTTTTACAGAGCACCATTTGTGGAAACACGAGATGCAGGGATTTTGTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTACAGAGCACCATTTGTGGAAACACGAGATGCAGGGATTTTGTC  492

seq1  TCCTAATGTCCCTTAGTCCCCACTGGCTGCAGGATAGAGAGTATAGACAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGTCCCTTAGTCCCCACTGGCTGCAGGATAGAGAGTATAGACAT  542

seq1  GGCAGTGTCTGGTGTGACAACTTCTTCCTATTATTTTGTAGCGTAATGTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGTCTGGTGTGACAACTTCTTCCTATTATTTTGTAGCGTAATGTG  592

seq1  GAACAAGAGTAGGTGACATTTCTCCCTTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGAGTAGGTGACATTTCTCCCTTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  642

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAACATTCTAGACTTTGGTAACAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAACATTCTAGACTTTGGTAACAAT  692

seq1  TTGAATTTATCCCGTAAAGAAGATGTGCTCAAATCCCTCCCATTCCCTAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTATCCCGTAAAGAAGATGTGCTCAAATCCCTCCCATTCCCTAC  742

seq1  TTTGGAAAGATGGTTCGCAGGCGTCATGGGATAAACGTAAAATAATATTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAAGATGGTTCGCAGGCGTCATGGGATAAACGTAAAATAATATTG  792

seq1  GATAGGAATGGCCTCTAAGTTTGGTGATTGGTATTATACAGACCAGAGAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGAATGGCCTCTAAGTTTGGTGATTGGTATTATACAGACCAGAGAG  842

seq1  GGGGCCTGGAAAGATGGCTTGGCAATTAGGAACACCTGGAGTTTACTCCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTGGAAAGATGGCTTGGCAATTAGGAACACCTGGAGTTTACTCCT  892

seq1  AGCTCCTACACTGGGTGGCCACGGAGACCTCTAATTCCAACTCCAAGGGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTACACTGGGTGGCCACGGAGACCTCTAATTCCAACTCCAAGGGG  942

seq1  TTCTGACATACACACAAGTGCACACGTGTATGAGACATACAAAGAAGGAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACATACACACAAGTGCACACGTGTATGAGACATACAAAGAAGGAC  992

seq1  ACTTGGAGATGCAGTTGGAGACTGTAGTCACAAGCCCAGGAACAGCAGTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAGATGCAGTTGGAGACTGTAGTCACAAGCCCAGGAACAGCAGTG  1042

seq1  GTTGTCAGTACCACTAAAAGCCAAGAATGAGATCTGGGACAGGTCTTGCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCAGTACCACTAAAAGCCAAGAATGAGATCTGGGACAGGTCTTGCT  1092

seq1  CAGGCCCCTAAAAGAGCCAACCCTGCAGACATCTTGGTCCAGATTTCTGG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCCTAAAAGAGCCAACCCTGCAGACATCTTGGTCCAGATTTCTGG  1142

seq1  CATCCAGGATTCTAAGAAAACAGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGGATTCTAAGAAAACAGAATTC  1170

seq1: chr12_33806036_33807154
seq2: B6Ng01-140E08.g_68_1173

seq1  GAATTCAGCATCGGCAAGTTGTTGAAAATGATGCGCACACTGGCAGGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATCGGCAAGTTGTTGAAAATGATGCGCACACTGGCAGGTTA  50

seq1  CAATCAAATGTAAGGGAAGATATTGAGCAGTGTGGTCAAAGCCTGCAGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAATGTAAGGGAAGATATTGAGCAGTGTGGTCAAAGCCTGCAGCG  100

seq1  CTCACACCCTTGGCCCAGGAACTTGGGGGAAATTTATCTTAAGGAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACCCTTGGCCCAGGAACTTGGGGGAAATTTATCTTAAGGAAACAA  150

seq1  GTTTAAAAGTCATCACACAATGCTTCAATCTGGCATGGTTTCTACCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAGTCATCACACAATGCTTCAATCTGGCATGGTTTCTACCACTG  200

seq1  AAGACTCAGACGCAGGCTAAGGCTTAATGACAGATTATCAAAGGAAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCAGACGCAGGCTAAGGCTTAATGACAGATTATCAAAGGAAACTA  250

seq1  TAGCAAAACCACCATGAAACGTGAGGTTAAAATGTCAGTAATGGCCGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAACCACCATGAAACGTGAGGTTAAAATGTCAGTAATGGCCGGCC  300

seq1  ATGGTGGCACACACCTTTAAGCCCAGCCCTTGGGAAGCAGAGGCCGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCACACACCTTTAAGCCCAGCCCTTGGGAAGCAGAGGCCGGTGG  350

seq1  ATCTCCGCGTGTTCAAGAATAACCTGGTATACGTAGTGAGTTCCAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCGCGTGTTCAAGAATAACCTGGTATACGTAGTGAGTTCCAGGAAC  400

seq1  TAAATAGTGAGATCCCGTGTCAAAAACCACAAGAACAAAACGTCAGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTGAGATCCCGTGTCAAAAACCACAAGAACAAAACGTCAGGAAT  450

seq1  GAACTATTGAAACCAGACATTGCTATAGACACAGTGCCAAGAGGAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATTGAAACCAGACATTGCTATAGACACAGTGCCAAGAGGAAAAAA  500

seq1  TTGCAGAGTATATCATTGTGTCTGTACCACAACGTGGTTGAATACATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGTATATCATTGTGTCTGTACCACAACGTGGTTGAATACATATA  550

seq1  TATTACCAATATACCTATGTCTAAGGACTGAACTAACTCATGGAAAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCAATATACCTATGTCTAAGGACTGAACTAACTCATGGAAAAATT  600

seq1  CAGACAATATTTTTATTAGAAATTATGAGTGGATTTTTATCTTTAGTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAATATTTTTATTAGAAATTATGAGTGGATTTTTATCTTTAGTCTG  650

seq1  GTTTTGACAGACAAAGTAAATTTGAGTTTGGGACAGAATGAAAGGACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGACAGACAAAGTAAATTTGAGTTTGGGACAGAATGAAAGGACAGA  700

seq1  ATGAATTTCAATGGGCTTTAGCCTCTCGCTACTAACTCTACCTCAACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTCAATGGGCTTTAGCCTCTCGCTACTAACTCTACCTCAACACA  750

seq1  CTTTGTCCCTATGG-AAGGGAGCAGGTTGGACTTAGGGTGAAGATGCTGC  799
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCCCTATGGAAAGGGAGCAGGTTGGACTTAGGGTGAAGATGCTGC  800

seq1  AGCGTAGGACTTTCACATGCACAGAGTACTGTGTGTTCCTTCCAGGCTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTAGGACTTTCACATGCACAGAGTACTGTGTGTTCCTTCCAGGCTGG  850

seq1  AAAACACAGGCAGTGGCAGAGATCGGATGTGGTCCCGTCCCTCCCTGTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAGGCAGTGGCAGAGATCGGATGTGGTCCCGTCCCTCCCTGTGC  900

seq1  ATCTTGCAAAAATTCAATGAAATGCTGTTCTCTGCGTGCTCAGAATTTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCAAAAATTCAATGAAATGCTGTTCTCTGCGTGCTCAGAATTTGT  950

seq1  CTGAGGTAGCAAAGCTGATCTCCAAGGTCTGAG-AGCTGAGCTGATCCCA  998
      |||| |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||
seq2  CTGA-GTAGCAAAGCTGATCTTCA--GTCTGAGAAGCTGAGCTGAT-CCA  996

seq1  AGAGTCTCCCCCTTCAACTCCTCACCCTGTTCCCAAACAAGGGTCAGTGG  1048
      ||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||| |||
seq2  AGAGTCT-CCCCTTCAACTCCTCACCTTGTTCC--AAC-AGGGTCAATGG  1042

seq1  CAGTGGCCAGGAGCCCTATGGACAATGACCCCTGTCTTGGCTGTGCATAA  1098
      |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| |||| | ||||||
seq2  CAGTGG-CAGGAG-CCTATGGAC-ATGA-CCCTGTC-TGGC-GGGCATAA  1086

seq1  GATCTTTGGAGGCATGCTTTA  1119
      || ||||||||||||||||||
seq2  GA-CTTTGGAGGCATGCTTTA  1106